작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-10-08
카드사가 수수료를 떼고 입금하므로 통장 금액과 신고할 매출이 다릅니다. 매출은 결제된 100만 원 전액이고, 빠진 1만 원은 따로 비용으로 남겨야 소득세가 줄어듭니다.
이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
음식점·소매점·미용실·숙박업처럼 매출 대부분이 카드 결제입니다.
통장에 들어온 금액과 국세청 카드매출 금액이 매달 다르게 보입니다.
지난해 손익계산서에서 카드 수수료 항목을 본 기억이 없습니다.
우리 가게 카드 수수료율이 몇 퍼센트인지 모릅니다.
결론부터
1.
부가세 매출은 손님이 결제한 금액 전액입니다. 통장에 들어온 금액이 아닙니다.
2.
카드사가 떼어 간 수수료는 매출에서 빼는 것이 아니라 따로 넣는 비용입니다.
3.
수수료는 세금계산서가 오지 않아 장부에서 빠지기 쉽습니다. 빠졌다면 지난 5년 치까지 되찾을 수 있습니다.
통장 금액과 매출이 다른 이유
손님이 카드로 100만 원을 결제하면, 카드사는 며칠 뒤 수수료를 뗀 금액을 통장에 넣어 줍니다. 수수료가 1%라면 99만 원이 들어옵니다.
이때 부가세 매출은 100만 원입니다. 부가세는 손님에게 받은 대가 전체에 매기기 때문입니다(부가가치세법 제29조). 손님이 낸 돈은 100만 원이고, 그 뒤에 카드사에 내는 수수료는 사장님이 쓴 비용입니다.
정리하면 이렇습니다.
구분 | 금액 |
손님이 결제한 금액(신고할 매출) | 1,000,000원 |
그중 공급가액 / 부가세 | 909,091원 / 90,909원 |
카드사가 뗀 수수료(비용) | 10,000원 |
통장에 들어온 금액 | 990,000원 |
통장 금액 99만 원으로 매출을 신고하면 안 됩니다. 국세청은 카드사에서 수수료를 떼기 전 승인 총액 자료를 받기 때문에 차이가 그대로 드러나고, 덜 낸 세금에 10% 과소신고가산세가 붙습니다.
수수료가 장부에서 빠지기 쉬운 이유
다른 비용은 세금계산서나 카드전표가 오면서 장부에 기록됩니다. 카드 수수료는 그렇지 않습니다.
카드 수수료는 부가세가 면제되는 금융 서비스 요금입니다. 그래서 수수료에 부가세가 붙지 않고, 카드사가 세금계산서를 보내지도 않습니다. 통장에도 수수료라는 이름으로 빠져나가는 돈이 보이지 않습니다. 처음부터 떼고 넣어 주기 때문입니다.
국세청 카드매출 자료에도 승인 총액만 있고 수수료는 나오지 않습니다. 그 결과 매출은 정확히 신고되는데 수수료만 어디에도 기록되지 않는 일이 생깁니다.
세금계산서가 없어도 비용으로 인정받는 데는 문제가 없습니다. 카드사 정산 내역이나 여신금융협회 가맹점 매출 자료를 보관해 두면 됩니다.
우리 가게 수수료율은 가게마다 다릅니다
연매출 30억 원 이하 가맹점은 매출 구간에 따라 우대수수료율을 적용받습니다. 2026년 하반기 기준 신용카드는 0.4–1.45%, 체크카드는 0.15–1.15%입니다. 매출이 작을수록 낮은 요율이 적용됩니다.
그래서 다른 가게 수수료율을 그대로 가져와 계산하면 안 됩니다. 카드사별 정산 내역이나 여신금융협회 가맹점 매출 조회에서 우리 가게 실제 수수료를 확인해야 합니다.
예시로 보는 상황
좌석 40석 규모의 음식점을 운영하는 개인사업자입니다. 1년 카드 결제금액은 5억 원 정도이고, 부가세는 국세청 카드매출 자료대로 총액으로 신고해 왔습니다.
종합소득세 신고를 앞두고 지난해 손익계산서를 펼쳐 보니 카드 수수료가 한 줄도 없습니다. 사장님은 카드사가 알아서 떼어 간 돈이라 따로 처리할 것이 없다고 생각해 왔습니다.
부가세는 문제가 없습니다. 매출을 총액으로 신고했고, 수수료에는 원래 부가세가 없기 때문입니다. 문제는 소득세입니다. 평균 수수료율을 1%로 잡으면 1년 수수료는 500만 원인데, 이 비용이 빠진 채 소득이 계산되었습니다.
구분 | 과세표준 | 소득세 |
수수료를 넣지 않은 경우 | 6,000만 원 | 864만 원 |
수수료 500만 원을 넣은 경우 | 5,500만 원 | 744만 원 |
소득세가 120만 원 줄고, 지방소득세 12만 원까지 합하면 1년에 약 132만 원 차이입니다. 같은 일이 몇 해 이어졌다면 금액은 그만큼 커집니다.
이 사장님은 올해분부터 월마다 카드사 정산 내역으로 수수료를 모아 비용으로 넣고, 지난 연도분은 경정청구로 되찾으면 됩니다. 경정청구는 신고기한이 지난 날부터 5년 안에 할 수 있고(국세기본법 제45조의2), 부가세 신고는 다시 할 필요 없이 소득세만 다시 계산합니다.
카드 매출에는 공제도 따라옵니다
카드나 현금영수증으로 매출을 받은 개인사업자는 신용카드 매출전표 발행 세액공제로 부가세를 줄일 수 있습니다. 2026년 말까지는 결제금액의 1.3%를 연 1,000만 원 한도로 납부할 부가세에서 빼 줍니다(부가가치세법 제46조). 법인과 직전 연도 공급가액이 10억 원을 넘는 개인사업자는 제외됩니다.
위 음식점이라면 카드 결제 5억 원의 1.3%인 650만 원을 공제받을 수 있습니다. 이 공제는 결제금액을 기준으로 계산하므로, 매출을 통장 금액으로 낮춰 신고하면 공제도 함께 줄어듭니다.
2026년 세제개편안에는 2027년부터 공제율을 1.2%로, 한도를 연 500만 원으로 줄이는 내용이 들어 있습니다. 아직 국회 심의 중이므로 확정 여부를 확인하시기 바랍니다. 대상 요건은 아래 함께 보면 좋은 글에 따로 정리해 두었습니다.
수수료 자료를 확인하는 순서
1.
카드사별 가맹점 정산 내역이나 여신금융협회 가맹점 매출 자료를 월 단위로 받습니다.
2.
그 달 승인금액 합계가 부가세 신고 매출과 맞는지 봅니다.
3.
그 달 수수료 합계를 비용으로 넣습니다.
4.
지난 연도 장부에 수수료가 빠져 있다면 연도별 수수료 합계를 모아 경정청구를 검토합니다.
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관련 법령
1.
부가가치세법 제29조 (과세표준)
→ 부가세는 손님에게 받은 대가 전체에 매깁니다. 카드 수수료는 매출에서 빼는 항목이 아니므로 매출은 결제 총액으로 신고합니다.
2.
부가가치세법 제26조 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
→ 카드사가 제공하는 결제 서비스는 부가세가 면제되는 금융 서비스입니다. 그래서 수수료에 부가세가 없고 세금계산서도 오지 않습니다.
3.
부가가치세법 제46조 (신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등)
→ 소비자를 상대하는 개인사업자가 카드·현금영수증으로 매출을 받으면 결제금액의 1%(2026년 말까지 1.3%)를 연 500만 원(2026년 말까지 1,000만 원) 한도로 부가세에서 빼 줍니다.
4.
소득세법 제27조 (사업소득의 필요경비의 계산)
→ 사업을 위해 실제로 쓴 통상적인 비용은 그 해 소득에서 뺍니다. 카드 매출을 올리기 위해 내는 가맹점 수수료가 여기에 해당합니다.
5.
국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구)
→ 신고기한이 지난 날부터 5년 안에 세금을 더 냈다면 바로잡아 달라고 청구할 수 있습니다. 지난해 빠뜨린 수수료를 되찾는 근거입니다.
6.
국세기본법 제47조의3 (과소신고·초과환급신고가산세)
→ 세금을 덜 신고하면 덜 낸 세금의 10%를 가산세로 냅니다. 매출을 통장 금액으로 낮춰 신고했을 때 적용됩니다.
위 조문은 2026년 10월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
카드 수수료가 지난 장부에 빠져 있는지와 경정청구로 되찾을 수 있는 금액은 사업장마다 다르므로, 정산 내역을 가지고 세무법인청년들과 함께 확인하시기 바랍니다.
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