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종합소득세 신고 후 누락·오류를 발견했다면 — 수정신고·경정청구·기한 후 신고 중 어느 길

신고세액이 적었으면 수정신고, 환급이 더 필요하면 경정청구, 아예 신고를 못했으면 기한 후 신고. 빨리 움직일수록 가산세가 감면됩니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.

나에게 해당하는가?

5월 종합소득세 신고를 마쳤거나 또는 미루다 마감일을 놓친 분 중 다음에 해당되는 경우입니다.
신고 후 매출이나 수입금액이 더 있었음을 발견했다
의료비·교육비·기부금 등 공제 자료가 뒤늦게 도착했다
인적공제 대상자에 누락이 있다는 사실을 알게 되었다
5월 31일까지 신고서 자체를 제출하지 못했다
신고 후 환급세액이 본래보다 적게 나왔다는 의심이 있다
위 중 하나라도 해당된다면 이 글의 분기 가이드를 따라 어떤 절차로 정정해야 하는지 확인하시면 됩니다.

세 길의 출발점 차이

세 절차는 출발점이 다릅니다. 두 가지 질문에 답하면 자기 경로가 결정됩니다.
1.
법정신고기한 안에 신고서를 냈는가?
→ 안 냈다 → 기한 후 신고 (국세기본법 제45조의3)
→ 냈다 → 다음 질문으로
2.
세액이 더 많이 나왔어야 했는가, 더 적게 나왔어야 했는가?
→ 더 많이 (납부할 세액 부족 또는 환급세액 초과) → 수정신고 (제45조)
→ 더 적게 (납부 과다 또는 환급 부족) → 경정청구 (제45조의2)
이 두 분기만 명확히 하면 나머지 절차는 정해진 길을 따르면 됩니다.

대표 상황 예시

다음 세 장면은 5월 종합소득세 신고 직후 자주 등장합니다.
현금영수증 미발급 매출이 신고 후 발견됨: 신고세액이 본래보다 적으므로 수정신고를 사용합니다. 본세에 과소신고가산세(10%)와 납부지연가산세가 붙되, 1개월 이내 수정신고하면 과소신고가산세의 90%가 감면됩니다.
의료비 자료가 6월에 의료기관에서 도착함: 환급세액이 늘어나는 경우이므로 경정청구를 사용합니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 신청 가능합니다.
5월 31일까지 신고를 못 했고 6월에 알게 됨: 기한 후 신고를 사용합니다. 1개월 이내에 신고하면 무신고가산세의 50%가 감면됩니다.
이 사례에서 확인할 판단 포인트는 "내가 더 내야 하는가, 덜 내야 하는가, 아예 안 냈는가" 한 줄입니다. 이 질문이 정해지면 절차가 자동으로 결정됩니다.

수정신고 — 신고는 했지만 세액이 부족했을 때

신고를 법정신고기한 안에 했고, 신고세액이 부족하다는 사실을 나중에 발견했다면 수정신고를 사용합니다. 근거는 국세기본법 제45조입니다.
가능한 시점은 두 가지 한계가 있습니다.
관할 세무서장의 결정·경정 통지 전까지
그리고 부과제척기간(통상 5년, 부정행위·법인세 등은 별도) 내
수정신고서를 내면 본세에 과소신고가산세(10%, 부정행위 시 40%·역외부정 60%)와 납부지연가산세가 발생합니다. 다만 빨리 신고할수록 과소신고가산세가 큰 폭으로 감면됩니다(국세기본법 제48조 제2항 제1호).
법정신고기한 후 1개월 이내: 90% 감면
1개월 초과 3개월 이내: 75% 감면
3개월 초과 6개월 이내: 50% 감면
6개월 초과 1년 이내: 30% 감면
1년 초과 1년 6개월 이내: 20% 감면
1년 6개월 초과 2년 이내: 10% 감면
핵심 함정은 "경정·결정될 것을 미리 알고" 신고하면 감면이 적용되지 않는다는 점입니다. 세무서로부터 자료 제출 안내·세무조사 사전통지를 받기 전에 자발적으로 처리해야 감면이 살아납니다.

경정청구 — 신고는 했지만 세액이 과다했을 때

납부세액이 본래보다 많이 나왔거나 환급세액이 본래보다 적게 나왔다면 경정청구를 사용합니다. 근거는 국세기본법 제45조의2입니다.
기한은 두 종류입니다.
일반 경정청구: 법정신고기한이 지난 후 5년 이내
후발적 사유: 사유 발생을 안 날부터 3개월 이내 (소송 판결, 상호합의, 귀속 변경 등)
세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정·경정하거나 사유 없음을 통지해야 합니다. 통지 없이 2개월이 지나면 곧바로 이의신청·심사청구·심판청구가 가능합니다(제45조의2 제3항).
경정청구는 가산세가 발생하지 않습니다. 본래 더 받았어야 할 환급금에 환급가산금이 붙는 구조이므로 납세자에게 유리한 절차입니다.

기한 후 신고 — 신고 자체를 못 했을 때

법정신고기한까지 신고서를 제출하지 못한 경우입니다. 근거는 국세기본법 제45조의3입니다.
관할 세무서장이 과세표준과 세액을 결정·통지하기 전까지 언제든 기한 후 과세표준 신고서를 제출할 수 있습니다. 세무서는 신고일부터 3개월 이내에 결정·경정 결과를 통지합니다.
무신고가산세는 본세의 20%(부정행위 40%, 역외부정 60%)가 부과되지만, 빨리 신고할수록 큰 폭으로 감면됩니다(국세기본법 제48조 제2항 제2호).
법정신고기한 후 1개월 이내: 50% 감면
1개월 초과 3개월 이내: 30% 감면
3개월 초과 6개월 이내: 20% 감면
기한 후 신고를 했더라도 결정 통지 전까지는 다시 수정신고가 가능합니다(제45조 제1항 본문). 일단 기한 후 신고를 한 뒤 추가 누락이 발견되면 수정신고로 한 번 더 정정할 수 있습니다.

세 절차 한눈에 비교

수정신고 (국세기본법 제45조)
적용 상황: 신고했고, 세액 부족·환급 과다
기한: 결정·경정 통지 전 + 부과제척기간 내
가산세: 과소신고·납부지연 (감면 가능)
빨리 할 이유: 감면율이 빠르게 떨어짐 (90% → 10%)
경정청구 (국세기본법 제45조의2)
적용 상황: 신고했고, 세액 과다·환급 부족
기한: 5년 (후발적 사유 3개월)
가산세: 없음 (환급가산금 발생)
빨리 할 이유: 환급가산금 가산 기간이 짧아짐
기한 후 신고 (국세기본법 제45조의3)
적용 상황: 신고 자체를 안 함
기한: 결정 통지 전까지
가산세: 무신고·납부지연 (감면 가능)
빨리 할 이유: 감면율이 빠르게 떨어짐 (50% → 20% → 0)

꼭 확인하시기 바랍니다

세무서 알림 전에 움직이십시오: 자료 제출 안내·세무조사 사전통지 등을 받은 후 수정신고하면 가산세 감면이 적용되지 않습니다.
부가세·원천세 영향 점검: 종합소득세에서 매출 누락을 정정하면 부가세도 함께 수정신고해야 하는 경우가 많습니다. 원천세나 4대보험에도 파급 효과가 있을 수 있습니다.
개인지방소득세 별도 처리: 국세 수정신고·경정청구는 지방소득세에 자동으로 연동되지 않습니다. 종소세 산출세액의 10%인 지방소득세도 별도로 정정해야 합니다.
5년 시효 관리: 경정청구를 하려면 법정신고기한 기준 5년 이내여야 합니다. 2021년 귀속분은 2027년 5월 31일이 마지노선입니다.
부정행위 판단은 신중히: 단순 누락과 부정행위(허위 세금계산서, 매출 은폐 등)는 가산세율이 4–6배 차이입니다. 판단이 모호할 때 세무대리인의 검토가 필요합니다.

함께 보면 좋은 글

수정신고란 무엇인가?: 수정신고의 정의·절차·효과를 한 글로 보고 싶을 때 참고합니다.
경정청구란 무엇인가?: 경정청구 단독으로 깊이 있게 다룬 글로, 환급액 추가 청구를 검토할 때 함께 보시면 좋습니다.
기한후신고란 무엇인가?: 신고 자체를 놓친 경우 기한후신고 절차와 가산세 감면을 자세히 다룬 글입니다.

관련 법령

1.
국세기본법 제45조 (수정신고)
→ 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자가 신고세액 부족·결손금 또는 환급세액 초과 등을 발견하면, 관할 세무서장의 결정·경정 통지 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있습니다.
2.
국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구)
→ 신고한 세액이 본래보다 많거나 환급세액이 본래보다 적은 경우, 법정신고기한 후 5년 이내에 경정 청구가 가능하며, 후발적 사유(판결·상호합의 등)는 사유를 안 날부터 3개월 이내에 별도로 청구할 수 있습니다.
3.
국세기본법 제45조의3 (기한 후 신고)
→ 법정신고기한까지 신고서를 제출하지 않은 자는 관할 세무서장이 결정·통지하기 전까지 기한 후 과세표준 신고서를 제출할 수 있으며, 세무서는 신고일부터 3개월 이내에 결정·경정 결과를 통지합니다.
4.
국세기본법 제47조의3 (과소신고·초과환급신고가산세)
→ 신고세액을 적게 신고하거나 환급세액을 많이 신고한 경우, 과소신고납부세액의 10%(부정행위는 40%, 역외부정행위는 60%)가 가산세로 부과됩니다.
5.
국세기본법 제48조 (가산세 감면 등)
→ 수정신고는 신고시점이 빠를수록 과소신고가산세를 최대 90%(1개월 이내)에서 10%(2년 이내)까지 감면받고, 기한 후 신고는 무신고가산세를 최대 50%(1개월 이내)에서 20%(6개월 이내)까지 감면받습니다. 경정·결정될 것을 미리 알고 신고하면 감면이 적용되지 않습니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
수정신고와 경정청구의 판단이 어렵거나 가산세 감면 여부가 애매하면 세무법인청년들에 문의하시기 바랍니다.