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휴게시간 근로시간, 실제로 못 쉬었다면 시급·연장수당·퇴직금은 이렇게 달라집니다

작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-10-09
근로계약서에 휴게시간 1시간을 적어 두었어도 그 시간에 손님 응대나 전화 대기를 했다면 근로시간으로 볼 수 있습니다. 이때 바뀌는 것은 시급이 아니라 연장수당과 퇴직 전 3개월 임금 총액이며, 상시 5명 이상인지에 따라 50% 가산 여부가 갈립니다. 나중에 지급하는 임금은 실제로 일한 해의 근로소득으로 원천징수합니다.
이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.

나에게 해당하는가?

근로계약서에 휴게시간을 적어 두었지만, 직원이 그 시간에도 매장을 지키거나 전화를 받습니다.
퇴사하는 직원이 휴게시간에 일한 몫을 퇴직금에 반영해 달라고 요청했습니다.
직원 시급을 계산할 때 계약상 시간과 실제 근무시간 중 무엇으로 나눠야 할지 헷갈립니다.
몇 달 또는 몇 년 치 수당을 한꺼번에 지급해야 할 상황이고, 원천세 처리가 걱정됩니다.
상시 직원이 5명 미만이라 가산수당 규정이 적용되는지 확실하지 않습니다.
하나라도 해당하면 아래 순서로 확인하십시오.
이 글의 범위. 휴게시간이 실제로 근로시간에 해당하는지, 미지급 임금이 있는지에 대한 최종 판단은 공인노무사 상담이나 고용노동부(지방고용노동관서)의 영역입니다. 이 글은 근로시간으로 인정될 경우의 계산 구조와 세무 처리만 안내합니다.

휴게시간과 근로시간을 가르는 기준

근로기준법은 휴게시간을 근로자가 자유롭게 이용할 수 있는 시간으로 정하고, 작업을 위해 사용자의 지휘·감독 아래에 있는 대기시간은 근로시간으로 봅니다. 대법원도 실제로 일하지 않은 휴식·대기시간이라도 자유로운 이용이 보장되지 않고 실질적으로 지휘·감독을 받았다면 근로시간에 포함된다고 판단했습니다(대법원 2024. 11. 14. 선고 2021다220062 판결).
판단 요소
휴게시간에 가까운 경우
근로시간에 가까운 경우
자유 이용
외출·식사·개인 용무를 자유롭게 함
자리를 비우려면 허락을 받아야 함
호출·응대 의무
손님·전화 응대 의무가 없음
손님이 오면 응대해야 하고 전화를 받아야 함
장소 제한
휴게실이나 매장 밖에서 쉴 수 있음
카운터나 매장 안에 머물러야 함
사용자의 간섭
휴게 중 업무 지시가 없음
휴게 중에도 업무 지시·확인이 이어짐
대체 인력
다른 직원이 업무를 맡음
혼자 근무라 업무를 넘길 사람이 없음
법원은 근로계약서·취업규칙 내용, 업무 방식, 휴게 장소가 있는지 등 여러 사정을 종합해 사안마다 판단합니다. 표의 오른쪽 항목이 많을수록 근로시간으로 인정될 가능성이 커지지만, 한두 항목만으로 결론이 나지는 않습니다.

실제로 많이 나오는 상황

상황. 직원 여섯 명 남짓을 둔 음식점이 있습니다. 홀 직원의 근로계약서에는 하루 9시간 근무 중 손님이 적은 오후에 1시간을 휴게시간으로 적었습니다. 그런데 그 시간에도 홀에는 이 직원 한 명만 남아 포장 손님을 받고 예약 전화를 받았습니다. 월급은 200만 원대 중반이었고, 몇 년 근무한 뒤 퇴사하면서 휴게시간에 일한 몫과 퇴직금 계산 기준을 물어 왔습니다.
사업주의 생각. 계약서에 휴게시간 1시간이 분명히 적혀 있고, 손님이 오면 잠깐 응대한 것뿐이니 근로시간이 아니라고 생각했습니다. 또 근로시간이 늘어난다면 시급이 낮아지는 것이 아닌지, 퇴직금은 어떤 금액을 기준으로 다시 계산해야 하는지도 헷갈렸습니다.
판단 포인트. 순서는 세 가지입니다.
1.
그 1시간이 휴게시간인지 근로시간인지: 혼자 홀을 지키며 응대해야 했다면 위 표의 오른쪽에 가깝습니다. 최종 판단은 노무사·고용노동부 영역입니다.
2.
근로시간으로 인정되면 무엇이 늘어나는지: 하루 실제 근로시간이 8시간에서 9시간이 되어 1시간이 연장근로가 됩니다. 시급은 그대로이고 연장수당이 새로 생깁니다.
3.
퇴직금이 실제로 달라지는지: 평균임금과 통상임금 중 높은 쪽으로 계산하므로, 수당이 붙어도 퇴직금이 그대로인 경우가 있습니다.
이 상황에서 확인할 자료.
근로계약서·취업규칙: 휴게시간과 소정근로시간을 어떻게 정했는지 확인합니다.
출퇴근 기록·근무표: 혼자 근무한 시간대가 언제인지 보여 줍니다.
포스(POS) 결제 기록·전화 예약 기록: 휴게시간대에 실제 응대가 있었는지 보여 줍니다.
급여대장·임금명세서: 지금까지 어떤 수당을 지급했는지 확인합니다.
퇴직 전 3개월의 임금 지급 내역: 평균임금 계산에 들어갈 금액입니다.
결론. 먼저 노무사와 근로시간 해당 여부를 확인하고, 인정 범위가 정해지면 그 시간만큼 연장수당을 계산합니다. 퇴직금은 수당을 더한 평균임금과 통상임금을 비교해 높은 쪽으로 다시 계산하고, 추가로 지급하는 금액은 일한 해의 근로소득으로 원천징수합니다.

시급은 바뀌지 않습니다: 통상임금은 소정근로시간 기준

실제 근로시간이 늘면 시급이 낮아진다고 생각하기 쉽지만, 통상임금 시급은 실제 근로시간으로 나누지 않습니다. 근로기준법 시행령 제6조는 월급으로 정한 임금을 월의 통상임금 산정 기준시간 수로 나누도록 정합니다. 이 시간은 1주 소정근로시간과 소정근로시간 외에 유급으로 처리되는 시간을 더한 뒤 월 단위로 환산한 시간입니다.
구분
무엇으로 계산하나
이 사례에서
통상임금 시급
월급 ÷ 월 통상임금 산정 기준시간
그대로 유지
실제로 더 일한 시간
시급 × 시간 × 가산율
연장수당으로 새로 지급
평균임금
퇴직 전 3개월 임금 총액 ÷ 그 기간 총일수
연장수당만큼 늘어남
주 40시간에 주휴 8시간을 더하면 1주 48시간이고, 1년 평균 주의 수(365 ÷ 7)를 곱해 12로 나누면 약 208.6시간입니다. 이 글의 계산 예시는 209시간으로 맞춥니다. 주휴수당이 포함된 월급이나 시급에서 순수 소정근로 대가를 역산하는 방법은 아래 함께 보면 좋은 글에서 따로 다룹니다.

근로시간으로 인정되면 숫자가 어떻게 바뀌나 (상시 5명 이상)

계산 예시의 전제는 다음과 같습니다. 월급 250만 원(주휴 포함), 월 통상임금 산정 기준시간 209시간, 하루 1시간 휴게시간 전부가 근로시간으로 인정되고 한 달 근무일은 21일, 퇴직 전 3개월 총일수는 92일로 가정합니다.
단계
계산
결과
① 통상임금 시급
250만 원 ÷ 209시간
약 11,962원
② 월 연장수당
11,962원 × 1.5 × 21시간
약 37만 7천 원
③ 최근 3년 미지급액
약 37만 7천 원 × 36개월
약 1,356만 원
④ 평균임금(가산 전)
750만 원 ÷ 92일
약 81,522원
⑤ 평균임금(가산 후)
(750만 원 + 약 113만 원) ÷ 92일
약 93,809원
⑥ 통상임금 일급
11,962원 × 8시간
약 95,694원
연장근로에는 통상임금의 50% 이상을 가산하므로(근로기준법 제56조 제1항) ②에서 1.5를 곱합니다. 임금채권의 소멸시효가 3년이라(근로기준법 제49조) ③은 최근 3년을 기준으로 잡았습니다. 실제 금액은 연도별 임금 인상분과 인정되는 시간에 따라 달라집니다.

퇴직금은 그대로일 수도 있습니다

평균임금이 통상임금보다 적으면 통상임금을 평균임금으로 씁니다(근로기준법 제2조 제2항). 이 예시는 연장수당을 더해도 평균임금(약 93,809원)이 통상임금 일급(약 95,694원)보다 낮으므로, 퇴직금은 처음부터 통상임금으로 계산되고 있었고 1년당 약 287만 1천 원(95,694원 × 30일)에서 변하지 않습니다.
하루 인정 시간
3개월 평균임금
퇴직금 계산에 쓰는 금액
1년당 퇴직금
5년 근속 시 차이
연장 없음
약 81,522원
통상임금 약 95,694원
약 287만 1천 원
기준
1시간
약 93,809원
통상임금 약 95,694원
약 287만 1천 원
0원
2시간(휴게 1시간 + 마감 1시간)
약 106,095원
평균임금 약 106,095원
약 318만 3천 원
약 156만 원 증가
월급만 받는 직원은 퇴직금이 이미 통상임금 기준으로 계산되는 경우가 많아, 수당이 조금 붙는 정도로는 퇴직금이 늘지 않을 수 있습니다. 반대로 인정 시간이 길거나 다른 수당이 함께 있으면 평균임금이 통상임금을 넘어 퇴직금이 늘어납니다. 추가로 인정된 임금을 퇴직 전 3개월 임금 총액에 어떻게 넣을지는 노무사와 함께 확정하십시오.

상시 5명 미만 사업장은 무엇이 다른가

상시 4명 이하 사업장에는 근로기준법 시행령 별표 1에 열거된 규정만 적용됩니다. 근로시간과 휴식에 관한 장에서는 제54조(휴게) 등만 들어 있고, 제50조(근로시간 한도와 대기시간 규정)와 제56조(연장·야간·휴일 가산)는 빠져 있습니다.
항목
상시 5명 이상
상시 5명 미만
휴게시간 부여·자유 이용(제54조)
적용
적용
1주 40시간·1일 8시간 한도(제50조)
적용
미적용
연장근로 50% 가산(제56조)
적용
미적용
평균임금이 통상임금보다 적을 때 통상임금 적용(제2조)
적용
적용
퇴직금(근로자퇴직급여 보장법)
적용
적용
같은 예시를 5인 미만 사업장에 대입하면 50% 가산은 붙지 않습니다. 실제로 더 일한 시간에 시급만 반영하는 경우라면 월 약 25만 1천 원(11,962원 × 21시간), 3년이면 약 904만 원입니다. 이 시간에 임금을 지급해야 하는지는 근로계약 내용과 실제 근로 여부에 따라 판단되므로 노무사·고용노동부 확인이 필요합니다. 퇴직금은 5인 미만에도 적용되므로 평균임금과 통상임금 비교는 똑같이 거칩니다.

나중에 지급하는 임금의 원천징수와 지급명세서

다툼이 정리되어 수당을 한꺼번에 지급하게 되면 세무 처리 순서를 따로 챙겨야 합니다.
1.
귀속연도 나누기: 급여의 수입시기는 근로를 제공한 날입니다(소득세법 시행령 제49조 제1항 제1호). 2026년에 지급하더라도 2024년에 일한 몫은 2024년 근로소득입니다.
2.
원천징수 시기 확인: 1월부터 11월까지의 근로소득을 그 해 12월 31일까지 지급하지 않으면 12월 31일에 지급한 것으로 보아 원천징수하고, 12월분은 다음 해 2월 말일에 지급한 것으로 봅니다(소득세법 제135조 제1항·제2항).
3.
이미 끝난 연말정산 확인: 지난 연도 몫이 포함되면 그 해 연말정산 결과와 근로소득 지급명세서를 다시 계산해야 할 수 있습니다. 귀속연도별로 고칠 범위를 세무대리인과 정하십시오.
4.
퇴직금 재계산 반영: 퇴직금이 늘었다면 늘어난 퇴직금으로 퇴직소득세를 다시 계산하고 퇴직소득 지급명세서도 맞춥니다.
5.
지급 기록 남기기: 수당 산정 근거(인정 시간·시급·가산율)를 임금명세서와 급여대장에 기간별로 남겨 둡니다.
이 순서를 놓치면 지급한 해의 급여로 한꺼번에 신고해 귀속연도가 어긋나고, 이후 원천세 수정신고와 가산세 부담으로 이어질 수 있습니다.

다툼을 줄이는 근무 방식

휴게시간에는 다른 직원이 응대를 맡거나, 그 시간대에는 응대를 멈추도록 운영 방식을 정합니다.
혼자 근무하는 시간대가 있다면 휴게시간을 그 시간대 밖으로 옮깁니다.
휴게시간에 매장 밖으로 나가는 것을 허락하는지 근로계약서나 취업규칙에 적고 실제로도 지킵니다.
휴게시간에 불가피하게 일했다면 그 시간을 기록하고 그 달 급여에 반영합니다.
근무시간이 줄어드는 변경이 있으면 퇴직금에 미치는 영향을 미리 확인합니다(중간정산 사유는 별도 글 참조).

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관련 법령

1.
근로기준법 제50조 (근로시간)
→ 1주 40시간, 1일 8시간(휴게시간 제외)을 넘지 못하며, 작업을 위해 사용자의 지휘·감독 아래에 있는 대기시간은 근로시간으로 봅니다(제3항). 휴게시간에 응대·대기를 했다면 이 조항으로 근로시간 여부를 따집니다.
2.
근로기준법 제54조 (휴게)
→ 근로시간 4시간에 30분 이상, 8시간에 1시간 이상의 휴게시간을 근로시간 도중에 줘야 하고, 휴게시간은 근로자가 자유롭게 이용할 수 있습니다. 상시 4명 이하 사업장에도 적용됩니다(같은 법 시행령 별표 1).
3.
근로기준법 제2조 (정의)
→ 평균임금은 사유 발생일 이전 3개월 임금 총액을 그 기간 총일수로 나눈 금액이며, 이 금액이 통상임금보다 적으면 통상임금을 평균임금으로 합니다(제2항). 수당이 늘어도 퇴직금이 그대로일 수 있는 근거입니다.
4.
근로기준법 시행령 제6조 (통상임금)
→ 통상임금은 소정근로 등에 대해 정기적·일률적으로 지급하기로 정한 임금이며, 월급은 1주 소정근로시간과 유급 처리 시간을 합해 월 단위로 환산한 기준시간으로 나눠 시급을 구합니다. 실제로 더 일한 시간은 이 계산에 넣지 않습니다.
5.
근로자퇴직급여 보장법 제8조 (퇴직금제도의 설정 등)
→ 계속근로기간 1년에 30일분 이상의 평균임금을 퇴직금으로 지급하도록 정합니다. 같은 법 제3조에 따라 상시 5명 미만 사업장에도 적용됩니다.
6.
소득세법 시행령 제49조 (근로소득의 수입시기)
→ 급여의 수입시기는 근로를 제공한 날입니다. 나중에 몰아서 지급한 수당도 실제로 일한 해의 근로소득으로 귀속됩니다.
위 조문은 2026년 10월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
휴게시간 다툼으로 수당과 퇴직금을 다시 계산해야 한다면, 노무사의 근로시간 판단을 받은 뒤 세무법인청년들과 귀속연도별 원천징수와 지급명세서 정정 범위를 함께 정리하시기 바랍니다.
© 세무법인청년들 | 원문: https://www.watax.kr/employment/break-time-working-hours-wage-severance