작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 (제조업 전문) · 최종 검토 2026-08-02
수도권 과밀억제권역 공장을 수도권 밖으로 옮기면 법인세·소득세를 최대 10년 100%, 이어서 5년 50% 감면받습니다. 2028년 12월 31일까지 사업을 개시해야 합니다.
이 글은 2026년 8월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글의 계산이 필요합니다.
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서울·인천·수원·성남·고양·부천·안양·의정부 등 수도권 과밀억제권역에서 공장을 운영하고 있습니다.
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그 공장에서 2년(중소기업) 또는 3년 이상 계속 조업해 왔습니다.
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설비를 늘리려는데 투자세액공제가 안 된다는 이야기를 들었습니다.
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중소기업인데 중소기업 특별세액감면을 한 푼도 못 받고 있습니다.
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공장 부지가 좁아 증설이나 이전을 검토 중입니다.
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지방에 공장 부지를 알아보고 있지만, 세금이 얼마나 달라지는지 계산해 본 적이 없습니다.
반대로 수도권 밖에 이미 공장이 있거나, 과밀억제권역이 아닌 지역(안산·평택·화성 등 성장관리권역)에 있다면 이 글의 이전 감면은 해당하지 않습니다.
대표 상황 예시: 같은 설비 투자인데 세금이 다릅니다
수원에서 20년 가까이 부품을 가공해 온 제조업 법인이 있습니다. 상시근로자는 20명대, 매출은 수십억 원대이고 중소기업이지만 소기업 기준은 넘어선 회사입니다.
주문이 늘어 라인을 하나 더 놓기로 하고 설비 견적을 받았습니다. 대표는 설비를 사면 세액공제 10%를 받는 것으로 알고 있었습니다. 그런데 결산에서 공제가 잡히지 않았습니다.
이유는 두 가지였습니다. 첫째, 과밀억제권역 안에서 하는 증설투자는 통합투자세액공제가 배제됩니다(조특법 제130조 제1항). 둘째, 이 회사는 소기업이 아닌 중기업이어서 수도권에서 제조업을 하면 중소기업 특별세액감면 자체가 없습니다(조특법 제7조 제1항 제2호). 지방에 있었다면 15%를 받았을 감면입니다.
대표가 물었습니다. 그러면 공장을 아산으로 옮기면 세금이 얼마나 달라지느냐는 것이었습니다.
이 상황에서의 판단 포인트는 이렇습니다. 이전 여부를 세금만으로 결정할 수는 없습니다. 다만 이전을 검토한다면 지금 수도권에 있어서 못 받고 있는 것, 옮겨야만 생기는 것, 옮기고 나서 잃을 수 있는 것을 각각 금액으로 세워 놓고 비교해야 합니다. 아래 순서가 그 계산입니다.
1. 지금 수도권에 있어서 못 받고 있는 것
세 가지가 동시에 걸립니다. 하나씩은 작아 보여도 합치면 매년 수천만 원 단위가 됩니다.
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중소기업 특별세액감면 · 소기업 제조업: 수도권(과밀억제권역) 20% / 수도권 밖 30% (조특법 §7①2 나·다목)
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중소기업 특별세액감면 · 중기업 제조업: 수도권(과밀억제권역) 해당 없음 / 수도권 밖 15% (조특법 §7①2 바목)
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통합투자세액공제(일반 사업용 자산): 수도권(과밀억제권역) 증설투자 배제 / 수도권 밖 중소기업 10% (조특법 §130①, §24①2)
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통합고용세액공제 · 청년등 1인당(직전연도 대비): 수도권(과밀억제권역) 700만원 / 수도권 밖 1,000만원 (조특법 §29의8①1 가목)
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통합고용세액공제 · 청년등 외 1인당(직전연도 대비): 수도권(과밀억제권역) 400만원 / 수도권 밖 700만원 (조특법 §29의8①2 가목)
통합고용세액공제는 위 금액이 전부가 아닙니다. 고용을 오래 유지할수록 커지는 구조라, 중소기업은 직전·전전·전전전 과세연도 대비 증가분을 각각 계산해 합산합니다. 청년등 상시근로자는 1인당 700만원(수도권 밖 1,000만원)·1,600만원(1,900만원)·1,700만원(2,000만원)이고, 청년등 외 상시근로자는 400만원(700만원)·900만원(1,200만원)·1,000만원(1,300만원)입니다. 수도권 밖 우대액이 단계마다 300만원씩 붙으므로, 3년을 유지하면 사람 한 명당 900만원까지 벌어집니다.
특히 자주 놓치는 지점
중기업 제조업은 수도권에서 특별세액감면이 아예 없습니다. 조특법 제7조 제1항 제2호는 소기업의 수도권 사업장(20%)과 중기업의 수도권 외 사업장(15%)을 규정하지만, 중기업의 수도권 제조업 사업장은 어느 항목에도 없습니다. 감면율이 낮은 것이 아니라 대상이 아닌 것입니다.
여기서 말하는 수도권은 과밀억제권역보다 넓습니다. 서울·인천·경기 전역이 수도권이므로, 화성이나 평택으로 옮겨도 제7조 감면율은 수도권 기준 그대로입니다. 반면 통합투자세액공제 배제(제130조)는 과밀억제권역만 따지므로, 성장관리권역으로 옮기면 그 배제는 풀립니다. 두 제도의 지역 기준이 다릅니다. 통합고용세액공제의 지역 구분도 과밀억제권역이 아니라 수도권 기준입니다.
2. 옮기면 생기는 것: 공장 이전 세액감면
조세특례제한법 제63조는 수도권과밀억제권역 공장을 수도권 밖으로 옮기는 기업에 대해, 이전 후 공장에서 발생한 소득에 대한 법인세 또는 소득세를 감면합니다. 법인 전체 소득이 아니라 이전한 공장에서 나온 소득이 대상입니다. 다만 이전한 뒤 합병·분할·현물출자나 사업 양수로 승계한 사업장에서 발생한 소득은 감면 대상에서 빠집니다.
2-1. 요건: 네 가지를 모두 갖춰야 합니다
과밀억제권역에서 3년(중소기업은 2년) 이상 계속 조업한 실적이 있을 것
공장시설 전부를 수도권 밖(중소기업은 수도권 밖 또는 수도권의 인구감소지역)으로 이전할 것
조업 중단일부터 소급해 2년(중소기업 1년) 이상 영위하던 업종과 이전 후 업종이 같을 것. 같은 업종인지는 한국표준산업분류 세분류로 판정합니다
2028년 12월 31일까지 이전 후 사업을 개시할 것. 공장을 신축하는 경우로서 2028년 12월 31일까지 부지를 보유하고 그해가 속하는 과세연도 신고 때 이전계획서를 제출하면 2031년 12월 31일까지
일부만 옮기고 수도권 공장을 남겨두면 요건을 채우지 못합니다. 새 공장에서 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 과밀억제권역 공장을 양도하거나 공장시설 전부를 철거·폐쇄해 조업이 불가능한 상태로 만들어야 합니다. 순서를 반대로 해 수도권 공장을 먼저 정리했다면, 그날부터 2년 이내(신축 이전은 3년 이내)에 지방에서 사업을 개시해야 합니다.
2-2. 감면기간: 어디로 옮기느냐가 두 배를 가릅니다
같은 이전이라도 목적지에 따라 감면기간이 8년에서 15년까지 벌어집니다. 이 부분이 이 글에서 가장 중요합니다.
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당진·아산·원주·음성·진천·천안·춘천·충주·홍천(내면 제외)·횡성: 100% 5년 + 50% 3년 = 8년
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수도권의 인구감소지역(중소기업이 이전하는 경우만): 100% 5년 + 50% 3년 = 8년
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구미·김해·전주·제주·진주·창원·청주·포항: 100% 5년 + 50% 3년 = 8년
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수도권 밖 광역시(부산·대구·광주·대전·울산): 100% 5년 + 50% 3년 = 8년
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위 광역시 중 성장촉진지역·인구감소지역·위기지역: 100% 7년 + 50% 4년 = 11년
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구미·김해·전주·제주·진주·창원·청주·포항 중 성장촉진지역·인구감소지역·위기지역: 100% 10년 + 50% 5년 = 15년
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그 밖의 수도권 밖 지역: 100% 7년 + 50% 4년 = 11년
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그 밖의 지역 중 성장촉진지역·인구감소지역·위기지역: 100% 10년 + 50% 5년 = 15년
지역 목록은 조세특례제한법 시행령 제60조 제4항·제5항이 시·군 이름으로 직접 열거한 것입니다. 성장촉진지역·인구감소지역·위기지역 해당 여부는 「지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법」에 따라 별도로 지정되며 시기에 따라 바뀌므로, 부지를 정하기 전에 그 시점의 지정 현황을 확인해야 합니다.
기산점은 이전한 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도 개시일입니다. 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 나지 않으면 그 과세연도부터 셉니다.
여기서 자주 뒤집히는 직관이 있습니다. 수도권에서 가까운 곳일수록 감면기간이 짧습니다. 천안·아산·청주·원주처럼 접근성이 좋은 지역은 8년이고, 더 먼 일반 지역은 11년, 성장촉진지역·인구감소지역·위기지역은 15년입니다. 물류비와 인력 확보를 이유로 가까운 곳을 고르는 것은 합리적이지만, 세제만 놓고 보면 정반대 방향입니다.
2-3. 감면한도: 총액이 정해져 있습니다
감면기간 전체를 통틀어 받을 수 있는 금액에 한도가 있습니다(조특법 제63조 제9항).
청년 상시근로자와 일부 서비스업은 1인당 2,000만원을 적용합니다. 한도를 적용할 때는 투자누계액 기준(70%)을 먼저 쓰고, 남는 부분에 인원 기준을 적용합니다.
인원 기준으로 감면받았다면 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 상시근로자 수를 유지해야 합니다. 줄어들면 그만큼 다시 납부합니다.
2-4. 최저한세를 맞지 않습니다
세액감면은 대개 최저한세에 걸려 일부만 살아남습니다. 그런데 조특법 제132조 제1항 제4호 다목은 제63조에 따라 수도권 밖으로 이전하는 경우를 최저한세 적용 대상에서 빼 두었습니다. 100% 감면이면 실제로 100%가 남습니다.
같은 회사의 중소기업 특별세액감면(제7조)은 최저한세 적용을 받아 깎일 수 있습니다. 두 제도의 성격이 여기서 갈립니다.
2-5. 앞의 사례를 숫자로
앞의 수원 제조업 법인이 과세표준 3억원을 낸다고 가정하겠습니다. 상시근로자는 20명입니다.
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수원 유지(중기업·제조업): 산출세액 4,000만원 / 특별세액감면 대상 아님 / 최종 부담 4,000만원
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아산 이전 직후(100% 감면기간): 산출세액 4,000만원 / 이전 감면 100%, 최저한세 미적용 / 최종 부담 0원
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아산, 100% 기간 종료 후(50% 감면기간): 산출세액 4,000만원 / 이전 감면 50% / 최종 부담 2,000만원
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아산, 감면기간 전부 종료 후: 산출세액 4,000만원 / 특별세액감면 15%, 최저한세 검토 필요 / 최종 부담 3,400만원
과세표준 2억원 이하 10%, 2억원 초과분 20%로 계산한 예시입니다. 감면한도(투자누계액의 70%에 20명 × 1,500만원인 3억원을 더한 금액)를 넘지 않는 구간을 전제했습니다. 실제 금액은 투자 규모·고용 구성·다른 공제 적용 여부에 따라 달라집니다.
감면기간이 끝난 뒤에도 수도권에 남아 있을 때보다 매년 600만원 정도 유리한 상태가 계속됩니다. 이전 감면은 한시적이지만, 특별세액감면의 지역 차이는 계속되기 때문입니다.
3. 공장만 옮기면 절반만 옮긴 것입니다
가장 많이 놓치는 함정입니다. 조특법 제7조 제1항 단서는 이렇게 정합니다.
내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 감면 비율을 적용한다.
공장을 아산으로 옮겨도 본점 등기가 수원에 남아 있으면, 중소기업 특별세액감면에서는 여전히 수도권 회사입니다. 앞에서 15%로 올라갈 감면율이 그대로 0인 상태로 남습니다. 개인사업자에게는 적용되지 않고 법인에만 적용되는 규정입니다.
본사까지 옮긴다면 별도의 감면이 하나 더 붙습니다.
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대상: 공장 이전(제63조)은 내국인(법인·개인) / 본사 이전(제63조의2)은 법인만
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종전 소재 요건: 공장 이전은 과밀억제권역 3년(중소 2년) 이상 조업 / 본사 이전은 과밀억제권역에 3년 이상 본사
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감면대상 소득: 공장 이전은 이전 공장에서 발생한 소득 / 본사 이전은 과세표준 × 이전본사 근무인원 비율 × 매출액 비율
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제외 업종: 공장 이전은 없음 / 본사 이전은 부동산업·건설업·소비성서비스업·무점포판매업·해운중개업
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추가 요건: 공장 이전은 없음 / 본사 이전은 이전본사 근무 임원이 전체 임원의 50% 이상 유지
공장과 본사를 함께 옮기면 두 감면대상소득을 합해 계산하되, 해당 과세연도 소득금액을 한도로 합니다(조특법 제63조의2 제6항).
4. 부동산에서 나오는 두 번째 절세
이전은 대부분 수도권 공장을 팔고 지방 부지를 사는 거래를 동반합니다. 여기에도 별도의 특례가 있습니다.
4-1. 파는 쪽: 양도차익 익금불산입
대도시 공장을 지방으로 옮기려고 공장 대지와 건물을 2028년 12월 31일까지 양도하면, 그 양도차익에서 직전 사업연도 종료일 현재 이월결손금을 뺀 금액 범위에서 익금에 산입하지 않을 수 있습니다(조특법 제60조 제2항).
다만 영구 면제가 아니라 과세이연입니다. 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도에 걸쳐 균분한 금액 이상을 익금에 넣어야 합니다.
수도권 공장을 오래 보유했다면 양도차익이 이전 자금의 상당 부분을 차지합니다. 이 조항을 쓰면 이전 초기 자금 압박이 크게 줄어듭니다. 다만 이 익금불산입은 최저한세 적용 대상입니다(조특법 제132조 제1항 제2호). 감면과 성격이 다르다는 점에 유의하십시오.
4-2. 사는 쪽: 취득세·재산세
지방세특례제한법 제80조 제1항은 대도시에서 공장시설을 갖추고 직접 사업하던 자가 그 공장을 폐쇄하고 과밀억제권역 밖(공장 설치가 금지·제한되지 않은 지역)으로 이전해 사업을 계속하려고 취득하는 부동산에 대해 다음을 정하고 있습니다.
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취득세: 2027년 12월 31일까지 면제
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재산세: 납세의무 최초 성립일부터 5년간 면제, 그 다음 3년간 50% 경감
국세 감면 기한(2028년 12월 31일)과 지방세 감면 기한(2027년 12월 31일)이 1년 다릅니다. 취득 시점을 잡을 때 반드시 확인해야 하는 지점입니다.
4-3. 남겨둔 옛 공장 부지
공장을 수도권 밖으로 옮긴 법인이 소유한 이전 전 공장용 건축물의 부속토지는, 공장을 전부 이전한 날부터 5년간 종전의 재산세 분리과세 취급을 유지합니다(조특법 제63조 제5항). 팔리지 않아 보유하고 있는 동안의 보유세 부담을 덜어 주는 장치입니다.
5. 이전이 무효가 되는 지점
감면은 받는 것보다 유지하는 것이 어렵습니다. 아래에 해당하면 감면세액을 이자상당가산액과 함께 다시 냅니다.
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이전해 사업을 개시한 날부터 3년 이내 폐업하거나 법인 해산: 폐업·해산일부터 소급 3년 이내 감면세액 (조특법 §63②1, 시행령 §60⑥1)
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이전 요건(2년 내 종전 공장 처분 등)을 갖추지 못한 경우: 요건 미충족일부터 소급 5년 이내 감면세액 (조특법 §63②2, 시행령 §60⑥2)
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수도권에 같은 제품을 생산하는 공장을 다시 설치: 공장 설치일부터 소급 5년 이내 감면세액 (조특법 §63②3, 시행령 §60⑥3)
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인원 기준 한도로 감면받은 뒤 2년 내 상시근로자 감소: 감소분에 대응하는 감면세액 (조특법 §63⑪)
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이전 후 2년 미만 사용 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도 사용: 감면받은 취득세·재산세 (지특법 §80①2)
합병·분할·분할합병으로 인한 폐업·해산은 첫 번째 사유에서 제외됩니다.
6. 흔한 오해 세 가지
'이전도 창업이니 창업중소기업 세액감면을 받는다'는 오해가 있습니다. 받지 못합니다. 종전 사업을 승계하거나 사업장을 옮기는 것은 창업으로 보지 않습니다(조특법 제6조 제10항). 이전에는 제63조가 적용되고, 창업감면과는 별개의 제도입니다.
'라인 일부만 먼저 내려보내고 나머지는 천천히 옮기면 된다'는 계획도 요건을 채우지 못합니다. 제63조는 공장시설의 전부 이전을 요구합니다. 단계적 이전을 계획한다면 각 단계의 시점이 시행령 제60조 제3항의 2년(신축 3년) 안에 들어오는지 먼저 확인해야 합니다.
'어차피 지방이니 어디로 가든 같다'는 생각도 사실과 다릅니다. 앞에서 본 대로 8년과 15년의 차이가 납니다. 부지를 확정하기 전에 그 지역이 성장촉진지역·인구감소지역·위기지역에 해당하는지 확인하면, 같은 이전으로 감면기간이 두 배 가까이 달라질 수 있습니다.
7. 2026년 세법개정안 방향
정부는 2026년 세법개정안에서 지방 소재 기업을 우대하는 방향을 제시했습니다. 알려진 골자는 세 가지입니다.
1.
연구개발·투자·고용 세제 지원에서 지방 소재 기업 우대 강화
2.
지방 중소기업 취업 근로자 소득세 감면과 기업 이전지원금 비과세
3.
중소기업 창업 세제지원 범위를 지방 중심으로 확대
국회 심의를 거쳐야 확정되는 정부안이며, 이 글 작성 시점에는 법률로 시행되고 있지 않습니다. 확정 전의 개정안 내용을 전제로 이전 시점을 앞당기거나 미루는 결정은 위험합니다. 지금 확실한 것은 이 글에서 다룬 현행 조특법 제63조·제63조의2·제60조와 지방세특례제한법 제80조이며, 이들 조항의 적용 기한이 먼저 다가온다는 점입니다.
8. 이전을 검토한다면 확인할 자료
세무대리인에게 검토를 요청할 때 다음 자료가 있어야 감면기간과 한도를 계산할 수 있습니다.
지금 공장에 관한 것
현재 공장의 소재지 주소와 과밀억제권역 해당 여부
현재 공장에서의 조업 개시일과 계속 조업 기간(3년 또는 2년 요건 확인용)
사업자등록증상 업종과 한국표준산업분류 세분류 코드
법인 등기부등본(본점 소재지 확인용)
중소기업 여부와 소기업·중기업 구분 판정 자료
종전 공장의 취득가액과 예상 양도가액(제60조 양도차익 계산용)
옮길 곳과 시점에 관한 것
이전 예정지의 시·군 명칭(감면기간 구간 판정용)
이전 예정지가 성장촉진지역·인구감소지역·위기지역에 해당하는지
예상 설비 투자 규모(감면한도의 투자누계액 70% 계산용)
현재와 이전 후의 상시근로자 수 및 청년 상시근로자 수
종전 공장의 처분 또는 폐쇄 예정 시점과 새 공장 사업개시 예정일
특히 마지막 항목의 순서와 간격이 요건 충족 여부를 가릅니다. 부지 계약 전에 시점표를 먼저 그려 보시기 바랍니다.
함께 보면 좋은 글
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투자세액공제, 업종보다 입지를 먼저 보십시오 — 수도권 과밀억제권역 배제: 이전하지 않고 수도권에서 설비를 늘릴 때 어떤 투자가 배제되고 어떤 투자가 살아남는지 다룹니다.
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중소기업 특별세액감면 — 업종·지역·규모별 감면율과 한도: 이 글 1번의 감면율이 실제 신고에서 어떻게 적용되는지 상세히 정리했습니다.
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사업장 이전 세무 처리 총정리 — 정정신고부터 시설 폐기손실, 지방세까지: 이전을 결정한 뒤 실제로 처리해야 할 신고와 회계 처리를 다룹니다.
관련 법령
1.
조세특례제한법 제63조 (수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등)
→ 과밀억제권역에서 3년(중소기업 2년) 이상 조업한 기업이 공장시설 전부를 수도권 밖으로 옮겨 2028년 12월 31일까지 사업을 개시하면, 이전 공장에서 발생한 소득에 대한 세액을 지역 구분에 따라 5년·7년·10년간 100% 감면하고 이어지는 3년·4년·5년간 50% 감면합니다. 감면총액은 투자누계액의 70%에 상시근로자 수 × 1,500만원을 더한 금액이 한도입니다.
2.
조세특례제한법 시행령 제60조 (수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등)
→ 감면기간 구간에 해당하는 시·군을 구체적으로 열거하고, 종전 공장의 처분 시한(사업개시일부터 2년, 신축 이전은 3년)과 업종 동일성 판정 기준(한국표준산업분류 세분류)을 정합니다.
3.
조세특례제한법 제63조의2 (수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등)
→ 과밀억제권역에 3년 이상 본사를 둔 법인이 본사를 수도권 밖으로 옮기면, 근무인원 비율과 매출액 비율로 산출한 감면대상소득에 대해 법인세를 감면합니다. 부동산업·건설업·소비성서비스업 등은 제외되며, 이전본사 근무 임원 비율 50% 이상을 유지해야 합니다.
4.
조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)
→ 제조업 등 감면 업종을 경영하는 중소기업의 세액을 규모·지역별로 감면합니다. 소기업은 수도권 20%·수도권 외 30%, 중기업은 수도권 외 15%이며, 법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있으면 모든 사업장을 수도권에 있는 것으로 봅니다. 한도는 1억원입니다.
5.
조세특례제한법 제132조 (최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제)
→ 감면 후 세액이 최저한세액에 미달하면 그 부분은 감면하지 않되, 제63조에 따라 수도권 밖으로 이전하는 경우는 이 배제에서 제외합니다. 반면 제7조 특별세액감면과 제60조 양도차익 익금불산입은 최저한세 적용 대상입니다.
6.
지방세특례제한법 제80조 (공장의 지방 이전에 따른 감면)
→ 대도시 공장을 폐쇄하고 과밀억제권역 밖으로 이전해 사업을 계속하려고 취득하는 부동산의 취득세를 2027년 12월 31일까지 면제하고, 재산세를 5년간 면제한 뒤 3년간 50% 경감합니다. 2년 미만 사용 후 매각하거나 대도시에 같은 제품 공장을 다시 설치하면 추징합니다.
위 조문은 2026년 8월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
공장 이전은 세금만으로 결정할 일은 아니지만 세금을 계산하지 않고 결정하면 같은 이전으로 받을 수 있었던 것을 놓치므로, 세무법인청년들은 부지를 확정하기 전 단계에서 감면기간과 한도를 먼저 세워 드립니다.
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