한의원과 치과는 건강보험 급여진료(면세)에 첩약·보약·임플란트·교정·미백 같은 비급여진료(과세)가 섞이는 겸영사업자입니다. 한방·치과만의 과세·면세 구분, 치과 기공료 외주와 한약재 매입 처리, 사업장현황신고와 인건비까지 원장님이 꼭 알아야 할 줄기를 한 번에 정리합니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
한의원 또는 치과의원을 운영하는 개원의다
급여진료와 함께 첩약·보약·임플란트·교정·미백 같은 비급여진료를 한다
내 의원이 면세사업자인지 과세사업자인지 헷갈린다
치과 기공소에 주는 기공료에 부가세가 붙는지 모른다
한약재·치과 재료를 살 때 부가세를 공제받을 수 있는지 모른다
비급여 현금 진료비와 사업장현황신고를 어떻게 챙겨야 하는지 모른다
대표 상황 예시
치과를 개원한 원장님이 있습니다. 진료의 한 축은 충치·발치·신경치료처럼 건강보험이 적용되는 급여진료이고, 다른 한 축은 보험이 안 되는 임플란트·교정·미백 같은 비급여진료입니다. 개원하면서 임차보증금과 인테리어, 진단용 영상장비에 큰돈을 들였고, 치과위생사 두 명과 원무직원 한 명을 채용했습니다. 보철물과 교정장치는 외부 치과기공소에 맡겨 매달 기공료를 냅니다.
원장님은 치과가 "면세라 부가세 신고가 없다"고 들었는데, 막상 미백·교정 매출이 늘면서 세무대리인이 "그 부분은 부가세를 신고해야 한다"고 합니다. 기공소에 주는 기공료에 부가세가 붙는지, 임차료는 어떻게 처리하는지, 직원 급여 신고는 어떻게 하는지 한꺼번에 헷갈립니다.
이 상황에는 한의원·치과 세무의 핵심 쟁점이 모두 들어 있습니다. 한방·치과 특유의 면세와 과세 구분, 겸영사업자의 부가세 신고, 기공료 외주와 재료 매입 처리, 공통매입세액 안분, 사업장현황신고, 인건비 원천징수입니다. 아래에서 하나씩 짚어 보겠습니다.
이 상황에서의 판단 포인트
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먼저 내 진료 중 어디까지가 면세(급여·치료 진료)이고 어디부터가 과세(비급여 미용진료)인지 가르는 것이 출발점입니다.
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기공료는 면세 매입이라 매입세액이 없고, 임차료·공용 장비처럼 두 진료에 함께 쓰는 매입세액은 면세 비율만큼 공제받지 못합니다.
1. 한의원·치과는 면세인가 과세인가 — 진료 내용으로 갈린다
한의원·치과 세무의 모든 출발점은 "이 진료가 면세인가 과세인가" 입니다.
의료법에 따른 의사·치과의사·한의사가 제공하는 의료보건용역은 원칙적으로 부가가치세 면세입니다(부가가치세법 제26조제1항제5호, 같은 법 시행령 제35조제1항제1호).
그런데 같은 조문 단서가 중요합니다. 국민건강보험법상 요양급여 대상에서 제외되는 미용 목적 진료는 면세에서 빠져 과세가 됩니다. 시행령이 직접 열거한 과세 진료 중 한의원·치과와 관련된 것은 다음과 같습니다.
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치과 — 치아성형(가목): 치아미백, 라미네이트, 잇몸성형술, 치아교정치료가 선행되지 않는 악안면 교정술
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한의원·치과 공통 — 미용 시술(나목): 색소모반·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 문신술·문신제거술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 등
반대로, 치료 목적이면 면세로 남습니다. 치과의 충치·발치·신경치료 등 일반 치료, 저작 기능 회복을 위한 임플란트·보철, 치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 면세입니다. 한의원의 침·뜸·부항·추나요법과 첩약·약침 같은 한방 진료도 단서에 열거되어 있지 않으므로 면세입니다.
즉 치과에서도 같은 "미백·교정"이라도 순수 미용 목적이면 과세, 치료에 수반되면 면세로 갈립니다. 내 의원의 진료 항목을 면세분과 과세분으로 나누어 보는 것이 세무의 첫 단추입니다.
2. 겸영사업자란 — 한의원·치과 세무가 복잡한 진짜 이유
급여·치료 진료(면세)와 비급여 미용진료(과세)를 함께 하는 한의원·치과는 면세사업과 과세사업을 같이 하는 겸영사업자가 됩니다. 이것이 한의원·치과 세무가 순수 면세업종보다 복잡한 핵심 이유입니다.
겸영사업자가 되면 다음 두 가지 신고를 모두 합니다.
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과세분(비급여 미용진료): 일반 과세사업자처럼 부가가치세를 신고·납부합니다. 매출세액에서 과세사업 관련 매입세액을 빼고 신고합니다(확정신고 1월·7월).
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면세분(급여·치료 진료): 부가세 신고 대상이 아니며, 매년 2월 사업장현황신고로 면세수입금액을 신고합니다(아래 5장).
미용 진료가 거의 없고 사실상 면세진료만 한다면 순수 면세사업자에 가깝고, 미백·교정·미용 비중이 크면 과세 신고 부담이 그만큼 커집니다. 어느 쪽이든 면세와 과세가 섞이는 순간 부가세 신고와 안분이라는 숙제가 생긴다는 점을 기억하십시오.
3. 치과 기공료와 한약재 — 한의원·치과 특유의 매입 처리
한의원·치과는 다른 업종과 다른 독특한 매입 항목이 있습니다. 치과의 기공료와 한의원의 한약재입니다.
첫째, 치과 기공료. 치과는 보철물·크라운·틀니·교정장치 제작을 외부 치과기공소에 맡기고 기공료를 지급합니다. 그런데 치과기공사가 제공하는 용역은 면세입니다(부가가치세법 시행령 제35조제1항제3호). 따라서
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치과기공소는 치과에 세금계산서가 아니라 계산서를 발급합니다.
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치과 입장에서 기공료에는 매입세액이 없으므로 부가세 공제 대상도 아닙니다.
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기공료는 부가세 매입세액이 아니라 종합소득세 필요경비(외주가공비)로 처리합니다.
기공료를 부가세 매입세액으로 잡으려다 적격증빙을 잘못 챙기는 경우가 있는데, 기공료는 계산서를 받아 비용으로 처리하는 항목임을 기억하십시오.
둘째, 한약재 매입. 한의원이 매입하는 약재 중 가공되지 않은 농산물(약초·생약 등)은 매입 단계에서 부가세가 면세인 경우가 많습니다(부가가치세법 제26조제1항제1호). 면세로 매입하면 애초에 부담한 부가세가 없으므로 공제할 매입세액도 없습니다. 반대로 과세로 매입한 재료라면 그 재료를 어느 진료에 쓰는지에 따라 공제·불공제·안분이 갈립니다(아래 4장).
정리하면, 기공료와 면세 한약재는 매입세액이 없어 부가세 공제와 무관하고, 종합소득세 단계에서 비용(필요경비)으로 챙기는 항목입니다.
4. 공통매입세액 안분 — 한의원·치과 부가세의 큰 쟁점
겸영사업자인 한의원·치과에서 부가세 실무의 핵심은 공통매입세액 안분입니다.
원리는 이렇습니다. 매입세액은 어느 진료에 쓴 것인지(실지귀속)에 따라 처리합니다.
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과세진료(미용)에만 쓴 매입세액: 전액 공제
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면세진료(급여·치료)에만 쓴 매입세액: 전액 불공제
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두 진료에 공통으로 쓴 매입세액: 어느 쪽에 얼마 쓴 것인지 가를 수 없으므로, 면세공급가액 비율만큼 불공제하고 나머지만 공제
이 마지막을 공통매입세액 안분이라고 합니다(부가가치세법 제40조). 한의원·치과에서 공통매입세액에 해당하는 대표 항목은 건물 임차료, 관리비, 전기·수도료, 공용으로 쓰는 진료·영상 장비, 광고비 등입니다.
안분 산식은 다음과 같습니다.
불공제 매입세액 = 공통매입세액 × (해당 과세기간 면세공급가액 ÷ 총공급가액)
예를 들어 임차료 부가세(공통매입세액)가 200만 원이고 면세(급여·치료 진료) 매출 비율이 70퍼센트라면, 140만 원이 불공제되고 60만 원만 공제됩니다. 급여·치료 진료 비중이 높을수록 공제받는 매입세액이 줄어듭니다.
안분을 생략하는 소액 기준도 있습니다(부가가치세법 시행령 제81조제2항).
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해당 과세기간 총공급가액 중 면세공급가액 비율이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액을 전액 공제(단, 그 공통매입세액이 5백만 원 이상이면 제외).
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해당 과세기간 중 공통매입세액이 5만 원 미만이면 전액 공제.
안분 계산의 구체적 방법과 확정신고 정산은 아래 "함께 보면 좋은 글"의 공통매입세액 안분 가이드에서 더 자세히 다룹니다.
5. 사업장현황신고 — 한의원·치과도 미신고 가산세가 있다
면세진료 수입은 부가세 신고로 잡히지 않으므로 별도 신고가 필요합니다. 면세사업자는 매년 2월 10일까지 전년도 면세수입금액과 사업장 현황을 사업장현황신고로 신고합니다(소득세법 제78조).
겸영하는 한의원·치과의 경우, 과세분은 부가세 확정신고로 신고하면 그 부분은 사업장현황신고를 한 것으로 보고, 면세진료 수입은 사업장현황신고로 따로 신고합니다(소득세법 제78조제1항제2호 단서).
여기서 한의원·치과가 학원 등 다른 면세업종과 결정적으로 다른 점이 있습니다.
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의료업은 사업장현황신고 미신고·과소신고 시 가산세가 직접 적용됩니다. 신고하지 않거나 수입금액을 미달 신고하면 그 금액의 0.5퍼센트(1천분의 5)가 가산세로 종합소득세에 더해집니다(소득세법 제81조의3, 같은 법 시행령 제147조의2). 한의사·치과의사는 의료법상 의료인으로 이 가산세가 적용되는 의료업에 해당합니다.
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신고 대상: 면세진료 수입이 있는 한의원·치과(겸영 포함)
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신고 기한: 매년 2월 10일
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신고 내용: 업종별 수입금액 명세, 결제수단별 내역, 계산서·신용카드·현금영수증 수취내역 등
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미신고·과소신고 가산세: 해당 수입금액의 0.5퍼센트 (의료업 적용)
사업장현황신고에서 신고한 수입금액이 5월 종합소득세 계산의 기초가 되므로, 기한 내 정확히 신고하는 것이 안전합니다.
6. 비급여 현금매출 — 빠짐없이 잡고 현금영수증을 발급한다
한의원·치과는 비급여진료 비중이 큰 만큼 현금·계좌이체 매출도 많습니다. 여기서 자주 생기는 오해가 "현금으로 받으면 매출에서 빠진다"는 것입니다.
그렇지 않습니다. 받는 방법과 무관하게 모든 진료비는 수입금액에 포함됩니다. 더 나아가 한의원·치과는 소비자를 상대하는 업종이라 현금영수증 의무발행업종에 해당합니다.
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환자가 요청하지 않아도 건당 10만 원 이상 현금거래는 현금영수증을 발급해야 합니다.
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미발급 시 미발급 금액에 대한 가산세가 부과됩니다.
비급여 현금매출을 누락하면 사업장현황신고·종합소득세에서 매출 누락이 되고, 의료업은 0.5퍼센트 사업장현황신고 가산세까지 겹칠 수 있습니다. 특히 수입금액 5억 원 이상으로 성실신고확인 대상이 되면(아래 8장) 현금매출 누락이 더 엄격히 검증되므로, 첫 진료부터 빠짐없이 기록하는 것이 안전합니다.
7. 간호조무사·치위생사·직원 인건비 — 원천징수와 4대보험
한의원·치과는 간호조무사, 치과위생사, 원무·상담 직원 등 여러 인력을 둡니다. 인건비 처리의 출발점은 이 사람이 근로자인지 사업자인지를 가리는 일입니다.
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근로소득자(직원): 원장이 근무시간·업무 방식을 정하고 고정급을 줍니다. 간호조무사·치과위생사·원무직원 대부분이 여기에 해당합니다. 급여 지급 시 근로소득세를 간이세액표에 따라 원천징수하고(소득세법 제127조), 4대보험에 가입합니다.
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사업소득자(프리랜서 인력): 본인 책임으로 용역을 제공하고 지급액의 일정 비율로 정산하는 구조입니다. 지급액에서 3.3퍼센트(소득세 3퍼센트 + 지방소득세 0.3퍼센트)를 원천징수합니다(소득세법 제129조).
상시 근무하는 직원을 3.3퍼센트 프리랜서로 처리하는 경우가 있는데, 실제로 원장이 근무시간과 업무 방식을 통제하는 사실상의 직원이라면 나중에 근로자로 재분류되어 4대보험·퇴직금이 소급 추징될 수 있습니다. 계약서 명칭이 아니라 실질로 판단하므로 처음부터 구분해 두는 것이 좋습니다.
직원 급여나 프리랜서 지급액에서 뗀 소득세의 10퍼센트에 해당하는 지방소득세 특별징수도 함께 신고·납부해야 합니다. 원천징수한 세금은 매월(또는 반기) 신고·납부합니다.
8. 성실신고확인 — 수입 5억 원 이상 한의원·치과의 추가 의무
한의원·치과는 고소득 업종이라 일정 규모를 넘으면 성실신고확인 대상이 됩니다.
보건업은 해당 과세기간 수입금액 합계액이 5억 원 이상이면 성실신고확인대상사업자가 됩니다(소득세법 제70조의2, 같은 법 시행령 제133조제1항제3호). 이 경우 종합소득세를 신고할 때 세무사 등이 장부와 증빙으로 사업소득금액의 적정성을 확인한 성실신고확인서를 함께 제출해야 합니다.
성실신고확인대상이 되면 달라지는 점은 다음과 같습니다.
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신고·납부 기한 연장: 일반 5월 31일이 아니라 5월 1일부터 6월 30일까지로 한 달 늘어납니다(소득세법 제70조의2제2항).
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확인 비용 부담: 세무사 등에게 성실신고확인을 받아야 하므로 추가 비용이 발생합니다(일부는 세액공제로 지원).
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검증 강화: 매출 누락·과다경비가 더 엄격히 검증되므로, 비급여 현금매출과 인건비·기공료·재료비를 평소에 정확히 관리하는 것이 중요합니다.
수입금액 기준은 매년 변동될 수 있으므로 신고 시점에 세무대리인과 대상 여부를 확인하십시오.
한의원·치과 원장님 체크리스트
내 진료를 면세(급여·치료 진료)와 과세(비급여 미용진료)로 구분했는가
치과 치아미백·라미네이트·잇몸성형, 미용 목적 시술이 과세임을 반영했는가
과세진료가 있다면 겸영사업자로 부가세 신고를 하고 있는가
치과 기공료를 계산서로 받아 외주가공비(필요경비)로 처리했는가
임차료·관리비·공용 장비의 공통매입세액을 면세 비율로 안분했는가
면세진료 수입을 2월 10일 사업장현황신고로 신고했는가(미신고 시 0.5퍼센트 가산세)
비급여 현금 진료비까지 빠짐없이 수입금액에 넣고 현금영수증을 발급했는가
간호조무사·치위생사·직원을 근로소득자로 보아 원천징수하고 4대보험에 가입했는가
수입금액 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상 여부를 확인했는가
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면세와 과세를 같이 하면 매입세액 공제는 — 공통매입세액 안분계산: 한의원·치과의 임차료·공용 장비에 적용되는 공통매입세액 안분 산식과 확정신고 정산을 단계별로 더 자세히 다룹니다.
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면세사업장 현황신고 제출서류와 미신고 가산세: 한의원·치과가 2월에 하는 사업장현황신고의 제출서류와 0.5퍼센트 가산세를 더 구체적으로 설명합니다.
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개인사업자 성실신고 확인 대상 기준과 혜택: 수입 5억 원 이상 한의원·치과가 대상이 되는 성실신고확인의 기준·기한·세액공제를 정리합니다.
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약국 약사님 세무 가이드: 약국도 의료업·수의업·약국에 적용되는 0.5퍼센트 사업장현황신고 가산세 대상이고 의약품 면세·과세 구분이 있어 함께 보면 좋습니다.
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동물병원·애견미용 세무 가이드: 수의업도 의료업처럼 0.5퍼센트 사업장현황신고 가산세 대상이며 과세·면세 구분이 사람 병원과 다른 점을 비교해 봅니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제26조제1항제5호 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
→ 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것의 공급에 부가가치세를 면제한다고 정한 조문으로, 한의원·치과의 급여·치료 진료가 면세인 근거입니다.
2.
부가가치세법 시행령 제35조 (면세하는 의료보건 용역의 범위)
→ 한의사·치과의사가 제공하는 용역을 면세로 하되(제1항제1호), 치아미백·라미네이트·잇몸성형술 등 치아성형(단서 가목)과 기미·여드름·제모·문신·피부미백 등 미용 시술(단서 나목)은 과세로 정하고, 치과기공사가 제공하는 용역도 면세로 정합니다(제3호). 한의원·치과의 면세·과세를 가르는 핵심 조문입니다.
3.
부가가치세법 제40조 (공통매입세액의 안분)
→ 과세사업과 면세사업을 겸영할 때 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 면세공급가액 비율로 안분하도록 정한 조문으로, 한의원·치과 임차료·공용 장비 매입세액 처리의 근거입니다.
4.
소득세법 제78조 (사업장 현황신고)
→ 면세사업자가 다음 연도 2월 10일까지 사업장 현황을 신고하도록 정하고(제1항), 겸영사업자는 과세분을 부가세로 신고하면 그 부분은 신고한 것으로 보되 면세수입은 사업장현황신고로 신고하도록 정합니다.
5.
소득세법 제81조의3 (사업장 현황신고 불성실 가산세)
→ 소비자상대 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(시행령 제147조의2의 의료업·수의업·약국)가 사업장현황신고를 하지 않거나 미달 신고하면 그 수입금액의 0.5퍼센트를 가산세로 부과하도록 정한 조문입니다. 한의원·치과는 의료업으로 적용 대상입니다.
6.
소득세법 제70조의2 (성실신고확인서 제출)
→ 수입금액이 업종별 일정 규모 이상(보건업은 시행령 제133조제1항제3호의 5억 원)인 사업자가 종합소득세 신고 시 성실신고확인서를 제출하고, 신고기한을 6월 30일까지로 적용받도록 정한 조문입니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
한의원·치과 세금은 결국 면세 진료와 과세 미용진료를 정확히 나누고 기공료·재료비·공통경비를 제대로 가르는 데서 갈리며, 세무법인청년들은 그 흐름을 함께 정리해 드립니다.