작성·감수: 세무법인청년들 김민호 세무사 (건설업 전문) · 최종 검토 2026-10-01
원청의 세무조사에서 공사 인건비가 손해배상금으로 정리되면, 하청은 음의 수정세금계산서를 발급하고 경정청구로 부가가치세를 돌려받아 원청에 반환합니다.
이 글은 2026년 9월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
결론부터
받은 돈이 손해배상금으로 정리되면 용역의 공급 대가가 아니므로 과세 대상이 아닙니다.
이미 세금계산서를 발급하고 세금을 냈다면 음의 표시를 한 수정세금계산서를 먼저 발급합니다.
세액이 줄어드는 방향이라 수정신고가 아니라 경정청구로 돌려받습니다. 기한은 5년입니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당되면 이 안내를 참고하십시오.
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원청이나 발주처가 세무조사를 받은 뒤, 당초 청구한 공사비 중 일부가 손해배상금이었다는 통보를 받은 하청 시공업자
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견적서에 인건비 항목으로 적고 세금계산서를 발급해 부가가치세를 받은 뒤 그대로 신고·납부한 경우
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원청이 상위 발주처에 이미 부가가치세를 반환했고, 하청에게도 같은 정리를 요청해 온 경우
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세금계산서를 발급한 뒤에 그 거래가 과세 대상이 아니었다고 판정된 경우
대표 상황 예시
상황. 건물 배관이 파열되어 거주 공간이 물에 잠겼습니다. 원청 건설사가 복구 공사를 맡았고, 시공업자는 하청으로 들어가 실내 재공사와 가구·집기 피해 보상을 함께 진행했습니다. 시공업자는 견적서에 인건비 항목을 적고 그 금액에 부가가치세를 더해 세금계산서를 발급했으며, 받은 세액을 그대로 신고·납부했습니다. 세액은 수백만 원대였습니다.
몇 달 뒤 원청이 세무조사를 받았고, 그 과정에서 해당 인건비가 공사 용역의 대가가 아니라 피해를 전보하는 손해배상금 성격으로 정리되었습니다. 원청은 상위 발주처에 받은 부가가치세를 반환한 뒤, 하청에게도 같은 금액을 정정해 돌려달라는 공문을 보냈습니다.
사업주의 생각. 시공업자는 자기가 잘못한 것이 없는데 왜 신고를 고쳐야 하는지 납득이 되지 않습니다. 신고를 고치면 관할 세무서가 다른 항목까지 들여다볼까 봐 걱정되고, 세무서에서 아직 아무 연락도 오지 않았는데 먼저 움직여도 되는지 확신이 서지 않습니다.
판단 포인트. 세 가지를 순서대로 확인해야 합니다. 첫째, 정정 대상 금액입니다. 견적서 항목 중 실제 시공 용역에 해당하는 부분과 피해 보상에 해당하는 부분이 섞여 있으면 섞인 채로 정정할 수 없습니다. 둘째, 당초 공급시기가 속한 과세기간의 법정신고기한이 지난 지 5년이 넘지 않았는지입니다. 셋째, 원청이 받은 조사 결과가 어느 범위까지 정리된 것인지입니다. 원청 단계에서 이미 정리된 사실이면 하청이 같은 내용으로 정정하는 데 무리가 없습니다.
이 상황에서 확인할 자료. 원청의 조사 결과 문서가 가장 먼저입니다. 하청이 스스로 성격을 바꿔 부른 것이 아니라 과세관청 판단에 따라 정리된 것이라는 점이 이 문서로 드러나기 때문입니다. 그다음이 견적서와 계약서입니다. 금액을 항목별로 나눌 근거가 여기에 있습니다. 마지막이 원청의 공문과 반환 내역입니다. 돈이 실제로 어디로 어떻게 갔는지를 보여 줍니다.
결론. 세무서에서 연락이 오기를 기다릴 이유가 없습니다. 자료가 모이는 대로 수정세금계산서를 발급하고 경정청구를 접수하는 편이 낫습니다. 먼저 정정하면 스스로 바로잡은 기록이 남고, 기다리면 5년의 경정청구 기한만 줄어듭니다.
손해배상금에 부가가치세가 붙지 않는 이유
부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입에만 과세합니다(부가가치세법 제4조). 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 역무를 제공하거나 시설물·권리를 사용하게 하는 것을 말합니다(같은 법 제11조). 피해를 전보하기 위해 지급하는 금전은 역무의 대가가 아니므로 공급이 없는 거래가 되고, 공급이 없으면 과세표준을 따질 일도 세금계산서를 발급할 일도 없습니다.
이 원칙 자체는 위약금이나 몰취한 계약금과 같은 구조입니다. 성격을 가르는 기준은 아래 「함께 보면 좋은 글」에 연결해 두었으므로, 이 글은 이미 세금계산서를 발급하고 세금까지 낸 뒤에 판정이 달라진 경우의 정리 절차만 다룹니다.
중요한 것은 명목이 아니라 실질입니다. 견적서에 인건비로 적혀 있었더라도 그 돈을 지급한 원인이 공사 용역의 대가가 아니라 피해 보상이면 과세 대상으로 보지 않습니다. 반대로 실제 용역을 제공하고 받은 대가는 명목을 손해배상금으로 바꿔 적더라도 과세 대상입니다. 그래서 첫 작업은 정정할 금액과 정정하지 않을 금액을 견적서 항목별로 나누는 것입니다.
1단계: 수정세금계산서를 먼저 발급합니다
순서를 바꾸지 마십시오. 신고부터 고치고 세금계산서를 나중에 고치면, 국세청에 전송된 세금계산서 내역과 신고서가 어긋난 상태가 한동안 유지됩니다.
부가가치세법 제32조 제7항은 세금계산서를 발급한 뒤 대통령령으로 정하는 사유가 생기면 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 하고, 그 사유를 부가가치세법 시행령 제70조 제1항이 아홉 가지로 열거합니다. 이 상황에 맞는 것은 제8호, 면세 등 발급대상이 아닌 거래에 대하여 발급한 경우입니다. 손해배상금은 공급이 아니어서 애초에 세금계산서를 발급할 거래가 아니었기 때문입니다.
확인 항목 | 시행령 제70조 제1항 제8호의 처리 |
발급 장수 | 당초 세금계산서 내용대로 한 장 |
표시 방법 | 붉은색 글씨 또는 음(陰)의 표시 |
작성일자 | 조문이 '처음에 발급한 세금계산서의 내용대로'라고 정하므로 당초 작성일자 |
발급 기한 | 제8호에는 1년 이내 제한 규정이 없음 |
경정 예고 시 | 제8호에는 제5호·제6호·제9호와 같은 배제 단서가 없음 |
아래 두 줄이 이 사안에서 특히 중요합니다. 필요적 기재사항이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제6호)는 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에만 정정할 수 있습니다. 착오로 잘못 적힌 경우(제5호)와 세율을 잘못 적용한 경우(제9호)는 세무조사 통지나 과세자료 해명안내 통지를 받아 경정될 것을 미리 알고 있으면 수정발급을 할 수 없습니다. 제8호에는 두 제한이 모두 붙어 있지 않습니다. 다만 어느 호에 해당하는지는 거래 성격에 따라 달라질 수 있으므로, 발급 전에 세무대리인에게 확인하십시오.
2단계: 수정신고가 아니라 경정청구입니다
실무에서 '수정신고'라는 말이 정정 전체를 가리키는 말처럼 쓰이지만, 국세기본법은 두 절차를 세액이 움직이는 방향으로 나눕니다.
구분 | 수정신고(국세기본법 제45조) | 경정청구(국세기본법 제45조의2) |
쓰는 경우 | 신고한 세액이 신고하여야 할 세액에 미치지 못할 때 | 신고한 세액이 신고하여야 할 세액을 초과할 때 |
세액 방향 | 더 낸다 | 돌려받는다 |
기한 | 관할 세무서장이 결정·경정하여 통지하기 전까지 | 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 |
이 사안의 하청 | 해당 없음 | 여기에 해당 |
이 사안의 원청 | 여기에 해당 | 해당 없음 |
하청은 내야 할 세금보다 많이 신고하고 납부한 상태입니다. 세액이 줄어드는 방향이므로 경정청구입니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내이면 청구할 수 있으므로, 2–3년 전 거래도 기한이 남아 있는 경우가 많습니다.
청구 금액 계산은 복잡하지 않습니다. 부가가치세 세율은 10퍼센트이므로(부가가치세법 제30조), 공급가액 1,000만 원에 세액 100만 원을 받아 신고·납부했다면 그 100만 원이 청구 대상입니다. 해당 과세기간의 매출세액에서 이 세액을 빼고 납부세액을 다시 계산한 뒤, 이미 낸 세액과의 차액을 돌려받습니다.
5년이 이미 지났다면 원칙적인 경정청구는 할 수 없습니다. 이때는 국세기본법 제45조의2 제2항의 후발적 사유에 해당하는지 따로 봐야 합니다. 다만 같은 항 제1호는 심사청구·심판청구·소송의 결정이나 판결로 거래가 다른 것으로 확정된 경우를 말하므로, 원청이 받은 조사 결과만으로 곧바로 해당한다고 보기는 어렵습니다. 5년이 지난 사안은 반드시 세무대리인에게 확인하십시오.
경정청구를 접수하면 관할 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정·경정하거나 그럴 이유가 없다는 뜻을 통지하여야 합니다(국세기본법 제45조의2 제3항). 돌려받을 금액은 국세환급금으로 결정되고, 충당할 체납액이 없으면 결정한 날부터 30일 내에 지급됩니다(같은 법 제51조 제1항·제6항). 매입세액이 매출세액보다 커서 확정신고로 돌려받는 부가가치세법 제59조의 환급과는 경로가 다릅니다.
3단계: 원청과 같은 과세기간을 고칩니다
수정세금계산서의 작성일자를 당초 작성일자로 적으면 그 세금계산서는 처음 거래가 있었던 과세기간의 자료로 잡힙니다. 그래서 하청과 원청이 고치는 과세기간이 자동으로 맞춰집니다. 한쪽만 다른 기간을 고치면 매출과 매입 자료가 어긋난 채로 남습니다.
구분 | 하청(공급자) | 원청(공급받는 자) |
세금계산서 | 음의 수정세금계산서 발급 | 발급받음 |
세액 변화 | 매출세액 감소 | 매입세액 감소 |
정정 절차 | 경정청구 | 수정신고 |
가산세 | 과소신고가 아니므로 과소신고가산세 대상이 아님 | 과소신고분에 원칙적으로 10퍼센트 |
원청의 가산세와 매입세액 불공제는 원청이 부담할 문제입니다. 하청이 대신 지는 구조가 아닙니다. 하청이 할 일은 같은 과세기간을 정확히 맞춰 정정하고, 그 근거를 서류로 남기는 것까지입니다.
세무서에 낼 소명 자료
경정청구서만 내면 관할 세무서는 매출세액이 왜 줄었는지 알 수 없습니다. 아래 자료를 함께 붙이면 추가 확인 요청이 오가는 횟수가 줄어듭니다.
원청의 세무조사 결과를 확인할 수 있는 문서(원청이 제공하는 결정·통지 사본 등)
원청이 하청에 보낸 공문(정정과 반환을 요청한 근거)
당초 견적서(인건비 항목과 금액이 드러나야 합니다)
공사 계약서 또는 발주서(일의 범위와 대금의 성격 확인)
당초 발급한 세금계산서와 이번에 발급한 수정세금계산서
대금 수령 내역과 부가가치세 반환 내역(입출금 일자·금액)
사고 확인서, 피해 내역서 등 복구 경위를 알 수 있는 자료
자료의 목적은 하나입니다. 이 돈이 공사 용역의 대가가 아니라 피해를 보상한 금전이라는 점을 제3자가 서류만 보고 따라갈 수 있게 만드는 것입니다. 원청의 조사 결과가 정리돼 있고 견적서·계약서·공문이 같은 방향을 가리키면 관할 세무서가 다르게 볼 여지는 크지 않습니다. 반대로 원청 쪽 문서 없이 공문 한 장만 내면 소명이 길어집니다.
돌려받은 부가세를 원청에 반환할 때
받아서 납부했던 부가가치세는 애초에 수입금액이 아니었습니다. 소득세법 제26조 제9항은 부가가치세의 매출세액을 총수입금액에 산입하지 않도록 정하고 있습니다. 세액은 거래 상대방에게서 잠시 받아 국가에 낸 돈이지, 사업자가 번 돈이 아니라는 뜻입니다.
그래서 이 세액을 돌려받아 원청에 반환해도 사업소득의 총수입금액은 늘지도 줄지도 않습니다. 장부에서는 예수했던 세액을 정리하는 흐름으로 처리하고, 반환액을 별도의 비용으로 잡지 않습니다. 반환액을 비용으로 잡으면 이미 수입금액에 넣지 않은 금액을 한 번 더 빼는 결과가 됩니다.
다만 정정 대상이 세액뿐인지, 공급가액 본체까지인지부터 확정해야 합니다. 세액만 돌려주는 경우와 대금 자체를 반환하는 경우는 결과가 다릅니다. 대금까지 반환한다면 그해 수입금액이 달라지므로 종합소득세나 법인세 신고에 반영해야 합니다. 어느 쪽인지 원청의 공문과 정산 내역으로 먼저 확인하십시오.
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경정청구·환급이 늦어질 때 받는 국세환급가산금 계산법: 환급이 늦어질 때 함께 받는 이자 상당액의 계산 방법을 확인할 수 있습니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제4조 (과세대상)
→ 부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입에만 과세합니다. 같은 법 제11조가 용역의 공급을 역무의 제공 또는 시설물·권리의 사용으로 한정하므로, 피해를 전보하는 손해배상금은 어느 쪽에도 들어가지 않습니다.
2.
부가가치세법 제32조 제7항 (수정세금계산서)
→ 세금계산서를 발급한 뒤 기재사항을 착오로 잘못 적었거나 대통령령으로 정하는 사유가 생기면 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다. 구체적인 사유와 작성 방법은 시행령에 위임돼 있습니다.
3.
부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제8호 (발급대상이 아닌 거래에 대한 수정발급)
→ 면세 등 발급대상이 아닌 거래에 세금계산서를 발급한 경우, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨 또는 음(陰)의 표시를 하여 발급합니다. 같은 항 제6호의 1년 제한, 제5호·제9호의 경정 예고 배제 단서는 이 호에 붙어 있지 않습니다.
4.
국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구)
→ 신고한 과세표준과 세액이 신고하여야 할 금액을 초과할 때, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있습니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결과를 통지하여야 합니다.
5.
국세기본법 제51조 (국세환급금의 충당과 환급)
→ 초과하여 납부한 금액은 국세환급금으로 결정되고, 체납액 등에 충당하고 남은 금액은 결정한 날부터 30일 내에 지급됩니다. 매입세액이 매출세액보다 커서 받는 부가가치세법 제59조의 환급과는 다른 경로입니다.
6.
소득세법 제26조 제9항 (총수입금액 불산입)
→ 부가가치세의 매출세액은 사업소득의 총수입금액에 산입하지 않습니다. 받아서 납부했던 세액을 돌려받아 원청에 반환해도 그해 수입금액은 달라지지 않습니다.
위 조문은 2026년 9월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 거래 성격이 뒤늦게 달라진 건의 수정세금계산서 발급 시점과 경정청구 범위를 함께 검토합니다.
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