작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-07-31
어린이집과 유치원은 부가가치세가 면세이고, 운영 소득도 소득세법이 사업소득으로 열거한 범위에서 제외되어 있습니다. 그래도 사업자등록, 2월 10일 사업장 현황신고, 인건비 원천세는 그대로 남습니다.
이 글은 2026년 7월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글이 직접적인 도움이 됩니다.
가정어린이집이나 민간어린이집을 개인 명의로 운영하고 있습니다
어린이집 개원을 준비하면서 사업자등록 절차를 알아보고 있습니다
유치원을 운영하고 있고 세무 신고 체계를 정리하고 싶습니다
보육료 중 정부 지원분을 수입으로 잡아야 하는지 헷갈립니다
5월에 종합소득세를 신고해야 하는지 확인하고 싶습니다
부가가치세를 내지 않으니 신고할 것이 없다고 알고 있었습니다
마지막 두 항목이 가장 자주 엇갈리는 지점입니다. 어린이집은 세금 부담이 빠지는 부분과 신고 의무가 남는 부분이 서로 다르기 때문입니다.
부가가치세가 면세인 이유
부가가치세법 제26조 제1항 제6호는 대통령령으로 정하는 교육 용역을 면세로 정하고 있습니다. 그리고 같은 법 시행령 제36조 제1항 제1호가 그 범위를 구체적으로 열거합니다.
해당 조항은 주무관청의 허가나 인가를 받거나 주무관청에 등록·신고된 다음 시설에서 학생·수강생·훈련생·교습생 또는 청강생에게 지식과 기술 등을 가르치는 것을 면세 교육 용역으로 봅니다.
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시설: 어린이집 / 면세 근거: 시행령 제36조 제1항 제1호에 명시 / 비고: 영유아보육법 제10조에 따른 어린이집
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시설: 유치원 / 면세 근거: 같은 호의 '학교'에 해당 / 비고: 유아교육법 제2조 제2호가 유치원을 학교로 정의
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시설: 학원·강습소·교습소 / 면세 근거: 같은 호에 명시 / 비고: 무도학원·자동차운전학원은 제외
국공립어린이집이나 직장어린이집의 운영을 위탁받은 자가 제공하는 경우도 조문에 포함되어 있습니다. 위탁 운영이라고 해서 면세 여부가 달라지지는 않습니다.
한 가지 덧붙이면, 아파트 단지 안 어린이집을 임차해 운영하는 경우 그 임대료에도 부가가치세가 붙지 않습니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제13호가 공동주택관리법상 관리주체나 입주자대표회의가 제공하는 공동주택 어린이집의 임대 용역을 따로 면세로 정하고 있기 때문입니다.
소득세는 어떻게 되는가
여기가 다른 업종과 크게 갈리는 지점입니다. 소득세법은 어떤 소득이 사업소득인지를 업종별로 열거하는 방식을 쓰는데, 어린이집과 유치원은 그 열거에서 빠져 있습니다.
어린이집
소득세법 제19조 제1항 제16호는 사업소득의 하나로 '보건업 및 사회복지서비스업에서 발생하는 소득'을 들면서, 괄호로 대통령령으로 정하는 사회복지사업은 제외한다고 규정합니다. 그 대통령령이 소득세법 시행령 제36조이고, 여기서 말하는 사회복지사업은 사회복지사업법 제2조 제1호의 사회복지사업입니다.
그리고 사회복지사업법 제2조 제1호는 여러 법률을 목별로 열거하는데, 그중 바목이 영유아보육법입니다. 어린이집은 영유아보육법에 따른 시설이므로 이 연결을 그대로 타게 됩니다.
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단계: 1 / 조문: 소득세법 제19조 제1항 제16호 / 내용: 사회복지서비스업 소득이 사업소득이나, 대통령령이 정한 사회복지사업은 제외
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단계: 2 / 조문: 소득세법 시행령 제36조 / 내용: 그 사회복지사업은 사회복지사업법 제2조 제1호의 사회복지사업
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단계: 3 / 조문: 사회복지사업법 제2조 제1호 바목 / 내용: 영유아보육법을 열거
유치원
유치원은 별도의 경로로 같은 결론에 이릅니다. 소득세법 제19조 제1항 제15호가 '교육서비스업에서 발생하는 소득'을 사업소득으로 들면서 대통령령으로 정하는 교육기관을 제외하는데, 소득세법 시행령 제35조가 그 교육기관으로 유아교육법에 따른 유치원과 초·중등교육법·고등교육법에 따른 학교를 명시하고 있습니다.
다만 자동으로 결정되지는 않습니다
소득세법 제19조 제3항은 각 호에 따른 사업의 범위를 한국표준산업분류에 따르도록 정하고 있습니다. 실제 운영 내용이 사회복지사업법상 사회복지사업에 해당하는지, 어느 산업분류에 들어가는지에 따라 판단이 갈릴 수 있다는 뜻입니다. 보육·교육과 성격이 다른 부대수입이 섞여 있다면 그 부분은 따로 보아야 하므로, 신고 여부는 세무대리인과 확인하는 것이 안전합니다.
그래도 남는 세 가지 의무
소득세 과세대상에서 빠지는 것과 신고 의무가 없어지는 것은 다릅니다.
1. 사업자등록
소득세법 제168조 제1항은 새로 사업을 시작하는 사업자가 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하도록 정하고 있습니다. 부가가치세를 내지 않아도 등록은 해야 합니다.
2. 사업장 현황신고
면세사업자는 부가가치세 신고를 하지 않는 대신 사업장 현황신고를 합니다. 소득세법 제78조 제1항에 따라 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고해야 하며, 신고서에는 사업자 인적사항과 업종별 수입금액 명세가 들어갑니다.
여기에 적는 수입금액은 학부모 부담분과 정부 지원분을 합한 금액 전체입니다. 소득세 과세 여부와는 별개의 문제이므로, 지원금이라는 이유로 빼면 미달신고가 됩니다.
3. 인건비 원천세
보육교사와 직원에게 급여를 지급하면 원천징수 의무가 생깁니다. 소득세법 제128조 제1항은 원천징수한 소득세를 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부하도록 정하고 있습니다.
직전 연도 상시고용인원이 20명 이하이면 관할 세무서장의 승인이나 국세청장의 지정을 받아 반기별로 납부할 수 있습니다. 대부분의 어린이집이 인원 요건에는 해당하지만, 승인 또는 지정을 받아야 적용된다는 점을 놓치기 쉽습니다.
대표 상황 예시
가정어린이집을 처음 연 원장이 있다고 하겠습니다. 개원 준비를 하며 관할 지방자치단체의 인가는 받았고, 세무서에는 면세사업자로 등록했습니다. 첫해 운영이 끝나고 다음 해 1월, 세무 신고를 알아보다가 혼란이 시작됐습니다.
원장이 헷갈린 지점은 두 가지였습니다. 첫째, 부가가치세를 안 내니 세무서에 낼 서류도 없다고 생각한 것. 둘째, 학부모가 직접 낸 돈만 매출이고 정부에서 들어온 보육료 지원분은 보조금이니 신고할 수입이 아니라고 본 것입니다.
이 상황에서의 판단
두 가지를 나누어 보아야 합니다. 소득세 쪽에서는 어린이집 운영 소득이 사업소득 열거에서 빠져 있어 종합소득세 부담이 생기지 않습니다. 그러나 사업장 현황신고 의무는 그대로 남고, 기한은 다음 연도 2월 10일입니다. 그리고 그 신고서에 적는 것은 업종별 수입금액이므로, 학부모 부담분과 정부 지원분을 합한 금액 전체가 대상입니다. 돈이 어디에서 들어왔는지는 수입금액 판단을 바꾸지 않습니다.
이 사례에서 확인할 자료
보육통합정보시스템 등에서 확인되는 연간 보육료 수납 내역(학부모 부담분과 정부 지원분 구분)
각종 운영 보조금·인건비 보조금 수령 내역
보육교사·조리원 등 직원별 급여대장과 원천징수 내역
보육 외의 부대수입이 있는지 확인할 수 있는 수납 내역
사업자등록증과 인가 관련 서류
여기서 바로 할 수 있는 행동은, 1월 중에 연간 수입금액을 학부모 부담분과 정부 지원분으로 나누어 집계해 두는 것입니다. 보육 외의 수입이 섞여 있다면 그것도 따로 뽑아 두어야 소득세 판단을 받을 수 있습니다.
신고를 건너뛰면 생기는 불이익
어린이집은 사업장 현황신고 불성실 가산세의 대상이 아닙니다. 소득세법 시행령 제147조의2가 그 대상을 의료업, 수의업, 약국을 개설한 약사업으로 한정하고 있기 때문입니다. 해당 업종에서는 미신고·미달신고 수입금액의 1천분의 5가 부과되며, 종합소득 산출세액이 없어도 부과됩니다.
그렇다고 신고를 건너뛰어도 되는 것은 아닙니다. 보육료 지원금은 지방자치단체 지급 자료로 남기 때문에 수입금액은 어차피 확인됩니다. 신고를 하지 않거나 지원분을 빠뜨린 채 신고해 두면, 나중에 소득 구분을 다시 따질 때 근거로 쓸 자료가 없어 불리해집니다. 특히 보육 외의 부대수입이 섞여 있었다면 그 부분은 과세 대상일 수 있고, 그때는 과소신고·납부지연에 따른 가산세로 이어집니다.
운영 주체에 따라 판단이 갈립니다
영유아보육법 제10조는 어린이집을 일곱 가지로 나눕니다. 부가가치세 면세와 소득세 열거 제외는 시설의 성격에서 나오지만, 회계와 신고 실무는 누가 운영하는지에 따라 달라집니다.
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종류: 가정어린이집 / 설치·운영 주체: 개인(가정 또는 그에 준하는 곳) / 실무상 유의점: 개인 면세사업자로 등록, 사업장 현황신고 주체
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종류: 민간어린이집 / 설치·운영 주체: 위 여섯 종류에 해당하지 않는 경우 / 실무상 유의점: 운영 주체에 따라 판단
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종류: 국공립어린이집 / 설치·운영 주체: 국가·지방자치단체 / 실무상 유의점: 위탁 운영 시 수탁자 기준으로 판단
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종류: 사회복지법인어린이집 / 설치·운영 주체: 사회복지법인 / 실무상 유의점: 법인 회계와 고유목적사업 구분 필요
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종류: 법인·단체등어린이집 / 설치·운영 주체: 비영리법인·단체 / 실무상 유의점: 법인 회계와 수익사업 구분 필요
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종류: 직장어린이집 / 설치·운영 주체: 사업주 / 실무상 유의점: 사업주의 회계 안에서 처리
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종류: 협동어린이집 / 설치·운영 주체: 보호자 등이 결성한 비영리 조합 / 실무상 유의점: 조합 단위로 판단
개인이 운영하는 가정어린이집·민간어린이집이 가장 단순합니다. 반면 법인이 운영하는 어린이집은 법인 회계와 소득 구분을 함께 보아야 하므로, 개원 단계에서 운영 주체를 정할 때 세무 구조까지 같이 검토하는 편이 낫습니다.
놓치기 쉬운 점
소득세 과세대상에서 빠지는 것과 신고 의무가 없어지는 것은 다릅니다.
면세사업자에게도 사업자등록번호가 부여됩니다. 등록 없이 운영하면 이후 신고 체계 전체가 어긋납니다.
사업장 현황신고 기한은 2월 10일입니다.
정부 지원분 보육료를 수입금액에서 빼면 미달신고가 됩니다.
원천세 반기납부는 자동 적용이 아니라 승인 또는 지정을 받아야 합니다.
면세사업자는 매입세액을 공제받지 못합니다. 교구·비품을 살 때 받은 세금계산서의 부가가치세는 돌려받는 대상이 아니라 취득원가나 비용에 포함됩니다.
무도학원과 자동차운전학원은 같은 조항에서 면세 교육 용역에서 제외됩니다. 교육 시설이라고 모두 면세인 것은 아닙니다.
함께 보면 좋은 글
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면세사업자 사업자등록 신청 방법과 세금 신고 의무: 어린이집 개원 단계에서 밟아야 할 면세사업자 등록 절차를 다룹니다.
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면세사업자 사업장현황신고 방법과 기한: 2월 10일 신고의 구체적인 작성 방법과 제출 절차를 확인할 수 있습니다.
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정부 지원금·보조금 받으면 세금은: 보육료 지원분 외의 각종 운영 보조금을 어떻게 볼지 판단할 때 참고할 수 있습니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제26조 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
→ 제1항 제6호가 대통령령으로 정하는 교육 용역을 면세 대상으로 정합니다. 같은 항 제13호는 공동주택관리법상 관리주체나 입주자대표회의가 제공하는 공동주택 어린이집의 임대 용역도 면세로 규정합니다.
2.
부가가치세법 시행령 제36조 (면세하는 교육 용역의 범위)
→ 면세 교육 용역의 범위를 열거합니다. 주무관청의 허가·인가를 받거나 등록·신고된 학교, 어린이집, 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 등이 대상이며, 영유아보육법 제10조에 따른 어린이집과 국공립·직장어린이집 위탁 운영자도 포함됩니다. 무도학원과 자동차운전학원은 제외됩니다.
3.
소득세법 제19조 (사업소득)
→ 사업소득을 업종별로 열거하면서, 제15호는 교육서비스업 소득 중 대통령령으로 정하는 교육기관을, 제16호는 사회복지서비스업 소득 중 대통령령으로 정하는 사회복지사업을 각각 제외합니다. 제3항은 사업의 범위를 한국표준산업분류에 따르도록 정합니다.
4.
소득세법 시행령 제35조 및 제36조 (교육기관의 범위·사회복지사업의 범위)
→ 제35조는 제외되는 교육기관으로 유아교육법에 따른 유치원과 초·중등교육법·고등교육법에 따른 학교를 명시합니다. 제36조는 제외되는 사회복지사업을 사회복지사업법 제2조 제1호의 사회복지사업과 노인장기요양보험법상 장기요양사업으로 정하며, 사회복지사업법 제2조 제1호 바목이 영유아보육법을 열거하고 있습니다.
5.
소득세법 제78조 (사업장 현황신고)
→ 사업자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 사업장 현황을 신고해야 합니다. 신고서에는 사업자 인적사항과 업종별 수입금액 명세가 포함됩니다.
6.
소득세법 제128조 (원천징수세액의 납부)
→ 원천징수한 소득세는 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부합니다. 직전 연도 상시고용인원 20명 이하 등 시행령 제186조의 요건을 갖추고 승인이나 지정을 받으면 반기별 납부가 가능합니다.
위 조문은 2026년 7월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
어린이집과 유치원은 빠지는 세금과 남는 신고가 서로 다르므로, 세무법인청년들에서는 개원 단계부터 수입금액 집계와 소득 구분을 함께 정리하고 있습니다.
세무법인청년들 | 원문: https://www.watax.kr/vat/daycare-kindergarten-tax-guide