1월에 직원 자료와 전 근무지 소득을 모으고, 2월분 급여에 환급·추가징수를 반영한 뒤, 3월 10일까지 신고와 지급명세서 제출을 확인하십시오.
이 글은 2026년 11월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
직원을 둔 개인사업자 또는 소규모 법인 대표입니다.
직원에게 어떤 자료를 언제 받아야 하는지 모르겠습니다.
올해 들어오거나 나간 직원이 있어 전 근무지 소득 또는 퇴직 당시 정산을 확인해야 합니다.
환급액이나 추가로 걷을 세금을 급여에 어떻게 반영할지 확인하고 싶습니다.
하나라도 해당하면 직원별로 올해 지급한 급여, 이미 뗀 소득세, 입사·퇴사 여부부터 확인하십시오. 공제 항목을 직원 대신 고르지 말고, 회사의 급여 자료와 직원이 낸 공제신고서가 맞는지부터 대조하십시오.
사장님이 1–3월에 할 일
2026년 귀속 근로소득을 2027년에 정산하는 경우입니다. 1월의 자료 요청일은 사업장 급여 지급일에 맞춰 정하는 일정입니다. 다만 2026년 7–12월에 지급한 근로소득의 간이지급명세서는 법정기한이 있어 2027년 2월 1일(월)까지 제출합니다(1월 31일이 일요일이라 다음 날로 넘어감, 소득세법 제164조의3, 국세기본법 제5조). 3월 제출일도 법정기한입니다.
시기 | 사업주가 확인할 일 | 확인 결과 |
2027년 1월 | 직원별 2026년 급여·상여·기납부 소득세를 대조하고 소득·세액 공제신고서, 증빙, 중도 입사자의 전 근무지 서류를 요청, 2026년 하반기 근로소득 간이지급명세서 제출(2월 1일(월)까지) | 직원별 자료 수령 여부와 빠진 서류 목록 |
2027년 2월 | 2월분 급여 지급 때 연말정산 세액을 계산해 환급 또는 추가징수를 급여에 반영 | 직원별 정산액과 실제 급여 지급액의 일치 |
2027년 3월 | 원천징수이행상황신고서의 연말정산분과 근로소득 지급명세서를 확인해 제출 | 2027년 3월 10일(수)까지 신고·납부 및 제출 접수 확인 |
1.
직원에게 공제신고서 제출일과 필요한 자료를 안내합니다. 법에서 정한 제출 기준은 다음 연도 2월분 급여를 받기 전입니다(소득세법 제140조). 간소화 자료만 받아 놓고 공제신고서를 받지 않은 직원이 없는지 살피십시오.
2.
직원별 연간 급여와 매월 원천징수한 세액을 모읍니다. 상여를 지급했거나 중간에 입사한 직원은 월별 자료와 합계가 맞는지 따로 대조하십시오.
3.
정산한 세액을 2월분 급여에 반영합니다. 추가 납부세액이 10만 원을 초과하면 법에서 허용하는 2월분부터 4월분까지의 나누어 징수를 검토할 수 있습니다(소득세법 제137조 제4항).
4.
월별 원천세 신고·납부 사업장은 2027년 3월 10일(수)까지 원천징수이행상황신고서를 제출하고 세액을 납부합니다. 같은 날까지 2026년 귀속 근로소득 지급명세서의 접수도 확인하십시오(소득세법 제128조·제164조, 같은 법 시행령 제185조). 반기별 납부 승인을 받은 사업장은 연말정산분 원천세를 1–6월분과 함께 2027년 7월 12일(월)까지 신고·납부합니다(7월 10일이 토요일, 소득세법 제128조 제2항). 근로소득 지급명세서는 반기 납부와 관계없이 3월 10일(수)까지 제출합니다.
대표 상황 예시: 연중 입사자와 퇴사자가 함께 있는 사업장
상황. 직원 몇 명을 둔 사업장에 연중 입사자와 퇴사자가 있습니다. 1월에 재직 직원의 공제 자료를 받기 시작했는데, 입사자는 전 직장 급여 자료를 아직 내지 않았습니다. 퇴사자에게는 이미 마지막 급여를 지급했습니다.
사업주의 생각. 재직 직원의 공제 자료만 모아 2월 급여를 계산하고, 입사자의 전 직장 소득과 퇴사자 정산은 3월에 한꺼번에 처리해도 되는지 궁금합니다.
판단 포인트. 재직 직원은 2월분 급여 지급 때 정산합니다. 같은 과세기간에 이직한 직원은 전 근무지 소득과 새 근무지 소득을 합산해야 하므로, 전 근무지의 근로소득 원천징수영수증과 원천징수부 사본을 받습니다(소득세법 제138조, 같은 법 시행령 제197조). 퇴사자는 퇴직한 달의 근로소득을 지급할 때 정산하므로 다음 해 2월까지 기다리는 대상이 아닙니다(소득세법 제137조).
이 상황에서 확인할 자료.
직원별 급여대장과 원천징수 내역: 연간 급여와 이미 낸 세금을 확인합니다.
소득·세액 공제신고서와 공제 증빙: 직원이 신청한 공제를 확인합니다.
입사자의 전 근무지 원천징수영수증과 원천징수부 사본: 같은 해 두 직장의 급여를 합산합니다.
퇴사자의 마지막 급여명세서와 정산 내역: 퇴직 당시 정산과 영수증 발급 여부를 확인합니다.
결론. 입사자에게 전 근무지 서류를 먼저 요청하고, 퇴사자는 마지막 급여에서 이미 정산했는지 확인하십시오. 재직 직원의 2월 급여에 정산액을 반영한 뒤 3월 신고서와 지급명세서의 직원별 금액을 대조합니다. 전 근무지 소득을 추정하거나 퇴사자를 재직자와 함께 다시 정산하면 금액이 어긋날 수 있습니다. 전 근무지 서류를 끝내 받지 못해 현 근무지 급여만 정산했다면, 직원이 두 곳 소득을 합산해 종합소득세 확정신고를 해야 한다는 점을 안내하십시오(소득세법 제73조 제2항).
환급과 추가징수가 급여에서 달라지는 이유
연말정산은 직원의 연간 근로소득에 공제를 적용해 세액을 계산한 뒤, 이미 매월 뗀 소득세 등과 비교합니다(소득세법 제137조). 매월 뗀 세금이 정산 결과보다 많으면 돌려주고, 부족하면 추가로 걷습니다. 환급액이 생겼다는 이유만으로 회사가 그 금액을 비용으로 떠안는 것은 아닙니다.
정산 결과 | 직원 급여에서 할 일 | 회사 신고에서 볼 일 |
환급 | 직원에게 돌려줄 금액을 급여명세서와 지급액에 반영 | 이미 낸 원천세에서 조정하거나 환급 절차 확인 |
추가징수 | 급여에서 더 걷을 금액을 구분해 반영 | 해당 월 원천징수세액에 포함해 신고·납부 |
환급할 금액이 연말정산하는 달에 납부할 소득세보다 크면 초과분은 다음 달 이후 납부할 소득세에서 조정하거나, 회사가 원천징수세액환급신청서를 제출해 세무서에서 환급받을 수 있습니다(소득세법 시행령 제201조, 같은 법 시행규칙 제93조). 직원에게 실제 돌려준 금액, 다른 직원에게서 걷은 금액, 신고서에 반영한 환급액이 서로 맞아야 합니다.
자료가 늦거나 명세서가 빠졌을 때
직원이 자료를 늦게 내면 우선 2월분 급여 지급 전까지 접수 가능한지 확인하십시오. 소득·세액 공제신고서를 내지 않은 직원의 추가 납부세액 계산에는 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용합니다(소득세법 제137조 제3항). 회사가 증빙을 보지 않고 공제를 임의로 추가하지 않도록 하십시오. 정산이나 지급명세서 제출 뒤에 자료가 도착했다면 이미 제출한 내용의 정정이 필요한지 먼저 확인하고, 누락 공제에 관한 직원의 신고 방법은 별도 안내 글에서 확인하게 하십시오.
지급명세서는 제출 버튼을 누른 사실보다 접수 결과와 직원별 지급액을 확인해야 합니다. 일반 근로소득 지급명세서를 기한까지 내지 않으면 미제출분 지급액의 1%, 기한 뒤 3개월 안에 내면 0.5%의 가산세 규정이 있습니다. 개인사업자는 소득세법 제81조의11, 법인은 법인세법 제75조의7을 확인하십시오. 일용근로소득 지급명세서는 제출 시기와 가산세율이 달라 이 글의 일정에 섞어 판단하지 마십시오. 2027년 1월 이후 지급하는 근로소득부터는 간이지급명세서를 지급한 달의 다음 달 말일까지 매월 제출하도록 바뀝니다(소득세법 부칙 <제19196호, 2022. 12. 31.> 제6조).
함께 보면 좋은 글
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연말정산 간소화 서비스 이용 방법과 부양가족 자료 제출 가이드: 직원에게 공제 자료를 받는 방법을 안내할 때 참고하십시오.
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중도퇴직자·이직자 연말정산 방법과 원천징수영수증 발급: 전 근무지 자료와 퇴직 당시 정산을 자세히 확인할 때 참고하십시오.
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지급명세서 제출 기한·방법·가산세: 직원별 지급명세서 제출 방법과 지연 시 처리를 확인할 때 참고하십시오.
관련 법령
1.
소득세법 제137조 (근로소득세액의 연말정산)
→ 다음 연도 2월분 급여 또는 퇴직한 달의 급여를 지급할 때 연간 세액과 이미 원천징수한 세액 등을 비교해 추가징수하거나 환급합니다.
2.
소득세법 제140조 (근로소득자의 소득공제 등 신고)
→ 공제를 받으려는 직원은 다음 연도 2월분 급여를 받기 전 소득·세액 공제신고서를 회사에 제출합니다.
3.
소득세법 시행령 제197조 (재취직자에 대한 근로소득세액의 연말정산)
→ 새 근무지는 전 근무지 원천징수영수증과 원천징수부 사본을 받아 같은 해 근로소득을 합산합니다.
4.
소득세법 제128조 (원천징수세액의 납부)
→ 월별 납부 사업장의 원천징수세액 납부기한은 징수한 달의 다음 달 10일입니다. 원천징수이행상황신고서 제출은 같은 법 시행령 제185조를 따릅니다.
5.
소득세법 제164조 (지급명세서의 제출)
→ 일반 근로소득 지급명세서는 다음 연도 3월 10일까지 제출합니다.
6.
소득세법 제81조의11 (지급명세서 등 제출 불성실 가산세)
→ 개인사업자의 일반 근로소득 지급명세서 미제출분에는 지급액의 1%, 기한 뒤 3개월 이내 제출분에는 0.5%가 적용됩니다. 법인은 법인세법 제75조의7을 확인합니다.
위 조문은 2026년 11월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
직원별 급여·정산액·신고 금액이 맞는지 확인이 필요하면 세무법인청년들에 문의해 주시기 바랍니다.
작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026년 11월 6일(금)
세무법인청년들 | 원문: