약국은 의원과 달리 "면세"가 아닙니다. 의약품을 파는 소매업이라 기본이 과세사업자이고, 처방 조제용역만 면세인 겸영사업자입니다. 그래서 부가세 신고와 매입세액 공제, 카드·현금 매출 관리, 약사·직원 인건비까지 챙길 점이 많습니다. 약사님이 꼭 알아야 할 큰 줄기를 한 번에 정리합니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
약국을 개설해 운영하는 개인사업자(약사)다
약국이 면세사업자인지 과세사업자인지 헷갈린다
처방 조제와 일반의약품·건강기능식품 판매의 세금이 어떻게 다른지 모른다
도매상에서 산 의약품의 부가세를 돌려받을 수 있는지 모른다
근무약사·조무사 급여 신고와 4대보험 처리가 어렵다
카드·현금 매출이 많은데 받을 수 있는 세액공제가 있는지 궁금하다
대표 상황 예시
처음 약국을 개설한 약사님이 있습니다. 병원 앞 처방 조제가 매출의 절반이고, 나머지 절반은 소화제·진통제 같은 일반의약품과 건강기능식품, 마스크·밴드, 화장품 판매입니다. 개설하면서 인테리어와 조제대, 자동조제기에 큰돈을 들였고, 근무약사 한 명과 약무보조원 두 명을 채용했습니다.
약사님은 "약국은 의료니까 면세"라고 들었는데, 막상 세무대리인은 "약국은 과세사업자라 부가세 신고를 해야 한다"고 합니다. 도매상에서 약을 사면서 낸 부가세는 돌려받을 수 있는지, 조제 매출과 일반 판매 매출을 어떻게 나눠야 하는지, 직원 급여 신고는 어떻게 하는지 한꺼번에 헷갈립니다.
이 상황에는 약국 세무의 핵심 쟁점이 모두 들어 있습니다. 과세(판매)와 면세(조제)의 구분, 겸영사업자의 부가세 신고, 의약품 매입세액 공제와 공통매입세액 안분, 사업장현황신고, 인건비 원천징수, 카드·현금 매출 관리입니다. 아래에서 하나씩 짚어 보겠습니다.
이 상황에서의 판단 포인트
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약국은 "면세"가 아니라 과세가 기본이고, 조제용역 부분만 면세라는 점을 먼저 이해해야 합니다.
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과세 매출(판매)이 있으므로 부가세 신고 의무가 있고, 의약품 매입세액을 공제받을 수 있습니다.
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조제(면세)와 일반 판매(과세)에 함께 쓰는 임차료·관리비는 면세 비율만큼 공제에서 빠집니다.
이 상황에서 챙길 자료
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도매상에서 받은 의약품 매입 세금계산서(매입세액 공제 증빙)
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조제(면세)와 일반 판매(과세)를 나눈 매출 구분 자료(POS·조제 시스템 집계)
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임차료·관리비 등 공통경비 증빙(공통매입세액 안분 근거)
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근무약사·조무사 급여대장과 원천징수 신고서(인건비 비용 처리)
이 자료들이 부가세 신고서와 2월 사업장현황신고, 5월 종합소득세로 그대로 이어집니다. 평소에 분리해 모아 두면 신고 흐름이 끊기지 않습니다.
1. 약국은 면세가 아니라 과세입니다 — 의원과 정반대
약국 세무의 가장 큰 오해가 "약국은 의료니까 면세"라는 생각입니다. 결론부터 말하면 약국은 부가가치세 과세사업자입니다.
부가가치세법은 의료보건 용역을 면세로 정하면서(부가가치세법 제26조제1항제5호), 그 구체적 범위를 시행령에서 열거합니다. 약국과 관련해 면세로 정한 것은 단 하나입니다.
「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역(부가가치세법 시행령 제35조제4호)
즉 면세는 약사가 처방전에 따라 약을 조제해 주는 "용역"에 한정됩니다. 약국이 하는 나머지 활동, 다시 말해 의약품·물품을 파는 행위는 모두 과세입니다. 약국은 본질적으로 의약품 소매업이기 때문입니다.
이 점이 의원(병의원)과 정반대입니다. 의원은 진료용역(면세)이 본체이고 비급여 미용진료만 과세인 반면, 약국은 판매(과세)가 본체이고 조제용역만 면세입니다. 그래서 의원은 "면세사업자가 일부 과세를 한다"고 보고, 약국은 "과세사업자가 일부 면세를 한다"고 봅니다.
약국 vs 의원(병의원) 비교
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기본 성격 — 약국: 과세(의약품 소매업) / 의원: 면세(의료보건 용역)
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면세 부분 — 약국: 약사의 의약품 조제용역만 / 의원: 건강보험 급여진료
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과세 부분 — 약국: 일반의약품·건기식·의약외품·화장품 판매 등 / 의원: 비급여 미용·성형 진료
2. 과세와 면세를 가르는 기준 — 조제냐, 판매냐
약국 세무의 첫 단추는 내 매출을 조제(면세)와 판매(과세)로 나누는 것입니다.
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면세(조제용역): 의사 처방전을 받아 전문의약품을 조제해 주고 받는 조제 대가
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과세(판매): 아래의 모든 판매
과세되는 약국 매출(예시)은 다음과 같습니다.
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일반의약품(OTC): 처방전 없이 사 가는 소화제·진통제·감기약·연고 등
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건강기능식품: 비타민·유산균·홍삼·영양제 등
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의약외품: 마스크, 밴드, 구강청결제, 손소독제 등
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기타 물품: 화장품, 위생용품, 생활용품, 건강보조기구 등
같은 "약"이라도 처방 조제로 내주면 면세, 손님이 직접 골라 사 가면 과세가 되는 셈입니다. 그래서 약국은 과세사업과 면세사업을 함께 하는 겸영사업자가 됩니다. POS·조제 시스템에서 조제 매출과 일반 판매 매출이 구분되어 집계되도록 해 두면 부가세 신고와 사업장현황신고가 훨씬 수월해집니다.
3. 부가세 신고 — 과세 매출에 대해 신고하고 매입세액을 공제받는다
약국은 과세사업자이므로 과세 매출(판매)에 대해 부가가치세를 신고·납부합니다. 일반과세자는 1년에 2회(1월·7월 확정신고), 간이과세자는 1년에 1회(다음 해 1월) 신고합니다.
부가세는 매출세액에서 매입세액을 빼서 계산합니다. 약국에서 매입세액 공제의 핵심은 도매상에서 사 오는 의약품·물품의 매입세액입니다.
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과세로 팔 의약품·물품의 매입세액: 전액 공제(부가가치세법 제38조). 도매상에서 세금계산서를 받아 보관해야 합니다.
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면세 조제용으로만 쓰는 의약품 매입세액: 면세사업 관련이므로 공제 불가
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과세·면세에 함께 쓰는 의약품·경비: 공통매입세액으로 안분(4장)
여기서 한 가지 오해를 짚어 둡니다. 카페·음식점은 면세 농수산물을 사서 과세 음식을 만들 때 의제매입세액공제(부가가치세법 제42조)를 받지만, 약국은 의제매입세액공제 대상이 아닙니다. 약국이 매입하는 의약품은 대부분 부가세가 붙는 과세 재화여서, 처음부터 세금계산서로 정상적인 매입세액 공제를 받기 때문입니다. 약국에서 중요한 것은 의제매입이 아니라 세금계산서 수취와 정상 매입세액 공제, 그리고 공통매입세액 안분입니다.
4. 공통매입세액 안분 — 조제(면세)와 판매(과세)가 섞일 때
겸영사업자인 약국에서는 공통매입세액 안분이 부가세 실무의 쟁점이 됩니다.
매입세액은 어느 쪽에 쓴 것인지(실지귀속)에 따라 처리합니다.
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과세 판매에만 쓴 매입세액: 전액 공제
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면세 조제에만 쓴 매입세액: 전액 불공제
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양쪽에 공통으로 쓴 매입세액: 가를 수 없으므로 면세공급가액 비율만큼 불공제하고 나머지만 공제
이 마지막을 공통매입세액 안분이라고 합니다(부가가치세법 제40조). 약국에서 공통매입세액에 해당하는 대표 항목은 건물 임차료, 관리비, 전기·수도료, 공용 집기, 간판·광고비 등입니다. 조제와 판매를 한 공간에서 함께 하므로 이런 공통경비가 적지 않습니다.
안분 산식은 다음과 같습니다.
불공제 매입세액 = 공통매입세액 × (해당 과세기간 면세공급가액 ÷ 총공급가액)
예를 들어 임차료 부가세(공통매입세액)가 100만 원이고 면세(조제) 매출 비율이 30퍼센트라면, 30만 원이 불공제되고 70만 원만 공제됩니다. 조제 매출 비중이 높을수록 공제받는 매입세액이 줄어듭니다. 안분 계산의 구체적 방법과 확정신고 정산은 세무대리인과 함께 챙기는 것이 안전합니다.
5. 사업장현황신고 — 약국은 미신고 가산세가 있다
면세인 조제 수입은 부가세 신고로 잡히지 않으므로 별도 신고가 필요합니다. 면세분이 있는 사업자는 매년 2월 10일까지 전년도 면세수입금액과 사업장 현황을 사업장현황신고로 신고합니다(소득세법 제78조).
겸영하는 약국의 경우, 과세분(판매)은 부가세 확정신고로 신고하면 그 부분은 사업장현황신고를 한 것으로 보고, 면세인 조제 수입은 사업장현황신고로 따로 신고합니다(소득세법 제78조제1항제2호 단서).
여기서 약국이 학원 등 다른 면세업종과 결정적으로 다른 점이 있습니다.
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약국은 사업장현황신고 미신고·과소신고 시 가산세가 직접 적용됩니다. 신고하지 않거나 면세수입금액을 미달 신고하면 그 금액의 0.5퍼센트(1천분의 5)가 가산세로 종합소득세에 더해집니다(소득세법 제81조의3, 같은 법 시행령 제147조의2). 이 가산세는 의료업·수의업·약국에만 적용됩니다.
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신고 대상: 면세(조제) 수입이 있는 약국
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신고 기한: 매년 2월 10일
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신고 내용: 업종별 수입금액 명세, 결제수단별 내역, 계산서·신용카드·현금영수증 수취내역 등
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미신고·과소신고 가산세: 해당 면세수입금액의 0.5퍼센트(약국 적용)
사업장현황신고에서 신고한 수입금액이 5월 종합소득세 계산의 기초가 되므로, 기한 내 정확히 신고하는 것이 안전합니다.
6. 약사·직원 인건비 — 원천징수와 4대보험
약국은 근무약사, 약무보조원(조무), 카운터 직원 등을 둡니다. 인건비 처리의 출발점은 이 사람이 근로자인지 사업자인지를 가리는 일입니다.
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근로소득자(직원): 약국이 근무시간·업무 방식을 정하고 고정급을 줍니다. 근무약사·약무보조원 대부분이 여기에 해당합니다. 급여 지급 시 근로소득세를 간이세액표에 따라 원천징수하고(소득세법 제127조), 4대보험에 가입합니다.
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일용근로자(단기): 하루 단위로 일하고 계속 고용이 아닌 경우, 일당에 6퍼센트의 원천징수세율을 적용합니다(소득세법 제129조제1항제4호).
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사업소득자(인적용역): 본인 책임으로 용역을 제공하는 형태라면 지급액에서 3.3퍼센트(소득세 3퍼센트 + 지방소득세 0.3퍼센트)를 원천징수합니다(소득세법 제129조).
근무약사를 3.3퍼센트 프리랜서로 처리하는 경우가 있는데, 실제로 약국이 근무시간과 업무를 통제하는 사실상의 직원이라면 나중에 근로자로 재분류되어 4대보험·퇴직금이 소급 추징될 수 있습니다. 계약서 명칭이 아니라 실질로 판단하므로 처음부터 구분해 두는 것이 좋습니다.
직원 급여나 사업소득 지급액에서 뗀 소득세의 10퍼센트에 해당하는 지방소득세 특별징수도 함께 신고·납부합니다. 원천징수한 세금은 매월(또는 반기) 신고·납부합니다.
7. 카드·현금 매출과 신용카드발행세액공제
약국은 손님 대부분이 카드나 간편결제로 결제하고, 처방 조제비도 카드로 받는 경우가 많은 소비자상대 업종입니다. 매출 관리에서 두 가지를 기억하십시오.
첫째, 모든 매출은 빠짐없이 잡습니다. 카드·현금·간편결제·계좌이체 등 받는 방법과 무관하게 모든 판매와 조제 수입은 수입금액에 포함됩니다. 약국은 소비자상대업종이므로 직전 연도 수입금액이 일정 기준 이상이면 현금영수증가맹점에 의무 가입하고, 손님이 요청하면 발급해야 합니다.
둘째, 신용카드발행세액공제를 챙깁니다. 소비자를 상대하는 과세사업자가 신용카드매출전표·현금영수증을 발급하면, 그 발급금액의 1.3퍼센트(2026년 12월 31일까지, 이후 1퍼센트)를 부가세 납부세액에서 빼줍니다(부가가치세법 제46조). 한도는 연 1천만 원(2026년 12월 31일까지)입니다. 카드 매출 비중이 높은 약국에는 적지 않은 절세 항목입니다. 다만 법인이거나 직전 연도 공급가액이 일정액을 넘는 개인사업자는 이 공제에서 제외됩니다.
8. 과세유형과 성실신고확인 — 약국은 도소매 15억 기준
과세유형(간이·일반). 부가세 측면에서 개인 약국은 간이과세자 또는 일반과세자로 나뉩니다. 직전 연도 공급대가가 1억 400만 원 미만이면 간이과세자가 될 수 있습니다(부가가치세법 제61조, 같은 법 시행령 제109조). 다만 약국은 의약품 매입 규모가 커서 매입세액 공제·환급이 중요하고 매출도 빠르게 기준을 넘는 경우가 많아, 실제로는 대부분 일반과세자로 운영됩니다.
성실신고확인. 약국은 일정 규모를 넘으면 종합소득세 신고 시 성실신고확인 대상이 됩니다. 여기서 약국이 의원과 결정적으로 다른 점이 있습니다.
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약국은 의약품 소매업(도매 및 소매업)으로 분류되어, 해당 과세기간 수입금액이 15억 원 이상이면 성실신고확인대상사업자가 됩니다(소득세법 제70조의2, 같은 법 시행령 제133조제1항제1호).
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같은 보건 분야라도 의원(보건업)은 5억 원 기준인데, 약국은 소매업이라 15억 원 기준이 적용됩니다. 단순히 "의료 관련이니 5억"으로 오해하면 안 됩니다.
성실신고확인대상이 되면 신고·납부 기한이 일반 5월 31일이 아니라 5월 1일부터 6월 30일까지로 한 달 늘어나고(소득세법 제70조의2제2항), 세무사 등에게 성실신고확인을 받아야 하므로 추가 비용이 발생합니다(일부는 세액공제로 지원). 수입금액 기준은 매년 변동될 수 있으므로 신고 시점에 세무대리인과 대상 여부를 확인하십시오.
약국 약사님 체크리스트
약국이 과세사업자(겸영)임을 이해하고, 조제(면세)와 판매(과세)를 구분해 기록하는가
과세 매출에 대해 부가세를 신고하고, 도매상 의약품 매입세액을 세금계산서로 공제받는가
임차료·관리비 등 공통매입세액을 면세(조제) 비율로 안분했는가
면세인 조제 수입을 2월 10일 사업장현황신고로 신고했는가(미신고 시 0.5퍼센트 가산세)
근무약사·조무사를 근로소득자로 보아 원천징수하고 4대보험에 가입했는가
카드·현금 매출을 빠짐없이 잡고, 신용카드발행세액공제(1.3퍼센트)를 적용했는가
수입금액이 도소매업 15억 원 기준에 가까우면 성실신고확인 대상 여부를 확인했는가
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일반과세자와 간이과세자, 무엇이 다른가: 약국 개설 시 과세유형 선택과 전환 기준을 비교합니다.
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신용카드발행세액공제란 무엇인가?: 카드·현금 매출이 많은 약국이 챙길 1.3퍼센트 세액공제의 요건과 한도를 더 자세히 다룹니다.
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개인사업자 성실신고 확인 대상 기준과 혜택: 약국에 적용되는 도소매업 15억 원 성실신고확인 기준과 기한·세액공제를 정리합니다.
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한의원·치과 원장님 세무 가이드: 한의원·치과도 의료업·수의업·약국에 적용되는 0.5퍼센트 사업장현황신고 가산세 대상이고 면세·과세 겸영 구조가 비슷해 함께 보면 좋습니다.
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동물병원·애견미용 세무 가이드: 수의업도 약국·의료업과 함께 0.5퍼센트 사업장현황신고 가산세 대상인 점을 비교해 봅니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제26조제1항제5호 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
→ 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것의 공급에 부가가치세를 면제한다고 정한 조문으로, 약사의 조제용역이 면세인 근거입니다.
2.
부가가치세법 시행령 제35조제4호 (면세하는 의료보건 용역의 범위)
→ 면세 의료보건 용역의 범위를 열거하면서 「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역만 면세로 정합니다. 약국에서 면세가 되는 부분을 조제용역으로 한정하는 핵심 조문입니다.
3.
부가가치세법 제38조 및 제40조 (공제하는 매입세액·공통매입세액 안분)
→ 사업자가 자기 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제하되(제38조), 과세·면세를 겸영해 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세공급가액 비율로 안분하도록(제40조) 정한 조문입니다. 약국이 도매상 의약품 매입세액을 공제받고 임차료·공용경비를 안분하는 근거입니다.
4.
부가가치세법 제46조 (신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등)
→ 소비자상대 과세사업자가 신용카드매출전표·현금영수증을 발급하면 발급금액의 1.3퍼센트(2026년 12월 31일까지, 한도 연 1천만 원)를 납부세액에서 공제하도록 정한 조문으로, 카드 매출이 많은 약국의 절세 근거입니다.
5.
소득세법 제81조의3 및 같은 법 시행령 제147조의2 (사업장 현황신고 불성실 가산세)
→ 약사법에 따라 약국을 개설한 사업자(의료업·수의업·약국)가 사업장현황신고를 하지 않거나 면세수입금액을 미달 신고하면 그 금액의 0.5퍼센트를 가산세로 부과하도록 정한 조문입니다.
6.
소득세법 제70조의2 및 같은 법 시행령 제133조제1항제1호 (성실신고확인서 제출)
→ 도매 및 소매업 사업자의 성실신고확인 기준을 수입금액 15억 원 이상으로 정하고, 대상자는 종합소득세 신고기한을 6월 30일까지 적용받도록 정한 조문으로, 약국의 성실신고확인 판단 근거입니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
약국 세금은 결국 면세 조제와 과세 판매를 정확히 나누고 매입세액을 제대로 챙기는 데서 갈리며, 세무법인청년들은 그 흐름을 함께 정리해 드립니다.