작성·감수: 세무법인청년들 최정만 세무사 (세액공제·감면 컨설팅 전문) · 최종 검토 2026-08-02
법인세는 회사 전체 소득에 붙고, 감면은 감면대상 사업장 소득에만 붙습니다. 본업이 결손인 해에 보조금이 들어오면 세금은 나오는데 감면은 사라집니다.
이 글은 2026년 8월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 두 가지 이상에 해당하면 이 글이 필요합니다.
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제조업을 영위하는 중소기업 법인이다
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올해 또는 최근 사업연도에 정부·지자체 보조금이나 지원금을 받았다
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그 보조금이 손익계산서에서 영업외수익(잡이익, 보조금수익 등)으로 잡혀 있다
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본업의 영업이익이 적자이거나 손익분기점 근처다
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중소기업 특별세액감면을 받아 왔거나 받을 수 있다고 들었다
대표 상황 예시
수도권 밖에서 산업용 기계부품을 만드는 소기업 법인입니다. 그해 설비 가동률이 떨어져 본업에서는 적자가 났지만, 지자체와 유관기관에서 받은 지원금이 1억 원대로 들어왔습니다. 결산을 마치니 손익계산서 맨 아래는 흑자였습니다.
대표는 이렇게 생각했습니다. "본업은 적자인데 지원금 덕에 겨우 흑자가 됐다. 그래도 우리는 수도권 밖 제조업 소기업이니 특별세액감면 30%는 받겠지."
신고서를 받아 보니 감면세액 칸이 0원이었습니다. 법인세는 수백만 원이 나왔습니다.
판단 포인트는 하나입니다. 법인세는 회사가 번 소득 전체에 붙지만, 중소기업 특별세액감면은 조세특례제한법 제7조에 따라 감면대상 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세에만 감면율을 곱합니다. 제조업 사업장이 적자라면 그 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세가 없으므로, 곱할 대상 자체가 없습니다. 지원금이 밀어올린 것은 과세표준이지 감면대상소득이 아니었던 것입니다.
이 사례에서 확인할 자료는 셋입니다.
보조금 교부결정 통지서: 지원 목적이 자산 취득인지 운영비·인건비 보전인지
손익계산서상 보조금 계정과 금액: 영업외수익인지, 제조원가·판관비 차감인지
세액감면신청서와 소득구분계산서: 감면대상소득이 얼마로 계산됐는지
왜 이런 일이 생기는가
두 제도가 보는 소득의 범위가 다르기 때문입니다.
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구분: 법인세 / 근거: 법인세법 제13조·제55조 / 무엇에 붙는가: 각 사업연도 소득 전체에서 이월결손금 등을 뺀 과세표준
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구분: 중소기업 특별세액감면 / 근거: 조세특례제한법 제7조 / 무엇에 붙는가: 감면 업종 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세
실무에서 감면대상소득은 감면 업종의 주된 영업활동에서 직접 발생한 소득으로 봅니다. 수입이자, 유형자산처분이익, 자산수증이익, 국고보조금 수익 같은 영업외이익은 감면 업종이 창출한 소득이 아니어서 감면대상소득 계산에서 제외합니다. 국세청도 제조업 등을 영위하는 중소기업이 정부와 협약을 맺고 받은 정부출연금은 그 제조업에서 발생한 소득에 해당하지 않는다고 해석해 왔습니다(법인-1256, 2009.11.09).
그래서 보조금이 영업외수익으로 들어오면 과세표준은 늘어나지만 감면대상소득은 그대로입니다. 본업이 적자였다면 감면대상소득은 0 이하가 되고, 감면세액도 0이 됩니다.
여기에 조세특례제한법 제143조가 한 겹 더 작동합니다. 감면대상사업과 그 밖의 사업은 구분하여 경리해야 하고, 구분한 사업 중 결손이 난 사업이 있으면 그 결손금을 소득이 난 사업의 소득금액에 비례해 안분한 뒤 빼야 합니다. 감면 업종 하나만 영위하는 법인이라도 감면대상소득을 정확히 계산하려면 비감면 성격의 수익을 갈라내야 하므로 사실상 같은 작업이 필요합니다.
다만 모든 보조금이 그런 것은 아닙니다. 감면대상 사업의 수입이나 원가를 직접 보전하는 성격이라면 감면대상소득에 포함하는 것으로 해석돼 왔습니다.
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보조금: 정부출연금(협약 체결 사업비) / 감면대상소득: 제외 / 해석 사례: 법인-1256, 2009.11.09
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보조금: 버스 운송수입 보전금(표준운송원가 미달분) / 감면대상소득: 포함 / 해석 사례: 서면법규-365, 2013.03.29
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보조금: 화물·여객 유가보조금 / 감면대상소득: 포함 / 해석 사례: 조세특례제도과-379, 2008.07.08
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보조금: 일반택시 부가가치세 경감세액 / 감면대상소득: 포함 / 해석 사례: 재조예-642, 2006.09.20
가르는 기준은 보조금의 명칭이 아니라 무엇을 보전하는 돈인지입니다. 감면 업종의 매출이나 원가를 대신 메워 주는 돈이면 그 사업의 소득으로 보고, 사업과 별개로 지원되는 돈이면 영업외수익으로 봅니다.
숫자로 보는 두 갈래
수도권 밖 제조업 소기업(감면율 30%)이 본업에서 6,000만 원의 손실을 내고, 보조금 1억 4,000만 원을 받았다고 가정합니다.
갈래 1. 운영·인건비 보전 성격의 지원금
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항목: 제조업 본업 손익 / 금액: △6,000만 원
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항목: 보조금(영업외수익) / 금액: 1억 4,000만 원
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항목: 각 사업연도 소득 = 과세표준 / 금액: 8,000만 원
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항목: 산출세액(2억 원 이하 10%) / 금액: 800만 원
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항목: 감면대상소득 / 금액: 없음(본업 결손)
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항목: 감면세액 / 금액: 0원
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항목: 납부할 법인세 / 금액: 800만 원
갈래 2. 자산 취득용 국고보조금에 손금산입을 적용한 경우
같은 금액이 기계장치 취득 목적의 국고보조금이었고, 받은 사업연도 종료일까지 실제로 기계를 취득해 법인세법 제36조의 손금산입을 적용한 경우입니다.
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항목: 제조업 본업 손익 / 금액: △6,000만 원
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항목: 보조금 익금 / 금액: 1억 4,000만 원
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항목: 국고보조금 손금산입 / 금액: △1억 4,000만 원
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항목: 각 사업연도 소득 / 금액: △6,000만 원(결손)
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항목: 산출세액 / 금액: 0원
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항목: 납부할 법인세 / 금액: 0원
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항목: 남는 것 / 금액: 이월결손금 6,000만 원
같은 보조금인데 그해 세금이 800만 원과 0원으로 갈립니다. 게다가 갈래 2는 이월결손금 6,000만 원이 남아, 법인세법 제13조에 따라 이후 사업연도 소득에서 공제됩니다. 개시일 전 15년 이내에 발생한 결손금이 대상이고, 중소기업은 공제 한도가 소득의 100%입니다.
주의할 점은 갈래 2가 아무 보조금에나 쓸 수 있는 방법이 아니라는 것입니다. 법인세법 제36조의 손금산입은 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용한 국고보조금에만 적용됩니다. 운영비나 인건비를 메우라고 받은 지원금은 받은 해에 그대로 익금이 됩니다.
손금산입을 먼저 적용해 두고 기한까지 자산을 취득하지 않으면 같은 조 제3항에 따라 사용하지 않은 금액을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 다시 산입해 추징됩니다. 사용계획을 지킬 수 있을 때만 선택해야 하는 이유입니다.
보조금을 받는 해에 점검할 순서
신고 때가 아니라 보조금을 받은 그해에 정해야 결과가 달라집니다.
1.
교부결정 통지서에서 지원 목적을 확인합니다. 사업용자산의 취득·개량 목적인지, 운영비·인건비 보전인지가 분기점입니다.
2.
자산 취득 목적이면 그 사업연도 종료일까지 실제로 취득하거나 개량합니다. 그해에 쓰지 못했다면 법인세법 제36조 제2항에 따라 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 쓰겠다는 사용계획서를 내고 손금산입할 수 있습니다.
3.
손금산입 명세서를 제출합니다. 같은 조 제5항은 국고보조금과 그것으로 취득한 사업용자산의 명세서(사용계획 단계라면 사용계획서)를 관할 세무서장에게 제출하도록 정하고 있습니다.
4.
본업 손익을 미리 봅니다. 본업이 적자로 마감될 것 같다면 그해 특별세액감면은 기대하지 않는 편이 안전합니다. 감면은 이월되지 않으므로, 그해에 못 받으면 사라집니다.
5.
감면대상소득 계산 근거를 남깁니다. 겸영 사업이 있으면 구분경리가 의무이고, 감면 업종 하나만 하더라도 영업외수익을 갈라낸 근거가 없으면 감면대상소득을 다투기 어렵습니다.
6.
상시근로자 수를 확인합니다. 감면 한도가 걸린 문제입니다.
7.
세액감면신청서를 신고서와 함께 제출합니다. 신청은 절차 요건이라 빠지면 감면 자체가 막힙니다.
두 번째 관문: 인원과 최저한세
감면대상소득이 살아 있어도 관문이 둘 더 있습니다.
상시근로자 수가 첫째입니다. 조세특례제한법 제7조 제1항 제3호는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었다면 1억 원에서 감소한 1명당 500만 원씩을 뺀 금액을 한도로 하고, 그 결과가 음수면 0원으로 본다고 정하고 있습니다. 경영이 어려워 보조금을 받는 해는 인력도 줄어드는 해인 경우가 많아, 두 가지가 겹치기 쉽습니다.
최저한세가 둘째입니다. 조세특례제한법 제132조 제1항은 제7조를 감면 배제 대상으로 열거하고 있습니다. 감면을 적용한 뒤의 세액이 최저한세액보다 낮아지면 그 미달분만큼은 감면되지 않습니다. 중소기업의 최저한세율은 과세표준의 7%입니다.
지난 사업연도를 되돌릴 수 있는 경우
이미 신고를 마쳤다면 두 가지로 나뉩니다.
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되돌릴 수 없는 경우: 본업이 실제로 결손이어서 감면대상소득이 없었던 경우입니다. 계산이 맞았으므로 정정할 대상이 없습니다.
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확인해 볼 만한 경우: 보조금의 성격이 자산 취득용인데 손금산입을 적용하지 않았거나, 감면대상 사업의 수입·원가를 직접 보전하는 보조금인데 영업외수익으로 밀어내 감면대상소득이 실제보다 작게 계산된 경우입니다. 이때는 경정청구 대상이 될 수 있으므로 교부결정 통지서와 자산 취득 증빙을 갖춰 세무대리인에게 확인하십시오.
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관련 법령
1.
조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)
→ 제조업 등 열거된 감면 업종을 경영하는 중소기업에 대해 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세에 5%–30%의 감면 비율을 곱한 세액을 감면합니다. 한도는 과세연도당 1억 원이며, 상시근로자가 줄면 1명당 500만 원씩 한도에서 뺍니다.
2.
법인세법 제36조 (국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입)
→ 국고보조금을 받은 사업연도 종료일까지 사업용자산의 취득·개량에 사용했다면 그 상당액을 손금에 산입할 수 있습니다. 그해에 쓰지 못했더라도 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 쓰려는 경우 손금산입이 가능하며, 기한 내 미사용분은 익금에 다시 산입합니다.
3.
조세특례제한법 제143조 (구분경리)
→ 감면대상사업과 그 밖의 사업을 함께 하면 구분하여 경리해야 하며, 구분한 사업 중 결손금이 발생한 사업이 있으면 그 결손금을 소득이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분해 공제한 금액을 감면대상 소득금액으로 봅니다.
4.
법인세법 제13조 (과세표준)
→ 각 사업연도 소득에서 이월결손금·비과세소득·소득공제액을 차례로 뺀 금액이 과세표준입니다. 이월결손금은 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 것이어야 하며, 중소기업은 공제 한도가 소득의 100%입니다.
5.
법인세법 제55조 (세율)
→ 과세표준 2억 원 이하는 10%, 2억 원 초과 200억 원 이하는 2천만 원에 초과분의 20%를 더한 금액이며, 200억 원 초과 3천억 원 이하는 22%, 3천억 원 초과는 25%입니다.
6.
조세특례제한법 제132조 (최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제)
→ 제7조의 감면이 최저한세 적용 대상으로 열거되어 있어, 감면 후 세액이 최저한세액에 미달하면 그 미달분에 대해서는 감면하지 않습니다. 중소기업의 최저한세율은 과세표준의 7%입니다.
위 조문은 2026년 8월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
보조금은 받는 순간이 아니라 결산할 때 성격이 결정되므로, 교부결정 통지서를 받은 시점에 세무법인청년들 담당자와 처리 방향을 먼저 맞추는 편이 안전합니다.
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