의원은 건강보험 급여진료(면세)와 미용·성형 비급여진료(과세)가 한 사업장에 섞이는 겸영사업자입니다. 그래서 부가세 신고와 공통매입세액 안분, 의료업 사업장현황신고, 페이닥터·간호사 인건비까지 챙길 점이 많습니다. 원장님이 꼭 알아야 할 큰 줄기를 한 번에 정리합니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
내과·정형외과·피부과·성형외과 등 의원을 운영하는 개원의다
건강보험 급여진료와 비급여 미용·성형 진료를 함께 한다
내 의원이 면세사업자인지 과세사업자인지 헷갈린다
임차료·의료장비 매입세액을 공제받을 수 있는지 모른다
페이닥터·간호사 급여와 프리랜서 인력 신고가 어떻게 다른지 모른다
고가 의료장비를 산 해에 전부 비용으로 털 수 있는지 궁금하다
대표 상황 예시
피부과 의원을 개원한 원장님이 있습니다. 진료의 절반은 건강보험이 적용되는 피부질환 치료이고, 나머지 절반은 보험이 안 되는 미용 레이저·피부미백·여드름 시술입니다. 개원하면서 임차보증금과 인테리어, 고가의 레이저 장비에 큰돈을 들였고, 봉직의 한 명과 간호사 두 명, 피부관리 실장 한 명을 채용했습니다.
원장님은 의원이 "면세라 부가세 신고가 없다"고 들었는데, 막상 미용 시술 매출이 늘면서 세무대리인이 "부가세 신고를 해야 한다"고 합니다. 장비 살 때 낸 부가세는 돌려받을 수 있는지, 임차료는 어떻게 처리하는지, 직원 급여 신고는 어떻게 하는지 한꺼번에 헷갈립니다.
이 상황에는 의원 세무의 핵심 쟁점이 모두 들어 있습니다. 면세와 과세의 구분, 겸영사업자의 부가세 신고, 공통매입세액 안분, 사업장현황신고, 인건비 원천징수, 의료장비 감가상각입니다. 아래에서 하나씩 짚어 보겠습니다.
이 상황에서의 판단 포인트
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먼저 내 진료 중 어디까지가 면세(급여진료)이고 어디부터가 과세(비급여 미용진료)인지 가르는 것이 출발점입니다.
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과세진료가 있으면 면세만 하는 의원과 달리 부가세 신고 의무가 생깁니다.
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임차료·공용 장비처럼 두 진료에 함께 쓰는 매입세액은 면세 비율만큼 공제받지 못합니다.
1. 내 의원은 면세인가 과세인가 — 진료 내용으로 갈린다
의원 세무의 모든 출발점은 "이 진료가 면세인가 과세인가" 입니다.
의사가 제공하는 의료보건용역은 원칙적으로 부가가치세 면세입니다(부가가치세법 제26조제1항제5호). 그 구체적 범위는 시행령이 정하는데, 의료법에 따른 의사·치과의사·한의사 등이 제공하는 용역을 면세로 봅니다(부가가치세법 시행령 제35조제1항제1호).
그런데 같은 조문 단서가 중요합니다. 국민건강보험법상 요양급여 대상에서 제외되는 미용 목적 진료는 면세에서 빠져 과세가 됩니다. 시행령이 직접 열거한 과세 진료는 다음과 같습니다.
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성형수술 (단서 가목): 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술, 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백·라미네이트·잇몸성형), 악안면 교정술
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피부·미용 시술 (단서 나목): 색소모반·주근깨·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술·문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술, 모공축소술
반대로, 치료 목적이면 면세로 남습니다. 성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술, 종양 제거에 따른 재건수술, 유방암 수술에 따른 유방 재건술, 치아교정이 선행되는 악안면 교정술은 과세 대상에서 제외되어 면세입니다.
즉 같은 "코 수술"이라도 미용 목적이면 과세, 사고·질환 치료 목적이면 면세로 갈립니다. 내 의원의 진료 항목을 면세분과 과세분으로 나누어 보는 것이 세무의 첫 단추입니다.
2. 겸영사업자란 — 의원 세무가 복잡한 진짜 이유
급여진료(면세)와 비급여 미용진료(과세)를 함께 하는 의원은 면세사업과 과세사업을 같이 하는 겸영사업자가 됩니다. 이것이 의원 세무가 학원·약국 같은 순수 면세업종보다 복잡한 핵심 이유입니다.
겸영사업자가 되면 다음 두 가지 신고를 모두 합니다.
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과세분(비급여 미용진료): 일반 과세사업자처럼 부가가치세를 신고·납부합니다. 매출세액에서 과세사업 관련 매입세액을 빼고 신고합니다(확정신고 1월·7월, 예정신고는 법인·일부 개인 대상).
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면세분(급여진료): 부가세 신고 대상이 아니며, 매년 2월 사업장현황신고로 면세수입금액을 신고합니다(아래 4장).
미용 진료가 거의 없고 사실상 면세진료만 한다면 순수 면세사업자에 가깝고, 미용·성형 비중이 크면 과세 신고 부담이 그만큼 커집니다. 어느 쪽이든 면세와 과세가 섞이는 순간 부가세 신고와 안분이라는 숙제가 생긴다는 점을 기억하십시오.
3. 공통매입세액 안분 — 의원 부가세의 가장 큰 쟁점
겸영사업자인 의원에서 부가세 실무의 핵심은 공통매입세액 안분입니다.
원리는 이렇습니다. 매입세액은 어느 진료에 쓴 것인지(실지귀속)에 따라 처리합니다.
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과세진료(미용)에만 쓴 매입세액: 전액 공제
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면세진료(급여)에만 쓴 매입세액: 전액 불공제
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두 진료에 공통으로 쓴 매입세액: 어느 쪽에 얼마 쓴 것인지 가를 수 없으므로, 면세공급가액 비율만큼 불공제하고 나머지만 공제
이 마지막을 공통매입세액 안분이라고 합니다(부가가치세법 제40조). 의원에서 공통매입세액에 해당하는 대표 항목은 건물 임차료, 관리비, 전기·수도료, 공용으로 쓰는 의료장비, 광고비, 본사 공통경비 등입니다.
안분 산식은 다음과 같습니다.
불공제 매입세액 = 공통매입세액 × (해당 과세기간 면세공급가액 ÷ 총공급가액)
예를 들어 임차료 부가세(공통매입세액)가 200만 원이고 면세(급여진료) 매출 비율이 60퍼센트라면, 120만 원이 불공제되고 80만 원만 공제됩니다. 급여진료 비중이 높을수록 공제받는 매입세액이 줄어듭니다.
안분을 생략하는 소액 기준도 있습니다(부가가치세법 시행령 제81조제2항).
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해당 과세기간 총공급가액 중 면세공급가액 비율이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액을 전액 공제(단, 그 공통매입세액이 500만 원 이상이면 제외).
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해당 과세기간 중 공통매입세액이 5만 원 미만이면 전액 공제.
안분 계산의 구체적 방법과 확정신고 정산은 아래 "함께 보면 좋은 글"의 공통매입세액 안분 가이드에서 더 자세히 다룹니다.
4. 사업장현황신고 — 의원은 미신고 가산세가 있다
면세진료 수입은 부가세 신고로 잡히지 않으므로 별도 신고가 필요합니다. 면세사업자는 매년 2월 10일까지 전년도 면세수입금액과 사업장 현황을 사업장현황신고로 신고합니다(소득세법 제78조).
겸영하는 의원의 경우, 과세분은 부가세 확정신고로 신고하면 그 부분은 사업장현황신고를 한 것으로 보고, 면세진료 수입은 사업장현황신고로 따로 신고합니다(소득세법 제78조제1항제2호 단서).
여기서 의원이 학원 등 다른 면세업종과 결정적으로 다른 점이 있습니다.
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의료업은 사업장현황신고 미신고·과소신고 시 가산세가 직접 적용됩니다. 신고하지 않거나 수입금액을 미달 신고하면 그 금액의 0.5퍼센트(1천분의 5)가 가산세로 종합소득세에 더해집니다(소득세법 제81조의3, 같은 법 시행령 제147조의2). 이 가산세는 의료업·수의업·약국에만 적용됩니다.
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신고 대상: 면세진료 수입이 있는 의원(겸영 포함)
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신고 기한: 매년 2월 10일
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신고 내용: 업종별 수입금액 명세, 결제수단별 내역, 계산서·신용카드·현금영수증 수취내역 등
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미신고·과소신고 가산세: 해당 수입금액의 0.5퍼센트 (의료업 적용)
사업장현황신고에서 신고한 수입금액이 5월 종합소득세 계산의 기초가 되므로, 기한 내 정확히 신고하는 것이 안전합니다.
5. 페이닥터·간호사·직원 인건비 — 원천징수와 4대보험
의원은 봉직의(페이닥터), 간호사, 간호조무사, 원무·피부관리 직원 등 여러 인력을 둡니다. 인건비 처리의 출발점은 이 사람이 근로자인지 사업자인지를 가리는 일입니다.
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근로소득자(직원): 원장이 근무시간·업무 방식을 정하고 고정급을 줍니다. 봉직의·간호사·직원 대부분이 여기에 해당합니다. 급여 지급 시 근로소득세를 간이세액표에 따라 원천징수하고(소득세법 제127조), 4대보험에 가입합니다.
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사업소득자(프리랜서 인력): 본인 책임으로 용역을 제공하고 지급액의 일정 비율로 정산하는 구조입니다. 지급액에서 3.3퍼센트(소득세 3퍼센트 + 지방소득세 0.3퍼센트)를 원천징수합니다(소득세법 제129조).
봉직의를 3.3퍼센트 프리랜서로 처리하는 경우가 있는데, 실제로 원장이 근무시간과 진료 방식을 통제하는 사실상의 직원이라면 나중에 근로자로 재분류되어 4대보험·퇴직금이 소급 추징될 수 있습니다. 계약서 명칭이 아니라 실질로 판단하므로 처음부터 구분해 두는 것이 좋습니다.
직원 급여나 프리랜서 지급액에서 뗀 소득세의 10퍼센트에 해당하는 지방소득세 특별징수도 함께 신고·납부해야 합니다. 원천징수한 세금은 매월(또는 반기) 신고·납부합니다.
6. 의료장비·인테리어 — 감가상각과 매입세액의 두 갈래
개원 시 들어가는 고가의 의료장비와 인테리어는 두 가지 관점에서 봅니다.
첫째, 비용처리(감가상각). 일정 금액 이상의 의료장비·인테리어는 산 해에 전부 비용으로 터는 것이 아니라 감가상각 자산으로 보아 내용연수에 걸쳐 나누어 비용처리하는 것이 원칙입니다. 레이저·초음파·영상장비 등 고가 장비를 도입했다면 처리 방법과 내용연수를 세무대리인에게 확인하십시오.
둘째, 매입세액. 장비를 살 때 부담한 부가세는 그 장비를 어디에 쓰는지에 따라 갈립니다.
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과세진료(미용) 전용 장비(예: 미용 레이저): 매입세액 전액 공제 가능
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면세진료(급여) 전용 장비: 매입세액 공제 불가(비용의 일부로 처리)
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과세·면세 공통 사용 장비: 공통매입세액으로 안분(3장 참조)
고가 장비일수록 매입세액 금액이 크므로, 도입 전에 그 장비가 과세·면세·공통 중 어디에 해당하는지 따져 보는 것이 절세의 출발점입니다.
7. 성실신고확인 — 수입 5억 원 이상 의원의 추가 의무
의원은 고소득 업종이라 일정 규모를 넘으면 성실신고확인 대상이 됩니다.
보건업은 해당 과세기간 수입금액 합계액이 5억 원 이상이면 성실신고확인대상사업자가 됩니다(소득세법 제70조의2, 같은 법 시행령 제133조제1항제3호). 이 경우 종합소득세를 신고할 때 세무사 등이 장부와 증빙으로 사업소득금액의 적정성을 확인한 성실신고확인서를 함께 제출해야 합니다.
성실신고확인대상이 되면 달라지는 점은 다음과 같습니다.
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신고·납부 기한 연장: 일반 5월 31일이 아니라 5월 1일부터 6월 30일까지로 한 달 늘어납니다(소득세법 제70조의2제2항).
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확인 비용 부담: 세무사 등에게 성실신고확인을 받아야 하므로 추가 비용이 발생합니다(일부는 세액공제로 지원).
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검증 강화: 매출 누락·과다경비가 더 엄격히 검증되므로, 비급여 현금매출과 인건비·장비 비용을 평소에 정확히 관리하는 것이 중요합니다.
수입금액 기준은 매년 변동될 수 있으므로 신고 시점에 세무대리인과 대상 여부를 확인하십시오.
병의원 원장님 체크리스트
내 진료를 면세(급여진료)와 과세(비급여 미용·성형)로 구분했는가
과세진료가 있다면 겸영사업자로 부가세 신고를 하고 있는가
임차료·관리비·공용 장비의 공통매입세액을 면세 비율로 안분했는가
면세진료 수입을 2월 10일 사업장현황신고로 신고했는가(미신고 시 0.5퍼센트 가산세)
봉직의·간호사·직원을 근로소득자로 보아 원천징수하고 4대보험에 가입했는가
비급여 현금 진료비까지 빠짐없이 수입금액에 넣고 현금영수증을 발급했는가
고가 의료장비를 감가상각으로 처리하고 매입세액을 용도별로 구분했는가
수입금액 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상 여부를 확인했는가
함께 보면 좋은 글
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면세와 과세를 같이 하면 매입세액 공제는 — 공통매입세액 안분계산: 의원의 임차료·공용 장비에 적용되는 공통매입세액 안분 산식과 확정신고 정산을 단계별로 더 자세히 다룹니다.
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면세사업장 현황신고 제출서류와 미신고 가산세: 의원이 2월에 하는 사업장현황신고의 제출서류와 0.5퍼센트 가산세를 더 구체적으로 설명합니다.
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개인사업자 성실신고 확인 대상 기준과 혜택: 수입 5억 원 이상 의원이 대상이 되는 성실신고확인의 기준·기한·세액공제를 정리합니다.
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한의원·치과 원장님 세무 가이드: 같은 의료 겸영사업이지만 비급여 과세 항목과 실무 포인트가 달라 한의원·치과는 따로 정리했습니다.
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동물병원·애견미용 세무 가이드: 사람 진료와 반대로 동물 진료는 과세·면세 구분이 다르고 수의업도 0.5퍼센트 가산세 대상이라는 점을 비교해 봅니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제26조제1항제5호 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
→ 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것의 공급에 부가가치세를 면제한다고 정한 조문으로, 의원의 급여진료가 면세인 근거입니다.
2.
부가가치세법 시행령 제35조 (면세하는 의료보건 용역의 범위)
→ 의사 등이 제공하는 용역을 면세로 하되(제1항제1호), 쌍꺼풀·코성형·지방흡인 등 성형수술(단서 가목)과 기미·여드름·제모·문신·피부미백 등 미용 시술(단서 나목)은 면세에서 제외해 과세 대상으로 정합니다. 의원의 면세·과세를 가르는 핵심 조문입니다.
3.
부가가치세법 제40조 (공통매입세액의 안분)
→ 과세사업과 면세사업을 겸영할 때 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 면세공급가액 비율로 안분하도록 정한 조문으로, 의원 임차료·공용 장비 매입세액 처리의 근거입니다.
4.
소득세법 제78조 (사업장 현황신고)
→ 면세사업자가 다음 연도 2월 10일까지 사업장 현황을 신고하도록 정하고(제1항), 겸영사업자는 과세분을 부가세로 신고하면 그 부분은 신고한 것으로 보되 면세수입은 사업장현황신고로 신고하도록 정합니다.
5.
소득세법 제81조의3 (사업장 현황신고 불성실 가산세)
→ 소비자상대 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(시행령 제147조의2의 의료업·수의업·약국)가 사업장현황신고를 하지 않거나 미달 신고하면 그 수입금액의 0.5퍼센트를 가산세로 부과하도록 정한 조문입니다.
6.
소득세법 제70조의2 (성실신고확인서 제출)
→ 수입금액이 업종별 일정 규모 이상(보건업은 시행령 제133조제1항제3호의 5억 원)인 사업자가 종합소득세 신고 시 성실신고확인서를 제출하고, 신고기한을 6월 30일까지로 적용받도록 정한 조문입니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
의원 세금은 결국 면세 진료와 과세 미용진료를 정확히 나누고 공통경비를 제대로 안분하는 데서 갈리며, 세무법인청년들은 그 흐름을 함께 정리해 드립니다.