이사회 결의와 의사록이 없으면 임원 보수·상여가 손금에서 부인되고, 자기거래는 부당행위계산부인으로 과세됩니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글이 필요합니다.
임원(대표이사 포함) 보수를 인상하거나 성과상여를 지급했는데, 이사회 결의나 의사록이 없다
대표이사가 회사와 부동산·자금 거래를 했는데 이사회 승인 없이 진행했다
이사회를 구성하고 있지만 회의를 열지 않고 구두로 결정하는 일이 많다
이사회 의사록을 작성한 적이 없거나, 형식만 갖추고 내용이 없다
자본금 10억 원 미만 법인으로, 이사회 없이 대표이사가 단독으로 업무를 처리하고 있다
이사회 결의가 왜 세무 문제가 되는가
상법상 이사회 결의는 회사 내부 절차처럼 보이지만, 세무 쪽에서도 직접적인 영향을 미칙니다. 임원 보수·상여의 손금 인정 여부, 이사와 회사 간 거래의 적법성 판단이 모두 이사회 결의 여부에 달려 있기 때문입니다.
결의가 빠지면 결과는 두 방향으로 옵니다. 첫째, 임원 보수·상여가 손금에서 부인되어 법인세가 늘어나고 임원에게는 상여로 소득세와 4대 보험이 추가됩니다. 둘째, 이사회 승인 없는 이사의 자기거래는 부당행위계산부인 대상이 되어 시가 차액이 과세됩니다. 의사록이 없으면 세무조사에서 방어할 증빙 자체가 사라집니다.
이사회 결의 요건 — 정족수와 소집
이사회는 각 이사가 소집할 수 있으며, 이사회 결의로 소집권자를 따로 정할 수도 있습니다(상법 제390조 제1항). 소집 시에는 회의일 1주일 전까지 각 이사와 감사에게 통지해야 합니다. 정관으로 이 기간을 단축할 수 있으며, 이사와 감사 전원이 동의하면 통지 절차 없이도 바로 회의를 열 수 있습니다(상법 제390조 제3항·제4항).
결의 요건은 다음과 같습니다.
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출석 정족수: 이사 과반수 출석 (상법 제391조 제1항)
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찬성 정족수: 출석 이사 과반수 찬성 (상법 제391조 제1항)
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가중 요건: 정관으로 비율을 높게 정할 수 있음 (상법 제391조 제1항 단서)
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원격 참석: 음성 동시 송수신 원격통신 허용(화상·전화) (상법 제391조 제2항)
주주총회 보통결의(출석 과반수 + 발행주식총수 1/4)보다 구조가 단순하지만, 출석 정족수와 찬성 정족수를 모두 채워야 한다는 원칙은 같습니다. 이사가 3명인 법인에서 2명이 출석하고 1명만 찬성하면 과반수 미달로 결의가 무효입니다.
이사회 의사록 작성 의무
이사회 의사록 작성은 상법이 정한 의무입니다(상법 제391조의3 제1항). 기재해야 할 내용은 다음과 같습니다.
의사의 안건
경과요령 (토의 내용, 반대 의견)
결과 (가결·부결 여부)
반대하는 자와 그 반대 이유
출석한 이사 및 감사의 기명날인 또는 서명
의사록은 주주가 영업시간 내에 열람·등사를 청구할 수 있습니다(상법 제391조의3 제3항). 의사록이 없으면 이사회 결의 자체가 있었다는 사실을 증명하기 어렵습니다. 세무조사에서는 의사록 부재를 절차 흠결의 증거로 봅니다.
이사회 결의가 필요한 주요 사항
이사회는 회사의 업무 집행을 결의하고 대표이사를 감독합니다(상법 제393조 제2항). 세무 맥락에서 특히 중요한 결의 사항은 다음과 같습니다.
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임원 상여 지급기준 결정 — 법인세법 시행령 제43조 제2항 / 기준 초과 지급분 손금불산입
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대표이사 선임 — 상법 제389조 / 대표권 유효성
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이사의 자기거래 승인 — 상법 제398조 / 미승인 시 부당행위계산부인
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중요 자산 처분·양도 — 상법 제393조 제1항 / 거래 적법성
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대규모 차입 — 상법 제393조 제1항 / 차입금 손금 인정
임원 보수의 경우, 정관에 보수 액수를 정하지 않은 법인은 주주총회에서 한도를 결의하고(상법 제388조), 이사회에서 구체적 지급기준을 정하는 2단계 구조가 실무 표준입니다.
세무 리스크 3가지
리스크 1: 임원 보수·상여 지급기준 미결의 → 손금불산입
법인세법 시행령 제43조 제2항은 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회·이사회 결의로 정한 급여지급기준을 초과한 금액을 손금불산입으로 규정합니다. 결의 자체가 없으면 기준이 없는 것이므로, 지급한 임원 상여 전액이 손금에서 부인될 수 있습니다. 부인된 금액은 임원에게 상여로 소득처분되어 소득세와 4대 보험이 추가됩니다.
리스크 2: 이사 자기거래 미승인 → 부당행위계산부인
이사가 자기 또는 제3자를 위해 회사와 거래하려면 이사회에서 해당 거래에 관한 중요 사실을 미리 알리고 승인을 받아야 합니다(상법 제398조). 이 절차를 밟지 않은 거래가 시가보다 유리한 조건이었다면 법인세법 제52조 부당행위계산부인이 적용되어, 시가와 거래가액의 차액이 법인 소득으로 과세됩니다.
리스크 3: 의사록 미작성 → 세무조사 증빙 부족
이사회 결의가 실제로 있었더라도 의사록이 없으면, 세무조사에서 절차를 이행했다는 증명이 어렵습니다. 임원 보수 손금 주장이나 자기거래 승인 주장 모두 의사록을 1차 증빙으로 요구받습니다. 의사록 없이는 리스크 1·2 모두에서 방어가 약해집니다.
실제로 많이 나오는 상황
제조업 법인을 운영하는 대표이사가 연도 중 자신의 성과상여를 인상하고 지급했습니다. 정관에 임원 보수 총액 한도 규정이 있었고, 그 한도 안에서 지급했으므로 문제없다고 판단했습니다. 그런데 이사회 결의나 의사록은 없었습니다.
이 상황에서 세무조사관이 확인하는 판단 포인트는 명확합니다. 정관 한도 안에 있더라도, 임원 상여의 구체적 지급기준은 이사회(또는 주주총회) 결의로 정해야 합니다. 결의 없이 지급한 상여는 결의로 정한 기준을 초과한 금액과 동일하게 취급되어 손금불산입됩니다.
이 사례에서 필요한 자료는 정관, 주주총회 의사록(보수 한도 결의 포함), 이사회 의사록(지급기준 결의 포함)입니다. 결의와 의사록을 갖추면 같은 금액도 정당한 손금으로 인정받을 수 있습니다.
자본금 10억 원 미만 법인 — 이사회 없이 어떻게 하나
자본금 10억 원 미만 법인은 이사를 1명 또는 2명만 둘 수 있어 이사회가 구성되지 않습니다(상법 제383조). 이 경우 원래 이사회가 처리할 사항을 주주총회로 대신합니다.
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임원 보수·상여 지급기준: 주주총회 결의로 처리
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자기거래 승인: 주주총회 결의로 처리 (상법 제398조의 이사회 대신)
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중요 업무 집행: 주주총회 또는 대표이사가 단독 처리
이사회가 없더라도 주주총회 의사록은 반드시 작성해야 합니다. 1인 주주이자 대표이사인 법인도 주주총회를 열고 의사록을 남겨야 세무상 손금 요건을 갖출 수 있습니다.
이사회 결의·의사록 체크리스트
임원 보수 인상·성과상여 지급 전 이사회(또는 주주총회) 결의를 거쳤는가
이사회 결의마다 의사록을 작성하고 출석 이사·감사가 서명했는가
이사가 회사와 거래할 때 이사회 승인(상법 제398조)을 받았는가
자본금 10억 원 미만 법인이라면 이사회 대신 주주총회 의사록을 갖췄는가
의사록에 안건·경과·결과·반대 이유가 모두 기재되었는가
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이사회란 무엇인가?: 이사회의 구성 요건과 소규모 법인 특례를 개념부터 확인할 수 있습니다.
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부당행위계산부인이란 무엇인가?: 이사회 승인 없는 자기거래가 왜 부당행위계산부인으로 과세되는지 세법 메커니즘을 다룹니다.
관련 법령
1.
상법 제390조 (이사회의 소집)
→ 이사회 소집은 각 이사가 할 수 있으며, 회의일 1주일 전까지 이사와 감사에게 통지해야 합니다. 전원 동의 시 통지 없이 즉시 회의 가능합니다.
2.
상법 제391조 (이사회의 결의방법)
→ 이사 과반수 출석과 출석 이사 과반수 찬성으로 결의하며, 정관으로 그 비율을 높게 정할 수 있습니다. 음성 동시 송수신 원격통신에 의한 결의도 허용됩니다.
3.
상법 제391조의3 (이사회의 의사록)
→ 이사회는 의사록을 의무적으로 작성해야 하며, 안건·경과·결과·반대 이유를 기재하고 출석 이사와 감사가 기명날인 또는 서명해야 합니다.
4.
상법 제393조 (이사회의 권한)
→ 중요 자산 처분·양도, 대규모 차입, 지배인 선임·해임, 지점 설치·이전·폐지 등 회사의 중요 업무 집행은 이사회 결의로 합니다.
5.
법인세법 시행령 제43조 제2항 (상여금 등의 손금불산입)
→ 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·이사회 결의로 정한 급여지급기준을 초과하여 지급한 금액은 손금에 산입하지 않습니다.
6.
법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)
→ 특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 줄인 경우, 해당 행위와 관계없이 소득금액을 재계산합니다. 이사회 미승인 자기거래가 이에 해당할 수 있습니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 이사회 결의 절차와 의사록이 임원 보수 손금, 자기거래 적법성과 어긋나지 않도록 함께 점검합니다.