산출세액에서 일정 금액을 직접 빼 주는 제도. 소득공제가 과세표준을 줄이는 것과 달리, 세액공제는 세금 자체를 차감한다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
세액공제란 무엇인가?
세액공제는 종합소득세 계산 과정에서 산출세액이 확정된 뒤, 거기서 일정 금액을 직접 빼 주는 항목입니다. 종합소득세는 '종합소득금액 - 소득공제 = 과세표준 → 세율 적용 = 산출세액 - 세액공제 = 결정세액' 순서로 계산되는데, 소득공제는 세율을 곱하기 전 단계에서 과세표준을 줄이고, 세액공제는 세율을 곱한 후 단계에서 세금 자체를 줄입니다. 같은 100만 원이라도 소득공제 100만 원은 해당 금액에 적용되는 세율만큼만 세금이 줄지만, 세액공제 100만 원은 납부할 세금에서 100만 원이 그대로 빠집니다.
소득세법상 주요 세액공제에는 자녀세액공제(소득세법 제59조의2), 연금계좌세액공제(소득세법 제59조의3), 특별세액공제(보험료·의료비·교육비·기부금, 소득세법 제59조의4), 근로소득세액공제(소득세법 제59조)가 있습니다. 조세특례제한법에 따른 중소기업 특별세액감면(조세특례제한법 제7조)도 산출세액에서 감면 비율만큼 차감하는 구조입니다. 단, 세액공제 합계가 산출세액을 초과하는 경우 초과분은 환급되지 않고 소멸하는 것이 원칙이며, 항목별로 공제 한도와 적용 요건이 다릅니다.
적용예
연간 종합소득금액이 5,000만 원인 근로소득자 A 씨를 가정합니다. 소득공제(인적공제·국민연금 등) 합계가 1,200만 원이면 과세표준은 3,800만 원이고, 기본세율(소득세법 제55조)을 적용한 산출세액은 약 460만 원입니다.
A 씨가 연금저축에 연 600만 원을 납입하면 연금계좌세액공제로 90만 원(600만 원 × 15%, 종합소득금액 4,500만 원 이하 적용)이 산출세액에서 빠집니다. 여기에 자녀 1명(13세 이상)의 자녀세액공제 25만 원까지 합하면 결정세액은 약 345만 원이 됩니다. 같은 A 씨가 연금저축 대신 소득공제 항목으로 600만 원을 추가 공제받았다면 과세표준이 3,200만 원으로 줄어 산출세액은 약 370만 원이 되어, 절세 효과는 약 90만 원(세액공제)과 약 90만 원(소득공제, 해당 구간 세율 15%)으로 비슷해 보이지만 한계세율이 24% 구간인 납세자라면 세액공제 쪽이 더 유리합니다.
개인사업자 B 씨가 조세특례제한법 제7조에 따른 중소기업 특별세액감면 대상(수도권 소기업, 감면 비율 20%)이라면 해당 사업장 소득에 대한 산출세액의 20%가 감면됩니다. 산출세액이 800만 원이면 160만 원이 감면되어 결정세액은 640만 원입니다. 다만 감면 한도는 1억 원이며, 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소한 경우 감소 인원 1명당 500만 원씩 한도가 줄어듭니다(조세특례제한법 제7조 제1항 제3호).
오해사례
가장 흔한 오해는 소득공제 금액과 세액공제 금액의 효과를 동일하게 보는 것입니다. 소득공제 100만 원은 본인의 한계세율(6%에서 45%)에 따라 절세 효과가 6만 원에서 45만 원 사이로 달라지지만, 세액공제 100만 원은 세율에 관계없이 세금이 100만 원 줄어듭니다. 따라서 낮은 세율 구간에 있는 납세자일수록 세액공제의 상대적 이점이 큽니다.
또 다른 오해는 근로소득자만 세액공제를 받을 수 있다는 것입니다. 근로소득세액공제(소득세법 제59조)와 특별세액공제 중 보험료·의료비·교육비 항목(소득세법 제59조의4 제1항 내지 제3항)은 근로소득자 전용이지만, 자녀세액공제(소득세법 제59조의2)와 연금계좌세액공제(소득세법 제59조의3)는 종합소득이 있는 거주자라면 개인사업자·프리랜서도 적용 대상입니다. 개인사업자가 특별세액공제를 신청하지 않는 경우에는 표준세액공제 연 7만 원(성실사업자는 12만 원)이 적용됩니다(소득세법 제59조의4 제9항 제2호).
관련 법령 및 판례
1.
소득세법 제59조 (근로소득세액공제) → 근로소득 산출세액에서 일정 금액을 공제하되, 총급여액 구간별로 공제 한도(최대 74만 원에서 최소 20만 원)를 둡니다.
2.
소득세법 제59조의2 (자녀세액공제) → 13세 이상 공제대상 자녀·손자녀에 대해 1명 25만 원, 2명 55만 원, 3명 이상은 추가 1명당 40만 원을 산출세액에서 공제합니다. 출산·입양 시 첫째 30만 원, 둘째 50만 원, 셋째 이상 70만 원이 추가됩니다.
3.
소득세법 제59조의3 (연금계좌세액공제) → 연금저축 연 600만 원, 퇴직연금 합산 연 900만 원 한도 내 납입액의 12%(종합소득금액 4,500만 원 이하 시 15%)를 산출세액에서 공제합니다.
4.
소득세법 제59조의4 (특별세액공제) → 보험료(12%, 장애인전용 15%), 의료비(15%, 난임시술 30%), 교육비(15%), 기부금(15%, 1천만 원 초과분 30%)을 각각 한도 내에서 산출세액에서 공제합니다. 공제를 신청하지 않으면 표준세액공제(근로소득자 13만 원, 사업소득자 7만 원)가 적용됩니다.
5.
조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면) → 중소기업이 감면 업종을 경영하는 경우 소득세 산출세액의 10%에서 30%(소기업·중기업, 수도권·비수도권 구분)를 감면합니다. 감면 한도는 1억 원이며, 시행령 제7조에서 소기업 기준·감면 업종 세부 범위를 정합니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 세액공제와 관련된 사업자 신고·검토를 함께 살펴드립니다.