사업주 납입금은 손금·필요경비 산입, 청년 수령액은 소득세 최대 90% 감면. 인접 고용 세액공제와 병행 가능하지만 중도해지 시 익금 환입과 청년 측 추징 위험이 따릅니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
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청년 직원을 5년 이상 장기 재직시키고 싶은 중소기업 또는 중견기업 사업주
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인건비 부담을 정부 매칭으로 분담하면서 회계상 비용 처리도 정리하고 싶은 경영자
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청년재직자 내일채움공제에 가입했거나 가입을 검토 중인 사업주
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통합고용세액공제 등 인접 정부지원 제도와 어떻게 병행되는지 확인이 필요한 담당자
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중도해지·청년 퇴사 시 그동안 손금으로 잡았던 금액의 처리 방향이 궁금한 실무자
청년재직자 내일채움공제란
청년재직자 내일채움공제는 중소벤처기업부가 정책 설계, 중소벤처기업진흥공단이 운영을 담당하는 청년 장기재직 유도 제도입니다. 청년 직원·기업·정부(혹은 운영기관)가 정해진 비율로 매월 적립금을 납입하고, 청년이 5년 만기 시점까지 동일 기업에서 재직하면 적립된 원리금 전액과 일부 추가 보상을 목돈으로 수령합니다.
법적 근거는 중소기업 인력지원 특별법 제35조의2(중소기업 청년근로자 및 핵심인력 성과보상기금의 설치)와 제35조의5(성과보상기금의 용도)에 있으며, 같은 법 제35조의3에 따라 사업주가 부담하는 금액을 기여금으로 정의합니다. 세제 측면의 혜택은 조세특례제한법 제29조의6(중소기업 청년근로자 및 핵심인력 성과보상기금 수령액에 대한 소득세 감면 등)에 명시되어 있습니다.
청년재직자 내일채움공제는 2026년 5월 현재 "청년재직자 내일채움공제 플러스" 형태로 운영되고 있으며, 가입 가능 연령·기업 규모·매칭 비율·납입 기간은 매년 중기부 공지에 따라 변동됩니다. 가입 직전에 반드시 중소벤처기업진흥공단 공식 공지를 확인하시기 바랍니다.
사업주 납입금의 손금산입
청년재직자 내일채움공제에 사업주가 납입하는 기여금은 회계상 인건비 또는 복리후생비 성격의 비용입니다. 세무상 처리 방향은 다음과 같습니다.
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법인: 인건비·복리후생비 등 비용 계상 / 법인세 손금 산입 / 근거: 법인세법 제19조
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개인사업자: 인건비·복리후생비 등 비용 계상 / 종합소득세 필요경비 산입 / 근거: 소득세법 제27조
법인세법 제19조 제2항은 "그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것"을 손비로 인정합니다. 청년재직자 내일채움공제 납입금은 직원에 대한 보상 성격으로 사업 관련성이 명확하므로 한도 없이 손금에 산입됩니다.
개인사업자는 소득세법 제27조 제1항에 따라 "해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것"을 필요경비로 산입합니다. 마찬가지로 별도 한도가 없는 일반 필요경비입니다.
납입 시점은 실제 회사 계좌에서 운영기관으로 자금이 빠져나간 월 또는 그 월이 속하는 사업연도입니다. 발생주의 원칙에 따라 미납 보험료처럼 미지급 비용을 잡지는 않으며, 실제 납입 월에 비용으로 계상하면 됩니다.
청년이 받는 소득세 감면 (조특법 §29의6)
청년재직자 내일채움공제는 사업주 납입금이 단순한 비용 처리에 그치는 것이 아니라, 청년이 만기 수령할 때 소득세 감면이라는 강한 인센티브로 연결되는 구조입니다. 조세특례제한법 제29조의6은 청년이 받는 공제금 중 기업이 부담한 기여금 부분에 대해 다음과 같이 감면합니다.
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중소기업 청년 근로자: 소득세의 90% 감면
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중견기업 청년 근로자: 소득세의 50% 감면
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중소기업 청년 외 핵심인력: 소득세의 50% 감면
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중견기업 청년 외 핵심인력: 소득세의 30% 감면
이 감면은 사업주의 세금이 아니라 청년 직원의 소득세를 깎아주는 제도입니다. 다만 청년에게 들어가는 실수령 효과가 크므로 사업주는 채용·재직 협상 시 "회사가 절반을 부담해서 5년 뒤 세금까지 90% 감면된 목돈을 받는다"는 점을 설명하는 협상 카드로 활용할 수 있습니다.
청년이 본인이 납입한 원금과 기여금을 제외한 추가 운용 수익은 같은 조 제2항에 따라 이자소득으로 과세됩니다. 즘 회사 기여금 → 근로소득 + 감면, 운용 수익 → 이자소득으로 과세 흐름이 분리됩니다.
가입 가능 기간은 조특법 제29조의6 제1항에 따라 2027년 12월 31일까지이며, 일몰 연장 여부는 매년 세법 개정안을 통해 확인할 필요가 있습니다.
인접 세액공제와의 연계 (통합고용세액공제)
청년재직자 내일채움공제 가입은 별도의 인건비 추가 세액공제로 직결되지는 않지만, 인접 제도와 병행 적용이 가능합니다. 대표적으로 통합고용세액공제(조특법 제29조의8)와의 연계가 핵심입니다.
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청년재직자 내일채움공제: 인건비 손금산입 + 청년 소득세 감면 / 산정 기준: 사업주 납입 기여금 / 사후관리: 중도해지 시 환급액 익금 환입 / 근거: 조특법 제29조의6
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통합고용세액공제: 사업주 세액 직접 공제 / 산정 기준: 청년 정규직 등 상시근로자 증가 인원 / 사후관리: 2년 내 근로관계 종료 시 공제세액 추징 / 근거: 조특법 제29조의8
같은 청년 직원이라도 청년재직자 내일채움공제 가입(사업주 비용 측면)과 통합고용세액공제(사업주 세액 측면)는 별개의 트랙으로 작동합니다. 즉 신규 채용한 청년을 정규직으로 1년 이상 고용하면 통합고용세액공제 청년 정규직 가산을 받고, 그 청년을 청년재직자 내일채움공제에 가입시키면 별도로 손금산입 효과까지 함께 누리는 구조입니다.
다만 동일한 인건비를 두 곳에서 중복 가산하는 식의 이중 적용은 불가하며, 통합고용세액공제는 어디까지나 상시근로자 수 증가를 기준으로 인원 단위로 계산한다는 점을 혼동하지 말아야 합니다.
가입과 운영 흐름
1.
사업주 신청 — 중소벤처기업진흥공단 내일채움공제 누리집에서 사업주 회원가입 후 청약 신청. 사업자등록증·기업 규모 증빙 자료 제출.
2.
청년 신청 — 청년 직원이 본인 인증 후 가입 신청. 연령 요건은 매년 변동되므로 공식 공지 확인 필요.
3.
계약 체결 — 사업주, 청년, 운영기관 3자가 공제 계약을 체결하고 납입 금액·기간·매칭 비율을 확정.
4.
월별 납입 — 사업주·청년이 약정 금액을 매월 납입. 정부(또는 매칭 자금)는 일정 기간 또는 일정 시점에 정해진 비율로 추가 적립.
5.
회계 처리 — 사업주는 납입 월에 인건비·복리후생비 계정으로 비용 계상. 결산 시 손금·필요경비 산입.
6.
만기 수령 — 청년이 5년 만기까지 동일 기업에 재직하면 적립금과 운용 수익을 일시에 수령. 이 시점에 청년의 소득세 감면이 적용됨.
가입 직후 1년 이상 회사가 계속 납입해야 하므로 인건비 부담을 분명히 인지한 상태에서 가입을 결정해야 합니다.
중도해지 추징 위험
청년재직자 내일채움공제의 가장 큰 운영 리스크는 중도해지입니다. 사유에 따라 환급액 귀속이 달라지고, 그에 따라 세무 처리가 분기됩니다.
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회사 사정으로 해지 — 휴·폐업, 임금체불, 부도 등 회사 귀책 사유로 해지되는 경우 청년이 그동안 적립된 기여금 일부를 가져갈 수 있으며, 조특법 제29조의6 제1항 단서에 따라 3년 미만 납입이라도 부득이한 사유로 인정되면 청년의 소득세 감면이 유지됩니다.
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청년 귀책 사유로 해지 — 청년이 자발적으로 퇴사하거나 본인 부담금을 일정 기간 납입하지 않아 해지되는 경우, 회사 기여금 중 일부는 회사에 환급되고 일부는 청년에게 귀속됩니다.
회사 입장의 세무 처리:
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회사 귀책 해지: 회사가 받는 환급액 거의 없음 — 추가 환입 없음. 기존 손금 유지.
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청년 귀책 해지: 잔여 기여금 일부 환급 — 환급액을 당기 익금에 산입 (잡이익 또는 인건비 차감).
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청년 정상 만기 수령: 회사 환급액 없음 — 추가 환입 없음. 기존 손금 유지.
청년 퇴사로 환급액이 회사로 돌아온다면 그동안 손금으로 산입했던 금액을 사후 추징당하는 것이 아니라, 환급받은 그 금액만큼만 받은 연도의 익금으로 산입합니다. 즘 과거 사업연도의 손금을 부인하는 방식이 아니라, 익금 환입 방식으로 정리됩니다.
사례 — 중소기업이 청년 마케팅 매니저를 가입시킨 경우
수도권에 본사를 둔 디자인 에이전시 A사(상시근로자 12명, 중소기업)는 2025년 7월 입사한 만 28세 마케팅 매니저 K를 장기 재직시키기 위해 청년재직자 내일채움공제에 가입시켰습니다. 가입 직후부터 사업주는 매월 약 30만 원, 청년 K도 매월 약 20만 원을 납입하기 시작했습니다.
A사의 2026년 사업연도 손금산입 효과는 다음과 같이 정리됩니다.
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사업주 월 납입금 30만 원 × 12개월 = 연 360만 원
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회계 처리: 매월 인건비(또는 복리후생비)로 비용 계상
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세무 처리: 법인세법 제19조에 따라 전액 손금 산입, 별도 한도 없음
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절세 효과: 법인세율 9% 구간이라면 약 32만 원, 19% 구간이라면 약 68만 원 절세
A사는 같은 청년 K가 신규 채용으로 인한 상시근로자 증가 인원 1명에 해당했기 때문에, 통합고용세액공제(조특법 제29조의8) 청년 정규직 인원 가산도 별도로 신청하여 받았습니다. 두 제도가 충돌하지 않고 병행 적용된다는 점을 세무대리인이 확인해주었기 때문입니다.
다만 A사는 가입 시점에 다음 두 가지 리스크도 함께 점검해두었습니다.
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K가 만약 2년 후 퇴사하면 회사에 환급되는 기여금이 발생하고, 그 금액만큼 당기 익금으로 환입해야 한다는 점
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통합고용세액공제는 공제받은 청년이 정규직 전환일로부터 2년 안에 근로관계가 종료되면 공제세액 상당액을 추징당한다는 조특법 제29조의8 제7항 규정
이 두 리스크를 케이스 단위로 별도 관리하기 위해 A사는 회계 시스템에 "청년재직자 내일채움공제 가입자" 태그를 달아 매월 납입 내역과 통합고용세액공제 사후관리 기한을 함께 모니터링하는 방식을 도입했습니다.
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통합고용세액공제 적용과 주의사항
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청년창업중소기업 세액감면
관련 법령
1.
조세특례제한법 제29조의6 (중소기업 청년근로자 및 핵심인력 성과보상기금 수령액에 대한 소득세 감면 등)
→ 2027년 12월 31일까지 청년재직자 내일채움공제 등 성과보상기금에 가입한 중소·중견기업의 청년 근로자가 3년 이상 납입 후 공제금을 수령하면, 회사 기여금 부분을 근로소득으로 보되 중소기업 청년은 소득세의 90%, 중견기업 청년은 50%를 감면합니다.
2.
조세특례제한법 제29조의8 (통합고용세액공제)
→ 2026–2028년 과세연도에 상시근로자 수가 증가한 경우, 청년 정규직 등 증가 인원에 대한 세액공제를 적용합니다.
3.
중소기업 인력지원 특별법 제35조의2
→ 중소벤처기업부장관이 성과보상기금을 설치하는 근거 조항입니다.
4.
중소기업 인력지원 특별법 제35조의5
→ 성과보상기금의 용도를 규정합니다.
5.
법인세법 제19조 (손금의 범위)
→ 청년재직자 내일채움공제 납입금은 인건비 성격의 통상 비용으로 손금에 산입됩니다.
6.
소득세법 제27조 (사업소득의 필요경비의 계산)
→ 개인사업자의 청년재직자 내일채움공제 납입금은 필요경비에 산입됩니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 청년재직자 내일채움공제 가입을 검토 중인 중소기업의 손금산입 처리와 인접 고용 세액공제 연계 자문을 함께 다루고 있습니다.