사업과 부동산을 같은 법인에 묶어두면 세무·리스크·엑싯 세 가지 모두 불리해집니다. 분리 구조가 실제로 어떤 효과를 가져오는지 법령 근거와 함께 정리합니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
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법인 명의로 사무실·건물·상가를 보유하고 있거나 취득을 검토 중입니다.
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법인 부동산을 향후 매각하거나 승계할 계획이 있습니다.
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현재 메인법인 하나로 사업 운영과 부동산 보유를 동시에 처리하고 있습니다.
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부동산 담보 대출 한도를 늘리거나 메인법인의 신용을 분리하여 관리하고 싶습니다.
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대표 또는 특수관계인이 여러 법인을 운영 중이며 그룹 구조를 정리하려고 합니다.
분리 구조의 기본 개념
분리 구조는 간단합니다. 메인법인(사업운영 법인)과 임대자회사(부동산 보유 법인) 두 개를 두고, 임대자회사가 건물을 보유하면서 메인법인에 임대료를 받는 구조입니다.
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구분: 역할 / 메인법인: 사업 운영, 매출 발생 / 임대자회사: 부동산 보유, 임대 수입
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구분: 비용 처리 / 메인법인: 임대료 손금 처리 / 임대자회사: 건물 관련 비용 손금 처리
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구분: 부채 / 메인법인: 사업 부채 집중 / 임대자회사: 부동산 담보 대출 분리
메인법인은 임대료를 비용으로 처리하고, 임대자회사는 임대 수입을 받아 건물 관련 비용을 처리합니다.
장점 1 — 법인세 절감
임대자회사를 설립하면 건물 관련 비용을 임대자회사 명의로 손금 처리할 수 있습니다. 건물 관리비, 수선비, 시설 투자비, 임대 관련 인건비, 마케팅비(입주자 유치 목적) 등이 모두 임대자회사의 손금 항목이 됩니다. 임대 수입에서 이 비용들을 공제한 뒤 남은 금액에만 법인세가 부과되므로 과세표준이 낮아집니다.
메인법인 입장에서도 임대료 전액을 손금으로 처리할 수 있습니다. 건물을 직접 보유할 때는 감가상각비만 비용 처리되지만, 임대 구조에서는 임대료 전액이 손금이 되어 절세 효과가 커집니다.
장점 2 — 리스크 분리
사업과 부동산이 한 법인에 있으면 사업 부실이 부동산까지 위협합니다. 사업 채권자가 부동산에 가압류를 걸거나 담보권을 행사할 수 있기 때문입니다.
분리 구조에서는 메인법인의 부채가 임대자회사 자산에 영향을 주지 않습니다. 임대자회사는 부동산을 담보로 별도 레버리지를 일으킬 수 있고, 메인법인의 담보 여력은 사업 운전자금 용도로 독립적으로 유지됩니다. 금융기관 입장에서도 사업과 부동산이 분리된 법인은 각각의 신용을 별도로 평가하므로, 총 대출 한도가 높아지는 경우가 많습니다.
장점 3 — 엑싯 유연성
건물을 매각하거나 사업을 정리할 때 분리 구조는 선택지를 넓혀줍니다.
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엑싯 시나리오: 건물만 매각 / 메인법인만 있을 때: 법인 전체 매각 또는 현물 출자 필요 / 임대자회사 분리 시: 임대자회사 단독 자산 매각 가능
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엑싯 시나리오: 지분 매각 / 메인법인만 있을 때: 부동산 포함 전체 가치로 협상 / 임대자회사 분리 시: 사업 법인만 매각, 건물은 유지 가능
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엑싯 시나리오: 승계 / 메인법인만 있을 때: 부동산 포함 전체 승계 / 임대자회사 분리 시: 부동산과 사업을 분리하여 각각 승계
[[상법_제342조의2|상법 제342조의2]]에 따른 자회사 구조를 활용하면 지분 매각 시 주식양도소득 과세 방식도 선택할 수 있어 양도소득세 계획이 더 유연해집니다.
반드시 주의해야 할 사항 — 부당행위계산 부인
분리 구조에서 가장 중요한 세무 리스크는 계열사 간 임대료 설정입니다.
[[법인세법_제52조|법인세법 제52조]](부당행위계산 부인)에 따르면, 특수관계법인 간 거래에서 시가와 다른 임대료를 적용하면 세무조정이 발생합니다. 구체적으로 [[법인세법_시행령_제88조|법인세법 시행령 제88조]]는 임대료가 시가의 5% 또는 3억원 이상 차이 날 경우 부당행위계산 부인 대상으로 봅니다. 임대료가 시가보다 낮으면 임대자회사에 익금 산입, 높으면 메인법인에 손금 부인 처분을 받습니다.
실무 대응 방법은 다음과 같습니다.
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인근 유사 건물의 임대료를 조사하여 시가 근거 자료로 보관합니다.
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임대차 계약서를 작성하고 계약 갱신 시 시가를 재검토합니다.
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임대료 결정 경위를 이사회 의사록에 기재합니다.
분리 구조의 단점
모든 구조에는 비용이 따릅니다. 법인 설립 비용(등기비, 자본금 납입), 두 개 법인의 기장·신고 비용이 추가로 발생합니다. 내부 거래 계약서 작성, 이사회 의사록 관리, 연간 감사 등 행정 부담도 늘어납니다.
연간 임대료 수입이 크지 않거나 건물 보유 기간이 짧을 경우 절세 효과보다 관리 비용이 더 클 수 있습니다. 규모와 보유 기간을 기준으로 구조 전환 여부를 판단해야 합니다.
실행 순서
1.
신설 임대자회사 설립 (자본금 설계, 주주 구성 결정)
2.
3.
임대차 계약서 작성 (시가 임대료 기준, 관련 시세 자료 첨부)
4.
임대자회사 법인 통장·장부 분리 운영 개시
5.
연도 말 계열사 간 거래 검토 및 세무 신고
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관련 법령
1.
법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) — 특수관계법인 간 거래에서 시가와 차이가 있는 경우 세무당국이 시가 기준으로 과세할 수 있는 근거 조문입니다.
2.
법인세법 시행령 제88조 (부당행위계산의 유형) — 부당행위계산 부인이 적용되는 거래 유형을 구체적으로 열거하며, 임대차 거래도 포함됩니다.
3.
법인세법 제19조 (손금의 범위) — 임대료, 수선비, 관리비 등 손금 산입 요건 및 범위를 규정합니다.
4.
상법 제342조의2 (자회사에 의한 모회사 주식 취득) — 모자회사 구조 설계 시 적용되는 상법상 주식 취득 제한 규정입니다.
5.
법인세법 제66조 (결정과 경정) — 부당행위계산 부인에 따른 세액 경정 절차를 규정합니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하시기 바랍니다.
세무법인청년들은 법인 구조 설계부터 임대 거래 적정성 검토, 세무 신고까지 일관된 자문을 제공합니다.
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