작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-09-26
부가가치세 신고서는 사업장 수만큼 나오지만 종합소득세 신고서는 한 장입니다. 한 곳에서 난 적자를 다른 곳 이익에서 빼는 계산, 공통비용 배분, 사업용계좌 신고 단위를 정리합니다.
이 글은 2026년 9월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
결론부터
1.
부가가치세는 사업장마다 따로 신고하고, 종합소득세는 대표 한 사람의 소득으로 합산합니다.
2.
그래서 한 사업장에서 난 적자는 다른 사업장 이익에서 차감한 뒤에 세금을 계산합니다.
3.
다만 장부로 계산한 결손만 인정되며, 부동산임대업 결손과 추계신고는 예외입니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글이 필요합니다.
본인 명의로 사업장을 두 곳 이상 운영하는 개인사업자
한 사업장은 이익이 나고 다른 사업장은 적자인 사업자
임차료·인건비·차량비를 두 사업장이 함께 쓰고 있는 사업자
사업장 중 한 곳만 세액감면을 적용받고 있는 사업자
여러 사업장 중 한 곳을 정리하거나 폐업할 예정인 사업자
사업장을 두 곳 이상 운영하는 개인사업자는 드물지 않습니다. 한 사람이 여섯 곳까지 운영하는 경우도 있습니다.
부가가치세와 종합소득세는 세는 단위가 다릅니다
부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지입니다(부가가치세법 제6조제1항). 사업장이 세 곳이면 확정신고도 세 번, 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 각각 해야 합니다(같은 법 제49조제1항).
종합소득세는 반대 방향입니다. 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 필요경비를 뺀 금액이고(소득세법 제19조제2항), 종합소득과세표준은 거주자 한 사람의 이자·배당·사업·근로·연금·기타소득금액을 합해 계산합니다(같은 법 제14조제2항). 그래서 사업장별 손익은 한 사람의 사업소득금액 안에서 합산됩니다. 신고는 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 한 번입니다(같은 법 제70조제1항).
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세는 단위: 부가가치세 — 사업장별 · 종합소득세 — 거주자 한 사람
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신고 횟수: 부가가치세 — 사업장 수만큼 · 종합소득세 — 연 1회
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사업장 간 손익 상계: 부가가치세 — 없음 · 종합소득세 — 있음
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근거: 부가가치세 — 부가가치세법 제6조제1항 · 종합소득세 — 소득세법 제14조제2항, 제19조제2항
부가가치세 신고를 한 곳으로 묶는 사업자단위과세·주사업장총괄납부는 이 글의 범위가 아니므로, 아래 관련 글에서 확인하십시오.
적자 사업장이 있으면 세금이 이만큼 달라집니다
사업장 세 곳을 운영하는 개인사업자를 가정합니다. 다른 종합소득은 없고 종합소득공제 합계를 500만 원으로 둡니다.
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본점: 업종 — 음식점 · 그해 소득금액 — 6,000만 원
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2호점: 업종 — 음식점 · 그해 소득금액 — 2,000만 원
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온라인몰: 업종 — 식품 통신판매(개업 첫해) · 그해 소득금액 — 1,500만 원 결손
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합계: 그해 소득금액 — 6,500만 원
사업소득금액은 6,500만 원, 종합소득공제 500만 원을 빼면 과세표준은 6,000만 원입니다. 세율표의 5,000만 원 초과 8,800만 원 이하 구간을 적용하면 624만 원에 1,000만 원의 24퍼센트를 더해 산출세액은 864만 원입니다(소득세법 제55조제1항).
온라인몰 결손을 반영하지 못하면 과세표준은 7,500만 원, 산출세액은 1,224만 원이 됩니다. 결손 1,500만 원이 24퍼센트 구간에서 상계되어 360만 원 차이가 납니다.
결손 상계에는 세 가지 제한이 있습니다
1.
장부가 없으면 결손도 없습니다. 결손금은 사업자가 비치·기록한 장부로 사업소득금액을 계산할 때 발생한 금액만 인정합니다(소득세법 제45조제1항). 적자 사업장을 추계로 신고하면 그 적자는 남지 않습니다.
2.
부동산임대업은 따로 셉니다. 부동산이나 부동산상의 권리를 대여하는 사업 등에서 생긴 결손금은 종합소득과세표준을 계산할 때 공제하지 않습니다(같은 조 제2항). 주거용 건물 임대업만 예외이며, 이월된 결손금도 부동산임대업 소득에서만 공제합니다(같은 조 제3항제2호).
3.
남은 결손은 15년간 따라옵니다. 사업소득에서 다 빼지 못한 결손금은 그해 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액, 배당소득금액 순서로 공제하고(같은 조 제1항), 그래도 남으면 발생 과세기간 종료일부터 15년 이내 소득에서 먼저 발생한 것부터 순서대로 공제합니다(같은 조 제3항). 그 해를 추계로 신고하면 이월분 공제도 적용되지 않습니다(같은 조 제4항).
같은 해에 결손금과 이월결손금이 함께 있으면 그해 결손금을 먼저 공제합니다(같은 조 제6항).
장부 의무와 성실신고 판정은 합산 수입금액으로 봅니다
사업장을 나눠도 다음 두 판정은 합산 수입금액으로 이루어집니다.
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복식부기의무: 업종군별 기준금액 — 3억 원 / 1억 5천만 원 / 7,500만 원 · 판정 대상 기간 — 직전 과세기간 수입금액
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성실신고확인대상: 업종군별 기준금액 — 15억 원 / 7억 5천만 원 / 5억 원 · 판정 대상 기간 — 해당 과세기간 수입금액
각 줄의 앞 금액은 도소매업 등, 가운데는 제조업·숙박및음식점업 등, 뒤는 부동산임대업·서비스업 등에 적용합니다(소득세법 시행령 제208조제5항, 제133조제1항). 다만 같은 영 제208조제5항 단서에 열거된 사업자는 수입금액과 관계없이 복식부기의무자이고, 앞·가운데 업종군이라도 별표 3의3의 사업서비스업은 성실신고 판정 때 5억 원 기준을 적용합니다(같은 영 제133조제1항 단서).
업종을 겸영하거나 사업장이 둘 이상이면 수입금액이 가장 큰 주업종을 기준으로 다른 업종 수입금액을 환산해 더한 금액으로 판정합니다(같은 영 제208조제7항, 제133조제2항). 등록번호를 나눠도 이 판정은 피할 수 없습니다.
공통비용은 사업장별로 나누어 적습니다
필요경비에 넣을 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용입니다(소득세법 제27조제1항). 사업장이 여러 곳이면 어느 사업장 수입에 대응하는 비용인지를 장부에서 구분해야 합니다.
다음 두 경우에는 구분이 의무입니다.
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사업장별로 감면을 달리 적용받는 경우: 사업장별 거래 내용이 구분되도록 장부에 기록해야 합니다(소득세법 제160조제5항).
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사업소득에 부동산임대업 소득이 섞인 경우: 소득별로 구분해 회계처리하고, 구분할 수 없는 공통수입금액과 그에 대응하는 공통경비는 각 총수입금액에 비례해 나누어 기록합니다(같은 조 제4항).
사업장별로 감면을 달리 받는 경우에는 조세특례제한법 제143조에 따라 구분경리하고, 그 방법은 법인세법 제113조를 준용합니다(조세특례제한법 시행령 제136조제1항). 이때 공통비용은 업종이 같으면 수입금액 비율, 업종이 다르면 개별 비용 비율로 나누고, 이 방법을 쓸 수 없거나 불합리한 경우에만 작업시간·사용면적 같은 기준을 씁니다(법인세법 시행규칙 제75조제2항, 제76조제6항).
감면과 부동산임대업이 섞이지 않은 사업장이라면 다음 기준으로 나누어 적는 것이 일반적입니다.
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임차료·관리비: 배분 기준 — 사용 면적 · 보관할 근거 — 임대차계약서, 면적 도면
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직원 급여: 배분 기준 — 사업장별 근무 시간 · 보관할 근거 — 근로계약서, 근무 기록
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차량유지비·통신비: 배분 기준 — 사용 실적 · 보관할 근거 — 운행기록, 사용 내역
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그 밖의 공통경비: 배분 기준 — 총수입금액 비율 · 보관할 근거 — 사업장별 수입금액 집계표
이익 사업장의 비용을 적자 사업장으로 옮기면 그해 전체 세금이 줄어 보이지만, 사업장별 소득금액이 실제와 달라져 감면 계산과 성실신고 확인 단계에서 문제가 됩니다. 배분 기준은 해마다 같은 방식으로 적용하고 산정 근거를 함께 보관하십시오. 가사 관련 경비는 어느 사업장에도 넣을 수 없습니다(소득세법 제33조제1항제5호).
사업용계좌는 사업장마다 신고합니다
복식부기의무자는 거래대금 결제와 인건비·임차료 지급에 사업용계좌를 사용해야 하며(소득세법 제160조의5제1항), 복식부기의무자에 해당하는 과세기간 개시일부터 6개월 이내에 신고해야 합니다(같은 조 제3항).
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사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할 세무서장에게 신고합니다(소득세법 시행령 제208조의5제2항).
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한 개의 계좌를 둘 이상 사업장의 사업용계좌로 신고할 수 있고, 한 사업장에 둘 이상 신고할 수도 있습니다(같은 조 제2항 후단·제3항).
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사업장별로 사용해야 할 거래금액, 실제 사용한 금액, 미사용 금액을 구분해 기록·관리해야 합니다(같은 조 제8항).
가산세는 두 갈래입니다. 사용하지 않은 금액의 1천분의 2가 부과되고, 신고 자체를 하지 않으면 수입금액에 미신고기간 비율과 1천분의 2를 곱한 금액과 거래금액 합계액의 1천분의 2 중 큰 금액이 부과됩니다(소득세법 제81조의8제1항). 다만 사업장별 신고를 하지 않고 이미 신고한 다른 사업장의 사업용계좌를 사용한 경우는 미신고 가산세에서 제외됩니다(같은 항 제2호).
여러 사업장 중 한 곳을 접을 때
1.
부가가치세는 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 그 사업장의 확정신고를 합니다(부가가치세법 제49조제1항).
2.
종합소득세는 폐업한 사업장의 그해 소득도 나머지 사업장과 합산해 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 신고합니다(소득세법 제70조제1항). 연중에 문을 닫았다고 그 소득이 빠지지 않습니다.
3.
남은 결손금은 사업장이 아니라 사업자 본인에게 남아 15년 이내 소득에서 순서대로 공제됩니다(같은 법 제45조제3항).
4.
이전 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용이 나중 과세기간에 확정되면, 그 전에 필요경비로 계상하지 않은 것만 확정된 과세기간의 필요경비로 봅니다(같은 법 제27조제2항). 폐업한 사업장의 비용이 다음 해에 확정되는 경우에도 이 기준을 따릅니다.
대표 상황 예시
상황. 음식점 두 곳과 식품 통신판매 한 곳을 본인 명의로 운영하는 사업자가 있습니다. 음식점 두 곳은 이익이 났고, 그해 문을 연 통신판매는 초기 설비와 광고비 때문에 적자입니다. 부가가치세는 사업장마다 신고해 왔고, 통신판매 쪽은 매출이 적어 장부를 따로 만들지 않았습니다.
사업주의 생각. 적자가 난 사업장은 낼 세금이 없으니 그냥 두면 되고, 음식점 세금은 음식점 매출로만 계산되는 것이라고 생각합니다. 통신판매 적자를 음식점 이익에서 빼줄 수 있다는 설명을 들었지만 신고서가 따로인데 어떻게 합쳐지는지 이해하지 못합니다.
판단 포인트. 사업소득금액은 사업장별이 아니라 사업자 한 사람 단위로 계산되므로(소득세법 제19조제2항, 제14조제2항), 통신판매 적자는 음식점 이익에서 차감됩니다. 다만 그 결손은 비치·기록한 장부로 계산했을 때만 인정됩니다(같은 법 제45조제1항). 장부 없이 추계로 신고하면 결손금이 생기지 않으므로 상계도 이월도 되지 않습니다(같은 조 제1항). 이후 연도를 추계로 신고하면 이미 있는 이월결손금도 공제되지 않습니다(같은 조 제4항).
이 상황에서 확인할 자료. 사업장별 수입금액과 필요경비 집계표, 통신판매 사업장의 간편장부 또는 복식장부와 증빙, 두 음식점과 나누어 쓰는 공통비용의 배분 근거(임차 면적, 근무 기록), 사업장별 사업용계좌 신고 여부, 감면을 적용받는 사업장이 있다면 그 사업장의 구분 장부입니다.
결론. 통신판매 사업장도 장부를 만들어 결손금을 확정하고, 세 사업장 소득금액을 합산해 5월에 한 번 신고합니다. 공통비용은 사용 면적과 근무 시간으로 나눈 근거를 남겨 두고, 감면 사업장이 있다면 그 사업장 거래를 구분해 기록합니다. 배분 기준을 어떻게 잡을지는 업종과 계약 형태에 따라 달라지므로 세무대리인에게 확인하십시오.
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매장을 늘릴 때 사업자 분리 vs 통합: 사업장을 나눌지 합칠지 결정하는 단계에서 합산 판정이 어떻게 작동하는지 다룹니다.
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적자인 해일수록 장부를 써야 하는 이유: 결손금을 장부로 확정하는 것과 추계신고의 차이를 자세히 설명합니다.
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지점이 여러 개일 때, 사업자단위과세와 주사업장총괄납부 무엇을 선택할까: 사업장별로 나뉘는 부가가치세 신고를 한 곳으로 묶는 두 제도를 비교합니다.
관련 법령
1.
소득세법 제19조 (사업소득)
→ 사업소득금액을 해당 과세기간의 총수입금액에서 필요경비를 공제한 금액으로 정하고, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 금액을 결손금으로 정합니다. 제14조제2항의 합산 규정과 함께, 사업장별 손익이 사업자 한 사람 단위로 합쳐지는 근거입니다.
2.
소득세법 제14조제2항 (과세표준의 계산)
→ 이자·배당·사업·근로·연금·기타소득금액의 합계액을 종합소득금액으로 정합니다. 사업장이 몇 곳이든 사업소득금액이 하나로 모여 종합소득에 합산되는 근거입니다.
3.
소득세법 제45조 (결손금 및 이월결손금의 공제)
→ 장부로 계산한 결손금을 근로·연금·기타·이자·배당소득금액에서 순서대로 공제하게 하고, 부동산임대업 결손금은 공제를 제한하며, 남은 이월결손금은 15년 이내 소득에서 공제하되 추계신고 시에는 적용하지 않습니다.
4.
소득세법 제160조 (장부의 비치·기록)
→ 사업소득에 부동산임대업 소득이 포함되면 소득별로 구분해 회계처리하고 공통수입금액과 공통경비를 총수입금액에 비례해 나누도록 하며, 사업장별로 감면을 달리 적용받으면 사업장별 거래 내용이 구분되게 기록하도록 정합니다.
5.
소득세법 시행령 제208조의5 (사업용계좌의 신고 등)
→ 사업용계좌를 사업장별로 관할 세무서장에게 신고하게 하되 한 계좌를 둘 이상 사업장에 쓸 수 있도록 허용하고, 사업장별로 사용 대상 금액과 실제 사용액·미사용액을 구분해 기록·관리하게 합니다.
6.
부가가치세법 제6조 (납세지)
→ 부가가치세 납세지를 각 사업장의 소재지로 정해 사업장별 신고·납부 원칙의 근거가 되며, 사업자 단위 과세 사업자는 본점 또는 주사무소를 납세지로 합니다.
위 조문은 2026년 9월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
사업장이 여러 곳인 사업자의 합산 계산과 공통비용 배분은 업종 구성에 따라 결과가 달라지므로, 신고 전에 세무법인청년들 같은 세무대리인과 사업장별 장부부터 점검하시기 바랍니다.
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