한 사업장에서 면세사업과 과세사업을 함께 하면, 두 사업에 공통으로 쓴 매입세액은 면세공급가액 비율만큼 공제받지 못합니다. 안분 산식과 안분을 생략하는 경우, 확정신고 정산까지 한 번에 정리합니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 공통매입세액 안분을 검토해야 합니다.
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한 사업장에서 면세 매출과 과세 매출이 함께 발생합니다.
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병의원에서 면세 진료와 과세 미용 시술을 함께 합니다.
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학원에서 면세 강의료와 과세 교재 판매가 함께 있습니다.
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농산물을 면세로 매입해 과세 가공식품과 면세 원물을 함께 판매합니다.
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면세사업과 과세사업에 공통으로 쓰는 임차료, 관리비, 전기료, 광고비 등의 세금계산서를 받습니다.
면세사업과 과세사업을 함께 하는 것을 겸영이라고 합니다. 겸영 사업자는 매입세액을 전부 공제받지 못하며, 어느 사업에 쓴 것인지 가릴 수 없는 매입세액은 면세 비율만큼 덜어내야 합니다.
대표 상황 예시
한 사업자가 같은 건물에서 면세사업과 과세사업을 함께 운영하고 있다고 가정하겠습니다. 면세 매출과 과세 매출이 비슷한 규모로 나오는 상황입니다.
이 사업자가 임대인에게서 받은 임차료 세금계산서에는 부가세 200만 원이 적혀 있습니다. 임차한 공간은 면세사업과 과세사업이 함께 쓰고 있어, 이 임차료가 어느 사업에 얼마나 쓰였는지 금액으로 가를 수 없습니다. 사업자는 이 200만 원을 전부 공제받을 수 있는지 헷갈립니다.
이 임차료 부가세는 두 사업에 공통으로 쓴 공통매입세액입니다. 전액 공제도, 전액 불공제도 아닙니다. 해당 과세기간의 면세공급가액 비율만큼 불공제하고, 나머지만 공제합니다. 면세공급가액 비율이 40퍼센트라면 80만 원이 불공제되고 120만 원만 공제됩니다.
이 상황에서의 판단 포인트
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먼저 그 매입세액이 어느 사업에 쓴 것인지 가릴 수 있는지 확인합니다. 과세사업 전용이면 전액 공제, 면세사업 전용이면 전액 불공제입니다.
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가릴 수 없는 공통매입세액만 안분 대상입니다. 임차료, 관리비, 본사 공통경비처럼 두 사업에 함께 쓰는 비용이 여기에 해당합니다.
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안분 기준은 해당 과세기간의 면세공급가액 비율입니다. 매출 비중이 바뀌면 공제·불공제 금액도 달라집니다.
이 상황에서 필요한 자료
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해당 과세기간의 면세공급가액과 과세공급가액(총공급가액) 집계
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공통으로 쓴 매입세액의 세금계산서·신용카드매출전표 등 적격 증빙
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사업에 직접 관련된 매입과 공통매입을 구분한 내역
1. 왜 안분하나 — 면세분 매입세액은 공제 대상이 아니다
부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 빼서 납부세액을 계산합니다. 이때 매입세액이 공제되려면 그 매입이 과세사업과 관련되어야 합니다.
면세사업은 애초에 부가세를 거래징수하지 않으므로, 면세사업에 쓴 매입세액은 공제 대상이 아닙니다. 부가가치세법 제39조제1항제7호는 면세사업등에 관련된 매입세액을 공제하지 않는 매입세액으로 정하고 있습니다. 따라서 면세사업과 과세사업을 겸영하면 매입세액을 무조건 전부 공제받을 수 없습니다.
문제는 임차료처럼 두 사업에 함께 쓴 매입세액입니다. 어느 사업에 얼마나 쓰였는지 금액으로 가를 수 없기 때문에, 일정한 기준으로 나눠서 면세분만 불공제해야 합니다. 이것이 공통매입세액 안분계산입니다. 부가가치세법 제40조가 이 안분의 근거 조문입니다.
원칙은 실지귀속입니다. 어느 사업에 쓴 것인지 명확하면 안분하지 않습니다. 안분은 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에만 적용합니다.
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과세사업 전용 매입세액: 전액 공제
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면세사업 전용 매입세액: 전액 불공제
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공통매입세액(구분 불가): 면세 비율만큼 불공제, 나머지 공제
2. 안분 산식 — 면세공급가액 비율로 나눈다
공통매입세액 중 불공제되는 면세분은 다음과 같이 계산합니다.
면세분 불공제 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액 ÷ 총공급가액)
여기서 총공급가액은 과세공급가액과 면세공급가액을 합한 금액입니다. 면세공급가액에는 면세사업의 공급가액과, 그 면세사업과 관련해 받았으나 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금·공공보조금 등이 포함됩니다.
예를 들어 보겠습니다.
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공통매입세액 200만 원, 총공급가액 1억 원(과세 6천만 원 + 면세 4천만 원)인 경우
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면세공급가액 비율 = 4천만 원 ÷ 1억 원 = 40퍼센트
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불공제 = 200만 원 × 40퍼센트 = 80만 원
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공제 = 200만 원 – 80만 원 = 120만 원
면세 비중이 클수록 불공제 금액이 커집니다. 같은 공통매입세액 200만 원이라도 면세 비율이 70퍼센트면 140만 원이 불공제되고 60만 원만 공제됩니다.
3. 공급가액이 없을 때의 안분 순서
공급가액 비율이 원칙이지만, 신규로 사업을 시작해 아직 공급가액이 없거나 과세·면세 중 한쪽 사업의 공급가액이 없는 경우가 있습니다. 이때는 부가가치세법 시행령 제81조제4항에 따라 다음 순서로 안분합니다.
1.
총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업 관련 매입가액의 비율
2.
총예정공급가액에 대한 면세사업 관련 예정공급가액의 비율
3.
총예정사용면적에 대한 면세사업 관련 예정사용면적의 비율
다만 예외가 있습니다. 건물이나 구축물을 신축·취득해 과세사업과 면세사업에 쓸 예정면적을 구분할 수 있으면, 위 3번(예정사용면적 비율)을 1번·2번보다 먼저 적용합니다. 건물을 면세·과세 용도로 나눠 쓰는 경우 면적이 가장 합리적인 기준이기 때문입니다.
이 순서는 임의로 고를 수 있는 것이 아니라 법령이 정한 순서입니다. 공급가액이 있으면 무조건 공급가액 비율(2단계 원칙 산식)을 쓰고, 없을 때만 위 대체 기준으로 내려갑니다.
4. 안분을 생략하고 전액 공제하는 경우
면세 비중이 아주 작거나 금액이 소액이면 안분 자체가 번거롭고 실익도 적습니다. 부가가치세법 시행령 제81조제2항은 다음의 경우 공통매입세액을 전액 공제하도록 정하고 있습니다.
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해당 과세기간 총공급가액 중 면세공급가액 비율이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만 그 공통매입세액이 5백만 원 이상이면 이 생략 규정에서 제외되어 원칙대로 안분합니다.
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해당 과세기간 중 공통매입세액이 5만 원 미만인 경우의 매입세액
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시행령 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
정리하면 다음 세 가지를 기억하면 됩니다.
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면세 비율 5퍼센트 미만이면 전액 공제(단, 공통매입세액이 5백만 원 이상이면 안분)
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공통매입세액이 5만 원 미만이면 전액 공제
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위에 해당하지 않으면 면세공급가액 비율로 안분
5퍼센트 기준과 5백만 원 단서를 함께 봐야 합니다. 면세 비율이 5퍼센트 미만이어도 공통매입세액 자체가 5백만 원 이상으로 크면 생략이 적용되지 않습니다.
5. 확정신고 때 정산한다
부가가치세는 예정신고기간과 확정신고기간으로 나뉩니다. 예정신고 때는 그 예정신고기간의 면세공급가액 비율로 임시 안분을 하고, 확정신고 때 해당 과세기간 전체의 실제 공급가액 비율로 다시 계산해 정산합니다.
공급가액이 없어 매입가액·예정사용면적 기준으로 안분했던 경우의 정산은 부가가치세법 시행령 제82조가 정합니다. 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때, 확정된 실제 비율로 정산하여 그동안 이미 공제한 세액과의 차액을 가산하거나 추가 공제합니다.
예정신고 단계의 안분은 어디까지나 잠정치입니다. 한 해 동안 과세·면세 매출 비중이 달라지면 최종 공제액도 달라지므로, 확정신고에서 실제 비율로 맞추는 정산이 마지막 단계가 됩니다.
실무에서 자주 놓치는 점
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공통매입세액을 전부 공제했다가 정산 단계에서 면세분이 추징되는 경우가 많습니다. 임차료·관리비처럼 매 신고마다 반복되는 공통경비는 처음부터 안분 대상으로 관리하는 것이 안전합니다.
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면세 매출이 적다고 안분을 건너뛰기 전에, 그 면세 비율이 정말 5퍼센트 미만인지, 공통매입세액이 5백만 원 이상은 아닌지 두 조건을 함께 확인해야 합니다.
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신축 건물을 면세·과세 용도로 나눠 쓸 때는 예정사용면적 비율을 먼저 적용하고, 사용면적이 확정되는 시점에 정산해야 합니다. 면적 구분 근거 자료를 미리 갖춰 두십시오.
면세·과세 겸영 구조와 공통매입세액 비중에 따라 적용 기준이 달라지므로, 본인 사업장의 매출 구성과 공통경비 내역을 정리해 세무대리인에게 확인하시기 바랍니다.
함께 보면 좋은 글
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부가세에서 공제받지 못하는 매입세액 종류와 판단 기준: 면세사업 관련 매입을 포함해 공제가 안 되는 매입세액 유형을 함께 보면 안분 대상을 가리기 쉽습니다.
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부가가치세 영세율과 면세 적용 대상과 차이: 면세는 매입세액이 발생하지 않는다는 점을 이해하면 안분의 이유가 분명해집니다.
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의제매입세액공제 계산과 한도 – 요식업 부가세 절세 방법: 면세 농산물을 매입해 과세 재화를 만드는 겸영 상황의 인접 제도입니다.
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사업자단위과세 vs 총괄납부: 여러 사업장의 부가세 신고·납부 단위 선택도 함께 확인하시면 좋습니다.
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간이과세 포기 신고: 매입세액 공제를 받기 위한 간이과세 포기 판단도 함께 살펴보시기 바랍니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제40조 (공통매입세액의 안분)
→ 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우 매입세액은 실지귀속에 따라 계산하되, 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령이 정한 기준으로 안분하도록 위임합니다.
2.
부가가치세법 시행령 제81조 (공통매입세액 안분 계산)
→ 면세분 매입세액을 면세공급가액 비율로 안분하는 산식, 면세 비율 5퍼센트 미만(공통매입세액 5백만 원 이상 제외)·공통매입세액 5만 원 미만 시 전액 공제, 공급가액이 없을 때 매입가액·예정공급가액·예정사용면적 순서를 정합니다.
3.
부가가치세법 시행령 제82조 (공통매입세액의 정산)
→ 매입가액·사용면적 기준으로 안분한 경우, 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 실제 비율로 정산하도록 정합니다.
4.
부가가치세법 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액)
→ 면세사업등에 관련된 매입세액을 공제하지 않는 매입세액으로 정해, 겸영 시 면세분을 불공제하는 직접 근거가 됩니다.
5.
부가가치세법 제38조 (공제하는 매입세액)
→ 사업을 위해 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제 대상으로 정해, 과세사업분 공제의 근거가 됩니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
면세와 과세를 함께 하는 사업장이라면 공통매입세액 안분은 매 신고마다 반복되는 쟁점이므로, 세무법인청년들과 같은 전문가와 매출 구성을 함께 점검하면 공제 누락과 추징을 모두 줄일 수 있습니다.
세무법인청년들 | 원문: https://www.watax.kr/vat/common-input-vat-apportionment