본인 학자금은 시행령 3요건 충족 시 비과세, 자녀 학자금은 원칙 과세입니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당된다면 이 글이 도움이 됩니다.
•
임직원에게 본인 학자금(대학원 등록금, 직무 관련 교육비 등)을 지원하는 사업주
•
임직원의 자녀 학자금을 복리후생 차원에서 지원하려는 사업주
•
회사로부터 학자금 지원을 받는 임직원
•
학자금 지원을 비과세로 처리하고 싶으나 사규가 정비되지 않은 인사·총무 담당자
본인 학자금과 자녀 학자금은 세무상 완전히 다른 항목입니다
회사가 임직원의 교육비를 지원할 때 가장 자주 혼동되는 부분이 본인 학자금과 자녀 학자금의 세무 처리입니다. 두 항목은 사용 목적이 비슷해 보이지만 비과세 근거 조문 자체가 다릅니다.
•
구분: 본인 학자금
◦
비과세 근거: 소득세법 제12조 3호 아목 + 시행령 제11조
◦
원칙 처리: 3요건 충족 시 비과세
◦
한도: 시행령상 한도 없음(과세기간 납입액 한도)
◦
회사 손금: 가능
◦
사회보험 영향: 비과세 시 보수월액 제외
•
구분: 자녀 학자금
◦
비과세 근거: 일반 규정 없음
◦
원칙 처리: 과세 근로소득
◦
한도: 비과세 한도 없음
◦
회사 손금: 가능
◦
사회보험 영향: 보수월액 포함
본인 학자금은 시행령 요건만 맞으면 한도 제한 없이 비과세가 가능합니다. 반면 자녀 학자금은 소득세법이 별도 비과세 항목으로 두고 있지 않아 원칙적으로 직원의 과세 근로소득에 포함됩니다.
본인 학자금 비과세 3요건 (시행령 제11조)
소득세법 시행령 제11조는 비과세 학자금의 범위를 다음 세 가지 요건으로 정하고 있습니다. 세 요건은 동시에 충족되어야 하며, 하나라도 빠지면 과세 근로소득으로 처리해야 합니다.
1. 업무 관련성
해당 근로자가 종사하는 사업체의 업무와 관련 있는 교육·훈련을 위한 학자금이어야 합니다. 회사 사업과 무관한 학위 과정(취미·교양 등)은 요건을 충족하지 못합니다. 회사 업무와 학위·과정의 연관성은 직무기술서, 부서 업무 분장, 학과 커리큘럼 등으로 입증할 수 있습니다.
2. 사규에 따른 지급 기준
해당 근로자가 종사하는 사업체의 규칙 등에 의하여 정해진 지급 기준에 따라 받는 것이어야 합니다. 취업규칙, 교육지원규정, 인사규정 중 어느 곳에든 학자금 지원 대상·금액·기간 기준이 명시되어 있어야 합니다. 개별 결재만으로 지급한 경우는 요건을 충족하지 못한 것으로 볼 수 있습니다.
3. 6월 초과 교육의 의무복무 조건
교육·훈련 기간이 6월 이상인 경우, 교육 후 해당 교육기간을 초과하여 근무하지 아니하는 때에는 지급받은 금액을 반납할 것을 조건으로 하여 받는 것이어야 합니다. 예를 들어 1년 과정의 대학원 학비를 지원했다면, 수료 후 1년을 채우지 못하고 퇴사할 경우 학자금을 반납하는 조건이 사규나 약정서에 명시되어 있어야 합니다.
인정되는 교육기관 범위
시행령 제11조는 다음 기관에 납입한 입학금·수업료·수강료, 그 밖의 공납금을 학자금으로 인정합니다.
•
초중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교(외국의 유사 교육기관 포함)
•
국민 평생 직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설
학교 형태(주간·야간·사이버·시간제)는 제한이 없습니다. 사이버대학원이나 시간제 등록도 위 법률상 학교에 해당하면 요건 검토 대상이 됩니다.
자녀 학자금은 원칙적으로 과세 근로소득입니다
소득세법 제12조 3호의 비과세 근로소득 목록을 살펴보면 자녀 학자금에 대한 일반적인 비과세 규정이 없습니다. 따라서 회사가 직원 자녀의 등록금·교재비·통학비 등을 직접 납부하거나 보전해 주는 경우, 그 금액은 해당 직원의 근로소득으로 보아 원천징수 대상에 포함됩니다.
직원 입장에서 자녀 학자금 지원금은 본인의 총급여액을 늘리는 결과가 되어 다음과 같은 부담이 함께 발생합니다.
•
근로소득세·지방소득세 부담 증가
•
4대보험 보수월액 상승에 따른 보험료 증가
•
연말정산 과세표준 상승
예외적으로 인정되는 경우
자녀 학자금이 비과세로 처리되는 경우는 매우 제한적입니다. 다음과 같은 별도 비과세 규정이 적용되는 직역·상황에 한정됩니다.
•
공무원·교사 등 특정 직역에 대한 법률상 자녀학비보조금
•
근로복지기본법 등에 따라 사내근로복지기금이 일정 요건에 따라 지급하는 학자금
일반 민간 회사가 사규를 정비하는 방식만으로는 자녀 학자금을 비과세로 처리하기 어렵다는 점을 반드시 확인하셔야 합니다.
회사 손금 처리는 두 경우 모두 가능합니다
법인세법 제19조는 손금을 "법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것 또는 수익과 직접 관련된 것"으로 정의하고 있습니다. 임직원 교육 지원은 인적자원 관리에 해당하는 통상적인 비용이므로, 본인 학자금이든 자녀 학자금이든 회사 단에서는 손금산입이 가능합니다.
다만 손금 인정과 직원 비과세는 별개의 문제입니다.
•
본인 학자금 (3요건 충족): 회사 손금 인정 / 직원 근로소득 비과세 / 원천징수 없음 / 4대보험 보수월액 제외
•
본인 학자금 (요건 미충족): 회사 손금 인정 / 직원 근로소득 과세 / 원천징수 필요 / 4대보험 보수월액 포함
•
자녀 학자금: 회사 손금 인정 / 직원 근로소득 과세 / 원천징수 필요 / 4대보험 보수월액 포함
회사가 사업 외 지출이 아닌 인건비성 비용으로 처리하는 한 손금 인정 자체는 어렵지 않지만, 직원 단의 원천징수 처리를 빠뜨리면 추후 가산세 부담이 발생할 수 있습니다.
부가가치세 매입세액 공제 여부
학자금 지급은 사업과 관련된 인건비성 지출이지만, 학교 등록금에는 부가가치세가 부과되지 않거나 면세에 해당하는 경우가 대부분입니다. 부가가치세가 별도로 발생하지 않은 등록금 영수증은 매입세액 공제 대상이 아니라는 점을 함께 확인하시기 바랍니다.
실제 사례로 보는 처리 차이
A회사가 본부장급 임원의 MBA 등록금 1,200만 원을 지원하면서 사규에 다음 내용을 명시해 두었다고 가정합니다.
•
지원 대상: 부장급 이상 임직원
•
지원 한도: 학기당 600만 원, 연 1,200만 원
•
의무복무: 학위 취득 후 24개월
•
미이행 시: 지원 금액 전액 반납
이 경우 MBA 과정이 본부 운영·전략 업무와 관련성이 입증되면 시행령 제11조 3요건이 모두 충족되어 임원의 근로소득에서 비과세 처리됩니다. 회사는 1,200만 원을 교육훈련비로 손금산입하고, 임원 측에 원천징수는 발생하지 않습니다.
반면 같은 회사가 다른 직원의 자녀 대학 등록금 800만 원을 복리후생 차원에서 지원했다면, 별도 비과세 규정이 없으므로 다음과 같이 처리해야 합니다.
•
직원 근로소득에 800만 원 가산
•
가산된 금액 기준으로 근로소득세 원천징수
•
4대보험 보수월액 산정에 반영
•
회사는 인건비성 지출로 800만 원 손금산입
같은 회사가 같은 시기에 지급해도 본인 학자금과 자녀 학자금은 세무 처리 결과가 완전히 달라진다는 점을 유념하셔야 합니다.
실무 체크리스트
학자금 지원 제도를 운영하기 전에 다음을 점검하시기 바랍니다.
•
취업규칙 또는 교육지원규정에 학자금 지원 기준이 명시되어 있는가
•
지원 대상 직급·근속연수·자격 요건이 사규에 정의되어 있는가
•
교육기간 6월 초과 시 의무복무 기간과 반납 의무가 사규·약정서에 명시되어 있는가
•
지원하는 학위·과정이 회사 업무와 관련 있음을 입증할 자료가 있는가
•
본인 학자금과 자녀 학자금을 구분하여 원천징수 처리가 정리되어 있는가
•
비과세 학자금 지급 시 보수월액 산정에서 제외하도록 4대보험 신고가 정리되어 있는가
•
회계 처리상 교육훈련비·복리후생비 계정 구분이 정리되어 있는가
함께 보면 좋은 글
•
비과세 근로소득이란 무엇인가? — 학자금 외 비과세 항목의 전체 체계 정리
•
직원 식대 비과세 한도와 급여명세서 처리 방법 — 또 다른 대표 비과세 항목인 식대 한도
•
자녀세액공제란 무엇인가? — 자녀 관련 세제 혜택은 비과세가 아닌 세액공제 방식
관련 법령
1.
소득세법 제12조 (비과세소득) 제3호 아목 — 근로소득 중 대통령령으로 정하는 학자금에 대해서는 소득세를 과세하지 않는다고 규정합니다. 자녀 학자금에 대한 일반적인 비과세 규정은 별도로 두고 있지 않습니다.
2.
소득세법 시행령 제11조 (학자금의 범위) — 비과세 학자금을 학교·직업능력개발훈련시설에 납입하는 공납금 중 업무관련성·사규기준·6월 초과 교육 시 의무복무 조건의 3요건을 갖춘 금액으로 정의합니다.
3.
소득세법 시행령 제17조의2 (비과세되는 기업 출산지원금의 범위) — 자녀 출생 관련 지원금은 학자금과 별도 체계의 비과세 항목으로 운영되며, 학자금 규정과 혼동하지 않도록 구분하고 있습니다.
4.
법인세법 제19조 (손금의 범위) — 법인의 사업과 관련하여 발생한 통상적 비용을 손금으로 정의하며, 임직원 학자금 지원은 본인·자녀 구분 없이 인건비성 비용으로 손금산입이 가능합니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
임직원 학자금 지원 제도를 처음 설계하시거나 사규 정비가 필요하시다면 세무법인청년들에 문의하시기 바랍니다.
세무법인청년들 | 원문: