작성·감수: 세무법인청년들 김민호 세무사 (법인세 전문) · 최종 검토 2026-10-09
사업연도 중 주주나 출자자의 지분이 바뀐 법인은 법인세 신고기한까지 주식등변동상황명세서를 내야 하고, 빠뜨리면 해당 주식등 액면금액(출자가액)의 1%가 법인세가 0원이어도 붙습니다. 협동조합 기본법상 협동조합도 제출 제외 법인이 아니므로 출자 변동이 있으면 같은 의무를 집니다.
이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
세무서에서 주식등변동상황명세서 미제출 또는 변동 내역 누락 안내를 받았습니다.
지난 사업연도에 주주 사이에 지분을 사고팔았거나, 증자·감자를 했습니다.
주주가 사망해 상속이 일어났거나, 가족에게 지분을 넘겼습니다.
협동조합을 운영하는데, 조합원이 출자금을 늘리거나 탈퇴해 출자금이 바뀌었습니다.
법인세 신고는 했지만 명세서를 함께 냈는지 확인한 적이 없습니다.
하나라도 해당하면 아래 순서로 변동 내역과 제출 대상부터 확인하십시오. 협동조합은 별도 사례로 다룹니다.
어떤 법인이 언제까지 내야 하나
주식등변동상황명세서는 사업연도 중에 주식이나 출자지분의 변동이 있었던 법인이 내는 서류입니다. 제출 기한은 그 사업연도의 법인세 신고기한과 같습니다.
구분 | 내용 |
제출 의무 | 사업연도 중 주식등의 변동사항이 있는 법인 |
변동의 범위 | 매매·증자·감자·상속·증여·출자로 주주, 지분비율, 보유주식 액면총액, 보유출자총액이 바뀐 경우 |
제출 기한 | 법인세 신고기한(사업연도 종료일이 속하는 달 말일부터 3개월, 성실신고확인서 제출 법인은 4개월) |
12월 말 결산 예시 | 다음 해 3월 말일까지(성실신고확인서 제출 법인은 4월 말일까지) |
적는 기준 | 명의가 아니라 주식등의 실제소유자 |
필요적 기재사항 | 주주등의 성명·법인명과 주민등록번호·사업자등록번호, 주주별 보유현황, 사업연도 중 변동사항 |
명세서는 실제소유자 기준으로 적습니다. 다른 사람 이름으로 주식을 올려 둔 경우라면 명세서 정정과 별개로 명의신탁 문제를 따로 검토해야 하며, 이 내용은 아래 함께 보면 좋은 글에서 다룹니다.
제출하지 않아도 되는 법인과 주주
모든 법인이 내는 것은 아닙니다. 법령이 정한 조합법인 등은 제출 의무가 없고, 일부 주주가 가진 주식은 명세서 적용 대상에서 빠집니다.
제출 제외 법인
제외 법인 | 비고 |
농업협동조합법·수산업협동조합법·산림조합법에 따른 조합 | 개별 법률로 설립된 조합법인 |
소비자생활협동조합법·중소기업협동조합법에 따른 조합 | 개별 법률로 설립된 조합법인 |
신용협동조합, 새마을금고, 엽연초생산협동조합, 대한염업조합 | 개별 법률로 설립된 조합법인 |
투자회사·투자유한회사·투자합자회사 등 | 기관전용 사모집합투자기구는 제외 대상이 아님 |
도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합 | |
주주가 공공기관·기관투자자와 상장법인 소액주주로만 구성된 법인 |
위 조합법인의 중앙회와 연합회는 제외 법인에서 빠지므로, 출자 변동이 있으면 명세서를 내야 합니다.
제출 제외 주주
법인 구분 | 명세서 적용에서 빠지는 주식등 |
비상장법인(협동조합 포함) | 액면금액 또는 출자총액 합계 500만 원 이하인 소액주주등이 가진 주식등 |
주주명부를 명의개서 대행기관 등을 통해 작성하는 상장법인 | 지배주주(특수관계인 포함) 외의 주주가 가진 주식등 |
소액주주 판정은 사업연도 개시일과 종료일 두 날의 현황으로 합니다. 어느 한 날이라도 500만 원을 넘으면 소액주주가 아닙니다. 예를 들어 연초 300만 원이던 출자가 연말 800만 원이 됐다면 그 사람의 변동은 명세서에 적어야 합니다.
실제로 많이 나오는 상황
상황. 협동조합 기본법에 따라 설립한 협동조합입니다. 조합원은 수십 명이고 대부분 출자금이 수십만–수백만 원이지만, 설립을 주도한 조합원 몇 명은 1천만 원대를 출자했습니다. 지난 사업연도에 이 가운데 일부가 출자좌수를 늘렸고, 몇 명은 탈퇴했습니다. 법인세 신고는 마쳤는데, 몇 달 뒤 세무서에서 주식등변동상황명세서를 내지 않았다는 안내가 왔습니다.
사업주의 생각. 조합이라 주식을 발행한 적이 없으니 해당 없는 서류라고 생각했습니다. 농협 같은 조합은 이 명세서를 내지 않는다고 들은 적도 있었습니다. 출자금 증가와 탈퇴를 증자·감자 가운데 무엇으로 적어야 하는지, 가산세가 얼마인지도 알 수 없었습니다.
판단 포인트. 순서대로 확인하면 다음과 같습니다.
1.
제출 제외 법인인가: 제외 목록에 있는 조합은 농협·소비자생협·중소기업협동조합·신협처럼 개별 법률로 설립된 조합입니다. 협동조합 기본법상 협동조합은 목록에 없으므로 제외 법인이 아닙니다.
2.
출자 변동이 주식등의 변동인가: 법령은 출자로 보유출자총액이 바뀌는 경우를 변동에 포함합니다. 주식이 아니라 출자금이어도 제출 대상입니다.
3.
누구의 변동을 적는가: 개시일·종료일 모두 출자총액 500만 원 이하인 조합원은 적용에서 빠집니다. 이 조합에서는 1천만 원대 출자 조합원과 연중 500만 원을 넘긴 조합원의 변동이 대상입니다.
4.
법인세가 없어도 가산세가 붙는가: 산출세액이 없어도 1% 가산세는 적용됩니다.
이 상황에서 확인할 자료.
조합원 명부(사업연도 개시일·종료일 기준): 소액 조합원과 적어야 할 조합원을 나누는 기준 자료입니다.
출자금 납입·증좌 기록과 통장 입금 내역: 누가 언제 출자를 늘렸는지 확인합니다.
탈퇴 신청서·이사회 또는 총회 의사록: 탈퇴 시점과 탈퇴한 조합원을 확인합니다.
출자금 환급 내역: 탈퇴 조합원은 탈퇴한 회계연도의 다음 회계연도부터 지분 환급을 청구할 수 있어, 탈퇴일과 환급일의 사업연도가 다를 수 있습니다.
법인등기부: 출자 총액 변경 등기가 있었다면 날짜와 금액을 대조합니다.
결론. 500만 원 초과 조합원을 중심으로 변동 사유(출자 증가인지, 탈퇴에 따른 출자 감소인지)를 조합원별로 구분해 명세서를 작성해 냅니다. 탈퇴와 환급이 사업연도를 넘겨 일어났다면 어느 사업연도의 변동으로 적을지 조합원 명부와 의사록 기준으로 세무대리인과 맞춘 뒤 제출하십시오. 사회적협동조합은 비영리법인으로 따로 규정되어 있어 이 사례와 다르게 볼 수 있으므로 관할 세무서에 제출 대상 여부를 먼저 확인하십시오.
추가 예시: 주식회사 주주 사이의 지분 양도
비상장 주식회사 대표가 공동 설립자에게서 지분 일부를 사들이고 양도계약서만 써 둔 경우입니다. 법인세 신고 때 명세서를 내지 않았다면 미제출, 냈지만 이 양도가 빠졌다면 변동사항 누락입니다. 양도한 주주와 양수한 대표 모두 500만 원을 넘는 주주라면 이 거래는 명세서에 적어야 합니다.
안내를 받은 뒤 처리 순서
1.
변동 내역 확정: 주주명부(또는 조합원 명부), 양도·증여계약서, 증자·감자 등기, 대금 이체 기록, 상속 서류로 사업연도 중 바뀐 내용을 주주별로 정리합니다.
2.
제외 주주 구분: 개시일·종료일 두 날 모두 500만 원 이하인 주주등은 빼고, 나머지 주주의 변동을 확정합니다.
3.
명세서 작성·제출: 실제소유자 기준으로 성명·번호, 보유현황, 변동사항을 빠짐없이 적어 관할 세무서에 냅니다.
4.
가산세 확인: 아래 계산 방식으로 금액을 맞춰 보고, 세무서 고지 금액과 대조합니다.
5.
다른 신고 점검: 지분을 판 주주의 양도소득세, 지분을 무상이나 낮은 가격으로 받은 사람의 증여세가 함께 빠졌는지 확인합니다.
5번이 가장 큰 금액이 될 수 있습니다. 명세서 가산세는 1%지만, 양도세·증여세는 별도 세목이라 신고하지 않았다면 본세와 가산세가 따로 계산됩니다.
가산세 계산과 줄일 수 있는 경우
가산세 구조
구분 | 내용 |
부과 사유 | 미제출, 변동사항 누락, 불분명(필요적 기재사항 누락·오기, 실제소유자와 다르게 기재) |
가산세율 | 해당 주식등 액면금액 또는 출자가액의 1% |
납부 방식 | 해당 사업연도 법인세액에 더해 납부 |
산출세액이 없을 때 | 그래도 적용 |
한도 | 의무위반 종류별·사업연도 단위로 중소기업 5천만 원, 그 외 1억 원(고의 위반은 한도 없음) |
계산 예시
사례 | 계산 | 가산세 |
액면 5,000원 주식 2,000주(액면금액 1,000만 원) 양도 누락 | 1,000만 원 × 1% | 10만 원 |
협동조합 조합원 출자 증가분 합계 3,000만 원 미제출 | 3,000만 원 × 1% | 30만 원 |
위 협동조합 사례를 기한 후 1개월 이내에 제출했다면 | 30만 원 × 50% 감면 | 15만 원 |
중소기업 한도 5천만 원에 이르려면 1% 기준으로 대상 액면금액이 50억 원이어야 하므로, 대부분의 중소법인은 한도보다 계산 금액이 먼저 적용됩니다. 계산 대상이 되는 주식등의 범위는 세무서 안내문에 적힌 금액과 대조하십시오.
감면과 제외
•
제출 기한이 지난 후 1개월 이내에 제출하면 가산세의 50%를 감면합니다. 안내를 받은 시점에 이미 기한부터 1개월이 넘었다면 이 감면은 적용되지 않습니다.
•
의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않습니다.
•
실제소유자를 알 수 없는 경우 등 정당한 사유가 있으면 불분명 가산세 대상에서 제외됩니다.
정당한 사유는 사실관계로 판단하므로, 해당한다고 보면 당시 사정을 보여 주는 자료를 갖춰 감면 신청 여부를 검토하십시오.
함께 보면 좋은 글
•
명의신탁주식 되찾기 — 국세청 실제소유자 확인제도, 대상부터 리스크까지: 명세서를 실제소유자 기준으로 고치는 과정에서 다른 사람 명의의 주식이 드러났을 때 확인할 절차를 다룹니다.
•
비상장주식 가족 간 양도, 증여세와 양도세를 함께 봐야 합니다: 명세서에서 빠진 지분 이동이 가족 간 거래였다면 함께 점검할 양도세·증여세를 정리한 글입니다.
•
법인세 신고 가산세와 자가점검 체크리스트: 명세서 외에 법인세 신고 때 빠뜨리기 쉬운 제출 서류와 가산세를 함께 확인할 수 있습니다.
관련 법령
1.
법인세법 제119조 (주식등변동상황명세서의 제출)
→ 사업연도 중 주식등의 변동이 있는 법인은 법인세 신고기한까지 명세서를 관할 세무서에 내야 합니다. 비상장법인은 소액주주가 가진 주식등, 일정한 상장법인은 지배주주 외 주주의 주식등에 이 의무를 적용하지 않습니다.
2.
법인세법 시행령 제161조 (주식등변동상황명세서의 제출)
→ 제출 제외 조합법인 등의 범위, 소액주주 기준(비상장법인은 액면금액·출자총액 합계 500만 원 이하, 개시일·종료일 중 한 날이라도 넘으면 제외 안 됨), 실제소유자 기준 기재사항을 둡니다. 제7항은 출자로 보유출자총액이 바뀌는 경우도 주식등의 변동에 포함합니다.
3.
법인세법 시행령 제2조 (정의)
→ 제1항에 농협·소비자생협·수협·산림조합·엽연초생산협동조합·중소기업협동조합·신협·새마을금고·대한염업조합을 조합법인으로 열거합니다. 협동조합 기본법상 협동조합은 이 목록에 없어 명세서 제출 제외 법인에 해당하지 않습니다.
4.
법인세법 제75조의2 (주주등의 명세서 등 제출 불성실 가산세)
→ 명세서를 내지 않거나 변동사항을 누락하거나 불분명하게 내면 해당 주식등 액면금액 또는 출자가액의 1%를 법인세에 더해 냅니다(제2항). 산출세액이 없어도 적용됩니다(제3항).
5.
국세기본법 제48조 (가산세 감면 등)
→ 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않고(제1항 제2호), 세법상 제출 기한이 지난 후 1개월 이내에 제출하면 해당 가산세의 50%를 감면합니다(제2항 제3호 나목).
6.
국세기본법 제49조 (가산세 한도)
→ 법인세법 제75조의2 가산세는 의무위반 종류별로 중소기업 5천만 원, 그 외 1억 원을 한도로 하며, 고의로 위반한 경우에는 한도를 적용하지 않습니다. 같은 법 시행령 제29조의2에 따라 과세기간 단위로 적용합니다.
위 조문은 2026년 10월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
주식등변동상황명세서 미제출 안내를 받았다면, 세무법인청년들과 주주별 변동 내역과 함께 빠졌을 수 있는 양도세·증여세 신고까지 한 번에 점검하시기 바랍니다.
세무법인청년들 | 원문: