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개인사업자 법인전환 완전정리 — 방법·효과·함정까지 한 번에

작성·감수: 세무법인청년들 김민호 세무사 (법인세 전문) · 최종 검토 2026-08-07
법인전환의 방법 3가지, 상황별 설계, 실제로 달라지는 것, 그리고 잘못하면 세금이 더 나오는 6대 함정을 한 페이지에 정리했습니다.
이 글은 2026년 8월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.

나에게 해당하는가?

다음 중 하나라도 해당하면 이 글이 도움이 됩니다.
종합소득세 고지서를 받고 법인전환을 처음 검토하기 시작했습니다
성실신고확인대상 통보를 받았거나 곧 대상이 될 것 같습니다
거래처·은행·입찰처에서 법인 사업자를 요구받았습니다
자녀 승계나 사업 매각을 5년에서 10년 안에 계획하고 있습니다
주변에서 들은 법인전환 방법이 우리 상황에 맞는지 확인하고 싶습니다
이 글은 법인전환 시리즈의 지도입니다. 순서대로 읽으셔도 되고, 아래 목차에서 본인 상황에 해당하는 섹션으로 바로 이동하셔도 됩니다.

검토를 시작할 신호 7가지

법인전환은 "해야 한다, 하지 말아야 한다"로 나뉘는 문제가 아닙니다. 아래 신호가 몇 개나 겹치는지가 검토 착수의 기준이 됩니다.
#: 1 / 신호: 종합소득세 실효세율이 법인세율 구간을 넘었습니다 / 왜 신호인가: 세율 역전이 검토의 출발점입니다
#: 2 / 신호: 성실신고확인대상이 되었거나 임박했습니다 / 왜 신호인가: 검증 부담과 비용이 급증합니다
#: 3 / 신호: 가족이 함께 일하고 있습니다 / 왜 신호인가: 급여를 통한 소득 분산 여지가 생깁니다
#: 4 / 신호: 대외 신용이 필요합니다 / 왜 신호인가: 입찰·납품·대출에서 법인 재무제표를 요구받습니다
#: 5 / 신호: 버는 돈이 쓰는 돈보다 확실히 많습니다 / 왜 신호인가: 법인에 이익을 남겨 둘 수 있어야 실익이 납니다
#: 6 / 신호: 10년 안에 승계나 매각 계획이 있습니다 / 왜 신호인가: 사업을 넘기는 것보다 주식을 넘기는 편이 단순합니다
#: 7 / 신호: 직원이 늘어 4대보험·인건비 관리가 복잡해졌습니다 / 왜 신호인가: 급여 체계를 법인 기준으로 정리할 시점입니다
개수가 많다고 곧바로 전환해야 하는 것은 아닙니다. 특히 5번이 충족되지 않으면 나머지가 모두 해당해도 실익이 크지 않습니다. 번 돈을 대부분 인출해 쓰신다면 법인 단계에서 한 번, 급여·배당 단계에서 또 한 번 과세되기 때문입니다.

개수와 무관하게 먼저 정해야 할 것 하나

사업용 부동산을 보유하고 계신지는 위 7개 신호와 성격이 다릅니다. 개수를 세는 항목이 아니라, 전환 방법·비용·함정을 통째로 갈라놓는 갈림길입니다.
건물을 법인에 함께 넘기는 설계 → 이월과세와 취득세 감면이 핵심 쟁점입니다
건물을 개인에 남기고 임대하는 설계 → 부가가치세와 임대료 책정이 핵심 쟁점입니다
같은 업종, 같은 매출이라도 이 선택 하나로 검토 항목이 절반 이상 달라집니다.
전환 여부 자체를 더 따져보고 싶으시다면 개인사업자 법인전환, 장단점과 판단 기준 총정리를, 시점 판단이 고민이시라면 개인사업자, 법인 전환 언제 해야 하나를 참고하십시오.

법인전환 방법 3가지

법인전환은 아무 방식이나 골라 쓰는 것이 아니라, 세법이 정한 요건을 갖춰야 혜택이 붙습니다.
방법: 일반 사업양수도 / 근거: 일반 세법 / 양도소득세: 과세 / 취득세: 과세 / 어울리는 상황: 사업용 부동산이 없고 절차를 단순하게 가려는 경우
방법: 세감면 사업양수도 / 근거: 조특법 제32조 / 양도소득세: 이월 / 취득세: 50% 경감 / 어울리는 상황: 부동산을 법인에 함께 넘기는 경우
방법: 현물출자 / 근거: 조특법 제32조 / 양도소득세: 이월 / 취득세: 50% 경감 / 어울리는 상황: 부동산 비중이 크고 감정·검사 절차를 감수할 수 있는 경우
방법: (참고) 중소기업 통합 / 근거: 조특법 제31조 / 양도소득세: 이월 / 취득세: 50% 경감 / 어울리는 상황: 기존 법인과 합치는 경우

세감면 사업양수도의 필수 요건 3가지

혜택이 큰 만큼 요건도 엄격합니다. 하나라도 어긋나면 일반 사업양수도가 되어 세금이 그대로 나옵니다.
1.
사업을 하던 본인이 발기인이 되어 법인을 설립해야 합니다
2.
법인설립일부터 3개월 이내에 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도해야 합니다
3.
자본금이 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 합니다
또한 소비성서비스업은 이월과세 대상에서 제외됩니다. 제외되는 업종은 호텔업·여관업과 일반유흥주점업·무도유흥주점업·단란주점 영업입니다. 일반음식점은 제외 대상이 아니므로 이월과세를 적용받을 수 있습니다.
각 방법의 개념은 사업양수도란 무엇인가현물출자란 무엇인가에서, 실제 진행 순서는 법인전환 절차와 초기 세팅 핵심 가이드에서 확인하실 수 있습니다.

대표 상황 예시: 건물을 가진 음식점

지방 소도시에서 한식당을 운영하는 사업주의 사례입니다. 실제 상담 내용을 각색했습니다.
장면. 매출이 늘어 종합소득세 부담이 커지자 법인 설립을 결정했습니다. 식당이 들어선 건물도 본인 소유입니다. 지인에게서 "사업용 자산은 정상가액으로 법인에 넘기고, 영업권은 따로 평가해서 3년에서 5년에 걸쳐 나눠 받으면 세금이 분산된다"는 구조를 전해 듣고 그대로 진행하려 했습니다.
혼란. 건물까지 법인에 넘겨야 하는지, 영업권 값을 얼마로 해야 문제가 없는지, 나눠 받으면 정말 세금이 나뉘는지가 명확하지 않았습니다.
판단. 확인해야 할 것은 세 가지였습니다.
건물을 법인에 넘기는지 여부. 영업권이 기타소득인지 양도소득인지가 여기서 갈립니다
영업권 대금을 확정 금액으로 정하는지 여부. 소득이 잡히는 시기가 달라집니다
건물을 빼고 사업만 넘기는지 여부. 부가가치세 부담 여부가 달라집니다
결론적으로 건물은 개인에 남기고 임대하는 구조를 택했고, 영업권은 기타소득으로 유지되었습니다. 다만 나눠 받아도 종합소득세는 첫 해에 전액 부과된다는 점, 건물을 빼고 넘기므로 부가가치세가 발생한다는 점을 미리 반영해 자금 계획을 다시 짰습니다.
이 사례에서 확인할 자료. 건물 등기부와 대출 현황, 최근 3년 재무제표, 영업권 평가 근거, 법인이 지급할 임대료의 주변 시세 자료입니다.

상황별로 어디부터 보아야 하는가

상황: 건물 있는 음식점 / 핵심 쟁점: 건물을 넘길지 남길지, 영업권 처리, 부가가치세 / 먼저 확인할 것: 위 대표 상황 예시와 아래 6대 함정 1·3·4번
상황: 공장 있는 제조업 / 핵심 쟁점: 이월과세와 취득세 감면을 함께 받는 설계 / 먼저 확인할 것: 세감면 사업양수도 요건 3가지, 함정 6번
상황: 임차로 운영하는 서비스업 / 핵심 쟁점: 넘길 자산이 적어 절차가 단순 / 먼저 확인할 것: 일반 사업양수도로 충분한지 여부
상황: 성실신고 직전 고소득 / 핵심 쟁점: 전환 시점 선택 / 먼저 확인할 것: 시점 판단 가이드와 함정 5번

법인전환하면 실제로 달라지는 것

영역: 세율 구조 / 달라지는 내용: 개인은 누진세율, 법인은 과세표준 구간별 법인세율이 적용됩니다. 다만 법인에서 개인으로 돈을 꺼낼 때 다시 과세됩니다
영역: 건강보험료 / 달라지는 내용: 대표자가 지역가입자에서 직장가입자로 바뀝니다. 장기적으로 유리한 경우가 많으나 전환한 해에는 정산 부담이 생깁니다
영역: 대외 신용 / 달라지는 내용: 법인 재무제표를 근거로 입찰·납품·대출 심사를 받게 됩니다
영역: 소득 분산과 승계 / 달라지는 내용: 가족 급여, 배당, 주식 이전이라는 선택지가 생깁니다
세부담 비교와 판단 기준은 개인사업자 법인전환, 장단점과 판단 기준 총정리에서 다룹니다. 전환 직후 놓치기 쉬운 실무는 법인 전환 시, 차량 보험 공백을 주의를 함께 보십시오.

잘못하면 이렇게 됩니다 — 6대 함정

법인전환에서 세금이 더 나오는 경우는 대부분 아래 여섯 가지에서 나옵니다.

1. 영업권을 나눠 받으면 세금도 나뉜다는 착각

세금 종류마다 시점 규정이 다릅니다. 부가가치세와 원천징수는 지급 시점에 따라 나뉘지만, 종합소득세만 나뉘지 않습니다.
금액을 확정해 계약하면 소득세법 시행령 제50조 제1항 제1호의 원칙이 적용되어, 법인에 넘겨준 날 또는 법인이 쓰기 시작한 날이 속하는 해에 전액이 소득으로 잡힙니다. 돈은 3년에서 5년에 걸쳐 들어오는데 세금은 첫 해에 한 번에 냅니다.
반대로 "매출의 몇 퍼센트"처럼 금액을 정하지 않는 구조로 짜면 시기는 나뉘지만, 거래 자체가 매각이 아니라 동업으로 재구성될 위험이 붙습니다.

2. 영업권 가격을 임의로 정하는 것

본인이 본인 법인에 파는 특수관계 거래이므로 가격의 객관성이 관건입니다. 지켜야 할 원칙은 세 가지입니다.
감정평가 등 객관적 근거를 남길 것
한 번 정한 금액을 나중에 깎지 말 것
0원으로 두지 말 것. 별도로 평가하지 않았더라도 사회통념상 함께 양도된 영업권이 있다고 보아 과세한 사례가 있습니다
상세한 평가 방법과 과세 구조는 개인사업자 영업권 양도와 법인전환에서 다룹니다.

3. 부동산을 나중에 넘기면 괜찮다는 생각

영업권만 넘기면 기타소득이지만, 사업에 쓰던 토지·건물과 함께 양도하면 양도소득으로 바뀝니다. 여기서 "함께"는 계약서가 몇 장인지로 판단하지 않습니다.
영업권을 먼저 넘기고 2년 뒤에 부동산을 넘긴 사례에서도, 처음부터 나눠 팔 의사가 없었고 총액을 미리 합의했다는 이유로 하나의 거래로 묶여 양도소득세가 부과되었습니다. 계약을 나누고 시점을 벌리는 것만으로는 해결되지 않습니다.

4. 건물을 빼고 넘겨도 부가세가 없다는 오해

사업을 통째로 넘기면 부가가치세를 매기지 않는 제도가 있지만, 사업에 쓰는 건물을 빼고 넘기면 이 제도가 적용되지 않습니다. 사업 전부를 넘긴 것으로 보지 않기 때문입니다.
따라서 영업권과 시설·비품을 넘기는 값에 부가가치세가 붙고 세금계산서를 발급해야 합니다. 다만 법인이 매입세액으로 공제받으므로 최종 손실이 아니라 자금이 잠시 묶이는 문제입니다.

5. 법인전환도 창업이라는 착각

새 법인을 만들고 사업자등록도 새로 하니 창업처럼 보이지만, 세법은 그렇게 보지 않습니다. 조세특례제한법 제6조 제10항 제2호는 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우를 창업으로 보지 않는다고 못박고 있습니다.
창업중소기업 세액감면을 전제로 자금 계획을 세우면 추후 부인당할 수 있습니다. 자세한 내용은 개인사업자에서 법인 전환, 창업감면 받을 수 있을까를 참고하십시오.

6. 이월과세와 취득세 감면의 5년 사후관리

이월과세는 세금이 없어지는 제도가 아니라 미뤄지는 제도입니다. 설립등기일부터 5년 이내에 사업을 폐지하거나 주식을 처분하면 미뤄둔 세액을 납부해야 합니다.
취득세 감면에도 같은 성격의 조건이 붙습니다. 취득일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 폐업하거나 해당 재산을 처분하거나 임대하면 감면받은 취득세가 추징됩니다. 감면받은 건물을 나중에 임대로 돌리는 경우가 대표적인 사고 유형입니다.
사후관리 항목은 법인전환 후 5년 안에 폐업하면 벌어지는 일에 정리되어 있습니다.

검토를 의뢰하실 때 준비할 자료

최근 3개년 재무제표와 종합소득세 신고서
사업용 부동산 등기부등본과 대출 잔액·조건
가족의 근무 여부와 급여 지급 내역
임차 사업장인 경우 임대차계약서와 권리금 관련 자료
승계 또는 매각 계획의 유무와 예상 시기
위 자료가 준비되면 방법 선택부터 예상 세액, 자금 계획까지 한 번에 검토할 수 있습니다. 자료가 부족한 상태에서 방법을 먼저 정하면, 요건 하나가 어긋나 혜택 전체를 놓치는 일이 생깁니다.

함께 보면 좋은 글

개인사업자 법인전환, 장단점과 판단 기준 총정리: 전환 여부 자체를 판단하는 기준을 다룹니다
법인전환 절차와 초기 세팅 핵심 가이드: 방법을 정한 뒤 실제 진행 순서를 확인할 수 있습니다
권리금 주고받을 때 세금: 제3자에게 사업을 넘길 때의 권리금 과세를 다룹니다

관련 법령

1.
조세특례제한법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)
→ 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업 양도·양수 방법으로 법인전환하면 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있습니다. 사업을 하던 자가 발기인이 되어 순자산가액 이상을 출자해 법인을 설립하고 법인설립일부터 3개월 이내에 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도해야 하며, 호텔업·여관업과 일반유흥주점업·무도유흥주점업·단란주점 영업은 제외됩니다. 설립등기일부터 5년 이내에 일정 사유가 발생하면 이월과세액을 납부해야 합니다.
2.
지방세특례제한법 제57조의2 (기업합병·분할 등에 대한 감면)
→ 조세특례제한법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수로 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산은 취득세의 50%를 경감받습니다. 부동산 임대 및 공급업은 제외되며, 취득일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 폐업하거나 해당 재산을 처분·임대하면 경감받은 취득세가 추징됩니다.
3.
조세특례제한법 제6조 제10항 (창업중소기업 등에 대한 세액감면)
→ 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우는 창업으로 보지 않습니다. 사업 양수를 통해 종전 사업을 승계하거나 폐업 후 같은 종류의 사업을 다시 개시하는 경우도 창업에서 제외됩니다.
4.
소득세법 시행령 제50조 제1항 제1호 (기타소득 등의 수입시기)
→ 영업권 양도에 따른 기타소득의 수입시기는 대금을 청산한 날, 자산을 인도한 날, 사용·수익일 중 가장 빠른 날입니다. 대금이 확정되지 않은 경우에만 예외적으로 대금 지급일을 수입시기로 봅니다.
5.
부가가치세법 제10조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제23조 (재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도)
→ 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우 재화의 공급으로 보지 않습니다. 미수금, 미지급금, 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물은 제외하고 넘겨도 포괄승계로 인정됩니다.
위 조문은 2026년 8월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
법인전환은 방법을 고르는 일이 아니라 요건을 맞추는 일이며, 세무법인청년들은 자료 확인 단계부터 사후관리 5년까지를 하나의 설계로 봅니다.
세무법인청년들 | 원문: https://www.watax.kr/corp-tax/incorporation-complete-guide