수강료가 면세라는 것까지는 대부분 아십니다. 문제는 그다음입니다. 교재를 외부에 팔거나 셔틀버스 요금을 따로 받는 순간 겸영사업자가 되고, 인테리어·임차료에서 받은 부가세를 얼마나 돌려받을 수 있는지가 달라집니다.
작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-07-30
이 글은 2026년 7월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
아래 항목 중 하나라도 해당한다면 이 글이 유용합니다.
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주무관청(교육청 등)에 등록·신고하여 학원·교습소·공부방을 운영하고 있다
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수강료 외에 교재·문제집을 별도로 판매하거나, 셔틀버스 등 부수 용역으로 대가를 받는다
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학원 수강료가 부가세 면세인지, 세금계산서를 발급해야 하는지 헷갈린다
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면세와 과세 매출이 섞여 있어 매입 시 낸 부가세를 얼마나 돌려받을 수 있는지 모르겠다
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면세사업자인데 시설 인테리어, 비품 구입 등에서 받은 세금계산서 처리가 고민이다
출발점: 수강료는 면세, 다만 여기까지입니다
먼저 전제를 짧게 짚고 넘어갑니다. 주무관청에 허가·인가를 받았거나 등록·신고된 학원·강습소·교습소에서 수강생에게 지식·기술을 가르치는 것은 부가가치세 면세입니다(부가가치세법 제26조제1항제6호, 같은 법 시행령 제36조제1항제1호). 판단 기준은 학원이냐 교습소냐 공부방이냐 하는 명칭이 아니라 주무관청 등록·신고 여부입니다. 면세이므로 수강생에게 부가가치세를 거래징수하지 않고, 세금계산서 대신 계산서를 발급합니다(부가가치세법 제32조제1항, 소득세법 제163조제1항).
예외도 있습니다. 시행령 제36조제2항은 무도학원과 자동차운전학원을 교육용역 면세에서 명시적으로 제외합니다. 이 둘은 정상 등록된 학원이라도 수강료에 부가세가 과세됩니다.
여기까지, 즉 면세사업자로서의 기본 흐름(2월 사업장현황신고, 강사 소득구분, 비용처리)은 학원·교습소 원장님 세무 가이드에서 자세히 다뤄습니다. 이 글은 그다음 단계, 수강료 말고 다른 수입이 생겼을 때 무엇이 달라지는지에 집중합니다.
과세로 넘어가거나 구분이 필요한 항목
진짜 어려운 부분은 수강료가 아니라 그 주변 수입입니다. 학원이 수강료 외에 부수적으로 벌어들이는 수입은 면세 교육용역에 포함되는지, 별도의 과세 거래인지를 항목별로 따져야 합니다.
판단의 큰 틀은 부가가치세법 제26조 제2항입니다. 면세되는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화·용역의 공급은 그 면세 용역에 포함되는 것으로 봅니다. 즉 교육용역에 통상적으로 딸려 나오는 것은 면세 안에 흡수되지만, 교육과 분리되어 그 자체로 독립적인 공급이라면 별도 판정 대상이 됩니다.
교재·부교재 판매
수강생에게 강의의 일부로 제공되는 교재가 교육용역에 통상적으로 부수되는 범위라면 면세에 포함될 수 있습니다. 반면 수강생이 아닌 외부인에게 교재나 문제집을 별도로 판매하는 행위는 재화의 공급으로 보아 과세 대상이 될 수 있습니다.
다만 변수가 하나 더 있습니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제8호는 도서를 면세 대상으로 규정합니다. 출판물 형태를 갖춘 도서라면 이 조항으로 별도 면세될 여지가 있어, 단순히 교재를 팔았다고 곧바로 과세라고 단정하기 어렵습니다. 판매 형태와 출판물 요건을 함께 보아야 하므로 세무대리인 확인이 필요한 대표적 항목입니다.
셔틀버스 운행
셔틀버스는 운행 형태에 따라 결론이 갈립니다. 수강료에 포함되어 무상으로 제공되는 통학 편의라면 교육용역에 부수되는 것으로 볼 여지가 있습니다. 그러나 수강료와 별도로 차량 이용료를 받아 유상 운송용역으로 제공한다면, 이는 독립된 용역의 공급에 가까워 과세 여부를 개별적으로 검토해야 합니다. 학원 운영 실무에서 판단이 자주 엇갈리는 항목이므로, 대가 수취 구조를 기준으로 점검하는 것이 좋습니다.
그 밖의 부수 수입
자판기 운영, 외부 강사 대관, 시설 임대 등 교육과 직접 관련 없는 별도 수입이 있다면 그 자체로 과세 거래일 가능성이 높습니다. 이런 매출이 생기면 면세사업자가 과세사업을 함께 운영하는 겸영사업자가 됩니다.
면세와 과세가 섞이면: 공통매입세액 안분
수강료(면세)와 교재 판매·유상 용역(과세)이 함께 있는 겸영사업자가 되면, 가장 실무적으로 중요한 문제는 매입 시 낸 부가세를 얼마나 돌려받느냐입니다.
원칙은 부가가치세법 제40조에 있습니다. 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 매입세액은 우선 실지귀속에 따라 구분합니다. 과세사업에만 쓴 매입의 부가세는 공제받고, 면세사업(수강료)에만 쓴 매입의 부가세는 공제받지 못합니다.
문제는 어느 쪽에 쓰였는지 구분할 수 없는 매입입니다. 예를 들어 학원 전체가 함께 쓰는 임차료, 전기료, 공용 비품처럼 면세와 과세에 공통으로 쓰이는 매입의 부가세를 공통매입세액이라고 합니다. 이 공통매입세액은 같은 법 시행령 제81조 제1항에 따라 다음 비율로 안분하여, 면세분에 해당하는 부분은 공제받지 못합니다.
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구분: 면세사업 관련 매입세액(불공제) / 계산 방식: 공통매입세액 × (면세공급가액 ÷ 총공급가액)
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구분: 과세사업 관련 매입세액(공제) / 계산 방식: 공통매입세액 – 위 불공제분
수강료 비중이 큰 학원일수록 면세공급가액 비율이 높아져, 공통으로 쓴 매입에서 돌려받는 부가세가 줄어듭니다. 이 안분의 구체적 정산 방식은 별도 주제로 다루며, 여기서는 핵심 골격만 짚습니다.
면세 매출이 아주 적을 때의 특례
면세 매출이 미미한 경우까지 매번 안분하는 것은 비효율적이므로, 시행령 제81조 제2항은 다음 예외를 둡니다.
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해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만이면 공통매입세액을 전액 공제받을 수 있습니다. 단, 그 공통매입세액이 5백만원 이상이면 이 특례에서 제외되어 원칙대로 안분합니다.
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해당 과세기간 중 공통매입세액이 5만원 미만이면 전액 공제됩니다.
즉 학원 매출의 대부분이 면세 수강료이고 과세 매출이 거의 없는 경우라면, 면세공급가액 비율이 95퍼센트를 넘어 위 특례가 아니라 오히려 면세 비중이 매우 높아 공제가 거의 없는 구조가 됩니다. 반대로 과세 매출이 대부분이고 면세가 5퍼센트 미만이라면 위 특례로 전액 공제가 가능합니다. 자신의 매출 구성이 어느 쪽인지부터 확인해야 합니다.
대표 상황 예시
수도권에서 등록 학원을 운영하는 한 원장님의 사례입니다(상호·지역·금액은 익명화·범위화했습니다).
이 학원은 정상 등록된 입시 학원으로, 수강료 매출이 연 수억 원대입니다. 여기에 더해 자체 제작한 문제집과 부교재를 수강생뿐 아니라 인근 다른 학원·일반 학부모에게도 판매하기 시작했고, 통학 차량을 별도 요금을 받고 운행하면서 차량 이용료가 연 1천만 원대로 쌓였습니다.
원장님이 헷갈렸던 질문은 이것이었습니다. "수강료는 면세라 부가세를 안 냈는데, 교재를 외부에 팔고 차량비를 따로 받는 것도 다 면세 안에 들어가는 건가요? 그리고 학원 인테리어를 새로 하면서 받은 세금계산서의 부가세는 돌려받을 수 있나요?"
이 상황의 세무 판단 기준은 다음과 같습니다.
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수강료: 등록 학원의 교육용역으로 면세(부가가치세법 제26조 제1항 제6호, 시행령 제36조 제1항 제1호)
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외부인 대상 교재·문제집 판매: 교육용역에 부수되는 범위를 벗어난 독립적 재화 공급이면 과세 가능. 단 도서 형태면 제26조 제1항 제8호 면세 여지 → 형태별 확인 필요
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별도 요금을 받는 셔틀버스: 유상 운송용역으로 과세 여부 개별 검토 대상
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과세·면세가 섞이면 겸영사업자가 되어, 인테리어처럼 학원 전체에 쓰인 공통매입세액은 면세공급가액 비율만큼 공제 불가
이 상황에서 필요한 자료는 다음과 같습니다.
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학원 등록증(주무관청 등록·신고 확인)
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매출 항목별 구분 자료(수강료 / 교재 판매 / 차량비 등)
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교재 판매처 구분(수강생 대상 vs 외부 판매)과 출판물 여부
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인테리어·비품 등 공통매입의 세금계산서
원장님이 바로 할 수 있는 행동은 다음과 같습니다.
1.
매출을 면세(수강료)와 과세 가능 항목(외부 교재 판매, 유상 차량 등)으로 나누어 집계한다
2.
과세 매출이 의미 있는 규모라면 겸영 사업자등록 정정과 구분 경리를 검토한다. 면세사업자가 과세사업을 추가하려는 경우 사업자등록 정정신고서를 제출하면 과세사업자 등록신청을 한 것으로 본다(부가가치세법 시행령 제11조제10항)
3.
인테리어·임차료 등 공통매입은 실지귀속이 가능한 부분과 공통 부분을 구분해 둔다
4.
교재 판매·셔틀버스의 과세 여부 판정은 거래 구조 자료를 갖춰 세무대리인과 확정한다
핵심은 매출 구조가 바뀌는 시점, 즉 외부 판매나 별도 유상 용역이 생기는 순간에 면세 단일 사업자에서 겸영사업자로의 전환을 인지하는 것입니다.
전환을 늦게 인지하면 불이익이 따라옵니다. 과세 매출을 면세로 잘못 처리하면 나중에 부가가치세 본세에 더해 신고불성실·납부지연 가산세까지 추징될 수 있습니다. 반대로 겸영 구분을 하지 않은 채 공통매입세액을 전액 공제받았다가, 면세공급가액 비율에 해당하는 부분이 뒤늦게 공제 배제되어 환급분을 다시 토해내는 경우도 있습니다. 매출 구조가 바뀌는 그 시점에 점검하는 것이 이런 추징 리스크를 막는 가장 확실한 방법입니다.
준비 체크리스트
학원·교습소가 주무관청에 정상 등록·신고되어 있는지 확인
무도학원·자동차운전학원 등 면세 제외 업종에 해당하지 않는지 확인
수강료 외 수입(교재, 차량비, 대관 등)을 항목별로 분리 집계
외부 판매용 교재의 출판물 형태·판매 대상 확인
면세·과세 매출 비율 산정(공통매입세액 안분 기초자료)
인테리어·임차료·공용 비품 등 공통매입 세금계산서 보관
면세사업자 사업장현황신고 일정 확인(부가세 면세와 별개)
함께 보면 좋은 글
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학원·교습소 원장님 세무 가이드: 면세사업자로서의 기본 흐름 — 2월 사업장현황신고, 강사 소득구분, 비용처리를 먼저 잡을 때 봅니다.
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독서실·스터디카페 사장님 세무 가이드: 같은 교육·학습 공간 업종에서 면세와 과세가 갈리는 지점을 비교해 볼 수 있습니다.
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병의원 원장님 세무 가이드: 다른 업종의 겸영사업자가 공통매입세액을 어떻게 다루는지 사례로 확인할 수 있습니다.
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부가세에서 공제받지 못하는 매입세액의 종류와 판단 기준: 안분과 별개로 애초에 공제가 막히는 매입 유형을 정리합니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제26조 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
→ 제1항 제6호에서 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 면세로 규정하고, 제2항에서 면세 용역에 통상적으로 부수되는 공급은 면세에 포함하는 것으로 정합니다. 제1항 제8호는 도서를 면세로 규정합니다.
2.
부가가치세법 시행령 제36조 (면세하는 교육 용역의 범위)
→ 제1항 제1호에서 주무관청에 허가·인가·등록·신고된 학교·학원·강습소·교습소 등이 제공하는 교육을 면세 교육용역으로 규정하고, 제2항에서 무도학원·자동차운전학원은 면세에서 제외합니다.
3.
부가가치세법 제40조 (공통매입세액의 안분)
→ 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 매입세액은 실지귀속에 따라 구분하되, 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세공급가액 비율 등으로 안분하도록 정합니다.
4.
부가가치세법 시행령 제11조제10항 (겸영 시 사업자등록)
→ 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우, 사업자등록 정정신고서를 제출하면 과세사업자 등록신청을 한 것으로 봅니다. 겸영 전환 시 별도의 신규 등록 절차가 아니라 정정신고로 처리한다는 근거입니다.
5.
부가가치세법 시행령 제81조 (공통매입세액 안분 계산)
→ 공통매입세액을 면세공급가액 ÷ 총공급가액 비율로 안분하는 계산식과, 면세공급가액이 5퍼센트 미만(공통매입세액 5백만원 미만)이거나 공통매입세액이 5만원 미만이면 전액 공제하는 특례를 규정합니다.
위 조문은 2026년 7월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
학원·교습소의 부가세는 수강료 한 줄이 아니라 매출 구조 전체를 봐야 정확해집니다. 세무법인청년들에서는 면세·과세 구분부터 겸영 시 매입세액 처리까지 학원 사업자의 부가세 구조를 함께 점검해 드리고 있습니다.
세무법인청년들 | 원문: