임대주택·미분양주택·사원용주택·기숙사 등 정책상 합산이 부적합한 주택은 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 합산배제 신고를 해야 종합부동산세 합산 대상에서 제외됩니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 합산배제 신청 대상입니다.
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「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 임대사업자 등록을 하고 주택을 임대 중인 개인 또는 법인
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종업원에게 무상 또는 저가로 사택을 제공하는 사용자(법인 포함)
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「건축법 시행령」에 따른 기숙사를 보유한 사업자
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주택건설사업자로서 사업계획승인 또는 건축허가를 받아 건축한 미분양주택을 보유 중인 자
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「영유아보육법」에 따른 어린이집을 5년 이상 운영하는 어린이집용 주택 소유자
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노인복지주택·문화유산 등록 주택·향교재단 소유 주택 부속토지 등 정책 목적 주택을 보유한 자
위에 해당하더라도 9월 16일부터 9월 30일까지 신고하지 않으면 합산배제가 적용되지 않습니다.
종합부동산세 합산배제란
종합부동산세는 인별로 소유한 주택의 공시가격 합계가 일정 금액(1세대 1주택자 12억 원, 그 외 9억 원)을 초과하면 부과되는 국세입니다. 그런데 정책 목적상 합산하는 것이 부적합한 주택이 존재합니다. 임대사업자가 장기 임대하는 주택, 종업원 사택, 건설사가 분양 대기 중인 미분양주택 등이 그 예입니다.
이런 주택들을 다른 주택과 합산해 과세하면 정책 취지에 어긋나므로, 종합부동산세법 제8조제2항은 일정 요건을 갖춘 주택을 합산 과세표준 산정에서 제외합니다. 이 절차가 합산배제입니다. 합산배제 대상 주택은 보유 중이라도 종부세 합산에서 빠지므로, 공시가격이 9억 원을 넘더라도 다른 합산 대상 주택과 합쳐지지 않습니다.
다만 합산배제는 자동 적용이 아닙니다. 납세의무자가 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 관할세무서장에게 합산배제 신고서를 제출해야 적용됩니다(종합부동산세법 제8조제3항).
신청 기한 — 6월 1일과 9월 30일을 혼동하지 마십시오
종부세 일정에서 두 개의 핵심 날짜를 구분해야 합니다.
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과세기준일 / 매년 6월 1일 — 종합부동산세법 제3조, 지방세법 제114조 / 종부세 부과 대상 자산을 확정하는 기준일. 이 날 소유한 주택에 대해 종부세 부과
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합산배제 신고기간 / 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 — 종합부동산세법 제8조제3항 / 합산배제 대상 주택을 신고하는 법정 기한
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고지서 발송 / 매년 11월 25일경 — 종합부동산세법 시행령 / 합산배제 신고 결과를 반영한 세액 고지
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납부기한 / 매년 12월 1일부터 12월 15일까지 — 종합부동산세법 / 고지받은 세액 납부 또는 자진 신고·납부
6월 1일은 합산배제 신청일이 아닙니다. 6월 1일은 종부세 부과 대상을 확정하는 과세기준일이며, 이 시점에 합산배제 요건을 모두 충족한 주택이라야 9월 신고가 가능합니다. 따라서 임대사업자라면 6월 1일 이전까지 임대사업자 등록과 사업자등록을 마치고 임대를 개시해야 합니다.
시행령 제3조제1항 단서는 예외를 둡니다. 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 9월 30일 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 마치면 해당 연도 과세기준일 현재 사업자등록을 한 것으로 봅니다. 따라서 6월 1일 시점에 임대는 시작했지만 사업자등록이 늦어진 경우, 9월 30일까지 등록을 완료하면 그해 합산배제가 가능합니다.
6월부터 9월까지 — 사업자가 챙겨야 할 일
6월 1일이 지나면 종부세 합산배제 신청을 위한 준비 작업이 본격적으로 시작됩니다.
1.
6월 1일 — 보유 주택 현황 확정. 매도·매수 계획이 있다면 6월 1일 이전 또는 이후로 시점 조정 검토
2.
6월–7월 — 임대주택의 임대료 증액률 점검(연 5% 초과 여부), 임대차계약서 정비, 임대사업자 등록 누락 여부 확인
3.
7월–8월 — 합산배제 대상 주택 목록 정리, 공시가격 확인(공동주택가격 공시는 4월, 단독주택은 4월말 공시), 요건 미달 주택 사전 식별
4.
9월 16일–9월 30일 — 홈택스 또는 서면으로 합산배제 신고서 제출, 입증 서류 첨부
5.
11월 25일경 — 고지서 수령 후 합산배제 반영 여부 검증
6.
12월 1일–15일 — 고지 세액 납부 또는 합산배제 누락 시 자진 신고·납부로 정정
특히 임대료 증액률은 합산배제 박탈로 이어지는 가장 흔한 사유입니다. 시행령 제3조제8항은 임대료 5% 한도를 초과한 과세연도를 포함해 연속 2개 과세연도까지 합산배제에서 제외한다고 정하므로, 7월~8월 사이에 임대료 증액 내역을 반드시 점검하십시오.
합산배제 임대주택 요건 — 시행령 제3조
합산배제 임대주택은 임대사업자 등록과 사업자등록을 모두 갖춘 자가 임대하는 주택 중 다음 요건을 충족한 것에 한합니다. 시행령 제3조제1항에 11개 호로 구분되어 있으며, 핵심만 정리하면 다음과 같습니다.
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건설임대주택(2호 이상) — 공시가격 한도: 9억 원(30호 이상 12억 원) / 임대 의무기간: 5년 이상 / 면적: 전용 149㎡ 이하
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매입임대주택 — 공시가격 한도: 등록 시기·지역별 차등 / 임대 의무기간: 5년 이상 / 면적: 제한 없음
•
장기일반민간임대주택등(건설) — 공시가격 한도: 9억 원(30호 이상 12억 원) / 임대 의무기간: 10년 이상 / 면적: 전용 149㎡ 이하
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장기일반민간임대주택등(매입) — 공시가격 한도: 등록 시기·지역별 차등 / 임대 의무기간: 10년 이상 / 면적: 제한 없음
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단기민간임대주택(건설) — 공시가격 한도: 6억 원 / 임대 의무기간: 6년 이상 / 면적: 전용 149㎡ 이하
•
단기민간임대주택(매입) — 공시가격 한도: 시행령에서 별도 규정 / 임대 의무기간: 6년 이상 / 면적: 제한 없음
공통 요건은 다음 세 가지입니다.
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임대사업자 등록 + 사업자등록 모두 완료
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의무 임대기간 동안 계속 임대
•
임대료 증가율 연 5% 이하
세 가지 중 하나라도 위반하면 합산배제가 박탈되며, 이미 받은 합산배제 세액이 추징될 수 있습니다.
임대료 5% 한도 — 가장 빈번한 박탈 사유
시행령 제3조제1항 각 호 다목은 임대료 증가율을 100분의 5로 제한합니다. 이 규정의 세부 운용은 다음과 같습니다.
•
임대차계약 체결 또는 약정한 임대료 증액 후 1년 이내에는 재차 증액 청구 불가
•
임대보증금과 월임대료를 상호 전환하는 경우 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항이 정한 기준 준용
•
5% 한도 초과 시 해당 과세연도를 포함하여 연속 2개 과세연도 합산배제 제외(시행령 제3조제8항)
합산배제 사원용주택등 요건 — 시행령 제4조
임대주택이 아닌 정책 목적 주택은 시행령 제4조에 27개 호로 열거되어 있습니다. 실무에서 자주 쓰이는 유형은 다음과 같습니다.
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사원용주택 — 종업원에게 무상·저가 제공, 국민주택규모 이하 또는 공시가격 6억 원 이하 / 시행령 제4조제1항제1호
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기숙사 — 「건축법 시행령」 별표 1 제2호 라목의 기숙사 / 시행령 제4조제1항제2호
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미분양주택(시행사) — 사업계획승인 또는 건축허가를 받은 자가 건축하여 소유 / 시행령 제4조제1항제3호
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미분양주택(시공자) — 시공자가 공사대금으로 받은 미분양주택, 재산세 납세의무 최초 성립일부터 5년 이내 / 시행령 제4조제1항제5호
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어린이집용 주택 — 인가 어린이집·국공립어린이집 운영, 고유번호 부여 후 5년 이상 계속 운영 / 시행령 제4조제1항제4호
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노인복지주택 — 노인복지법에 따른 노인복지주택 / 시행령 제4조제1항제12호
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등록문화유산 — 근현대문화유산법에 따른 등록문화유산 / 시행령 제4조제1항제8호
사원용주택은 사용자가 법인인 경우 해당 법인의 주주·출자자인 임원에게 제공하는 주택은 제외됩니다. 다만 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주는 예외이므로, 사주 본인이 거주하는 주택을 사원용주택으로 신고하는 것은 원칙적으로 불가능합니다.
미분양주택은 사업계획승인 또는 건축허가를 받은 자가 건축한 주택이어야 하며, 시공자가 공사대금으로 받은 미분양주택은 별도 조항으로 5년 한정 합산배제됩니다. 이는 분양 지연으로 사업주체가 보유하게 된 주택의 종부세 부담을 완화하기 위한 조항입니다.
합산배제 신고 절차
신고 방법
홈택스 전자 신고가 일반적입니다.
1.
홈택스 접속 → 신고/납부 → 종합부동산세 → 합산배제 신고
2.
임대주택 합산배제 신고 또는 사원용주택등 합산배제 신고 선택
3.
보유 주택 목록 입력 또는 불러오기
4.
합산배제 대상 주택을 선택하고 유형 분류
5.
입증 서류 첨부 후 전자 제출
서면 신고는 관할세무서에 시행규칙이 정한 신고서 양식을 작성하여 제출합니다.
필요 서류
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임대주택: 임대사업자 등록증 사본, 임대차계약서 사본, 표준임대조건 등록 증빙, 임대료 증액률 입증 서류
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미분양주택: 사업계획승인서 또는 건축허가서 사본, 시공자의 경우 공사대금 정산 증빙
•
사원용주택: 종업원 명단, 무상·저가 제공 입증 서류, 사용자-종업원 관계 증빙
•
어린이집용 주택: 어린이집 인가서 또는 운영 위탁 계약서, 고유번호증, 5년 이상 운영 입증
•
소재 지역 요건이 있는 경우: 미분양주택 확인서(시장·군수·구청장 발급) 사본
매년 다시 신고해야 하나
최초 합산배제 신고를 한 다음 해부터는 시행규칙에서 정한 사항에 변동이 없으면 신고를 생략할 수 있습니다(시행령 제3조제9항, 제4조제5항). 다만 다음과 같은 변동이 있으면 변동 신고를 제출해야 합니다.
•
임대주택 수 증감(취득·양도·멸실)
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임대료 변경
•
임대 의무기간 도과 또는 중단
•
주택 면적·공시가격 변동
•
사업자등록 사항 변경
•
어린이집 운영 중단 또는 의무운영기간 도과
변동 신고도 동일하게 9월 16일부터 9월 30일까지 제출해야 하며, 누락 시 변동 사항이 반영되지 않아 합산배제가 박탈될 수 있습니다.
합산배제 신고를 놓치면
9월 30일까지 신고하지 못하면 해당 연도 합산배제는 적용되지 않습니다. 11월 25일경 도착하는 고지서에는 보유 중인 모든 주택의 공시가격이 합산된 세액이 표시됩니다.
다만 종부세는 고지가 아닌 자진 신고·납부도 허용됩니다. 12월 1일부터 12월 15일까지 사이에 자진 신고를 통해 합산배제를 반영한 세액으로 정정할 수 있습니다. 이 경우 합산배제 요건을 모두 갖춘 주택이라야 정정이 가능하며, 시점이 지났다는 이유로 자동 거절되지는 않습니다.
자진 신고로 정정하더라도 시간적 손실은 크므로, 9월 신고기간을 놓치지 않는 것이 가장 중요합니다. 임대료 5% 한도 위반처럼 사후 정정이 불가능한 사유로 박탈되면 자진 신고로도 회복이 안 되므로, 사전 점검이 필요합니다.
실무 사례 — 임대료 5% 초과로 합산배제 박탈
서울에서 매입임대주택 5호를 보유한 A씨는 임대사업자 등록을 마치고 4년간 합산배제를 받아왔습니다. 그런데 2025년 임대차계약 갱신 과정에서 한 호의 보증금을 1억 원에서 1억 1,000만 원으로 10% 인상했습니다. 임대료 증가율이 5%를 초과한 것입니다.
A씨는 9월 합산배제 신고를 평소처럼 제출했으나, 국세청은 2026년 종부세 부과 시 해당 주택을 합산배제에서 제외했습니다. 시행령 제3조제8항에 따라 위반한 과세연도(2025년)와 다음 과세연도(2026년)까지 합산배제 적용이 차단된 결과입니다. 2026년에 부과된 추가 종부세는 1,200만 원이었습니다.
A씨는 다음과 같은 조치를 했어야 했습니다.
•
임대료 증액 전 사전에 5% 한도 계산
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보증금-월세 전환이 필요하면 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 기준 준용 후 적용
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임차인 합의로 5% 이내 재조정
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5% 초과가 불가피하다면 해당 주택만 합산배제 대상에서 사전 제외
이 사례에서 보듯, 합산배제는 한 번 박탈되면 회복이 어렵습니다. 신고 시점이 아니라 평시 운영 단계에서 요건 관리가 핵심입니다.
함께 보면 좋은 글
•
종합부동산세 납부 대상과 고지·분납 방법 (https://www.watax.kr/tax-payment/comprehensive-property-tax-payment) — 합산배제 신고 결과가 반영된 12월 고지·납부 단계
•
•
월세 임대소득 종합소득세 신고와 분리과세 선택 기준 (https://www.watax.kr/income-tax/rental-income-tax-separate-taxation) — 임대주택 보유자의 종소세 신고
관련 법령
1.
종합부동산세법 제3조 (과세기준일) — 종합부동산세의 과세기준일은 지방세법 제114조에 따른 재산세 과세기준일과 동일한 매년 6월 1일입니다.
2.
종합부동산세법 제8조제2항 (합산배제 대상 주택) — 민간임대주택·공공임대주택 등 일정 요건을 갖춘 임대주택, 종업원용 기숙사·사원용 주택, 미분양주택, 가정어린이집용 주택 등은 종부세 과세표준 합산 대상에서 제외됩니다.
3.
종합부동산세법 제8조제3항 (합산배제 신고 기한) — 합산배제 대상 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 관할세무서장에게 주택의 보유현황을 신고해야 합니다.
4.
종합부동산세법 시행령 제3조 (합산배제 임대주택) — 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 자가 임대하는 일정 요건의 주택을 합산배제 임대주택으로 규정하며, 공시가격 한도·임대 의무기간·임대료 5% 증액 한도 등 세부 요건을 정합니다. 임대료 5% 한도를 위반한 경우 해당 과세연도를 포함해 연속 2개 과세연도까지 합산배제에서 제외됩니다(같은 조 제8항).
5.
종합부동산세법 시행령 제4조 (합산배제 사원용주택등) — 사원용주택, 기숙사, 미분양주택, 어린이집용 주택, 노인복지주택 등 정책 목적상 합산이 부적합한 27개 유형의 주택을 합산배제 대상으로 규정합니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
합산배제는 종부세 부담의 핵심 변수이지만, 한 번 박탈되면 회복이 어려우므로 임대료 5% 한도와 의무 임대기간 관리를 평시에 점검하시기 바랍니다. 세무법인청년들은 임대사업자·법인·건설사의 합산배제 신고와 변동 신고 실무를 지원하고 있습니다.
세무법인청년들 | 원문: