제조업은 원재료·재공품·제품 재고와 제조원가 구조 때문에 다른 업종보다 장부와 신고가 까다롭습니다. 작은 공장·임가공 사장님이 꼭 알아야 할 세금의 큰 줄기를 한 번에 정리합니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
작은 공장에서 물건을 직접 만들어 파는 제조업 개인사업자다
남이 맡긴 원재료를 가공만 해 주고 가공료를 받는 임가공(외주가공) 사업을 한다
식품·봉제·금속가공처럼 원재료를 사서 완제품을 만드는 일을 한다
연말에 남은 원재료·반제품·완제품 재고를 어떻게 처리하는지 모른다
원재료 매입 때 낸 부가세를 돌려받을 수 있는지 헷갈린다
단순경비율로 신고해도 되는지, 복식부기로 써야 하는지 막막하다
기계를 새로 샀는데 그해에 전부 비용이 되는지 모른다
대표 상황 예시
작은 금속가공 공장을 운영하는 사장님이 있습니다. 한쪽에서는 철판을 매입해 부품을 만들어 거래처에 납품하고, 다른 한쪽에서는 거래처가 보낸 자재를 받아 절단·가공만 해 주고 가공료를 받습니다. 연말이 되자 창고에는 아직 쓰지 않은 철판, 가공하다 만 반제품, 납품을 기다리는 완제품이 섞여 쌓여 있습니다. 생산은 일당으로 부르는 인부와 상시 직원이 함께 하고, 올해 중고 절단기 한 대를 새로 들였습니다.
사장님은 한 해 동안 산 철판값을 전부 비용으로 넣어도 되는지, 창고에 남은 재고는 어떻게 처리하는지, 가공만 해 준 매출에도 부가세를 붙여야 하는지, 새로 산 기계값을 그해에 다 빼도 되는지 막막합니다. 이 상황에는 제조·임가공 세무의 핵심 쟁점이 모두 들어 있습니다. 아래에서 하나씩 짚어 보겠습니다.
1. 제조업 소득과 제조원가의 구조
제조업에서 버는 소득은 사업소득으로 종합소득세 과세 대상입니다(소득세법 제19조제1항제3호). 소득금액은 한 해 총수입금액에서 필요경비를 뺀 금액이며, 필요경비가 수입을 넘으면 그 초과분이 결손금이 됩니다(소득세법 제19조제2항). 매년 5월에 한 해 소득을 합산해 신고·납부합니다.
제조업의 필요경비에서 가장 큰 비중을 차지하는 것이 제조원가입니다. 제조원가는 보통 세 갈래로 나뉩니다.
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원재료비: 제품을 만드는 데 들어간 재료 (예: 철판·원단·식자재·부자재)
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노무비: 생산에 직접 투입된 인건비 (예: 생산직 상용근로자 급여, 현장 일용직 일당)
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제조경비: 그 밖에 제조에 드는 비용 (예: 전기·가스, 외주가공비, 기계 감가상각, 공장 임차료)
매입이나 제작으로 취득한 자산의 취득가액은 매입가액이나 제작원가에 부대비용(운반비·설치비 등)을 더한 금액으로 계산합니다(소득세법 제39조제2항). 즉 원재료를 사 올 때 든 운반비도 원가에 포함됩니다.
여기서 제조업 사장님이 가장 자주 오해하는 부분이 있습니다. "한 해 동안 산 원재료값 = 그해 비용"이 아니라는 점입니다. 다음 항목에서 보는 재고 처리가 제조업 신고의 핵심입니다.
2. 재고자산 — 제조업 신고의 핵심
도소매업은 사 온 상품을 그대로 팔지만, 제조업은 원재료가 여러 단계를 거쳐 제품이 됩니다. 그래서 연말에 남는 재고도 한 가지가 아닙니다.
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원재료: 아직 가공에 투입하지 않고 창고에 남은 재료
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재공품(반제품): 만들다 만, 아직 완성되지 않은 것
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제품: 완성됐지만 아직 팔리지 않은 것
세법은 한 해 매입·생산한 것 중 연말까지 팔리거나 소비되지 않고 남은 재고는 그해 비용이 아니라 자산으로 남기도록 정하고 있습니다. 보유한 재고자산은 시행령이 정한 평가방법으로 금액을 매겨 장부가액으로 삼습니다(소득세법 제39조제3항 단서).
쉽게 말하면, 한 해 비용으로 인정되는 재료비는 이렇게 계산됩니다.
기초 재고 + 당기 매입 − 기말 재고 = 그해 사용한 재료비
연말 재고를 비용에서 빼지 않고 산 만큼 전부 경비로 넣으면, 실제보다 비용이 부풀려져 나중에 문제가 됩니다. 반대로 재고를 정확히 잡아 두면 이듬해로 비용이 정확히 넘어갑니다.
재고자산 평가방법은 신고로 정합니다
재고에 금액을 매기는 방법은 크게 원가법과 저가법이 있고, 원가법 안에는 개별법·선입선출법·후입선출법·총평균법·이동평균법·매출가격환원법이 있습니다(소득세법 시행령 제91조). 이 가운데 하나를 골라 사업을 시작한 과세기간의 확정신고기한까지 관할세무서에 신고해야 합니다(같은 법 시행령 제94조제1항). 신고하지 않으면 선입선출법으로 평가한 것으로 봅니다.
특히 제조업에 유용한 규정이 있습니다. 재고자산을 제품·상품, 반제품·재공품, 원재료, 저장품으로 구분해 종류별로 각각 다른 평가방법을 적용할 수 있다는 점입니다(같은 법 시행령 제91조제3항). 원재료는 이동평균법, 제품은 총평균법처럼 품목 성격에 맞게 나눠 정할 수 있습니다.
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제품·상품: 완성된 부품, 사 와서 되파는 물건
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반제품·재공품: 가공 중인 중간 단계 물품
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원재료: 투입 전 철판·원단·식자재
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저장품: 소모성 부자재·포장재
한 번 정한 평가방법을 바꾸려면, 바꿔서 적용받으려는 최초 과세기간 종료일 이전 3개월이 되는 날까지 변경신고서를 내야 합니다(같은 법 시행령 제94조제2항). 재고 평가는 소득금액을 좌우하는 만큼, 제품 특성에 맞는 방법을 처음에 정해 두는 것이 좋습니다.
3. 임가공(외주가공) 매출과 부가세
제조업 안에서도 원재료를 직접 사서 완제품을 만들어 파는 경우와 남이 맡긴 자재를 가공만 해 주고 가공료를 받는 임가공은 매출 성격이 다릅니다.
임가공은 원재료의 소유권이 의뢰인에게 있고, 사업자는 가공이라는 역무(서비스)만 제공합니다. 부가가치세법은 이런 역무 제공을 용역의 공급으로 보아 과세 대상으로 정하고 있습니다(부가가치세법 제11조제1항제1호). 따라서 임가공 사업자는 받은 가공료 전액을 매출로 잡고, 거기에 부가가치세를 더해 세금계산서를 발급합니다.
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완제품 제조·판매: 제품 판매가격 전체가 매출(재화의 공급, 부가가치세법 제9조)
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임가공(외주가공): 받은 가공료가 매출(용역의 공급, 부가가치세법 제11조)
둘을 함께 하는 공장이라면, 판매 매출과 가공료 매출을 구분해 기록해 두어야 매출 누락이나 부가세 신고 오류를 막을 수 있습니다.
원재료 매입세액 공제
완제품을 만들어 파는 제조업은 원재료·부자재·소모품을 매입할 때 부가가치세를 함께 냅니다. 이 매입세액은 매출세액에서 공제받습니다(부가가치세법 제38조제1항제1호). 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 부가세를 돌려받는 구조입니다.
다만 공제를 받으려면 세금계산서·신용카드 매출전표·현금영수증 같은 적격증빙을 받아야 합니다. 자재를 현금으로 사고 증빙을 받지 않으면, 매입세액을 공제받지 못해 그만큼 부가세 부담이 커지고 비용 인정에도 불이익이 생깁니다. "현금이 싸다"가 아니라 "증빙을 받아야 매입세액도 살고 비용도 산다"가 제조업에서도 그대로 적용됩니다.
참고로 식품제조업은 부가세에서 한 가지 더 살펴야 합니다. 가공되지 않은 식료품(식용 농·축·수·임산물)의 공급은 부가가치세가 면세이지만(부가가치세법 제26조제1항제1호), 이를 가공·제조하면 과세 대상으로 바뀝니다. 단순 선별·포장 수준인지, 가공으로 보는지에 따라 과세 여부가 갈리므로, 취급 품목의 가공 정도는 세무대리인에게 확인하는 것이 안전합니다.
4. 기준경비율·복식부기 — 제조업의 기준 금액
장부를 어떻게 쓰고 어떻게 신고하느냐는 직전 연도 수입금액과 업종으로 갈립니다. 제조업은 중간 구간에 속합니다.
추계신고할 때: 단순경비율 vs 기준경비율
장부 없이 경비율로 소득을 추산하는 추계신고에서, 제조업의 단순경비율 적용 기준은 직전 연도 수입금액 3,600만 원 미만입니다(소득세법 시행령 제143조제4항제2호나목). 이 미만이면 단순경비율, 이상이면 기준경비율 대상입니다.
기준경비율로 신고할 때는 주요경비(매입비용·임차료, 증빙 있는 종업원 급여·임금·퇴직급여)는 증빙으로 인정하고, 나머지 기타경비만 수입금액에 기준경비율을 곱해 인정합니다(같은 법 시행령 제143조제3항제1호). 원재료비·인건비 비중이 큰 제조업은 주요경비 증빙을 잘 챙기는 것이 곧 세금을 줄이는 길입니다.
주의할 점은 복식부기의무자가 추계신고를 하면 기준경비율의 2분의 1만 기타경비로 인정된다는 것입니다(같은 호 다목 단서). 장부를 써야 하는 사업자가 장부 없이 추계로 신고하면 불이익이 크므로, 가급적 장부를 갖추는 편이 유리합니다.
장부: 간편장부 vs 복식부기
제조업의 복식부기 의무 기준은 직전 연도 수입금액 1억 5천만 원입니다(소득세법 시행령 제208조제5항제2호나목).
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직전 연도 수입금액 1억 5천만 원 이상: 복식부기의무자
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직전 연도 수입금액 1억 5천만 원 미만: 간편장부 대상자
다만 제조업은 원재료·재공품·제품 재고와 제조원가가 얽혀 있어, 금액이 작아 간편장부 대상이더라도 복식부기로 관리하는 편이 원가와 이익을 정확히 보는 데 유리합니다. 복식부기로 신고하면 기장세액공제 등 혜택도 받을 수 있습니다.
5. 생산 인건비와 기계장치 감가상각
제조업은 사람과 설비가 함께 움직입니다. 두 가지 모두 비용처리에 주의할 점이 있습니다.
생산직 인건비 — 일용과 상용 구분
생산 인력은 일당으로 부르는 일용직과 상시 고용한 상용직이 섞이는 경우가 많습니다.
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일용직: 동일 고용주에게 3개월 미만(건설공사는 1년 미만) 고용된 사람에게 주는 일당은 일용근로소득으로 원천징수하고, 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 일용근로 지급명세서를 제출합니다. 이 신고를 해야 일당이 정식 인건비로 인정됩니다.
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상용직: 매월 급여를 주는 직원은 근로소득으로 원천징수하고, 4대보험에 가입합니다.
인건비를 신고 없이 현금으로만 주면, 나중에 비용으로 인정받지 못해 소득세가 늘고 지급명세서 미제출 가산세까지 더해지는 이중 부담이 생깁니다. 생산직 인건비는 빠짐없이 신고해 두어야 제조원가의 노무비로 온전히 인정됩니다.
기계장치 감가상각
제조업의 핵심 자산인 기계·설비는 산 해에 전액 비용처리되지 않습니다. 일정 금액 이상의 기계장치는 감가상각 자산으로 보아 내용연수에 걸쳐 나누어 비용으로 떱니다.
내용연수는 자산·업종별 기준내용연수를 중심으로 ±25% 범위에서 사업자가 선택해 신고한 기간을 적용하며, 신고하지 않으면 기준내용연수를 적용합니다(소득세법 시행령 제63조). 새 기계를 들였다면, 즉시 비용인지 감가상각 자산인지와 내용연수 신고 여부를 세무대리인에게 확인하십시오.
6. 소규모 제조업이 챙길 세액감면
제조업은 중소기업 특별세액감면의 대상 업종입니다(조세특례제한법 제7조제1항제1호마목). 산출세액에 일정 비율을 곱한 금액을 감면받는 제도로, 소규모 제조업이 활용도가 높습니다.
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소기업 · 수도권 외: 제조업 감면율 30%
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소기업 · 수도권: 제조업 감면율 20%
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중기업 · 수도권 외: 제조업 감면율 15%
감면 한도는 연 1억 원입니다. 다만 해당 연도 상시근로자 수가 직전 연도보다 줄면, 감소한 1명당 500만 원씩 한도가 깎입니다(조세특례제한법 제7조제3항). 감면을 받으려면 신고 시 감면신청을 해야 합니다. 소기업·중기업 구분과 수도권 여부에 따라 비율이 달라지므로, 적용 전 요건을 확인하는 것이 좋습니다.
한 해 동안의 신고 흐름
제조·임가공 사장님이 1년간 거치는 세금 신고의 큰 줄기는 다음과 같습니다.
1.
원천세 신고: 생산직 일용 일당이나 상용 급여를 지급했다면, 원천징수한 세금을 매월(또는 반기) 신고·납부하고 일용근로 지급명세서를 제출합니다.
2.
부가가치세 신고: 일반과세자는 1년에 2회(1월·7월) 신고합니다. 제품 판매·가공료 매출세액에서 원재료·부자재 매입세액을 빼서 계산합니다.
3.
종합소득세 신고: 다음 해 5월, 한 해 제조 소득 전체를 합산해 신고합니다. 이때 기말 재고를 평가해 비용에서 빼고, 제조원가와 인건비 신고 내역이 정산되며, 중소기업 특별세액감면을 신청합니다.
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관련 법령
1.
소득세법 제19조 (사업소득) 제1항제3호·제2항
→ 제조업에서 발생하는 소득을 사업소득으로 정하고, 소득금액을 총수입금액에서 필요경비를 뺀 금액으로 규정합니다. 제조업 종합소득세 과세의 출발점입니다.
2.
소득세법 제39조 (총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등) 제2항·제3항
→ 취득가액을 매입가액·제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 정하고(제2항), 재고자산은 대통령령이 정한 방법으로 평가한 가액을 장부가액으로 삼도록 합니다(제3항). 제조원가와 재고 평가의 근거입니다.
3.
소득세법 시행령 제91조 (재고자산 평가방법)
→ 재고자산 평가방법을 원가법(개별법·선입선출법 등)과 저가법으로 정하고, 제품·반제품(재공품)·원재료·저장품을 종류별로 구분해 각각 다른 방법으로 평가할 수 있도록 합니다.
4.
소득세법 시행령 제94조 (재고자산등의 평가방법의 신고) 제1항·제2항
→ 재고자산 평가방법을 사업개시 과세기간의 확정신고기한까지 신고하도록 하고, 변경 시 적용 과세기간 종료일 3개월 전까지 변경신고하도록 정합니다.
5.
부가가치세법 제11조 (용역의 공급) 제1항제1호 및 제38조 (공제하는 매입세액) 제1항제1호
→ 가공 역무의 제공을 용역의 공급으로 보아 임가공 매출을 과세하고(제11조), 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 매입세액을 매출세액에서 공제하도록 합니다(제38조).
6.
소득세법 시행령 제143조 (추계결정 및 경정)·제208조 (장부의 비치ㆍ기록) 및 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)
→ 제조업의 단순경비율 기준(직전 수입 3,600만 원)·복식부기 기준(1억 5천만 원)과, 제조업 중소기업 특별세액감면(소기업 수도권 외 30% 등, 한도 1억 원)의 근거입니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 제조·임가공 사업자의 제조원가 집계와 재고자산 평가, 매입세액 관리를 함께 점검하고 있습니다.