사전통지를 받기 전, 일상 운영 단계에서 누적해야 할 7가지 증빙·기록과 보관 기간을 정리합니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글의 7가지 항목을 평상시 점검표로 활용하십시오.
직전 사업연도 매출이 5억 원을 넘는 개인사업자 또는 법인입니다.
특수관계자(가족·관계회사)와 거래가 있습니다.
인건비 비중이 매출의 20%를 넘거나 가족·친인척이 근로자로 등록되어 있습니다.
사업용 차량을 등록하여 비용 처리하고 있습니다.
현금매출 비중이 있는 업종(요식·소매·서비스 등)입니다.
거래처 수가 많고 매월 발생하는 증빙이 100건 이상입니다.
세무조사 사전통지를 받은 적이 아직 없지만, 사후 대응이 아니라 사전 관리 체계를 갖추고 싶습니다.
이 글은 사전통지를 받은 이후의 대응 절차가 아닙니다. 평소 운영 중 누적해야 할 증빙과 기록을 다룹니다. 사전통지 단계의 대응은 별도 글에서 안내합니다.
평소 증빙 관리의 시간축
세무조사 위험은 사전통지를 받는 순간 시작되지 않습니다. 부과제척기간이 작동하는 동안 누적된 신고와 증빙이 한꺼번에 검증 대상이 됩니다.
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일반 신고: 신고기한 다음 날부터 5년 / 국기법 제26조의2 제1항
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무신고: 신고기한 다음 날부터 7년 / 국기법 제26조의2 제2항 제1호
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부정행위(사기): 신고기한 다음 날부터 10년 / 국기법 제26조의2 제2항 제2호
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역외거래 부정행위: 신고기한 다음 날부터 15년 / 국기법 제26조의2 제2항 제2호
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장부·증빙 보존의무: 신고기한 다음 날부터 5년 / 국기법 제85조의3 제2항
장부·증빙 보존 의무는 5년이지만, 부정행위로 의심받을 가능성이 있는 거래는 10년 보관이 안전합니다. 보관 의무 기간이 지났다는 이유로 5년 6개월 전 거래에 대해 소명을 거부할 수 없는 사례가 실제로 발생합니다.
평소 챙겨야 할 증빙·기록 7가지
1. 적격증빙 수취 — 세금계산서·신용카드 매출전표·현금영수증·계산서
법인세법 제116조와 소득세법 제160조의2는 사업과 관련된 모든 거래에 대해 세금계산서, 계산서, 신용카드 매출전표, 현금영수증 중 하나를 받아 보관하도록 규정합니다. 건당 3만 원(접대비는 1만 원)을 초과하는 거래에서 이 네 가지 외의 영수증으로 처리하면 비용이 부인되거나 가산세가 부과됩니다.
평소 점검 항목
신용카드 매출전표·세금계산서 외의 간이영수증으로 처리된 3만 원 초과 거래가 있는지 월말마다 확인
거래처가 세금계산서를 발급하지 않는 경우, 법인세법 제116조 제3항·소득세법 제160조의2 제3항의 매입자발행세금계산서 절차로 대체
카드 매입 명세서를 매월 다운로드하여 사업용 카드와 사적 사용 카드를 분리 보관
미수취 시 가산세
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법인: 법인세법 제75조의5에 따라 미수취 금액의 2%
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부가세: 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에 따라 매입세액 불공제
2. 거래처 실재성 입증자료 — 계약서·견적서·작업확인서·납품확인서
세금계산서만으로는 거래 실재성을 100% 입증하기 어렵습니다. 가공거래 의심 조사에서는 거래의 흐름 전체를 봅니다. 따라서 평상시에 거래의 시작·진행·종료를 보여 주는 자료를 세트로 보관해야 합니다.
평소 보관 자료
계약서 또는 발주서(거래 시작)
견적서(가격 산출 근거)
진행 단계별 이메일·메신저 기록(거래 진행)
작업확인서·납품확인서·검수확인서(거래 종료)
사진·산출물(용역 거래의 경우)
특히 무형 용역(컨설팅, 마케팅, 디자인) 거래는 산출물 자체가 입증자료가 됩니다. 산출물 없이 세금계산서만 있는 거래는 가공거래 1순위 검토 대상입니다.
3. 자금 흐름 일치 자료 — 계좌이체 내역과 거래 상대방 일치
세금계산서, 카드 매출전표, 현금영수증이 있어도 대금 결제가 거래 상대방이 아닌 제3자에게 흘러가면 차명거래·매출누락 의심이 시작됩니다.
평소 점검 항목
매출 입금 계좌와 사업자등록증상 명의가 일치
매입 대금이 세금계산서상 공급자 명의 계좌로 직접 입금
대표자 개인 계좌로 받은 매출이 있다면, 사업용 계좌로 이체한 흐름과 회계처리 일치
임직원 또는 가족 명의 계좌를 통한 우회 결제가 없는지 확인
매출이 누락되면 국기법 제47조의2 무신고가산세 20%(부정행위 40%) 외에 무신고 부분에 대해 부과제척기간이 7년으로 늘어납니다. 차명거래로 판단되면 부정행위로 분류되어 제척기간이 10년으로 확장됩니다.
4. 인건비 실재성 자료 — 4대보험·출퇴근·업무 산출물
가공인건비는 세무조사에서 가장 흔하게 적발되는 항목입니다. 4대보험 신고와 원천세 신고만으로는 실재성이 인정되지 않습니다.
평소 보관 자료
근로계약서(서면, 날짜·서명 포함)
4대보험 가입·자격취득 신고서
출퇴근 기록(전자 출퇴근 시스템 또는 출근부)
급여 이체 내역(본인 명의 계좌)
업무 산출물(보고서·결재 기록·메신저 대화)
직책별 업무 분장표
가족 인건비는 특히 검증이 까다롭습니다. 동거 가족이 근로자로 등록되어 있다면 출근 기록과 실제 업무 산출물이 없을 경우 비용이 전액 부인되고 부당행위계산 부인까지 적용될 수 있습니다.
5. 임원·특수관계자 거래 자료 — 의사결정 문서와 시가 입증
법인세법 제52조는 특수관계인과의 거래가 시가와 다를 경우 시가를 기준으로 소득금액을 재계산하는 부당행위계산 부인 규정을 두고 있습니다. 임원 보수, 가족 인건비, 관계회사 간 거래, 임원의 자산 매매·임대 등이 모두 대상입니다.
평소 보관 자료
이사회 회의록·주주총회 의사록(임원 보수 결정 근거)
임원 보수 지급규정(주주총회 승인본)
시가 입증자료(유사 거래 시세, 감정평가서, 공시지가, 부동산 공시가격)
관계회사 간 거래의 계약서와 정상가격 산출 근거
특수관계인 간 자금 차입·대여의 차용증과 이자 지급 내역
시가 입증 없이 특수관계자에게 자산을 시가보다 낮게 양도하거나 시가보다 높게 매입하면, 차액이 손금부인되고 상대방에게는 증여로 의제될 수 있습니다.
6. 차량운행기록부와 실제 사용 증빙
부가가치세법 제39조 제1항 제5호는 비영업용 승용차(개별소비세 과세 대상 차량)의 구입·임차·유지에 관한 매입세액을 공제하지 않도록 규정합니다. 운수업, 자동차판매업 등 일부 업종만 예외입니다.
비용으로 인정받기 위한 평소 자료
차량운행기록부(일자·운행거리·업무 목적·운전자)
임직원 전용 자동차보험 가입 내역(법인은 가입 필수, 미가입 시 비용 전액 부인)
주유·정비·통행료 영수증
차량 보유 임직원의 업무 분장(외근 비중 입증)
차량운행기록부 작성률이 낮으면 업무용 사용 비율이 인정되지 않아 비용이 한도 내로 축소되거나 부인됩니다. 차량은 신고 후가 아니라 차량을 등록한 첫 달부터 기록을 시작해야 합니다.
7. 현금매출 누락 방지 자료 — POS·키오스크·예약시스템 로그
현금매출 누락은 매출 누락·부정행위 판단의 직접 단서가 됩니다. 평상시 시스템 로그를 일별로 정리해 두지 않으면, 조사 단계에서 누락 의심이 제기될 때 방어가 어렵습니다.
평소 보관 자료
POS 일별 매출 집계표(현금·카드·간편결제 구분)
키오스크·태블릿 주문 로그
예약시스템 예약 건수와 결제 내역
배달 플랫폼 정산서(주문 건수와 매출 일치 확인)
일일 시재 점검표(현금 잔액과 POS 집계 대조)
현금영수증 의무발행업종 사업자가 10만 원 이상 현금거래에 대해 현금영수증을 발급하지 않으면 거래금액의 20%가 미발급 가산세로 부과됩니다. 평소 자동발급 설정과 거래 즉시 발급 흐름을 점검해야 합니다.
7가지 항목 보관 기간 정리
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적격증빙(세금계산서·카드·현금영수증·계산서): 신고기한 다음 날부터 10년 / 국기법 §85의3 + 부정행위 대비 §26의2
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거래 실재성 자료(계약서·작업확인서): 신고기한 다음 날부터 10년 / 가공거래 의심 대비
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자금 흐름(계좌이체 내역): 거래일부터 10년 / 매출누락·차명거래 대비
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인건비 자료(근로계약서·출퇴근·산출물): 신고기한 다음 날부터 10년 / 가공인건비 대비
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특수관계자 거래 자료(이사회록·시가 입증): 거래 종료일부터 10년 / 부당행위계산 부인 대비
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차량운행기록부: 차량 보유기간 + 5년 / 비용 인정 입증
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현금매출 시스템 로그: 신고기한 다음 날부터 10년 / 매출누락 대비
법정 보존의무는 5년이지만, 부정행위 의심이 있을 경우 부과제척기간이 10년으로 확장된다는 점에서 실무에서는 10년 보관을 일관 원칙으로 두는 것이 안전합니다.
분실·미수취 시 대체 입증 방법
증빙을 분실했거나 거래 당시 받지 못했더라도 보완 방법이 있습니다.
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신용카드 매출전표 분실: 카드사에서 거래 명세서 재발급
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세금계산서 미수취: 매입자발행세금계산서 발행(법인세법 §116③, 소득세법 §160의2③)
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현금영수증 미발급: 거래 상대방에게 사후 발급 요청, 계좌이체 내역과 거래 상대방 확인서 결합
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계약서 미작성: 이메일·메신저·견적서·발주 내역 종합
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출퇴근 기록 누락: 동료 진술서, 사업장 출입 기록, 결재·메신저 활동 시각 기록
대체 입증은 가능하지만, 적격증빙 미수취 시 가산세 자체가 면제되는 것은 아닙니다. 평상시에 일관된 수취 체계를 갖추는 것이 가장 안전합니다.
점검 주기 권장
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매주: 영수증·현금영수증 일별 정리, POS 로그 입력
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매월: 신용카드 명세서 다운로드, 사업용·사적 사용 분리, 적격증빙 수취율 확인
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매분기: 거래처별 매출·매입 대사, 자금 흐름과 거래 상대방 일치 점검
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매년 1회: 세무대리인과 함께 7가지 항목 점검, 가공거래 의심 매입처·인건비 정합성·차량운행기록부 작성률 검토
세무조사 사전통지가 도착한 시점부터 7가지 항목을 정리하려면 늦습니다. 평상시 분기·연 단위 점검 체계가 있어야 통지서가 와도 자료 정리에 추가 시간이 필요 없습니다.
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관련 법령
1.
국세기본법 제26조의2 (국세의 부과제척기간)
→ 일반적인 부과제척기간은 신고기한 다음 날부터 5년이며, 무신고는 7년, 부정행위로 국세를 포탈한 경우 10년(역외거래 부정행위는 15년)으로 확장됩니다.
2.
국세기본법 제85조의3 (장부 등의 비치와 보존)
→ 모든 거래에 관한 장부와 증거서류를 성실히 작성·비치하고, 신고기한 다음 날부터 5년간 보존해야 합니다. 역외거래는 7년입니다.
3.
법인세법 제116조 및 법인세법 제75조의5 (지출증명서류 수취 및 미수취 가산세)
→ 법인은 사업 관련 모든 거래의 적격증빙을 수취해 5년간 보관해야 하며, 미수취 시 손금 산입 금액의 2%가 증명서류 수취 불성실 가산세로 부과됩니다.
4.
법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)
→ 특수관계인과의 거래로 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 시가를 기준으로 소득금액을 재계산합니다.
5.
소득세법 제160조의2 (경비 등의 지출증명 수취 및 보관)
→ 사업소득자는 필요경비 계산 시 적격증빙을 수취해 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관해야 합니다.
6.
부가가치세법 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액)
→ 세금계산서를 받지 않거나 사실과 다른 세금계산서를 받은 경우, 사업과 직접 관련 없는 지출, 비영업용 승용차의 구입·임차·유지에 관한 매입세액은 공제되지 않습니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 평소 운영 단계의 증빙·기록을 사전 관리 관점에서 함께 점검합니다.