직원이 산재로 쉬면 공단 휴업급여와 회사 급여를 먼저 나누고, 국민연금·건강보험·고용·산재보험을 각각 신청하십시오.
이 글은 2026년 11월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
직원이 업무상 부상이나 질병으로 요양하며 출근하지 못합니다.
직원이 쉬는 동안 회사에서 급여를 주지 않거나 일부만 지급합니다.
공단에서 휴업급여를 받는데도 4대보험 고지서가 나와 이유를 알고 싶습니다.
요양 기간이 늘어나거나 직원이 복귀해 보험료를 다시 정리해야 합니다.
해당한다면 휴직 시작일, 회사가 지급한 급여, 공단의 요양 결정 여부를 확인하십시오. 이번 달 고지서를 그대로 두기 전에 보험별 신청 상태도 대조해야 합니다.
공단 휴업급여와 회사 급여를 먼저 나누십시오
휴업급여는 산재로 요양하느라 일하지 못하는 기간에 근로복지공단이 지급하는 보험급여입니다. 회사가 지급하는 월급이 아닙니다. 원칙적인 1일 지급액은 평균임금의 70%이고, 취업하지 못한 기간이 3일 이내라면 지급하지 않습니다. 저소득 근로자 등에게는 별도 산정 규정이 적용될 수 있습니다.
회사가 요양 중인 직원에게 급여나 수당을 일부 지급했다면, 지급 근거와 명목을 따로 기록하십시오. 통상적인 회사 급여라면 근로소득 원천징수와 고용·산재보험 보수에 반영할지를 확인해야 합니다. 반면 산재보험법에 따른 공단 휴업급여는 소득세법상 비과세입니다. 회사가 지급한 금품이 임금인지, 재해보상이나 손해배상 성격인지에 따라 처리가 달라질 수 있으므로 지급 근거를 세무대리인과 확인하십시오.
요양 기간이 3일 이내라 휴업급여가 나오지 않는 기간에는 사업주가 근로기준법에 따라 평균임금의 60%를 휴업보상으로 지급해야 합니다(근로기준법 제79조제1항). 이 휴업보상금도 소득세법상 비과세입니다.
보험별로 무엇을 신청하나요?
보험 | 요양으로 쉬는 동안 | 사업주가 확인할 일 |
국민연금 | 휴직이나 3개월 이상 입원으로 보험료를 낼 수 없으면 납부예외 신청 가능. 납부예외 기간은 가입기간에서 빠짐 | 휴직 사유와 증빙을 갖춰 다음 달 15일까지 신청. 일부 급여가 계속 나오면 납부예외 가능 여부를 국민연금공단에 확인 |
건강보험 | 보수가 전부 또는 일부 지급되지 않으면 보수월액보험료 납입고지 유예 신청 가능. 보험료가 없어지는 것은 아님 | 휴직 시작일부터 14일 이내 신청. 휴직 전 달의 보수월액과 복귀 후 납부할 금액 확인 |
고용보험 | 월 보수에 따라 보험료 산정. 휴직 중 받는 일부 금품을 보수로 보는 예외가 있어 휴업급여 반영 여부는 공단 확인 | 휴직 사실을 14일 이내 신고하고 월별 보수 신고와 고지액 대조 |
산재보험 | 사업주가 부담하며 근로자의 보수를 기준으로 보험료 산정. 산재 휴업급여는 보수에서 제외 | 휴직 사실을 14일 이내 신고하고 실제 지급 보수와 고지액 대조. 직원 급여에서 산재보험료를 공제하지 않음 |
국민연금은 휴직 외에 질병이나 부상으로 3개월 이상 입원한 경우도 납부예외 사유입니다(국민연금법 제91조제1항제7호, 같은 법 시행령 제60조제1호).
건강보험은 고지를 미루는 것과 보험료 경감이 다릅니다. 휴직기간이 1개월 이상인 직장가입자는 경감 대상이 될 수 있지만, 경감액은 적용 기준과 공단 결정으로 확인하십시오. 회사가 급여를 전혀 주지 않았다는 이유만으로 건강보험료까지 0원으로 처리하면 복귀 후 정산액을 놓칠 수 있습니다.
산재 요양으로 회사가 보수를 전혀 지급하지 않았다면 해당 직원의 산재보험료 산정 대상 보수는 0원입니다. 고용보험은 휴직 중 회사 밖에서 받는 일부 금품을 보수로 보는 예외가 있으므로, 휴업급여 반영 여부를 근로복지공단에 확인하십시오. 이미 고지된 금액은 휴직 신고와 보수 자료가 반영됐는지 확인한 뒤 정정해야 합니다.
이미 고지서가 나왔다면
신청이 반영되기 전에 나온 고지서를 무시해 납부기한을 넘기면 납부지연에 따른 연체금이 붙을 수 있습니다(국민건강보험법 제80조, 보험료징수법 제25조). 해당 월의 유예·보수 신고 반영 여부를 공단에 확인하고, 정정 또는 납부할 금액을 확정하십시오.
날짜 계산 예시
가상의 예로 직원이 2026년 11월 2일(월)에 휴직을 시작했다면, 건강보험 고지유예와 고용·산재보험 휴직 신고의 14일 기한은 2026년 11월 16일(월)입니다. 국민연금 납부예외 신청 기한은 다음 달 15일인 2026년 12월 15일(화)입니다. 실제 휴직일이 다르면 그 날짜로 다시 계산하십시오.
대표 상황 예시
상황. 직원이 작업 중 다쳐 요양에 들어갔습니다. 회사는 쉬는 동안 월급을 지급하지 않기로 했고, 직원은 공단에 휴업급여를 신청했습니다. 몇 주 뒤 사업주에게 건강보험료와 고용·산재보험료 고지서가 도착했습니다.
사업주의 생각. 공단이 휴업급여를 지급하니 회사의 4대보험료도 자동으로 멈출 것으로 생각했습니다. 고지서가 잘못 나온 것인지, 복귀 후 한꺼번에 내야 하는지도 궁금합니다.
판단 포인트. 공단 휴업급여의 지급과 사업장의 보험료 신청은 별개의 절차입니다. 국민연금은 납부예외 요건과 신청 여부를, 건강보험은 고지유예 및 경감 적용 여부를 봅니다. 고용·산재보험은 휴직 사실과 해당 월의 보수 신고를 대조합니다. 이미 발행된 고지액을 임의로 빼지 말고 각 공단에 조정 방법을 확인해야 합니다.
이 상황에서 확인할 자료.
휴직 신청서 또는 회사의 휴직 발령서: 쉬기 시작한 날과 예상 종료일을 확인합니다.
진단서와 요양 결정 통지서: 휴직 사유와 요양 결정 상태를 확인합니다. 아직 결정 전이면 현재 확보한 자료를 구분해 둡니다.
급여대장과 이체 내역: 회사가 지급한 급여가 0원인지 일부인지 확인합니다.
공단 휴업급여 지급 내역과 보험료 고지서: 공단 지급액을 회사 급여와 분리하고, 보험별 고지 기간을 확인합니다.
결론. 먼저 휴직 기간을 확정해 보험별 신청·신고를 제출하고, 회사 급여와 공단 지급액을 나누어 기록합니다. 고지서가 이미 나왔다면 납부예외·유예·보수 신고가 어느 달부터 반영되는지 공단에 확인하십시오. 복귀할 때는 건강보험 유예분의 납부액도 직원에게 미리 알리십시오. 신청을 미루면 이미 나온 고지서의 납부기한이 지나 연체금이 붙거나, 복귀 후 건강보험 유예분이 한꺼번에 공제될 수 있습니다.
회사가 급여를 일부 주는 경우
직원이 일을 하지 않았어도 회사가 계약이나 내부 규정에 따라 급여 일부를 지급할 수 있습니다. 이때 공단 휴업급여를 회사가 지급한 것처럼 급여대장에 더하면 소득세와 보험료 산정 자료가 달라집니다. 회사 지급액의 과세 여부와 고용·산재보험 보수 포함 여부를 지급 명목별로 확인하십시오.
건강보험은 일부 급여가 지급되는 휴직자도 납입고지 유예 신청 대상에 포함합니다. 국민연금 납부예외는 휴직 중 보험료를 낼 수 있는지에 관한 요건이 있으므로, 일부 급여가 있다면 금액과 지급 기간을 국민연금공단에 알려 판단받으십시오. 회사가 산재보험료를 직원 몫으로 급여에서 떼는 처리는 하지 마십시오.
복귀 전에 확인할 순서
1.
실제 복귀일과 요양 종료·연장 여부를 확인합니다. 예정일이 바뀌면 건강보험 유예 해지예정일 변경 신청과 고용·산재보험의 휴직 종료일 변경 신고를 확인합니다.
2.
복귀하면 건강보험 고지유예 해지를 휴직 사유가 없어진 날부터 14일 이내에 신청합니다. 국민연금 납부재개 신고는 그 달의 다음 달 15일까지 냅니다.
3.
건강보험 유예분의 실제 고지액을 확인합니다. 유예분 중 직원 부담액은 복귀 후 급여가 지급되는 최초의 달에 공제하고, 회사 부담액은 회사가 납부합니다. 분할납부 요건은 휴직 글을 참고하십시오.
4.
복귀한 달의 회사 급여와 고용·산재보험 보수 신고를 맞춥니다. 신고액과 고지액이 다르면 공단에 정정 방법을 확인합니다.
요양 중 지급 여부가 불분명한 금품이나 복귀 날짜가 바뀐 경우에는 신고서를 제출하기 전에 직원의 급여 자료와 공단 결정 내역을 함께 확인하십시오.
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산재보험료율, 업종마다 다른 이유와 보험료 산정·납부 방법: 산재보험료를 사업주가 전액 부담하는 구조와 산정 방법을 확인할 때 참고하십시오.
관련 법령
1.
산업재해보상보험법 제52조 (휴업급여)
→ 업무상 부상·질병으로 요양하며 취업하지 못한 기간에 휴업급여를 지급하고, 원칙적인 1일 지급액과 짧은 휴업기간의 제외 기준을 정합니다.
2.
국민연금법 제91조 (연금보험료 납부의 예외)
→ 휴직 등으로 보험료를 낼 수 없으면 사유가 계속되는 기간에 납부예외를 받을 수 있으며, 그 기간은 가입기간에 산입하지 않습니다.
3.
국민연금법 시행규칙 제41조 (연금보험료 납부 예외 신청 등)
→ 납부예외 신청과 사유 소멸 신고의 기한 및 증빙서류를 정합니다.
4.
국민건강보험법 시행규칙 제50조 (보수월액보험료 납입고지 유예와 그 해지 신청 등)
→ 휴직자의 고지유예 신청·변경·해지 기한과 복귀 후 납부·분할납부 방법을 정합니다.
5.
근로기준법 제79조 (휴업보상)
→ 사용자는 업무상 재해로 요양 중인 근로자에게 평균임금의 60%를 휴업보상으로 지급해야 하며, 임금 일부를 받은 경우의 계산 방법도 정합니다.
6.
소득세법 제12조 (비과세소득)
→ 산재보험법에 따라 수급권자가 받는 휴업급여 등은 소득세를 과세하지 않습니다.
위 조문은 2026년 11월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
산재 요양 중인 직원의 급여와 보험료 신고 자료가 맞는지 확인이 필요하면 세무법인청년들에 문의해 주시기 바랍니다.
작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-11-06
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