편의점과 동네 소매점은 담배·복권·교통카드 충전처럼 일반 가게에는 없는 특수 품목이 섞이고, 카드매출 비중이 높으며 마진은 박합니다. 그래서 "무엇이 내 매출인지"를 가르는 것부터 부가세 신고가 시작됩니다. 사장님이 꼭 알아야 할 큰 줄기를 한 번에 정리합니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
편의점(프랜차이즈 가맹점)이나 동네 슈퍼·소매점을 운영한다
담배·복권·교통카드 충전·상품권을 함께 취급한다
매출의 대부분이 카드 결제이고 카드수수료가 부담스럽다
본사에서 받은 상품 매입의 부가세를 공제받을 수 있는지 모른다
내 가게가 일반과세자인지 간이과세자인지 헷갈린다
24시간 운영하며 야간 아르바이트를 쓰고 있다
대표 상황 예시
24시간 편의점을 운영하는 사장님이 있습니다. 하루 매출에는 음료·과자·도시락 같은 일반 상품과 함께 담배가 큰 비중을 차지하고, 복권과 교통카드 충전, 모바일 상품권 판매도 매일 일어납니다. 결제는 열에 아홉이 카드이고, 본사에서는 매주 상품을 공급받으며 정산서를 받습니다. 밤에는 아르바이트 한 명이 카운터를 봅니다.
첫 부가세 신고를 앞두고 사장님은 막막합니다. 포스(POS)에 찍힌 하루 매출 전체가 내 매출인지, 복권이나 교통카드 충전으로 들어온 돈도 매출에 넣어야 하는지, 카드사에 떼인 수수료는 빼고 신고하는지, 담배 매출도 부가세를 내는지 한꺼번에 헷갈립니다.
이 상황에는 소매점 세무의 핵심 쟁점이 모두 들어 있습니다. 담배의 과세 여부, 복권·충전금처럼 매출에서 빠지는 돈, 카드매출과 수수료 처리, 본사 매입세액 공제, 과세 유형 판단, 야간 인건비입니다. 아래에서 하나씩 짚어 보겠습니다.
이 상황에서의 판단 포인트
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포스 총매출을 그대로 부가세 매출로 넣으면 안 됩니다. 복권·충전금·상품권 판매대금처럼 빠질 돈을 먼저 가려내야 합니다.
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담배는 대부분 과세 매출이며, 면세인 품목(면세담배·미가공식료품 등)과 구분해야 합니다.
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카드수수료는 부가세 매출에서 빼는 것이 아니라 종합소득세 필요경비로 처리합니다.
1. 무엇이 내 매출인가 — 매출과 회수금을 먼저 가른다
소매점 부가세의 출발점은 "포스에 찍힌 돈 중 무엇이 내가 공급한 재화의 대가인가"를 가리는 일입니다. 같은 카운터에서 받은 돈이라도 성격이 다릅니다.
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내 매출(공급가액): 음료·과자·도시락·생활용품·담배 등 내가 사다가 마진을 붙여 파는 상품의 판매대금
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회수금(매출 아님): 복권 판매대금, 선불교통카드 충전금, 상품권 판매대금처럼 발행사·본사를 대신해 받아 그대로 넘겨주는 돈
둘을 가르는 기준은 누가 그 재화를 공급한 주체인가입니다. 부가가치세법 제10조제7항은 위탁매매나 대리인을 통한 매매에서 위탁자 또는 본인이 직접 공급한 것으로 본다고 정합니다. 즉 복권·교통카드 충전·상품권은 발행사(본인)가 소비자에게 공급한 것이고, 사장님은 그 거래를 중개·대행하는 위치입니다.
따라서 사장님의 부가세 과세표준은 그 판매대금 전체가 아니라 거래를 대행하고 받는 판매수수료뿐입니다(부가가치세법 제29조). 복권 1만 원어치를 팔아 수수료 몇 백 원을 받는다면, 1만 원이 아니라 그 수수료가 매출입니다.
거래 유형별로 포스에 찍히는 금액과 실제 내 부가세 과세표준은 다릅니다.
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일반 상품(음료·과자·생활용품): 포스에는 판매가 전액이 찍히고, 과세표준도 판매가(부가세 제외) 전액입니다.
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담배(일반 담배): 포스에는 판매가 전액이 찍히고, 과세표준도 판매가(부가세 제외) 전액입니다.
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복권 판매: 포스에는 복권 판매대금이 찍히지만, 과세표준은 판매대행 수수료만입니다.
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교통카드 충전: 포스에는 충전금이 찍히지만, 과세표준은 충전대행 수수료만입니다.
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상품권 판매: 포스에는 상품권 판매대금이 찍히지만, 과세표준은 판매대행 수수료만입니다(자기발행 상품권은 별도).
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택배·공과금 수납 대행: 포스에는 수납액이 찍히지만, 과세표준은 대행 수수료만입니다.
이 구분을 놓치고 포스 총매출을 그대로 신고하면 내지 않아도 될 세금을 더 내게 됩니다. 반대로 일반 상품·담배 매출을 빠뜨리면 매출 누락이 됩니다.
2. 담배 매출 — 대부분 과세, 과세표준에 담배소비세가 포함된다
담배는 소매점 매출에서 큰 비중을 차지하므로 처리 기준을 정확히 알아야 합니다.
결론부터 말하면, 시중에서 파는 일반 담배는 부가가치세 과세 대상입니다. 부가가치세법이 면세로 열거한 담배는 담배사업법상 판매가격이 대통령령으로 정한 금액 이하인 담배와 특수용담배뿐이고(부가가치세법 제26조제1항제10호), 보통의 궐련·전자담배는 여기에 해당하지 않기 때문입니다.
담배 매출에서 특히 주의할 점은 과세표준입니다. 담배 판매가에는 담배소비세, 지방교육세, 국민건강증진부담금 등 여러 부담금이 이미 포함되어 있습니다. 부가세 과세표준은 이 부담금들이 포함된 판매가에서 부가가치세만 제외한 금액입니다. 부담금이 들어 있다고 해서 그만큼 빼고 신고하는 것이 아닙니다.
매입 쪽도 마찬가지입니다. 본사·도매처에서 담배를 매입하고 세금계산서를 받았다면 그 매입세액은 공제됩니다. 다만 만약 면세에 해당하는 담배라면 그 매입세액은 공제 대상이 아니므로, 취급 품목 중 면세담배가 있는지 세무대리인과 확인하는 것이 좋습니다.
3. 카드매출과 카드수수료 — 수수료는 부가세가 아니라 경비로
편의점·소매점은 카드매출 비중이 매우 높습니다. 여기서 가장 흔한 오해가 "카드수수료를 빼고 부가세를 신고한다"는 것입니다.
부가가치세 매출세액은 고객이 결제한 공급대가 전체(부가세를 제외한 공급가액)를 기준으로 계산합니다. 카드사에 떼인 가맹점 수수료는 부가세 매출에서 차감하지 않습니다. 예를 들어 1만 1천 원(부가세 1천 원 포함)짜리 상품을 카드로 팔고 카드수수료 150원을 떼였다면, 부가세 과세표준은 수수료를 뺀 9,850원이 아니라 1만 원입니다.
그러면 카드수수료는 어디서 반영될까요. 종합소득세를 계산할 때 필요경비(지급수수료)로 처리합니다. 카드매출 비중이 높은 소매점은 연간 카드수수료가 적지 않으므로, 종합소득세 신고 때 이 비용을 빠짐없이 반영하는 것이 절세의 핵심입니다.
반대로 카드로 결제받은 매출은 신용카드 발행세액공제라는 혜택으로 일부 돌려받을 수 있습니다(아래 5장).
4. 본사·도매 매입세액 공제 — 세금계산서가 핵심
마진이 박한 소매점일수록 매입세액 공제를 제대로 챙기는 것이 세금을 줄이는 가장 확실한 방법입니다.
매출세액에서 공제하는 매입세액은 사장님이 자기 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 부가가치세액입니다(부가가치세법 제38조). 편의점·소매점에서 공제받을 수 있는 대표 항목은 다음과 같습니다.
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상품 매입: 프랜차이즈 본사 상품공급, 도매처 매입(과세 품목)
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운영비: 매장 임차료, 전기·통신요금, 포스·냉장설비 등 비품, 인테리어
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본사 관련: 로열티·가맹수수료 등 본사에 지급하고 세금계산서를 받은 용역
공제를 받으려면 적격증빙(세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증)이 반드시 있어야 합니다. 신용카드매출전표로 매입한 경우에는 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출해야 공제됩니다(부가가치세법 제46조제3항).
다만 다음은 공제되지 않습니다.
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면세 품목 매입: 담배사업법상 면세담배, 가공되지 않은 식료품 등 면세 재화의 매입세액
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사업과 무관한 지출: 가사용·개인용 지출
폐기·도난으로 사라진 재고는 사업과 관련된 손실이므로 이미 공제받은 매입세액을 다시 추징당하지는 않는 것이 원칙입니다. 다만 폐기확인서·CCTV·경찰 신고 등으로 손실 사실을 입증할 수 있어야 하므로, 평소에 폐기·도난 내역을 기록으로 남겨 두십시오.
5. 과세 유형과 신용카드 발행세액공제
과세 유형 판단. 직전 연도 공급대가 합계가 1억 400만원 미만이면 간이과세자, 이상이면 일반과세자입니다(부가가치세법 제61조·같은 법 시행령 제109조). 다만 편의점은 담배·주류 매출 때문에 매출 규모가 커서 대부분 일반과세자에 해당하고, 가맹점은 본사 정산자료로 매출이 그대로 드러나므로 실제 매출 기준으로 판단해야 합니다. 부가세 확정신고는 과세기간이 끝난 뒤 25일 이내, 즉 1월 25일과 7월 25일까지 합니다(부가가치세법 제49조).
신용카드 발행세액공제. 소매점은 주로 소비자를 상대하므로 이 공제 대상이 됩니다. 신용카드매출전표·현금영수증 발급금액의 1.3퍼센트(2026년 12월 31일까지, 이후 1퍼센트)를 납부세액에서 공제하며, 한도는 연 1천만원(2026년 12월 31일까지, 이후 500만원)입니다(부가가치세법 제46조제1항). 카드매출 비중이 높은 편의점·소매점에는 적지 않은 금액입니다.
다만 법인사업자와 직전 연도 공급가액이 일정 금액을 넘는 개인사업자는 이 공제에서 제외됩니다. 매출이 큰 대형 매장은 대상이 아닐 수 있으므로 본인 해당 여부를 확인하십시오.
6. 24시간 운영과 야간 아르바이트 인건비
편의점은 24시간 운영하는 경우가 많아 야간 아르바이트 인건비가 고정적으로 발생합니다. 인건비는 비용으로 반영되지만, 노동법과 세무 처리 기준을 함께 알아야 합니다.
야간·주휴수당. 상시 근로자 5명 이상 사업장은 밤 10시부터 다음 날 오전 6시 사이 근로에 통상임금의 50퍼센트를 가산해 지급해야 합니다(근로기준법 제56조제3항). 반면 상시 4명 이하 사업장은 야간·연장·휴일 가산수당 의무가 적용되지 않습니다. 다만 1주 평균 1회 유급휴일(주휴수당)은 사업장 규모와 무관하게 보장해야 하며(근로기준법 제55조), 주 15시간 이상 일하는 아르바이트가 대상입니다.
원천징수와 4대보험. 정해진 시간에 근무하는 직원·아르바이트는 근로소득자로 보아 급여에서 근로소득세를 간이세액표에 따라 원천징수하고, 월 60시간 이상이면 4대보험에 가입합니다. 떼인 소득세의 10퍼센트인 지방소득세도 함께 신고·납부합니다. 인건비를 비용으로 인정받으려면 실제 지급 사실과 원천징수 신고가 뒷받침되어야 하므로, 급여를 계좌로 지급하고 원천세 신고를 빠뜨리지 않는 것이 중요합니다.
편의점·소매점 사장님 체크리스트
포스 총매출에서 복권·교통카드 충전·상품권 판매대금을 빼고, 수수료만 매출에 넣었는가
담배 매출을 과세로 신고하고 과세표준을 판매가(부가세 제외) 기준으로 잡았는가
카드수수료를 부가세 매출에서 빼지 않고, 종합소득세 필요경비로 반영했는가
본사 상품공급·임차료·로열티의 세금계산서를 챙겨 매입세액을 공제받았는가
면세 품목(면세담배·미가공식료품)의 매입세액을 공제 대상에서 제외했는가
일반·간이과세 유형을 실제 매출 기준으로 확인했는가
신용카드 발행세액공제 대상인지(법인·고액 개인 제외) 확인했는가
야간 아르바이트의 야간·주휴수당과 원천징수·4대보험을 처리했는가
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관련 법령
1.
부가가치세법 제10조제7항 (재화 공급의 특례 — 위탁매매·대리)
→ 위탁매매나 대리인을 통한 매매는 위탁자·본인이 직접 공급한 것으로 본다고 정합니다. 복권·교통카드 충전·상품권 판매대금이 소매점 매출이 아니라 발행사의 공급이고, 소매점은 수수료만 받는 위치임을 뒷받침하는 근거입니다.
2.
부가가치세법 제29조 (과세표준)
→ 과세표준은 공급한 재화·용역의 공급가액 합계라고 정합니다. 소매점의 대행 거래에서 과세표준이 판매대금 전체가 아니라 사장님이 받는 판매수수료임을 뒷받침합니다.
3.
부가가치세법 제26조제1항제10호 (담배의 면세 범위)
→ 담배사업법상 판매가격이 대통령령으로 정한 금액 이하인 담배와 특수용담배만 면세로 정합니다. 시중에서 파는 일반 담배는 면세에 해당하지 않아 과세 매출이 되는 근거입니다.
4.
부가가치세법 제38조 (공제하는 매입세액)
→ 사업자가 자기 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 부가가치세액을 매출세액에서 공제한다고 정합니다. 본사 상품공급·임차료·로열티 등 과세 매입세액 공제의 근거입니다.
5.
부가가치세법 제46조 (신용카드 등의 사용에 따른 세액공제)
→ 주로 소비자를 상대하는 사업자가 신용카드매출전표·현금영수증을 발급하면 발급금액의 일정 비율(2026년 12월 31일까지 1.3퍼센트, 한도 연 1천만원)을 납부세액에서 공제한다고 정합니다. 법인과 고액 개인사업자는 제외됩니다.
6.
근로기준법 제56조 (연장·야간 및 휴일 근로)
→ 상시 5명 이상 사업장에서 밤 10시부터 오전 6시 사이 야간근로에 통상임금의 50퍼센트를 가산하도록 정합니다. 24시간 편의점의 야간 아르바이트 인건비 산정의 근거입니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
편의점·소매점 세금은 결국 포스 총매출 중 진짜 내 매출을 가리고 매입세액을 빠짐없이 챙기는 데서 갈리며, 세무법인청년들은 그 흐름을 함께 정리해 드립니다.