세무대리인 선임 기준, 교체 절차, 세무조사 대리 위임 범위, 수임료 구조, 불복 권리구제까지 사업자가 실제로 부딪히는 질문에 답합니다.
작성·감수: 세무법인청년들 정필규 세무사 (국세청 출신 · 세무조사 전문) · 최종 검토 2026-06-14
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 안내를 참고하십시오.
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처음 사업자등록을 마치고 세무대리인을 구하고 있는 경우
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기존 세무대리인에 대한 불만으로 교체를 고려하는 경우
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세무조사 사전통지서를 받고 대리인을 선임해야 하는지 고민하는 경우
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세무조사 결과에 이의가 있어 불복 절차를 알고 싶은 경우
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기장료와 세무조사 대리 수임료의 차이가 궁금한 경우
대표 상황 예시
음식점을 운영하는 사업자가 세무서에서 "세무조사 사전통지서"를 받았습니다. 평소 기장을 맡기는 세무사가 있었지만, 조사 대리도 그 세무사에게 맡기면 되는지, 별도 계약이 필요한지, 비용은 얼마나 드는지 막막했습니다.
이 상황에서 확인해야 할 것은 세 가지입니다.
1.
기존 수임 범위 확인 – 계약서에 세무조사 대리가 포함되어 있는지 확인합니다.
2.
추가 수임 여부 협의 – 포함되지 않았다면 세무조사 대리 수임료를 별도로 협의합니다.
3.
연기 신청 가능 여부 – 준비 시간이 필요하면 사전통지 기간 안에 연기 신청을 검토합니다.
세무대리인의 법적 정의와 자격 요건
세무대리란 납세자의 위임을 받아 세금 신고·장부 작성·세무조정·조사 대리 등 세무 업무를 수행하는 것을 말합니다. 세무사법 제2조는 세무대리의 9가지 업무 범위를 규정하며, 같은 법 제20조 제1항은 세무사법에 따른 등록을 마친 자만 세무대리를 할 수 있다고 제한합니다.
세무대리를 수행할 수 있는 자격자는 다음 세 종류입니다.
•
세무사: 세무사등록부 등록 (세무사법 제6조) — 업무 범위 제한 없음
•
공인회계사: 공인회계사 세무대리업무등록부 등록 (세무사법 제20조의2 제1항 제1호) — 업무 범위 제한 없음
•
변호사: 변호사 세무대리업무등록부 등록 (세무사법 제20조의2 제1항 제2호) — 장부 작성 대행·성실신고 확인 업무 제외 (세무사법 제20조의2 제2항)
세무대리 계약의 업무 범위 구분
계약 전에 어떤 업무까지 수임료에 포함되는지 확인하는 것이 분쟁 예방의 핵심입니다. 실무상 세무대리 계약은 보통 세 가지 유형으로 구분됩니다.
기장대리
매월 거래 증빙을 넘겨받아 장부를 기록하는 업무입니다(세무사법 제2조 제3호). 기장의 의미와 기장료 구조는 기장이란? 기장료와 신고대리의 차이를 참고하십시오. 월 단위 수임료가 발생하며, 업종과 매출 규모에 따라 금액이 달라집니다.
신고대리
부가가치세·종합소득세·법인세 등 각 세목의 신고서를 작성하고 제출하는 업무입니다(세무사법 제2조 제1호). 기장 계약에 포함되는 경우가 많지만, 성실신고 확인이나 세무조정계산서 작성(세무사법 제2조 제2호)은 별도 수수료가 발생할 수 있습니다.
세무조사 대리
세무관서의 조사 또는 처분과 관련하여 납세자를 위해 의견을 진술하고 자료를 제출하는 업무입니다(세무사법 제2조 제5호). 통상 기장 계약에 포함되지 않는 별도 업무이므로, 사전통지 수령 후 별도 수임 계약을 체결해야 합니다.
세무대리인 선임 시 확인 사항
세무대리인을 처음 선임할 때 다음 항목을 계약서에 명확히 포함시키십시오.
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업무 범위: 기장, 부가세 신고, 종소세 신고, 원천세, 세무조정 등 포함 범위 명시
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월 수임료 금액과 납부 방법
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부가세·종소세·법인세 신고 대행 수수료의 포함 여부
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세무조사 대리, 이의신청, 심판청구 등 별도 발생 가능 비용
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계약 해지 조건 및 자료 반환 방법
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세무대리인 교체 절차
세무대리인을 교체할 때 홈택스 수임동의 해지만으로 끝내면 과거 장부와 신고 자료를 받지 못하는 경우가 생깁니다. 아래 순서로 진행하십시오.
1.
계약 해지 통보 – 기존 세무대리인에게 수임 계약 해지를 서면으로 통보합니다.
2.
자료 반환 요청 – 장부·신고서·세무조정계산서·원천세 신고 내역 등 납세자 소유 자료의 반환을 요청합니다. 납세자가 제공한 자료는 납세자의 재산이므로 반환 의무가 있습니다.
3.
4.
새 세무대리인 선임 및 수임동의 등록 – 새 세무대리인을 선임하고 홈택스 수임동의를 신규 등록합니다.
5.
미처리 사항 확인 – 진행 중인 민원, 미발급 증명, 미신고 항목이 있는지 새 세무대리인과 함께 확인합니다.
세무조사 대리: 위임 범위와 절차
세무조사 사전통지를 받은 후 세무대리인에게 대리를 맡기면 다음 업무를 위임할 수 있습니다.
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세무관서 출석 및 의견진술: 세무사법 제2조 제5호
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소명 자료 제출 대행: 세무사법 제2조 제5호
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조사 연기 신청 대리: 국세기본법 제81조의7 제2항
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이의신청·심사청구·심판청구 대리: 국세기본법 제59조 제1항
사전통지 수령 후 체크리스트
사전통지서는 조사 개시 20일 전까지 납세자에게 전달됩니다(국세기본법 제81조의7 제1항). 이 기간에 다음을 확인하십시오.
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조사 대상 세목과 과세기간 확인
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기존 세무대리인에게 세무조사 대리 수임 여부 협의
•
연기 신청 사유에 해당하는지 검토
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제출 요청 자료 목록 파악 및 준비 시작
재조사 금지 원칙
같은 세목·같은 과세기간에 대해 한 번 조사를 받은 후 재조사는 원칙적으로 금지됩니다(국세기본법 제81조의4 제2항). 재조사 통지를 받은 경우, 예외 사유(조세탈루 명백한 자료, 거래상대방 조사 필요, 재조사 결정 등)에 해당하는지 세무대리인과 함께 검토하십시오.
세무조사 결과 불복 절차
세무조사 결과 과세처분이 위법하거나 부당하다고 판단되면 국세기본법 제55조에 따라 다음 세 단계의 불복 절차를 밟을 수 있습니다.
1.
이의신청 – 처분청(세무서 또는 지방국세청)에 90일 이내 신청합니다. 국세청장 조사·결정 사항은 제외됩니다(국세기본법 제55조 제3항).
2.
심사청구 또는 심판청구 – 이의신청 결과에 불복하거나 이의신청 없이 바로 청구할 수 있습니다. 심사청구와 심판청구는 중복 제기할 수 없습니다(국세기본법 제55조 제9항).
3.
행정소송 – 심판청구 또는 심사청구 결과에 불복하면 행정법원에 행정소송을 제기할 수 있습니다.
각 단계에서 세무사·공인회계사·변호사를 대리인으로 선임할 수 있습니다(국세기본법 제59조 제1항). 대리인의 권한은 서면으로 증명해야 하며, 신청의 취하는 특별 위임을 받은 경우에만 대리인이 할 수 있습니다.
수임료 구조 이해하기
수임료는 법으로 정해진 금액이 없으며 사업자와 세무대리인이 약정으로 결정합니다. 아래는 일반적인 수임 구조입니다.
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기장대리: 월정액 — 매출·업종에 따라 차등
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부가세 신고대리: 건당 또는 기장료 포함 — 기장 계약에 포함 여부 확인 필요
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종소세·법인세 신고대리: 건당 — 세무조정 포함 시 추가 비용 발생 가능
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세무조사 대리: 별도 계약 — 조사 규모와 기간에 따라 협의
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이의신청·심판청구: 별도 계약 — 청구 금액에 따라 성공보수 계약도 가능
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관련 법령
1.
세무사법 제2조 (세무사의 직무) → 세무대리의 9가지 업무 범위를 규정합니다. 신고·신청·청구 대리, 세무조정계산서 작성, 장부 작성 대행, 세무조사 의견진술 대리, 성실신고 확인 등이 포함됩니다.
2.
세무사법 제20조 (업무의 제한 등) → 세무사법에 따른 등록을 마친 자만 세무대리를 수행할 수 있으며, 미등록자가 세무대리 업무를 취급하는 것은 금지됩니다.
3.
세무사법 제6조 (등록) → 세무사 자격자가 세무대리를 시작하려면 재정경제부에 비치하는 세무사등록부에 등록해야 하며, 결격사유 해당 시 등록이 거부됩니다.
4.
국세기본법 제81조의7 (세무조사의 통지와 연기신청 등) → 세무조사 시작 20일 전 사전통지 의무와 납세자의 연기 신청 권리를 규정합니다. 천재지변 등 사유가 있으면 관할 세무관서의 장에게 연기를 신청할 수 있습니다.
5.
국세기본법 제81조의4 (세무조사권 남용 금지) → 같은 세목·같은 과세기간에 대한 재조사를 원칙적으로 금지하고, 허용되는 예외 사유를 열거합니다. 세무공무원은 조사 목적에 필요한 최소 범위에서만 조사해야 합니다.
6.
국세기본법 제59조 (대리인) → 이의신청·심사청구·심판청구 시 세무사, 공인회계사, 변호사를 대리인으로 선임할 수 있습니다. 대리 권한은 서면으로 증명해야 하며, 청구 취하는 특별 위임 시에만 가능합니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무대리인 선임과 교체, 세무조사 대리 위임에 관한 구체적인 검토가 필요하다면 세무법인청년들에 문의하시기 바랍니다.