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원천세를 늦게 내거나 명세서를 빠뜨리면 — 원천징수 관련 가산세 총정리

사업주(원천징수의무자)가 마주하는 가산세는 크게 두 갈래입니다. 원천세를 늦게 낸 데 따른 납부지연가산세와, 지급명세서를 빠뜨린 데 따른 제출 불성실 가산세입니다. 각각 얼마가, 언제부터 붙는지 한 번에 정리합니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.

나에게 해당하는가?

다음 중 하나라도 해당하면 이 글의 내용이 그대로 적용됩니다.
직원에게 급여를 주고 매월(또는 반기) 원천세를 신고·납부하는 사업주
프리랜서·외주 인력에게 사업소득(3.3%)이나 기타소득을 지급하는 사업주
일용직에게 일당을 지급하는 사업주
원천세 납부 또는 지급명세서 제출 기한을 한 번이라도 놓친 적이 있는 사업주
원천징수는 직원이나 프리랜서가 내야 할 세금을 사업주가 대신 떼서 국가에 납부하는 절차입니다. 받은 사람이 아니라 지급한 사업주가 신고·납부 의무를 집니다. 그래서 기한을 놓치면 가산세도 사업주에게 부과됩니다.

대표 상황 예시

음식점을 운영하는 한 개인사업자는 직원 두 명의 급여에서 매월 원천세를 떼고 있었습니다. 그런데 가게가 바빠지면서 3월부터 5월까지 석 달치 원천세 신고와 납부를 깜빡 놓쳤습니다. 6월이 되어서야 미납 사실을 알게 됐고, 늦게라도 납부하려니 "지금 내면 가산세가 얼마나 붙는지" 가늠이 되지 않았습니다.
이 사업주가 확인해야 할 판단 포인트는 세 가지입니다.
얼마나 늦었는가 – 납부지연가산세는 법정납부기한 다음 날부터 하루 단위로 이자가 붙습니다. 석 달이면 각 달의 기한부터 실제 납부일까지 일수가 모두 계산됩니다.
명세서도 빠뜨렸는가 – 원천세 납부와 별개로 지급명세서·간이지급명세서 제출 기한도 놓쳤다면, 납부지연가산세와 제출 불성실 가산세가 각각 부과됩니다.
지금이라도 빨리 내면 줄어드는가 – 일수 이자는 납부일까지 계속 늘어나므로 하루라도 빨리 내는 것이 유리하고, 명세서는 지연 제출 시점에 따라 감면 폭이 달라집니다.
이 상황에서 확인할 자료는 각 달의 원천징수이행상황신고서, 실제 급여·외주비 지급액과 지급일, 그리고 미납된 원천세액입니다. 이 숫자가 있어야 가산세를 정확히 계산할 수 있습니다.

1. 원천세를 늦게 냈을 때 — 원천징수 등 납부지연가산세

원천세를 법정납부기한까지 내지 않거나 적게 냈을 때 부과되는 가산세입니다. 근거는 국세기본법 제47조의5(원천징수 등 납부지연가산세)입니다.

계산 구조

가산세는 다음 두 가지를 합한 금액입니다.
고정 가산금: 미납세액 × 3%
일수 이자: 미납세액 × (법정납부기한 다음 날부터 납부일까지의 일수) × 1일 0.022%
여기서 1일 0.022%는 국세기본법 시행령 제27조의4가 정한 이자율(1일 10만분의 22)입니다. 1년으로 환산하면 약 8%입니다.
예를 들어 미납 원천세가 100만 원이고 납부가 30일 늦었다면, 고정 가산금은 3만 원(100만 원 × 3%), 일수 이자는 약 6,600원(100만 원 × 30일 × 0.022%)입니다. 합치면 약 3만 6,600원이 가산세로 더해집니다.

한도

가산세에는 한도가 있습니다.
전체 한도는 미납세액의 50%입니다.
다만 3% 고정 가산금과, 법정납부기한 다음 날부터 납부고지일까지의 일수 이자를 합한 금액은 미납세액의 10%를 한도로 합니다.
납부고지서별·세목별 미납세액이 150만 원 미만이면 일수 이자(제47조의5제1항제2호)는 부과하지 않습니다. 즉 소액 미납은 3% 고정 가산금만 부과됩니다.
또한 납부고지서상 납부기한 다음 날부터 납부일까지의 기간이 5년을 넘으면, 그 기간은 5년까지만 계산합니다.

2. 지급명세서를 빠뜨렸을 때 — 제출 불성실 가산세

원천세를 제때 냈더라도, 지급명세서나 간이지급명세서를 기한까지 제출하지 않으면 별도의 가산세가 붙습니다. 근거는 소득세법 제81조의11(지급명세서 등 제출 불성실 가산세)입니다. 지급명세서는 누구에게 얼마를 지급하고 얼마를 원천징수했는지 국세청에 보고하는 서류이고, 간이지급명세서는 그 약식 버전입니다.

미제출 가산세율

일반 지급명세서: 미제출 지급금액의 1%, 기한 후 3개월 이내 제출 시 0.5%
간이지급명세서: 미제출 지급금액의 0.25%, 기한 후 1개월 이내 제출 시 0.125%
일용근로소득 지급명세서: 미제출 지급금액의 0.25%, 기한 후 1개월 이내 제출 시 0.125%
가산세가 지급금액(원천징수세액이 아니라 지급한 금액 전체)에 곱해진다는 점에 주의하십시오. 예를 들어 외주비 2,000만 원에 대한 지급명세서를 제출하지 않으면 1%인 20만 원, 3개월 이내에 늦게라도 제출하면 0.5%인 10만 원이 가산세가 됩니다.

불분명·오류 제출

제출은 했지만 내용이 불분명하거나 지급금액이 사실과 다르면, 해당 분에 대해 일반 지급명세서는 1%, 간이지급명세서와 일용근로소득 지급명세서는 0.25%가 부과됩니다.

중복 부과 여부

같은 소득에 대해 일반 지급명세서 가산세가 부과되는 부분에는 간이지급명세서 가산세를 부과하지 않습니다(소득세법 제81조의11제5항). 두 가산세를 한 번에 이중으로 물지는 않습니다. 다만 제출 대상이 서로 다른 소득은 각각 판단합니다.

3. 가산세를 줄이는 방법 — 감면

이미 기한을 놓쳤더라도 빨리 바로잡으면 가산세를 줄일 수 있습니다. 근거는 국세기본법 제48조(가산세 감면 등)입니다.

정당한 사유가 있으면 부과 제외

기한 연장 사유에 해당하거나, 의무를 이행하지 못한 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않습니다(국세기본법 제48조제1항). 단순히 바빴다거나 몰랐다는 사정은 정당한 사유로 인정되기 어렵습니다.

지급명세서 지연 제출 시 50% 감면

지급명세서 등 제출 의무를 기한이 지난 후 1개월 이내에 이행하면, 그 제출 불성실 가산세의 50%를 감면합니다(국세기본법 제48조제2항제3호 나목). 여기에 더해, 소득세법 제81조의11은 일반 지급명세서를 기한 후 3개월 이내에 제출하면 가산세율 자체를 1%에서 0.5%로 낮춰 적용합니다. 즉 빨리 제출할수록 두 단계로 부담이 줄어듭니다.

신고 가산세 감면

원천세 자체의 납부지연가산세는 위 신고 관련 감면(수정신고·기한 후 신고 감면)과는 적용 대상이 다릅니다. 수정신고 감면은 과소신고가산세에, 기한 후 신고 감면은 무신고가산세에 적용됩니다. 종합소득세 등 신고 단계의 가산세 감면 폭은 별도 글에서 확인하실 수 있습니다.

4. 가산세를 미리 막는 방법 — 예방

가산세는 부과된 뒤 줄이기보다 처음부터 기한을 지키는 것이 가장 확실합니다.
원천세 신고·납부 기한 확인: 원천세는 소득을 지급한 달의 다음 달 10일까지 신고·납부하는 것이 원칙입니다. 매월 10일을 고정 일정으로 관리하십시오.
반기납부 특례 활용: 상시 고용 인원이 적은 소규모 사업장은 신청을 통해 원천세를 1년에 2회(7월, 다음 해 1월)만 납부할 수 있습니다. 신고·납부 횟수가 줄어 기한을 놓칠 위험이 낮아집니다. 다만 승인 없이 임의로 반기납부하면 미납으로 처리되어 가산세가 부과되므로 반드시 사전 신청을 거쳐야 합니다.
지급명세서 제출 시기 함께 관리: 지급명세서는 소득 종류별로 제출 시기가 다릅니다. 원천세 납부와 명세서 제출을 별개 일정으로 함께 챙겨야 한쪽만 빠뜨리는 일을 막을 수 있습니다.
지급액·지급일 기록 유지: 누구에게 언제 얼마를 지급했는지 기록을 남겨 두면, 신고와 명세서 작성이 정확해지고 불분명 제출 가산세도 피할 수 있습니다.
원천징수 의무가 여러 소득에 걸쳐 있고 기한을 자주 놓친다면, 매월 신고 일정을 세무대리인과 함께 관리하는 것이 안전합니다.

함께 보면 좋은 글

지급명세서 제출 기한·방법·가산세: 소득 종류별 제출 기한과 명세서 가산세를 더 자세히 다룹니다.
원천세 반기별 납부 대상·방법: 가산세 위험을 낮추는 반기납부 신청 요건과 절차를 정리했습니다.
종합소득세 가산세 종류와 감면 방법: 신고 단계의 무신고·과소신고·납부지연 가산세와 감면을 확인할 수 있습니다.
프리랜서 3.3% 근로자성 추징리스크: 프리랜서를 근로자로 재분류할 때 발생하는 원천세 추징도 함께 확인하시면 좋습니다.
세금계산서 발급 가산세: 증빙 관련 가산세인 세금계산서 발급 가산세도 함께 살펴보시기 바랍니다.
무신고·과소·납부지연 가산세 비교: 신고·납부 단계의 가산세 비교도 함께 확인하시면 좋습니다.

관련 법령

1.
국세기본법 제47조의5 (원천징수 등 납부지연가산세)
→ 원천세를 법정납부기한까지 내지 않으면 미납세액의 3%에 더해, 기한 다음 날부터 납부일까지 일수에 1일 0.022%를 곱한 이자가 부과되며, 전체 한도는 미납세액의 50%(고지일까지 부분은 10%)입니다.
2.
국세기본법 시행령 제27조의4 (납부지연가산세 등의 이자율)
→ 위 일수 이자에 쓰이는 이자율을 1일 10만분의 22(0.022%)로 정합니다.
3.
소득세법 제81조의11 (지급명세서 등 제출 불성실 가산세)
→ 지급명세서를 기한까지 내지 않으면 지급금액의 1%(3개월 이내 지연 제출 0.5%), 간이지급명세서·일용근로소득 지급명세서는 0.25%(1개월 이내 0.125%)를 가산세로 부과합니다.
4.
국세기본법 제48조 (가산세 감면 등)
→ 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않으며, 제출 의무를 기한 후 1개월 이내 이행하면 해당 가산세의 50%를 감면합니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
원천징수 가산세는 납부와 명세서 제출이라는 두 의무에서 각각 발생하므로, 세무법인청년들은 두 기한을 한 흐름으로 관리하시기를 권합니다.
세무법인청년들 | 원문: https://www.watax.kr/employment/withholding-tax-penalty-overview