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폐업 후 재창업할 때 세금 — 결손금·체납·세액감면 가이드

사업을 접었다가 다시 시작할 때 부딪히는 세 가지 — 이전 사업 결손금은 새 사업과 통산되지 않고, 체납은 재창업을 막으며, 같은 업종 재개업은 창업감면에서 빠질 수 있습니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.

나에게 해당하는가?

다음 중 하나라도 해당하면 이 글을 끝까지 확인하시기 바랍니다.
운영하던 개인사업을 폐업했거나 폐업을 준비 중이고, 가까운 시일 안에 다시 사업을 시작할 계획이다
이전 사업에서 적자(결손금)가 누적되어 있어 새 사업에서 그 손실을 만회할 수 있을지 궁금하다
이전 사업의 부가세·소득세 등 체납이 남아 있는 상태에서 새 사업자등록을 고민하고 있다
같은 업종으로 다시 시작하면서 창업중소기업 세액감면을 받을 수 있을지 확인하고 싶다
폐업할 때 남은 재고·집기 때문에 세금이 더 나온다는 말을 듣고 정확한 내용을 알고 싶다
폐업과 재창업은 별개의 사건처럼 보이지만, 세법에서는 하나의 흐름으로 이어집니다. 폐업 단계에서 무엇을 정리했는지가 재창업 단계의 세금에 그대로 영향을 줍니다.

1단계. 폐업 단계 — 마지막 세금을 정리합니다

다시 시작하기 전에, 접는 사업의 세금부터 깨끗하게 마무리해야 합니다. 이 단계를 건너뛰면 재창업 이후까지 부담이 따라옵니다.

폐업 신고와 사업자등록 말소

사업을 실제로 그만두면 휴업·폐업 사실을 지체 없이 관할 세무서에 신고해야 합니다(부가가치세법 제8조 제8항). 폐업 신고를 하면 사업자등록번호가 말소됩니다. 신고하지 않으면 국세청은 사업이 계속되는 것으로 보아 부가가치세 신고 의무가 계속 발생하고, 면허·허가 업종은 매년 등록면허세가 부과됩니다.
폐업 신고 후에는 사업자등록번호가 없어져 세금계산서를 발급하거나 받을 수 없으므로, 미발행 매출·미수취 매입 세금계산서는 반드시 폐업 전에 정리해야 합니다.

잔존재화 부가가치세 — 폐업할 때 가장 놓치기 쉬운 세금

폐업 시점에 팔지 못하고 남은 재고, 기계장치, 집기·비품 등 사업용 재화는 사업자가 자기 자신에게 공급한 것으로 보아 부가가치세가 과세됩니다(부가가치세법 제10조 제6항). 이를 잔존재화에 대한 자기공급이라고 합니다.
매입할 때 매입세액을 공제받았던 재화가 폐업 시점에 남아 있으면, 그 시가 상당액에 부가가치세가 매겨지는 구조입니다. 매출이 끊긴 상태에서 갑자기 세금이 나오는 항목이라 당황하기 쉽습니다.
과세 대상: 폐업 시점에 남아 있는 재고·기계·집기 등 사업용 재화
과세 이유: 매입세액을 공제받은 재화이므로 폐업 시 자기공급으로 정산
신고 시기: 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 부가가치세 확정신고에 포함
부담 줄이는 법: 폐업 전 정상 거래로 재고를 처분해 남은 재화를 줄임

폐업 연도 종합소득세

소득세 과세기간은 폐업과 상관없이 1월 1일부터 12월 31일까지입니다(소득세법 제5조 제1항). 따라서 폐업한 해에 발생한 사업소득은 폐업 시점에 따로 신고하는 것이 아니라, 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 다른 소득과 합산해 신고합니다. 신고 시기가 늦어 놓치기 쉬우니 폐업 자료를 보관해 두어야 합니다.

2단계. 이전 사업 결손금 — 새 사업으로 그대로 넘어오지 않습니다

재도전하는 분들이 가장 많이 기대하는 부분이 "예전 사업에서 본 손해를 새 사업 이익에서 빼면 세금이 줄지 않을까"입니다. 결론부터 말하면, 생각만큼 이어지지 않습니다.

결손금이 무엇이고 어떻게 이월되는가

결손금은 장부에 의해 계산한 사업소득에서 필요경비가 총수입금액을 초과한 적자 금액입니다. 결손금은 그해 종합소득에서 먼저 공제하고, 공제하고 남은 금액은 이월결손금이 되어 발생한 과세기간 종료일부터 15년 이내에 끝나는 과세기간의 소득에서 순서대로 공제합니다(소득세법 제45조 제1항·제3항).
개인사업의 이월결손금은 사업장이 아니라 사업주 본인(거주자)에게 귀속됩니다. 따라서 같은 사람이 사업을 다시 하면 원칙적으로 종합소득 계산에서 이어서 공제할 여지가 있습니다. 그런데도 실무에서 이전 사업 결손금이 사라지는 이유는 다음 세 가지 장애물 때문입니다.

결손금이 사라지는 세 가지 장애물

첫째, 장부가 없으면 결손금 자체가 인정되지 않습니다. 결손금은 비치·기록한 장부에 의해 계산한 경우에만 인정됩니다(소득세법 제45조 제1항). 폐업하는 해에 장부를 만들지 않고 넘어가면, 실제로 손해를 봤더라도 공제할 결손금이 확정되지 않습니다.
둘째, 재창업 사업을 추계신고하면 공제가 막힙니다. 새로 시작한 사업의 소득을 장부 없이 경비율로 추계신고하면, 그 과세기간에는 이월결손금 공제가 적용되지 않습니다(소득세법 제45조 제4항). 재창업 초기에는 매출 규모가 작아 추계신고하는 경우가 많은데, 이때 이월결손금을 쓰지 못하고 흘려보내게 됩니다.
셋째, 15년이 지나면 소멸합니다. 이월결손금은 발생 과세기간 종료일부터 15년 이내에만 공제할 수 있습니다(소득세법 제45조 제3항). 폐업 후 공백기가 길어지면 그만큼 활용 기간이 줄어듭니다.

대표 상황 예시

음식점을 운영하던 한 사장님이 마지막 해에 적자가 누적된 채 폐업했다고 가정합니다. 폐업하는 해의 장부를 정리하지 않은 채 다음 해 5월 종합소득세 신고를 단순경비율로 끝냈습니다. 이후 1년쯤 쉬었다가 다른 동네에서 같은 음식점을 다시 열었고, 첫해 매출이 작아 또 단순경비율 추계로 신고했습니다.
이 경우 손해를 본 것은 분명하지만, 폐업 연도에 장부가 없어 결손금이 확정되지 않았고, 재창업 첫해도 추계신고라 설령 이월결손금이 있었어도 공제가 막힙니다. 결국 적자 경험은 세금에서 한 푼도 반영되지 못합니다.
이 상황에서의 판단 포인트: 폐업하는 사업이 적자라면, 마지막 해라도 간편장부·복식부기로 장부를 정리해 결손금을 확정해 두는 것이 우선입니다. 그리고 재창업 사업이 이익을 내기 시작하면 추계가 아니라 장부로 신고해야 이월결손금을 공제할 수 있습니다.

3단계. 체납 정리 — 재창업의 발목을 잡는 가장 현실적인 문제

이전 사업의 부가세·소득세가 체납으로 남아 있으면, 새 사업을 시작할 때 직접적인 제약이 생깁니다.

체납이 있어도 사업자등록은 됩니다, 그러나

체납이 있다는 이유만으로 새 사업자등록이 거부되지는 않습니다. 문제는 그다음입니다. 다음과 같은 경우 체납이 없다는 사실을 증명하는 납세증명서를 제출해야 하는데(국세징수법 제107조), 체납이 있으면 이 증명서가 발급되지 않습니다.
국가·지방자치단체 또는 정부 관리기관으로부터 대금을 지급받는 경우 (관급공사·정부 조달·지원금 수령 등)
외국인이 체류기간 연장 등 일정한 체류 관련 허가를 신청하는 경우
해외이주를 위해 해외이주신고를 하는 경우
즉, 일반 소비자를 상대로 하는 사업은 체납 상태로도 운영이 가능하지만, 공공기관과 거래하거나 정부 지원사업에 참여하려면 체납이 곧 진입 장벽이 됩니다. 재창업하면서 정책자금이나 관급 거래를 염두에 두고 있다면 체납 정리가 선행되어야 합니다.

한 번에 내기 어렵다면 분할납부·기한연장

체납액을 한 번에 납부할 형편이 안 된다면, 일정한 사유가 있을 때 관할 세무서에 납부기한 연장 또는 분할납부를 신청할 수 있습니다(국세징수법 제13조). 인정되는 사유는 다음과 같습니다.
재난·도난으로 재산에 심한 손실을 입은 경우
사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도·도산의 우려가 있는 경우
본인 또는 동거가족이 6개월 이상 치료가 필요한 질병·중상해를 입었거나 사망해 상중인 경우
그 밖에 납부기한까지 납부하기 어렵다고 인정되는 경우
연장이 승인되면 그 사실이 납세증명서에도 기재되므로, 거래상 불이익을 일부 줄일 수 있습니다. 폐업으로 사업에 현저한 손실이 발생한 상황은 신청을 검토해 볼 만한 사유에 해당합니다.

4단계. 창업중소기업 세액감면 — 같은 업종 재개업은 "창업"이 아닙니다

재창업자가 기대하는 또 하나가 창업중소기업 세액감면입니다. 그러나 폐업했다가 다시 시작하는 경우, 이 감면은 상당수 막힙니다.

무엇이 "창업이 아닌가"

창업중소기업 세액감면은 감면 대상 업종으로 창업한 중소기업이 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 소득세·법인세를 감면하는 제도입니다(조세특례제한법 제6조 제1항). 그런데 같은 조 제10항은 다음에 해당하면 창업으로 보지 않는다고 명시합니다.
폐업 후 사업을 다시 시작해 폐업 전과 같은 종류의 사업을 하는 경우 (조특법 제6조 제10항 제3호)
합병·분할·현물출자·사업양수로 종전 사업을 승계하거나, 종전 사업에 쓰던 자산을 인수·매입해 같은 종류 사업을 하는 경우 (제6조 제10항 제1호)
거주자가 하던 사업을 법인으로 전환해 새 법인을 설립하는 경우 (제6조 제10항 제2호)
사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 등 새로운 사업의 최초 개시로 보기 곤란한 경우 (제6조 제10항 제4호)
재도전에서 가장 흔한 막힘은 제3호입니다. 카페를 접었다가 다시 카페를 여는 것, 옷가게를 정리했다가 다시 옷가게를 시작하는 것은 모두 "폐업 전과 같은 종류의 사업"이라 창업으로 인정되지 않습니다.

감면을 받을 수 있는 경우와 주의점

다음과 같은 경우에는 새로운 창업으로 인정될 여지가 있습니다.
업종을 실질적으로 바꾼 경우: 음식점을 접고 제조업을 시작하는 등, 폐업 전과 다른 종류의 사업을 새로 시작한 경우
자산 승계 규모가 작은 경우: 종전 사업에 쓰던 자산을 인수·매입해 같은 종류 사업을 하더라도, 그 자산가액이 사업 개시 당시 토지·건물·기계장치 등 사업용자산 총가액에서 차지하는 비율이 일정 기준 이하이면 예외적으로 창업으로 인정될 수 있습니다(제6조 제10항 제1호 단서)
다만 같은 업종인지 다른 업종인지, 자산 승계 비율이 기준 이내인지는 판단이 까다롭고 사후 소명 부담이 있는 영역입니다. 단순히 업종코드 한 자리를 바꾸는 식으로는 인정되지 않을 수 있으므로, 감면을 전제로 재창업 구조를 짜기 전에 세무대리인에게 확인하시기 바랍니다.

감면을 받더라도 과거 업력은 합산되지 않습니다

새로운 창업으로 인정되면, 감면 기간은 새 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도를 기준으로 다시 계산됩니다. 폐업한 이전 사업의 업력은 합산되지 않으므로, 재창업 시점부터 새롭게 감면 기간이 시작됩니다.

재기를 돕는 지원제도

폐업 후 재창업을 준비하는 소상공인은 점포철거비, 재창업 교육·사업화 자금 등을 단계별로 지원하는 정부 프로그램을 함께 활용할 수 있습니다. 세무 처리와 별개로 진행되므로, 폐업 신고·세금 정리와 병행해 검토하시기 바랍니다.

폐업에서 재창업까지, 순서대로 점검하기

폐업 신고를 하고 사업자등록증을 반납했다
폐업 전 미발행·미수취 세금계산서를 모두 정리했다
남은 재고·집기에 대한 잔존재화 부가가치세를 폐업 부가세 신고에 반영했다
폐업 연도 사업소득을 다음 해 5월 종합소득세로 신고할 자료를 보관했다
적자가 있었다면 마지막 해 장부를 정리해 결손금을 확정했다
이전 사업의 체납 여부를 확인하고, 필요하면 분할납부·기한연장을 신청했다
재창업이 같은 업종인지 다른 업종인지에 따라 창업감면 가능 여부를 확인했다

함께 보면 좋은 글

개인사업자 폐업 신고 절차와 주의사항: 폐업 신고와 마지막 세금 신고 절차를 단계별로 확인할 수 있습니다.
결손금이란 무엇인가?: 결손금과 이월결손금의 정의·공제 방법을 기초부터 정리한 글입니다.
이월결손금을 다 썼다면, 간편장부에서 단순경비율 추계로 전환할 때입니다: 추계 전환 시 이월결손금이 사라지는 이유와 전환 타이밍을 다룹니다.
분납이란 무엇인가?: 체납액을 한 번에 내기 어려울 때 활용하는 분할납부 제도를 안내합니다.
창업중소기업 세액감면 제도: 대상, 감면율, 신청 요건 총정리: 재창업이 창업으로 인정될 때 받을 수 있는 감면의 대상과 요건을 확인할 수 있습니다.
폐업 사업장 희망리턴패키지 지원 제도: 폐업·재창업 단계에서 활용할 수 있는 소상공인 지원제도를 안내합니다.

관련 법령

1.
부가가치세법 제10조 제6항 (재화 공급의 특례 – 폐업 시 잔존재화)
→ 사업자가 폐업할 때 자기가 생산·취득한 재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 보아 부가가치세를 과세합니다.
2.
부가가치세법 제8조 제8항 (사업자등록 – 휴업·폐업 신고)
→ 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 지체 없이 관할 세무서장에게 신고하도록 정하고 있습니다.
3.
소득세법 제45조 (결손금 및 이월결손금의 공제)
→ 결손금은 장부에 의해 계산한 경우에만 인정되며, 이월결손금은 발생 과세기간 종료일부터 15년 이내에 공제하고, 추계신고·추계조사결정 시에는 공제하지 않습니다.
4.
소득세법 제5조 제1항 (과세기간)
→ 소득세 과세기간은 폐업 여부와 무관하게 1월 1일부터 12월 31일까지이며, 폐업 연도 소득은 다음 해 5월에 신고합니다.
5.
조세특례제한법 제6조 제10항 (창업으로 보지 않는 경우)
→ 폐업 후 같은 종류의 사업을 다시 하거나, 종전 사업을 승계·자산 인수하여 같은 종류 사업을 하거나, 사업을 확장·업종 추가하는 경우 등은 창업으로 보지 않아 창업중소기업 세액감면 대상에서 제외됩니다.
6.
국세징수법 제107조 (납세증명서의 제출)제13조 (납부기한등의 연장)
→ 국가·지자체 대금 수령 등에는 체납이 없다는 납세증명서가 필요하며, 사업의 현저한 손실·부도 우려 등 사유가 있으면 납부기한 연장·분할납부를 신청할 수 있습니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
폐업과 재창업이 맞물려 결손금·체납·감면을 어떻게 정리해야 할지 막막하시면 세무법인청년들에서 단계별로 검토를 받으실 수 있습니다.