국세청이 매년 11–12월 사전 계획서를 받아 다음 해 정기 세무조사 유예와 부가세 조기환급 등을 제공하는 행정 지원 제도입니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 항목 중 하나라도 해당된다면 본 제도를 적극 검토할 만합니다.
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「조세특례제한법」상 중소기업으로 다음 연도에 정규직 채용을 늘릴 계획이 있다
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다음 연도에 사업장·기계장치 등 시설투자를 확대할 계획이 있다
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정기 세무조사 부담 없이 사업 운영에 집중하고 싶다
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부가가치세 환급을 정상 절차보다 빠르게 받아 자금 흐름을 개선하고 싶다
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통합고용세액공제·통합투자세액공제와는 별도로 행정 우대를 받고 싶다
본 제도의 시행시점·구체적인 매출 한도·계획서 양식은 매년 국세청 발표에 따라 달라지므로, 신청 전 국세청 공지(보도자료·지방국세청 안내문)를 반드시 확인하셔야 합니다.
제도 개요
일자리창출·투자확대 기업 세정 지원은 법령상 세액공제가 아닌 국세청의 행정 시책입니다. 매년 하반기에 국세청이 다음 연도 분 계획서를 모집하고, 사전 신청을 한 기업이 계획을 성실히 이행하면 다음 두 가지 행정 우대를 제공합니다.
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정기 세무조사 유예: 다음 해 정기 세무조사 대상 선정에서 제외 (국세청 행정시책)
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부가가치세 조기환급 우대: 환급 처리 기간 단축 및 우선 검토 (「부가가치세법」 제59조 일반 제도 + 행정 우대)
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납부기한 연장 우대: 자금난 등 발생 시 연장 신청 우대 (「국세징수법」 제13조)
세무조사 유예는 해당 연도 한정이며 매년 재신청이 필요합니다. 비정기 조사(혐의 발견·제보 등)는 본 제도와 무관하게 진행될 수 있으므로 면제로 이해하지 마십시오.
신청 대상 — 중소기업 판정 기준
세정지원 대상은 통상 「조세특례제한법」상 중소기업으로서 일정 매출 한도 이하인 기업입니다. 매출 한도·세부 업종 요건은 국세청이 매년 발표하므로 직접 확인하셔야 하며, 중소기업 여부는 다음 네 가지 요건을 모두 충족해야 인정됩니다.
1.
규모 기준 — 업종별 매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조의 기준 이내일 것
2.
자산 기준 — 자산총액이 5,000억 원 미만일 것
3.
독립성 기준 — 상호출자제한기업집단에 속하지 않고, 자산총액 5,000억 원 이상인 법인이 지분 30% 이상을 소유한 최다출자자가 아닐 것
4.
업종 기준 — 소비성 서비스업(주점·유흥업 등) 등 정책적으로 제외되는 업종이 아닐 것
기업 규모가 중소기업을 벗어나는 시점에는 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제5항 유예 규정(통상 3년)을 별도로 확인해야 합니다.
신청 절차
신청은 사전 계획서 제출 → 다음 연도 이행 → 결과 확인 3단계로 운영됩니다.
1.
사전 계획서 작성 — 다음 연도 고용 증가 인원 수 또는 신규 투자 자산 종류·금액을 구체적으로 기재합니다.
2.
관할 세무서 제출 — 국세청이 정하는 양식으로 통상 11–12월 중 제출합니다. 정확한 마감일과 양식은 매년 변경되므로 국세청 공지를 확인하십시오.
3.
다음 연도 이행 — 제출한 계획대로 인원을 채용하거나 자산에 투자합니다.
4.
이행 확인 — 다음 연도 결산 후 관할 세무서가 이행 여부를 확인합니다.
5.
혜택 적용 — 이행 확인이 완료되면 정기 세무조사 유예, 부가세 조기환급 우대 등이 자동 적용됩니다.
계획서를 사실과 다르게 제출하거나 이행하지 못한 경우 지원이 취소되고, 세무조사 대상에 다시 포함될 수 있습니다. 실현 가능한 범위에서 보수적으로 작성하는 것이 안전합니다.
인접 세제혜택 — 별도 신청이 필요한 법령상 공제
세정지원과 별도로, 고용 확대·시설투자에 대해서는 법령상 세액공제를 함께 신청할 수 있습니다. 두 제도는 중복 적용이 가능합니다.
통합고용세액공제 (「조세특례제한법」 제29조의8)
상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 어느 한 해보다 증가하면, 증가 인원 수에 일정 금액을 곱한 세액을 소득세 또는 법인세에서 공제합니다.
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청년·장애인·60세 이상·경력단절 근로자 증가분에는 상시근로자 일반분보다 높은 공제액이 적용됩니다.
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공제 후 2년간 상시근로자 수가 감소하면 공제세액이 추징됩니다.
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정규직 전환·육아휴직 복귀자에 대해서는 중소기업 1,300만 원, 중견기업 900만 원의 별도 공제가 적용됩니다.
통합투자세액공제 (「조세특례제한법」 제24조)
기계장치·사업용 자산·연구개발 시설 등에 신규 투자 시, 투자금액의 일정 비율을 세액공제합니다. 신성장·원천기술 자산과 국가전략기술 자산에는 우대 공제율이 적용됩니다.
연구·인력개발비 세액공제 (「조세특례제한법」 제10조)
R&D 비용에 대해 별도 공제가 적용되며, 사전심사 제도를 활용하면 신청 전에 공제 가능 여부를 확인할 수 있습니다.
일자리안정자금과의 구분
일자리안정자금은 고용노동부의 직접 보조금으로, 본 제도와 전혀 다른 절차로 신청합니다. 일자리안정자금 제도 자체는 2022년 종료되었고, 현재는 두루누리 사회보험료 지원, 청년 일자리 도약 장려금 등으로 이어지고 있습니다. 국세청 세정지원은 세무 행정 우대 중심이고, 고용 보조금은 별도 부처에서 별도 신청해야 한다는 점을 혼동하지 마십시오.
납부기한 연장과의 결합 활용
세정지원 대상 기업이라도 사업에 현저한 손실이 발생하거나 자금 사정이 어려워지면 별도로 납부기한 연장을 신청할 수 있습니다. 「국세징수법」 제13조에 따른 연장은 다음과 같이 운영됩니다.
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신청 시점 — 납부기한 만료일 10일 전까지 신청
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무응답 시 의제 — 세무서가 신청일로부터 10일 이내에 승인 여부를 통지하지 않으면 신청한 것으로 본 것으로 의제됩니다.
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연장 사유 — 재난·도난, 사업상 현저한 손실, 부도·도산 우려, 6개월 이상 치료 필요한 질병 등
신고기한 자체의 연장은 「국세기본법」 제6조의 천재지변 등 사유로 별도 신청합니다. 두 조문은 적용 대상이 다르므로 상황에 맞춰 활용하셔야 합니다.
사후관리 — 추징 위험 점검
세정지원과 법령상 세액공제 모두 사후관리 단계에서 추징 위험이 있습니다.
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계획서 이행 — 채용 인원, 투자 자산이 계획서대로 집행되었는가
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통합고용세액공제 — 공제 후 2년간 상시근로자 수 유지 여부
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통합투자세액공제 — 투자 자산 처분·임대 여부 (처분 시 추징)
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중소기업 졸업 — 매출 증가로 중소기업 요건을 벗어나는 시점 확인
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결산조정 vs 신고조정 — 공제 신청 방식이 정확한지 확인
특히 통합고용세액공제는 공제 다음 해에 상시근로자 수가 한 명이라도 감소하면 공제세액이 추징될 수 있으므로, 일시 채용보다 안정적 고용 계획을 권장합니다.
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관련 법령
1.
조세특례제한법 제29조의8 (통합고용세액공제)
→ 상시근로자 수 증가분에 대해 청년·장애인·경력단절 근로자 등 우대 구분에 따라 소득세 또는 법인세를 공제합니다. 공제 후 2년 내 상시근로자 수가 감소하면 공제세액이 추징됩니다.
2.
조세특례제한법 제29조의5 (청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)
→ 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 청년 정규직 근로자 증가분에 적용되던 한시 공제로, 현재는 통합고용세액공제로 흡수되었으나 사후관리·추징 규정의 모태가 되는 조문입니다.
3.
국세징수법 제13조 (재난 등으로 인한 납부기한등의 연장)
→ 사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도·도산 우려가 있는 경우 세무서장이 납부기한을 연장할 수 있고, 만료일 10일 전 신청 후 10일 이내에 응답이 없으면 승인된 것으로 의제됩니다.
4.
국세기본법 제6조 (천재 등으로 인한 기한의 연장)
→ 천재지변 등 사유로 신고·신청 등을 정해진 기한까지 할 수 없는 경우 세무서장이 그 기한을 연장할 수 있습니다. 납부기한이 아닌 신고기한 연장의 근거 조문입니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 일자리창출·투자확대 계획서 작성과 통합고용세액공제·통합투자세액공제 동시 적용 검토를 함께 진행합니다.
세무법인청년들 | 원문: