IT 중소기업이 R&D 세액공제를 처음 준비할 때 세무사와 함께 점검해야 할 전 과정을 컨설팅 시나리오로 정리합니다. 증빙을 갖추지 못하면 공제 전액이 부인됩니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
IT 분야 중소기업 법인을 운영하고 있다
소프트웨어 개발, 데이터 분석, AI, 클라우드 등 기술 기반 사업을 수행한다
연구개발 활동에 인건비를 연간 수천만 원 이상 지출하고 있다
아직 연구전담부서나 기업부설연구소를 설치하지 않았다
R&D 세액공제를 받고 싶지만 어디서부터 시작해야 할지 모르겠다
이미 연구전담부서가 있지만 증빙 체계가 제대로 갖춰져 있는지 확신이 없다
대표 상황 예시
직원 8명인 IT 법인을 운영하는 A 대표는 지인에게 "개발자 인건비로 R&D 세액공제를 받으면 법인세를 수백만 원 줄일 수 있다"는 이야기를 들었습니다. 하지만 연구전담부서가 무엇인지, 연구노트를 어떻게 써야 하는지 전혀 모르는 상태입니다. 개발자 4명이 고객 프로젝트 개발과 자체 솔루션 개발을 동시에 수행하고 있어, 인건비를 어떻게 나눠야 공제 대상이 되는지도 불분명합니다.
세무사에게 상담을 요청하며 이런 질문을 합니다. "우리 같은 회사도 R&D 공제를 받을 수 있습니까? 무엇부터 해야 합니까?"
이 글은 이 상담 과정을 처음부터 끝까지 따라가며, 각 단계에서 확인해야 할 사항과 증빙을 정리합니다.
1단계: 연구전담부서 vs 기업부설연구소–설립 유형 선택
R&D 세액공제를 받으려면 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 인정을 받아야 합니다. 두 유형 모두 조세특례제한법 제10조에 따른 공제율은 동일합니다.
인정 기준 비교
•
연구전담요원 (소기업) / 기업부설연구소: 3명 이상 (창업 3년 이내 2명) / 연구개발전담부서: 1명 이상
•
연구전담요원 (중기업) / 기업부설연구소: 5명 이상 / 연구개발전담부서: 1명 이상
•
연구 공간 / 기업부설연구소: 독립된 연구 공간 확보 필요 / 연구개발전담부서: 부서 단위 구분이면 인정 가능
•
설비 요건 / 기업부설연구소: 연구 전용 기자재 구비 / 연구개발전담부서: 상대적으로 완화
•
근거 법령 / 기업부설연구소: 기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 시행령 제6조 제1항 제1호 가목~마목 / 연구개발전담부서: 같은 조 같은 항 제1호 사목
소규모 IT 법인이라면 대부분 연구개발전담부서가 현실적입니다. 개발자 1명 이상이면 인정 기준을 충족하며, 별도의 독립 공간 없이도 부서 단위로 구분되어 있으면 설립이 가능합니다.
유의 사항
연구전담부서 인정을 받은 이후에도 인정기준을 계속 충족해야 합니다. 기준 미달 시 1개월 이상의 보완명령이 내려지며, 이행하지 않으면 인정이 취소됩니다(기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제7조 제5항, 제8조 제1항 제6호).
2단계: R&D 세액공제 구조 파악–일반연구 vs 신성장원천기술
조세특례제한법 제10조 제1항은 연구인력개발비를 세 가지로 구분합니다.
공제율 비교 (중소기업 기준)
•
일반 연구인력개발비 / 당기분: 25% / 증가분: 50% / 적용 기한: 기한 없음 (상시)
•
신성장원천기술 연구개발비 / 당기분: 30% + 수입금액 연동 (최대 40%) / 증가분: – / 적용 기한: 2029년 12월 31일까지
•
국가전략기술 연구개발비 / 당기분: 40% + 수입금액 연동 (최대 50%) / 증가분: – / 적용 기한: 2031년 12월 31일까지 (반도체)
일반적인 IT 중소기업은 일반 연구인력개발비(제10조 제1항 제3호)로 신청하는 경우가 대부분입니다. 다만 AI, 클라우드, 빅데이터, 블록체인, IoT 등이 조세특례제한법 시행령 별표 7(신성장원천기술)에 포함되어 있으므로, 해당 기술을 대상으로 한 연구개발이면 신성장원천기술 30%+ 적용이 가능합니다.
당기분과 증가분 유리 선택
일반 연구인력개발비에 한해, 납세자가 당기분 방식과 증가분 방식 중 유리한 쪽을 선택할 수 있습니다.
•
당기분 방식: 해당 과세연도 연구인력개발비 전액 x 25%
•
증가분 방식: (당기 연구인력개발비 - 직전 과세연도 연구인력개발비) x 50%
•
R&D 비용이 처음 발생하거나 전년 대비 크게 증가한 경우 / 유리한 방식: 증가분 50%
•
매년 안정적으로 R&D 비용을 지출하는 경우 / 유리한 방식: 당기분 25%
•
직전 4개 과세연도 R&D 비용이 없는 경우 / 유리한 방식: 당기분만 적용 가능
•
직전 연도 R&D 비용이 4년 연평균보다 적은 경우 / 유리한 방식: 당기분만 적용 가능
A 대표의 경우 올해 처음 연구전담부서를 설치한다면, 직전 4개 과세연도에 연구인력개발비가 없을 가능성이 높습니다. 이 경우 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 단서에 따라 당기분 방식(25%)만 선택 가능합니다.
3단계: 공제 대상 비용의 범위–별표 6
연구인력개발비의 구체적 범위는 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항이 인용하는 별표 6에 열거되어 있습니다. 주요 항목은 다음과 같습니다.
자체 연구개발 비용
•
인건비: 연구전담요원의 급여, 상여, 퇴직급여
•
사회보험료: 국민연금, 건강보험, 고용보험, 산재보험 사업자 부담분
•
연구용 재료비, 소모품비: 연구개발에 직접 사용한 원재료, 소모품
•
연구용 소프트웨어 사용료: 시행규칙이 정하는 연구 전용 소프트웨어
•
•
기술정보비: 기술 도입, 특허권/실용신안권 사용료
위탁/공동 연구개발 비용
대학, 국공립연구기관, 정부출연연구기관, 전담부서를 보유한 기업 등 시행규칙 제7조 제6항에 열거된 기관에 위탁한 연구개발비가 대상입니다.
제외 항목: ERP, POS 등 기업의 사업운영/관리/지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 공제 대상에서 제외됩니다(시행령 제9조 제3항 제2호).
비용에서 차감하는 항목
국가, 지방자치단체, 공공기관으로부터 출연금 등을 받아 지출한 연구개발비는 공제 대상에서 제외됩니다(시행령 제9조 제1항 단서).
4단계: 인건비 배분 기준–전담 인력과 겸임 인력
A 대표의 회사에서 개발자 4명이 고객 프로젝트와 자체 솔루션 개발을 동시에 수행하고 있다면, 인건비 배분이 공제 적격 판단의 핵심입니다.
전담 인력
연구전담부서에 등록된 연구전담요원이 연구개발 업무에만 전담하여 종사하는 경우, 해당 요원의 인건비 전액이 공제 대상입니다.
주의: 전담 종사 요건은 형식이 아니라 실질로 판단합니다. 연구전담요원으로 등록되어 있더라도 영업, 행정, 고객사 납품 관리 등을 겸하면 전담 요건을 충족하지 못합니다. 세무조사에서 업무일지, 이메일, 명함, 내부 결재 문서 등을 종합하여 실질을 확인합니다.
겸임 인력의 인건비 배분
신성장원천기술 연구와 일반연구를 동시에 수행하는 인력이 있으면, 근무시간을 구분 기록하여 안분합니다(시행규칙 제7조 제16항).
•
근무시간을 구분 기록하고 일반연구 비율이 50% 미만인 경우 / 처리: 시간 비율로 각각 안분
•
근무시간을 구분 기록하고 일반연구 비율이 50% 이상인 경우 / 처리: 전액 일반연구인력개발비
•
근무시간을 구분할 수 없는 경우 / 처리: 전액 일반연구인력개발비
IT 중소기업에서 현실적으로 근무시간을 정밀하게 구분하기 어렵다면, 일반 연구인력개발비로 일괄 신청하는 것이 안전합니다. 다만, 신성장원천기술 공제율(30%+)이 일반(25%)보다 높으므로 시간 기록 체계를 갖추면 공제액이 늘어날 수 있습니다.
5단계: 연구노트와 증빙 서류 세팅–세무조사 대비
필수 증빙 서류
조세특례제한법 시행령 제9조 제13항과 시행규칙 제7조 제17항에 따라, R&D 세액공제를 받으려면 과제별로 다음 서류를 작성하고 과세연도 종료일부터 5년간 보관해야 합니다.
•
연구개발계획서 / 작성 시점: 과제 착수 시 (연초) / 비고: 연구 목적, 방법, 투입 인력, 예상 비용
•
연구개발보고서 / 작성 시점: 과제 완료 시 (연말) / 비고: 연구 결과, 성과물, 후속 과제
•
연구노트 / 작성 시점: 수시 기록 / 비고: 일반 연구인력개발비만 신청하는 경우 면제
일반 연구인력개발비(제10조 제1항 제3호)만 적용받는 경우, 시행규칙 제7조 제17항 괄호 규정에 따라 연구노트는 작성 의무가 없습니다. 연구개발계획서와 연구개발보고서만 작성하면 됩니다.
단, 신성장원천기술이나 국가전략기술을 적용받는 경우에는 연구노트까지 필수입니다.
연구노트 작성 실무 (신성장원천기술 적용 시)
연구노트는 별지 제3호의2서식에 따라 작성합니다. 실무적으로 다음 내용이 포함되어야 합니다.
•
연구 수행 일자와 시간
•
수행한 연구 내용과 방법
•
실험 결과, 데이터, 코드 변경 이력
•
연구 과정에서 발생한 문제와 해결 방안
•
참여 연구원의 서명 또는 전자서명
세무조사 대비 핵심
과세 당국은 세무조사 시 다음을 종합하여 전담 종사 여부와 연구개발 실질을 확인합니다.
•
연구개발계획서와 보고서의 날짜 일관성 (소급 작성 여부)
•
연구전담요원의 실제 업무 내용 (이메일, 메신저, 출장 기록)
•
연구 과제와 실제 사업 활동의 구분 가능 여부
•
위탁연구 계약서와 실제 연구 결과물의 대응 관계
계획서를 소급하여 작성하면 날짜 불일치로 오히려 불리한 증거가 됩니다. 연도 시작 시점 또는 과제 착수 시점에 작성하고 서명하여 보관하는 것이 원칙입니다.
6단계: 위탁연구비 관리
외부 기관에 연구개발을 위탁하는 경우, 위탁연구비도 공제 대상입니다. 다만 위탁 대상 기관과 비용 항목에 제한이 있습니다.
위탁 가능 기관 (시행규칙 제7조 제6항)
1.
대학 또는 전문대학
2.
국공립연구기관
3.
정부출연연구기관
4.
비영리법인(부설 연구기관 포함)
5.
전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 연구기관
6.
전담부서를 보유한 기업 또는 국외기업 부설 연구기관
7.
연구산업을 영위하는 기업
위탁연구비 관리 체크리스트
위탁 기관이 위 목록에 해당하는지 확인하였는가
위수탁 계약서에 연구 과제명, 기간, 비용, 결과물이 명시되어 있는가
위탁 연구 결과물(보고서, 시제품, 데이터 등)이 실제로 수령되었는가
사업운영/관리/지원 목적의 시스템 개발(ERP, POS 등)이 아닌지 확인하였는가
재위탁이 이루어진 경우 재위탁 기관도 적격 기관인지 확인하였는가
위탁연구비는 계약서만으로는 부족합니다. 연구 결과물과 계약 내용이 대응되어야 하며, 결과물 없이 비용만 지출된 경우 공제가 부인될 수 있습니다.
7단계: 세액공제 신고 실무
신고 시 제출 서류
법인세 과세표준 신고 시 다음 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 합니다(시행령 제9조 제14항).
1.
세액공제신청서 (시행규칙 서식)
2.
연구 및 인력개발비 명세서
3.
연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 등 증거서류
구분경리 의무
신성장원천기술이나 국가전략기술 공제율을 적용받으려면, 신성장원천기술연구개발비, 국가전략기술연구개발비, 일반연구인력개발비를 별개의 회계로 구분경리해야 합니다(시행령 제9조 제12항).
구분경리를 하지 않으면 높은 공제율을 적용받을 수 없으므로, 연구전담부서 설치 시점부터 회계 계정을 분리하여 관리하는 것이 필요합니다.
사전심사 제도 활용
공제 적격 여부가 불확실한 경우, 법인세 신고 전에 국세청장에게 사전심사를 요청할 수 있습니다. 사전심사 결과에 따라 신고하면 과소신고 가산세가 면제됩니다(시행령 제9조 제17항).
8단계: 리스크 점검–증빙 부실과 인정 취소
증빙 부실 시 전액 부인
R&D 세액공제에서 가장 빈번한 문제는 증빙 부실로 인한 공제 전액 부인입니다. 다음의 경우 공제가 부인됩니다.
•
연구전담요원이 영업, 행정 업무를 겸직한 사실이 확인된 경우
•
연구개발계획서나 보고서가 없거나 소급 작성된 경우
•
위탁연구비의 결과물이 존재하지 않는 경우
•
연구 과제와 실제 사업 활동을 구분할 수 없는 경우
공제가 부인되면 이미 감면받은 세액 전액이 추징되고, 납부지연가산세까지 함께 부과됩니다.
연구전담부서 인정 취소 시 소급 추징
기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제8조에 따라 인정이 취소되는 경우, 취소 사유에 따라 소급 범위가 다릅니다.
•
거짓/부정한 방법으로 인정받은 경우 / 세액공제 부인 시점: 인정일이 속하는 과세연도 개시일부터 (소급)
•
보완명령 불이행, 연구 활동 부재 등 / 세액공제 부인 시점: 인정취소일 이후 발생 비용부터
•
기업 폐업, 연구소 폐쇄 / 세액공제 부인 시점: 인정취소일 이후 발생 비용부터
거짓이나 부정한 방법으로 인정받은 경우가 가장 위험합니다. 인정일까지 소급하여 그동안 공제받은 모든 세액이 추징됩니다.
연구전담요원 퇴사 시 대응
연구전담요원이 퇴사하여 인정기준(연구개발전담부서의 경우 1명 이상) 미달이 되면, 보완명령 기간 내에 새로운 연구전담요원을 확보해야 합니다. 보완하지 못하면 인정이 취소될 수 있으며, 취소 사유에 따라 소급 추징이 발생합니다. 연구전담요원이 1명뿐인 법인은 퇴사 리스크가 크므로 2명 이상을 확보하는 것이 안전합니다.
최저한세 확인
중소기업은 R&D 세액공제에 대해 최저한세가 적용되지 않습니다(조세특례제한법 제132조 제1항 제3호에서 "중소기업이 아닌 자만 해당"으로 명시). 따라서 중소기업은 공제액 전액을 법인세에서 차감할 수 있습니다.
함께 보면 좋은 글
•
연구인력개발비 세액공제란 무엇인가?: R&D 세액공제의 개념과 공제 대상 비용 범위를 정리한 기초 설명
•
R&D 세액공제 850만원 놓치지 않으려면–연구전담요원 요건과 증빙 4가지: 전담 종사 요건과 4가지 증빙 체크리스트에 집중한 실무 가이드
•
연구인력개발비 세액공제 사전심사 제도 안내: 사전심사 신청 절차와 가산세 면제 혜택 안내
•
법인세 공제감면 자가점검 9가지: R&D 세액공제를 포함한 법인세 신고 전 자가점검 항목
•
법인세 최저한세와 중소기업 공제감면: 공제액이 최저한세 한도와 어떻게 연동되는지 설명
관련 법령
1.
조세특례제한법 제10조 (연구인력개발비에 대한 세액공제)
→ 연구인력개발비의 공제율과 적용 요건의 핵심 근거 조문입니다. 중소기업은 일반 연구인력개발비에 대해 당기분 25% 또는 증가분 50%, 신성장원천기술은 30%+수입금액 연동 비율을 적용합니다.
2.
조세특례제한법 시행령 제9조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
→ 연구인력개발비의 구체적 범위(별표 6 인용), 구분경리 의무, 증거서류 작성 보관 의무(5년), 사전심사 요청 절차, 인정취소 시 공제 부인 시점을 규정합니다.
3.
조세특례제한법 시행규칙 제7조 (연구 및 인력개발비의 범위)
→ 연구전담부서등의 범위, 위탁 가능 기관, 겸임 인력의 인건비 안분 기준(근무시간 50% 기준), 연구노트 작성 의무(일반 연구인력개발비는 면제)를 규정합니다.
4.
기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제7조 및 제8조 (인정 및 인정취소)
→ 기업부설연구소와 연구개발전담부서의 인정 절차, 인정기준 미달 시 보완명령, 인정취소 사유 10가지를 규정합니다.
5.
기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 시행령 제6조 (인정기준)
→ 기업 규모별 연구전담요원 수(소기업 3명, 중기업 5명, 연구개발전담부서 1명)와 연구시설 기준을 정합니다.
6.
조세특례제한법 제132조 (최저한세)
→ R&D 세액공제 적용 후에도 최저한세액 이상을 납부해야 하는 요건을 규정합니다. 중소기업의 R&D 세액공제는 최저한세 적용 대상에서 제외됩니다(제3호에서 중소기업이 아닌 자만 해당).
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
R&D 세액공제 증빙 세팅이 필요하시면 세무법인청년들에서 상담을 받으실 수 있습니다.
세무법인청년들 | 원문: