성실신고확인비용 세액공제는 비용의 60%를 공제하지만, 확인비용의 범위와 증빙을 잘못 잡으면 공제 누락이나 추징 리스크가 생깁니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음에 해당하면 성실신고확인비용 세액공제를 별도로 점검해야 합니다.
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성실신고확인대상 개인사업자로 종합소득세를 6월에 신고하는 경우
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세무대리인에게 성실신고확인 수수료를 지급한 경우
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기장료, 신고대리 수수료, 성실신고확인 수수료가 한 청구서에 섞여 있는 경우
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확인비용 세액공제를 받을 예정이지만 세금계산서나 이체내역을 따로 보관하지 않은 경우
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과소신고 가능성이 있는 비용 항목이 있어 추징 리스크를 확인해야 하는 경우
공제율보다 중요한 것은 비용의 성격입니다
성실신고확인비용 세액공제는 “성실신고 확인에 직접 사용한 비용”을 대상으로 합니다. 조세특례제한법 제126조의6은 그 비용의 60%를 세액공제한다고 정합니다.
다만 세무대리인에게 지급한 모든 금액이 자동으로 성실신고확인비용이 되는 것은 아닙니다. 월 기장료, 종합소득세 신고대리 수수료, 성실신고확인 수수료가 함께 청구되었다면 성실신고 확인에 직접 사용한 금액을 구분해야 합니다.
예를 들어 총 수수료가 250만 원이고 그중 성실신고확인 수수료가 180만 원으로 구분되어 있다면, 세액공제 계산은 180만 원을 기준으로 봅니다. 180만 원의 60%는 108만 원이므로 개인사업자 한도 120만 원 이내에서 공제 가능합니다.
반대로 “기장료 120만 원, 종합소득세 신고대리 80만 원, 성실신고확인 100만 원”처럼 구분되어 있다면 공제 대상은 300만 원이 아니라 100만 원입니다. 공제율 60%를 곱해도 60만 원만 공제 대상이 됩니다. 청구서에 항목이 구분되어 있지 않으면 세무대리인이 내부적으로 확인 업무를 했더라도 나중에 “확인에 직접 사용한 비용”이라는 설명이 약해집니다.
여기서 중요한 것은 세액공제가 신고서 한 줄의 문제가 아니라 계약·청구·지급·신고가 이어지는 흐름이라는 점입니다. 계약서에는 성실신고확인 업무가 들어 있고, 청구서에는 확인비용이 구분되어 있으며, 세금계산서와 이체내역이 같은 공급자·금액으로 이어지고, 신고서에는 그 금액이 세액공제로 반영되어야 합니다.
대표 상황 예시
전문서비스업을 운영하는 A 사장님은 성실신고확인 대상이 되어 세무대리인에게 300만 원을 지급했습니다. 청구서에는 “기장 및 신고 수수료”라고만 적혀 있었고, 성실신고확인비용이 얼마인지 구분되어 있지 않았습니다.
이 경우 전체 300만 원의 60%를 바로 공제하면 위험합니다. 실제로 성실신고 확인에 직접 사용한 비용이 얼마인지 계약서, 청구서, 세금계산서, 이체내역에서 구분해야 합니다. 구분이 어렵다면 세무대리인에게 확인비용 항목을 분리한 자료를 요청해야 합니다.
세액공제는 세금을 줄이는 항목이므로 추후 경정이나 확인 과정에서 근거를 요구받을 수 있습니다. 금액이 크지 않더라도 증빙이 흐릿하면 공제 자체가 흔들릴 수 있습니다.
이때 세무대리인에게 요청할 자료는 거창한 의견서가 아니라 항목 구분입니다. “2025년 귀속 성실신고확인 업무 수수료 ○○원”처럼 확인비용이 명확히 보이는 청구서 또는 업무내역이면 충분한 경우가 많습니다. 다만 이미 한 장의 청구서로 발행되었다면, 성실신고확인비용 산정 근거를 별도 메모로 남겨 두는 것이 좋습니다.
준비할 증빙
성실신고확인비용 세액공제는 아래 자료를 한 묶음으로 보관하는 편이 좋습니다.
성실신고확인서 제출 여부
세무대리인 계약서 또는 업무범위 확인자료
성실신고확인비용이 구분된 청구서
세금계산서 또는 계산서
계좌이체 내역
세액공제 신청 내역
종합소득세 신고서와 공제 반영 내역
청구서에 기장료와 성실신고확인비용이 함께 표시되어 있다면 “성실신고 확인에 직접 사용한 비용”을 별도 표시해 두는 것이 좋습니다.
증빙 파일명도 실무에서는 중요합니다. 성실신고확인비용_청구서, 성실신고확인비용_세금계산서, 성실신고확인비용_이체내역, 성실신고확인서_제출확인처럼 구분하면 추후 확인 때 자료를 다시 찾는 시간을 줄일 수 있습니다. 단순히 “세무사 수수료”라는 폴더 안에 넣어 두면 기장료와 신고대리 수수료가 섞여 설명이 어려워집니다.
추징 리스크도 함께 확인합니다
성실신고확인비용 세액공제를 받았더라도, 이후 과소 신고가 크게 확인되면 공제받은 세액이 추징될 수 있습니다. 조세특례제한법 제126조의6은 과소 신고한 사업소득금액이 경정된 사업소득금액의 10% 이상인 경우 공제받은 금액 상당액을 전액 추징한다고 정합니다.
또한 추징된 경우에는 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고확인비용 세액공제를 적용받지 못합니다. 그래서 이 공제는 단순히 “올해 세금을 줄이는 항목”이 아니라, 신고 내용의 정확성과 함께 검토해야 하는 항목입니다.
놓치면 생기는 결과
성실신고확인비용 세액공제를 잘못 적용하면 당장은 세금이 줄어든 것처럼 보일 수 있습니다. 그러나 확인비용이 아닌 일반 기장료까지 포함했거나, 세금계산서와 이체내역이 맞지 않거나, 확인서 제출 자체가 누락되면 공제 배제 또는 추징 리스크가 생깁니다.
자료 흐름도 함께 남겨야 합니다. 청구서에는 성실신고확인비용 항목이 구분되어 있고, 세금계산서의 공급자와 이체받은 계좌가 일치하며, 신고서에는 세액공제 반영 금액이 확인되어야 합니다. 이 흐름이 끊기면 “실제로 확인에 직접 사용한 비용”인지 설명하기 어렵습니다.
또한 이 공제는 성실신고의 정확성과 연결됩니다. 신고 후 사업소득금액이 크게 경정되면 공제세액 추징뿐 아니라 이후 3개 과세연도 공제 제한까지 이어질 수 있으므로, 공제 금액보다 신고 정확성을 먼저 검토해야 합니다.
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관련 법령
1.
조세특례제한법 제126조의6 (성실신고 확인비용에 대한 세액공제)
→ 성실신고확인대상자가 성실신고확인서를 제출하면 확인에 직접 사용한 비용의 60%를 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 정합니다.
2.
소득세법 제70조의2 (성실신고확인서 제출)
→ 성실신고확인대상사업자는 종합소득세 신고 때 성실신고확인서를 제출해야 하며, 제출 시 신고기한은 다음 연도 6월 30일까지입니다.
3.
소득세법 시행령 제133조 (성실신고확인서 제출)
→ 업종별 수입금액 기준을 넘었는지와 확인 업무를 맡길 수 있는 자격자를 판단할 때 확인합니다. 공제 대상 비용도 적격 확인자가 수행한 성실신고 확인 업무와 연결되어야 합니다.
4.
조세특례제한법 제122조의3 (성실사업자에 대한 의료비 등 공제)
→ 성실신고확인서를 제출한 사업자에게 의료비·교육비·월세액 공제가 적용될 수 있음을 정합니다. 확인비용 공제와는 별도 조문입니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 성실신고확인비용 공제를 계산할 때 수수료 총액보다 확인비용의 구분과 추징 가능성을 먼저 확인합니다.
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