7월 부가세 확정신고로 확정한 매출은 다음 해 5월 종합소득세 수입금액의 기초가 됩니다. 두 신고가 어긋나면 왜 소명 대상이 되는지, 면세·영세율·현금·플랫폼 매출은 어떻게 집계하는지, 불일치가 나는 흔한 경우와 방지법을 정리합니다.
작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-07-30
이 글은 2026년 7월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글이 도움이 됩니다.
올해 처음 부가세와 종합소득세를 함께 겪는 개인사업자
부가세 신고는 세무프로그램이나 홈택스로 대충 맞췄다고 생각하는 분
현금매출·배달앱·오픈마켓 매출 집계가 헷갈리는 분
면세나 영세율 매출이 섞여 있어 어느 금액을 어디에 넣는지 모르는 분
부가세 매출과 종소세 수입금액이 왜 하나로 이어지는지 먼저 이해하면, 두 신고를 따로따로 급하게 처리하다 생기는 실수를 막을 수 있습니다.
부가세 매출과 종소세 수입금액은 같은 뿌리입니다
부가세 신고서에 적은 매출은 그 신고로 끝나지 않습니다. 그 금액이 다음 해 5월 종합소득세 수입금액의 출발점이 됩니다.
부가가치세 과세표준은 그 과세기간에 공급한 재화·용역의 공급가액을 합한 금액입니다(부가가치세법 제29조제1항). 종합소득세 수입금액도 그 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액입니다(소득세법 제24조제1항). 표현은 다르지만, 두 금액 모두 사업자가 벌어들인 매출을 가리킵니다. 사업소득 금액은 이 총수입금액에서 필요경비를 뺀 값이므로(소득세법 제19조제2항), 수입금액이 흔들리면 소득세 전체가 흔들립니다.
즉 부가세로 반기마다 확정해 둔 매출을 1년치로 모으면 종소세 수입금액의 뼈대가 됩니다. 부가세를 급하게 처리하면 그 오류가 다음 해 5월까지 그대로 넘어옵니다.
국세청은 두 금액을 대사합니다
국세청은 부가세 과세표준 합계와 종소세 수입금액을 전산으로 맞춰 봅니다. 세법은 소득·거래의 명칭이나 형식이 아니라 실질 내용에 따라 과세하도록 정하고 있어서(국세기본법 제14조제2항), 신고서 숫자만이 아니라 실제 매출 흐름이 판단 기준이 됩니다.
두 금액에 설명되지 않는 큰 차이가 있으면 사후검증이나 소명 요구가 나옵니다. 예를 들어 부가세로는 연간 과세 매출을 3억 원으로 신고했는데 종소세 수입금액을 2억 5천만 원으로 적으면, 5천만 원이 어디로 갔는지 설명해야 합니다. 반대로 종소세가 더 크면 부가세에서 매출을 빠뜨린 것은 아닌지 확인 대상이 됩니다.
여기서 핵심은 차이가 있다는 사실 자체가 아니라 그 차이를 설명할 수 있느냐입니다. 면세 매출처럼 정상적인 사유가 있으면 문제가 없지만, 근거 없는 차이는 매출 누락으로 추정됩니다.
차이가 정상인 경우: 면세와 영세율
두 금액이 반드시 똑같아야 하는 것은 아닙니다. 정상적으로 벌어지는 차이가 있습니다.
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항목: 과세 매출 / 부가세 과세표준: 포함 / 종소세 수입금액: 포함
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항목: 영세율 매출(수출 등) / 부가세 과세표준: 포함(세율 0%) / 종소세 수입금액: 포함
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항목: 면세 매출 / 부가세 과세표준: 제외 / 종소세 수입금액: 포함
면세 매출은 부가세 과세표준에 들어가지 않지만 종소세 수입금액에는 포함됩니다. 그래서 과세와 면세를 함께 하는 겸업 사업자는 종소세 수입금액이 부가세 과세 매출보다 큰 것이 정상입니다. 이 차이를 미리 알고 있으면 소명 요구가 와도 면세 매출 자료로 바로 설명할 수 있습니다.
참고로 겸영사업자는 부가세 신고서에 면세 수입금액을 함께 적어 신고하면 그 면세사업에 대해 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다(소득세법 제78조제1항제2호 단서). 면세 매출이 어디에도 보고되지 않는 것이 아니라, 부가세 신고 안에서 별도로 잡히는 구조입니다.
영세율은 헷갈리기 쉽습니다. 세율이 0%라 낼 세액이 없지만 엄연히 과세 매출이라 부가세 과세표준에 넣어야 하고, 종소세 수입금액에도 들어갑니다. 세액이 0이라고 신고서에서 빼 버리면 두 금액이 어긋납니다.
대표 상황 예시: 배달앱 정산액을 매출로 넣은 분식집
장면. 올해 문을 연 작은 분식집입니다. 홀 손님은 현금과 카드로 받고, 배달은 배달앱으로 받습니다. 첫 부가세 신고를 앞두고 배달앱에서 정산받아 계좌로 들어온 금액을 그대로 매출로 잡았습니다.
혼란. "배달앱이 수수료를 떼고 넣어 준 금액이 내 매출 아닌가? 통장에 찍힌 대로 신고하면 되는 것 아닌가?"
판단 포인트. 매출은 고객이 결제한 총액이 기준입니다. 부가가치세법은 공급가액에 대금·요금·수수료 그 밖에 어떤 명목이든 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것이 포함된다고 정합니다(부가가치세법 제29조제3항). 배달앱 정산 입금액은 중개수수료와 결제대행 수수료가 빠진 뒤 금액이라, 그대로 매출로 잡으면 수수료만큼 매출이 줄어든 과소신고가 됩니다. 수수료는 매출에서 빼는 것이 아니라 매입 또는 비용으로 따로 처리해야 합니다. 이렇게 축소된 매출이 부가세에서 잡히면, 그 잘못된 금액이 다음 해 5월 종소세 수입금액으로 그대로 이어집니다.
이 상황에서 확인할 자료.
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배달앱 관리자 페이지의 총매출(수수료 차감 전) 내역
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카드사 매출 자료, 현금영수증 발행 내역
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사업용 계좌 입금 내역과 실제 매출의 대조
결론. 통장에 찍힌 정산 입금액이 아니라 고객 결제 총액이 매출입니다. 첫 부가세부터 매출을 총액으로 잡아야, 다음 해 종소세까지 숫자가 흔들리지 않습니다. 금액은 익명화를 위해 구체 수치를 생략했지만, 수수료율이 두 자릿수인 플랫폼에서는 매출 차이가 수백만 원대로 벌어질 수 있습니다.
불일치가 나는 흔한 경우
두 신고가 어긋나는 원인은 대부분 다음 중 하나입니다.
1.
현금매출 누락. 부가세에서 현금매출을 빼면 종소세에서도 빠지기 쉽습니다. 뒤늦게 현금영수증·계좌 자료로 드러나면 두 세목 모두 과소신고가 됩니다.
2.
플랫폼 정산액을 매출로 착각. 배달앱·오픈마켓 수수료 차감 후 금액을 매출로 잡는 실수입니다.
3.
영세율 매출 누락. 세액이 0이라 신고서에서 빠뜨리는 경우입니다.
4.
면세 매출을 부가세 기준으로만 봄. 겸업 사업자가 면세 매출을 종소세 수입금액에 넣지 않으면 이번에는 수입금액이 과소해집니다.
5.
매출 인식 시점 차이. 세금계산서 발행일과 대금 수령일이 걸치는 연말 매출을 어느 기간에 넣을지 혼동하는 경우입니다.
이 중 특히 현금매출과 플랫폼 매출은 자료가 나중에 드러나기 쉬워, 사후검증에서 자주 지적됩니다.
어긋나면 가산세가 두 번 붙습니다
매출을 적게 신고한 것으로 확정되면 부담이 한 세목에서 끝나지 않습니다.
부가세에서 매출을 빠뜨리면 그 부가세 본세에 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다. 같은 매출이 종소세에서도 빠져 있으므로, 종소세 본세에도 다시 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다. 국세기본법이 가산세를 그 의무가 규정된 세법의 해당 국세 세목으로 하도록 정하고 있기 때문입니다(국세기본법 제47조제2항). 한 번의 누락이 두 세목에서 각각 성립하는 구조라, 처음 부가세를 성실하게 맞추는 것이 결국 가장 싼 방법입니다.
여기에 장부 문제도 겹칠 수 있습니다. 사업자는 거래 사실이 객관적으로 파악되도록 장부를 갖추어 기록할 의무가 있고(소득세법 제160조), 매출 자료가 정리되어 있지 않으면 두 신고를 맞추기도, 소명하기도 어려워집니다.
첫 신고 전 매출 대조 체크리스트
부가세 1기·2기 과세표준을 더해 연간 과세 매출 합계 확인
면세 매출이 있으면 별도로 집계해 종소세 수입금액에 가산
영세율 매출을 부가세·종소세 양쪽에 빠짐없이 반영
배달앱·오픈마켓 매출은 수수료 차감 전 총액으로 집계
현금영수증·카드매출·계좌 입금 내역을 장부 매출과 대조
홈택스 부가가치세 과세표준증명으로 신고된 매출 합계 재확인
이 대조를 종소세 신고 전에 한 번만 돌려 보면, 두 신고가 어긋나 소명을 받는 상황을 대부분 예방할 수 있습니다.
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관련 법령
1.
부가가치세법 제29조 (과세표준)
→ 제1항은 재화·용역 공급에 대한 부가가치세 과세표준을 그 과세기간에 공급한 공급가액의 합계로 정하고, 제3항은 공급가액에 대금·요금·수수료 등 어떤 명목이든 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치를 모두 포함한다고 정한다. 플랫폼 수수료 차감 전 총액이 매출인 근거이다.
2.
소득세법 제24조제1항 (총수입금액의 계산)
→ 각 소득에 대한 총수입금액은 그 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다. 사업 매출은 이 수입금액으로 종소세에 반영된다.
3.
소득세법 제19조제2항 (사업소득)
→ 사업소득금액은 총수입금액에서 필요경비를 뺀 금액이며, 필요경비가 총수입금액을 넘으면 그 초과분을 결손금이라 한다. 매출이 흔들리면 소득금액도 흔들린다.
4.
소득세법 제78조제1항제2호 (사업장 현황신고)
→ 면세사업자는 다음 해 2월 10일까지 사업장 현황을 신고한다. 다만 과세사업과 면세사업을 겸영하여 부가세 신고 시 면세사업 수입금액을 함께 신고하면 사업장 현황신고를 한 것으로 본다.
5.
국세기본법 제47조제2항 (가산세 부과)
→ 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다. 한 건의 매출 누락이 부가세와 종소세 각각에서 가산세를 발생시키는 근거이다.
6.
소득세법 제160조 (장부의 비치·기록)
→ 사업자는 거래 사실이 객관적으로 파악되도록 증빙을 갖추고 장부에 기록·관리해야 한다. 매출 자료가 정리되어야 두 신고를 맞추고 소명할 수 있다.
위 조문은 2026년 7월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
부가세와 종소세는 별개의 신고이지만 매출이라는 한 줄기로 이어져 있어, 첫 신고부터 매출 대조가 필요하다면 세무법인청년들과 같은 세무 전문가와 미리 점검하시기 바랍니다.
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