통합고용세액공제로 수천만 원의 세액공제를 받았더라도, 사후관리 기간에 상시근로자 수가 줄면 공제세액을 고스란히 토해내야 합니다. 추징 구조와 방어 전략을 미리 파악하십시오.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글을 끝까지 확인해야 합니다.
통합고용세액공제(구 고용증대세액공제 포함)를 받은 적이 있습니까?
공제받은 뒤 퇴사자가 발생하여 상시근로자 수가 줄었거나 줄 가능성이 있습니까?
정규직 전환 공제 또는 육아휴직 복귀자 공제를 받았는데, 해당 직원이 2년 이내에 퇴사할 수 있습니까?
올해 상시근로자 수가 작년보다 감소할 것으로 예상됩니까?
대표 상황 예시
중소기업 A법인은 2024년 과세연도에 상시근로자가 전년 대비 3명 증가하여 통합고용세액공제 기본공제를 신청하였습니다. 수도권 소재, 청년등 상시근로자 2명 + 일반 상시근로자 1명이 증가하여 1인당 공제금액을 3년간 적용받게 되었습니다.
그런데 2025년 과세연도 중 청년 직원 1명이 퇴사하고, 경력직 1명도 계약 만료로 퇴직하였습니다. A법인은 연말까지 대체 인력을 채용하지 못하여 2025년 연평균 상시근로자 수가 2024년보다 2명 감소하였습니다.
이 경우 A법인은 2025년 과세표준 신고 시 감소한 2명에 대한 1인당 공제금액을 추징세액으로 납부해야 합니다. 법인세 신고서에 추징세액을 반영하고, 세액공제신청서와 상시근로자 명세서를 다시 정리하여 제출해야 합니다. 만약 퇴사 직후 대체 인력을 채용하여 연평균 상시근로자 수를 유지했다면 추징을 피할 수 있었습니다.
사후관리의 두 가지 트랙
통합고용세액공제의 사후관리는 기본공제 트랙과 추가공제 트랙으로 나뉩니다. 두 트랙의 추징 구조가 다르므로 구분하여 관리해야 합니다.
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기본공제 (제1항) -- 공제 대상: 상시근로자 증가분 / 관리 기준: 상시근로자 '수' 유지 / 관리 기간: 공제 적용 과세연도 종료 후 연도별 / 추징 단위: 감소 인원 x 1인당 공제금액 / 상시근로자 감소 영향: 감소분 추징
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추가공제 (제4항·제5항) -- 공제 대상: 정규직 전환자, 육아휴직 복귀자 / 관리 기준: 해당 근로자의 근로관계 유지 / 관리 기간: 전환일·복직일부터 2년 / 추징 단위: 해당 근로자 공제세액 전액 / 상시근로자 감소 영향: 감소 시 공제 자체 배제
기본공제의 사후관리와 추징
추징이 발생하는 조건
기본공제는 상시근로자 수가 증가한 과세연도에 증가 인원분만큼 1인당 공제금액을 곱하여 공제합니다. 중소기업과 중견기업은 3년간, 대기업은 2년간 매년 공제를 적용받습니다.
이 공제를 적용받는 과세연도에 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 1개 이상의 과세연도의 상시근로자 수 이하로 돌아가면, 증가분이 사라지므로 공제가 적용되지 않습니다.
추징세액 계산
추징세액은 다음과 같이 계산합니다.
추징세액 = 감소 인원 x 1인당 공제금액
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감소 인원: 공제를 받은 과세연도의 상시근로자 수와 비교하여 감소한 인원
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1인당 공제금액: 기업 규모·근로자 유형·소재지에 따른 금액
1인당 공제금액 (기본공제)
중소기업 (수도권 / 지방) / 중견기업 / 대기업
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청년등 상시근로자: 1,450만 원 / 1,550만 원 / 800만 원 / 400만 원
•
일반 상시근로자: 850만 원 / 950만 원 / 450만 원 / 해당 없음
대기업은 청년등 상시근로자만 공제 대상이며, 일반 상시근로자 증가분에 대한 공제는 없습니다.
추징 시뮬레이션
수도권 중소기업이 2024년에 청년등 상시근로자 2명, 일반 상시근로자 1명 증가로 기본공제를 받은 경우를 가정합니다.
공제 금액 (1년 차)
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청년등 (수도권 중소): 2명 x 1,450만 원 = 2,900만 원
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일반 (수도권 중소): 1명 x 850만 원 = 850만 원
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합계: 3명, 3,750만 원
2025년에 2명 감소 시 추징세액
2025년 상시근로자 수가 2024년보다 2명 줄었다면, 감소 인원 2명에 대한 추징이 발생합니다. 청년등 상시근로자가 1명 감소하고 일반 상시근로자가 1명 감소한 경우:
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청년등 감소: 1명 x 1,450만 원 = 1,450만 원
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일반 감소: 1명 x 850만 원 = 850만 원
•
합계: 2명, 2,300만 원
이 2,300만 원은 2025년 과세연도의 법인세 신고 시(2026년 3월) 납부해야 합니다.
추가공제의 사후관리와 추징
정규직 전환 공제 (제4항)
기간제·단시간·파견근로자를 정규직으로 전환한 경우, 전환 인원에 1,300만 원(중견기업 900만 원)을 곱한 금액을 공제합니다.
추징 조건: 정규직 전환일부터 2년 이내에 해당 근로자와 근로관계가 종료되면, 공제받은 세액 상당액을 추징합니다.
육아휴직 복귀자 공제 (제5항)
1년 이상 근무 후 연속 6개월 이상 육아휴직하고 복직한 근로자에 대해 1,300만 원(중견기업 900만 원)을 공제합니다.
추징 조건: 복직일부터 2년 이내에 해당 근로자와 근로관계가 종료되면, 공제받은 세액 상당액을 추징합니다.
이월공제 잔액이 있는 경우
추가공제를 받았으나 납부세액 부족 또는 최저한세 적용으로 전액 공제하지 못하고 이월된 미공제 금액이 있을 때, 추징세액에서 이월 잔액을 차감합니다. 실제 세부담이 줄어든 금액만 추징하는 구조입니다.
추징세액 = 공제받은 세액 – 이월된 미공제 금액
추가공제의 이중 안전장치
추가공제는 두 가지 안전장치가 동시에 작동합니다.
1.
개인 단위: 해당 근로자가 2년 이내에 퇴사하면 공제세액 추징
2.
총량 단위: 해당 과세연도에 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소하면 공제 자체가 배제
두 번째 조건 때문에, 정규직 전환이나 육아휴직 복귀가 있더라도 전체 상시근로자 수가 줄면 공제를 받을 수 없습니다.
상시근로자 수 정확히 계산하기
사후관리의 핵심은 상시근로자 수의 정확한 산정입니다. 계산을 잘못하면 공제를 과다 적용하여 추징과 가산세를 동시에 부담하게 됩니다.
상시근로자에서 제외되는 사람
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단기 근로자: 근로기간 1년 미만
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단시간 근로자: 월 평균 근로시간 60시간 미만
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임원: 법인세법 시행령 제40조에 따른 임원
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최대주주·대표자: 본인, 배우자
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친인척: 최대주주의 직계존비속(배우자 포함), 친족
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원천징수 미확인자: 근로소득세 원천징수 사실이 없고 국민연금·건강보험료 납부도 확인되지 않는 자
연평균 상시근로자 수 계산 방법
상시근로자 수는 각 근로자별로 아래 산식을 적용하여 합산합니다.
상시근로자 수 = 상시근로자별 (근무개월 수 / 과세연도 개월 수) 의 합
•
매월 말 현재 근무하고 있는 경우 해당 월을 근무개월 수에 산입합니다.
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100분의 1 미만은 버립니다.
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단시간근로자(월 평균 60시간 이상)는 0.5명으로 계산합니다.
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단시간근로자가 기간 정함 없는 계약 + 차별 없는 처우 + 최저임금의 120%(중소기업) 또는 130% 이상 요건을 모두 충족하면 0.75명으로 계산합니다.
계산 예시
12월 결산 법인에서 상시근로자 A가 1월–12월 전체 근무, B가 7월 입사 후 12월까지 6개월 근무한 경우:
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근로자 A: 근무 12개월 / 과세연도 12개월 = 1.00명
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근로자 B: 근무 6개월 / 과세연도 12개월 = 0.50명
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합계: 1.50명
추징을 막는 5가지 방어 전략
전략 1: 매월 상시근로자 수를 모니터링하십시오
상시근로자 수는 연평균이므로, 한 달의 감소가 연간 수치에 영향을 줍니다. 매월 말 기준으로 상시근로자 명부를 점검하고, 퇴사 예정자가 있으면 즉시 대체 채용 계획을 수립하십시오.
점검 항목:
이번 달 말 상시근로자 수가 공제받은 과세연도와 동일한가?
퇴사 예정자 또는 계약 만료 예정자가 있는가?
신규 채용 인원이 상시근로자 요건(1년 이상 계약, 주 15시간 이상 등)을 충족하는가?
전략 2: 상시근로자 정의를 정확히 파악하십시오
임원, 최대주주 친인척, 1년 미만 계약직, 월 60시간 미만 단시간 근로자는 상시근로자에 포함되지 않습니다. 이들을 상시근로자로 잘못 포함하여 공제를 과다 신청하면 추징에 가산세까지 부담합니다.
특히 다음 사례를 주의하십시오.
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대표자의 배우자를 직원으로 등록한 경우: 상시근로자 제외 대상
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1년 미만 수습 기간 후 퇴사한 경우: 근로기간 1년 미만이므로 처음부터 상시근로자 아님
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4대 보험 미가입 프리랜서: 원천징수 사실과 사회보험료 납부가 모두 확인되지 않으면 제외
전략 3: 퇴사 발생 시 같은 달 안에 대체 채용하십시오
상시근로자 수는 매월 말 기준이므로, 퇴사가 발생하면 같은 달 말일 이전에 대체 인력을 채용하는 것이 가장 안전합니다. 같은 달에 채용하면 해당 월의 상시근로자 수가 줄지 않습니다.
연말(11–12월)에 퇴사가 몰리는 경우 대체 채용이 어려울 수 있으므로, 3분기부터 채용 파이프라인을 미리 확보해 두는 것이 중요합니다.
전략 4: 정규직 전환·육아휴직 복귀자는 2년 근속을 관리하십시오
추가공제(정규직 전환, 육아휴직 복귀자)는 전환일·복직일부터 2년 이내 퇴사 시 전액 추징입니다. 1년 11개월 만에 퇴사해도 추징 대상이 됩니다.
•
정규직 전환 대상자 또는 육아휴직 복귀자의 2년 도래일을 별도 관리하십시오.
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2년 경과 전에 퇴사 의사를 밝히는 경우, 가능하면 퇴사 시기를 2년 경과 이후로 조정하는 것이 유리합니다.
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해당 근로자의 근속 의지가 불확실하다면, 공제 신청 자체를 보수적으로 검토하십시오.
전략 5: 공제 신청 전에 인원 유지 가능성을 판단하십시오
통합고용세액공제는 공제 혜택이 크지만, 사후관리 실패 시 추징 부담도 큽니다. 신청 전에 다음을 점검하십시오.
향후 2–3년간 해당 인원을 유지할 수 있는가?
업종 특성상 이직률이 높지 않은가?
추징 발생 시 납부 여력이 있는가?
이직률이 높은 업종이라면 공제를 받더라도 추징 위험을 감안한 자금 계획을 세워야 합니다.
추징세액 납부 시기
추징세액은 상시근로자 수가 감소한 과세연도의 과세표준 신고 시 소득세 또는 법인세로 납부합니다.
•
12월 결산 법인 (2025년 1월–12월): 2026년 3월 법인세 신고 시 납부
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개인사업자 (2025년 1월–12월): 2026년 5월 종합소득세 신고 시 납부
추징세액을 신고 시 납부하지 않으면 납부지연가산세가 발생하므로, 감소가 예상되면 미리 추징세액을 산출하여 자금을 준비하십시오.
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관련 법령
1.
조세특례제한법 제29조의8 (통합고용세액공제)
→ 기본공제와 추가공제의 요건, 공제금액, 적용 기간을 정하고, 제7항에서 정규직 전환·육아휴직 복귀자의 2년 내 근로관계 종료 시 공제세액 추징 규정을 둡니다.
2.
조세특례제한법 시행령 제26조의8 (통합고용세액공제)
→ 상시근로자의 범위(제2항), 제외 대상(임원·최대주주·1년 미만·단시간근로자 등), 청년등 상시근로자의 유형별 기준, 상시근로자 수 계산 방법(제6항)을 규정합니다.
3.
조세특례제한법 시행령 제11조의2제8항 (상시근로자 수 계산 방법)
→ 상시근로자별 근무개월 수를 과세연도 개월 수로 나누는 계산식, 100분의 1 미만 절사, 단시간근로자 0.5명(요건 충족 시 0.75명) 환산 규정입니다.
4.
조세특례제한법 제144조 (세액공제액의 이월공제)
→ 납부세액 부족 또는 최저한세 적용으로 공제받지 못한 세액을 10년간 이월할 수 있는 근거이며, 추가공제 추징 시 이월 잔액을 차감하는 기준이 됩니다.
5.
국세기본법 제47조의4 (납부지연가산세)
→ 추징세액을 기한 내 납부하지 않을 경우 적용되는 납부지연가산세의 근거 조문입니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
통합고용세액공제의 사후관리는 공제를 받은 순간부터 시작됩니다. 세무법인청년들에서는 공제 신청 단계부터 사후관리 모니터링까지 기업별 상황에 맞는 관리 방안을 안내하고 있습니다.
세무법인청년들 | 원문: