작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-10-09
개인사업자와 법인은 대표가 같아도 세법상 서로 다른 납세자입니다. 실제 공급 대가에는 세금계산서를, 자금 대여에는 약정서를 갖추고, 법인 돈이 대표 쪽으로 가면 인정이자(당좌대출이자율 연 4.6% 등)와 지급이자 손금불산입이, 실물 없는 세금계산서에는 공급가액 3% 가산세가 따라옵니다.
이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
개인사업자를 유지한 채 법인을 따로 세웠고, 두 곳의 대표가 같습니다.
법인 거래처 대금이 개인사업자 계좌로 들어오거나, 그 반대인 경우가 있습니다.
법인 계좌로 받은 돈을 개인 계좌로 옮겨 개인사업자 운영비로 쓴 적이 있습니다.
한쪽이 결제한 광고비·장비·소모품을 다른 쪽과 나눠 정산하려고 합니다.
같은 법인의 본점과 지점 사이에 임대료나 비용을 주고받는 문제로 고민하고 있습니다.
하나라도 해당하면 오간 돈을 아래 다섯 가지 성격으로 먼저 나눠 보십시오. 성격이 정해져야 세금계산서 발급 여부와 남길 증빙이 정해집니다.
대표가 같아도 세법에서는 서로 다른 납세자입니다
법인의 소득에는 법인세가, 개인사업자의 소득에는 대표 개인의 종합소득세가 매겨집니다. 부가가치세에서도 각각 독립적으로 재화·용역을 공급하는 별개의 사업자입니다. 그래서 개인사업자와 법인 사이에 물건이나 서비스가 오가면 일반 거래처와 똑같이 세금계산서를 주고받아야 합니다.
여기에 한 가지가 더 붙습니다. 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하는 사람이나 소액주주가 아닌 주주는 그 법인의 특수관계인입니다. 대표 개인과 그 개인사업자는 법인과 특수관계인 사이이므로, 두 곳의 거래는 언제나 시가 기준으로 다시 계산될 수 있습니다.
구분 | 법인 | 개인사업자 |
소득에 붙는 세금 | 법인세 | 대표 개인의 종합소득세 |
부가가치세 | 별도 사업자로 신고 | 별도 사업자로 신고 |
상대방과의 관계 | 대표 개인과 특수관계 | 법인과 특수관계 |
거래 금액의 기준 | 시가 | 시가 |
돈의 성격별 세금계산서 여부와 위험
두 사업체 사이에 오가는 돈은 다음 다섯 가지 중 하나로 정리해야 합니다. 같은 이체라도 성격에 따라 처리가 완전히 달라집니다.
돈의 성격 | 세금계산서 여부 | 필요한 증빙 | 위험 |
실제 재화·용역 공급의 대가 | 발급 대상. 공급한 쪽이 공급시기에 발급 | 계약서, 거래명세서, 납품·사용 기록, 시가 근거 | 늦게 발급하면 1%, 미발급 2% 가산세. 시가와 다르면 부당행위계산부인 |
단순 자금 대여·차입 | 대상 아님(원금은 공급 대가가 아님) | 금전소비대차 약정서, 이체 기록, 장부의 대여금·차입금 | 법인 자금이 대표 쪽으로 가면 업무무관 가지급금, 인정이자, 지급이자 손금불산입 |
상대방 명의 계좌로 받은 매출 | 실제 공급한 쪽 명의로 발급 | 계약서·청구서의 공급자, 입금 내역, 반환 이체 기록 | 공급한 쪽의 매출 누락, 받은 쪽의 소명 부담 |
한쪽이 대신 결제한 공통비 | 실제로 쓰는 쪽이 공급자에게서 자기 명의로 수취 | 사용처 기록, 대신 낸 금액의 정산 기록 | 쓰지 않는 쪽 명의 매입은 공제·비용 인정이 흔들림 |
실제 공급 없이 끊은 세금계산서 | 발급하면 안 됨 | 해당 없음 | 양쪽 모두 공급가액 3% 가산세, 매입세액 불공제, 형사처벌 조항 |
실제 공급 대가는 일반 거래처와 같은 기준으로
개인사업자가 법인에 상품을 넘기거나 법인이 개인사업자에게 용역을 제공했다면, 공급한 쪽이 공급시기에 세금계산서를 발급합니다. 한 달 거래를 모아 월합계로 발급하면 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있습니다. 대표가 같다는 이유로 발급을 생략하면 확정신고기한까지 발급하지 않은 공급가액의 2%가 가산세입니다.
대신 결제한 공통비는 받는 사람 명의부터 맞춥니다
광고비나 장비를 한쪽 카드로 결제했더라도, 그 비용을 실제로 쓰는 사업체가 공급자에게서 자기 명의의 세금계산서를 받는 것이 원칙입니다. 대신 낸 돈만 돌려받는 것이라면 그 정산은 공급 대가가 아니므로 세금계산서 없이 자금 정산 기록으로 남깁니다. 반대로 한쪽이 산 물건을 다른 쪽에 실제로 넘겼다면 그것은 공급이므로 넘긴 쪽이 세금계산서를 발급합니다.
실제로 많이 나오는 상황
상황. 개인사업자로 일해 오던 대표가 같은 업종의 법인을 새로 세웠습니다. 법인 설립 뒤에도 일부 거래처가 예전처럼 개인사업자 계좌로 대금을 보내, 몇 달 사이 수백만 원–1천만 원대 입금이 여러 건 쌓였습니다. 반대로 법인 명의로 받은 사업자금 일부는 개인 계좌로 옮겨 개인사업자 운영비로 썼습니다.
사업주의 생각. 어차피 둘 다 대표 본인의 사업이니 연말에 한꺼번에 맞추면 된다고 생각했습니다. 금액이 맞지 않으면 두 사업체가 서로 세금계산서를 끊어 정리하면 되지 않느냐는 생각도 했습니다.
판단 포인트. 돈이 어느 계좌로 들어왔는지가 아니라 누가 공급했는지가 기준입니다.
1.
거래처와 계약하고 납품한 쪽이 법인이면 그 대금은 법인 매출이고, 세금계산서도 법인 명의로 발급합니다.
2.
개인사업자 계좌에 들어온 법인 매출은 법인 돈이 개인 쪽으로 간 것입니다. 바로 돌려놓지 않으면 법인 쪽에서는 매출 누락과 자금 유출이 함께 문제 됩니다.
3.
법인 자금을 개인사업자 운영비로 쓴 부분은 법인 업무와 관련 없는 대여금, 즉 업무무관 가지급금으로 봅니다.
4.
금액을 맞추려고 실제 공급 없이 세금계산서를 주고받으면, 처음의 계좌 문제보다 훨씬 무거운 가산세와 형사처벌 조항이 적용됩니다.
이 상황에서 확인할 자료.
거래처별 계약서·발주서: 공급자가 법인인지 개인사업자인지 확인하는 출발점입니다.
개인사업자 계좌 입금 내역과 법인 매출 대조표: 어느 입금이 법인 매출인지 한 건씩 표시합니다.
법인 계좌로 돌려놓은 이체 기록: 돈이 다시 법인으로 돌아왔다는 근거가 됩니다.
법인 자금을 개인 쪽에서 쓴 경우의 금전소비대차 약정서: 금액·이자율·상환일을 적어 업무무관 가지급금 금액과 기간을 확정합니다.
사업자금을 받은 약정서: 차입 주체와 용도가 법인으로 되어 있으면 그 돈은 법인 업무에 써야 한다는 근거가 됩니다.
결론. 거래처에는 법인 계좌로 대금을 받도록 다시 안내하고, 이미 개인 계좌로 들어온 법인 매출은 빠르게 법인 계좌로 옮긴 뒤 장부에 기록합니다. 법인 자금을 개인 쪽에서 쓴 부분은 약정서를 갖추고 이자와 상환 계획을 정합니다. 세금계산서는 실제 공급이 있었던 거래에만 발급합니다.
법인 쪽과 개인 쪽에 각각 걸리는 것
상황 | 법인 쪽 | 개인사업자(대표) 쪽 |
법인 자금이 대표·개인사업자로 감 | 인정이자 익금산입, 차입금 이자 중 가지급금 해당분 손금불산입 | 인정이자 상당액이 대표 상여로 처분되어 근로소득 |
시가와 다른 가격의 거래 | 차액이 3억 원 이상 또는 시가의 5% 이상이면 부당행위계산부인 | 같은 기준으로 개인사업자의 소득금액 재계산 |
상대방 계좌로 받은 매출 | 매출 누락 시 법인세·부가세 추징, 유출 금액 소득처분 | 자기 매출이 아닌 입금에 대한 소명 부담 |
개인사업자의 사업용 부동산을 법인이 대가 없이 사용 | 임차료를 내지 않았으므로 비용으로 넣을 금액 없음 | 특수관계인 무상 임대는 용역 공급으로 보아 시가로 부가세, 소득세법상 부당행위계산 여부 검토 |
실물 없는 세금계산서 | 공급가액 3% 가산세, 매입세액 불공제 | 공급가액 3% 가산세, 매입세액 불공제 |
법인 자금이 대표 쪽으로 간 경우의 숫자
법인이 대표의 개인사업자에게 1억 원을 1년간 무이자로 빌려줬다고 하겠습니다. 법인에 특수관계인이 아닌 곳에서 빌린 차입금이 없으면 가중평균차입이자율을 쓸 수 없어 당좌대출이자율 연 4.6%가 시가가 됩니다. 이 경우 1억 원 × 4.6% = 460만 원이 법인 소득에 더해지고, 귀속자가 임원인 대표이므로 같은 금액이 대표의 상여로 처분됩니다.
법인에 은행 차입금이 있다면 그 이자 가운데 가지급금 적수가 차입금 적수에서 차지하는 비율만큼은 비용으로 인정되지 않습니다. 같은 사람에게 가수금이 함께 있으면 서로 상계한 금액으로 계산합니다.
시가와 다른 가격의 거래
법인이 시가 2억 원인 장비를 대표의 개인사업자에게 1억 8,000만 원에 넘겼다면 차액 2,000만 원이 시가의 5%(1,000만 원) 이상이므로 부당행위계산부인 대상이 될 수 있습니다. 시가는 특수관계인이 아닌 제3자 사이에서 거래되는 가격이 기준이며, 그런 가격이 없으면 감정가액 등을 차례로 적용합니다. 개인사업자 쪽에서 시가보다 비싸게 사거나 싸게 판 경우에도 소득세법이 같은 3억 원·5% 기준을 둡니다.
실물 없는 세금계산서
실제 공급 없이 세금계산서를 발급하거나 받으면 양쪽 모두 공급가액의 3%가 가산세입니다. 공급가액 1,000만 원짜리 한 장이면 발급한 쪽 30만 원, 받은 쪽 30만 원이고, 받은 쪽은 매입세액 100만 원도 공제받지 못합니다. 조세범 처벌법은 이런 행위에 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가세율을 적용한 세액의 3배 이하 벌금을 정하고 있습니다.
같은 법인의 본점과 지점 사이는 다릅니다
지금까지의 내용은 법인과 개인사업자처럼 서로 다른 납세자 사이의 거래입니다. 같은 법인의 본점과 지점은 사정이 다릅니다.
부가가치세법은 사업자에게 사업장마다 사업자등록을 하도록 정합니다. 등록번호가 사업장별로 나오더라도 사업자는 그 법인 하나입니다. 세금계산서는 재화나 용역을 공급한 사업자가 그 공급을 받는 자에게 발급하는 것이고, 공급은 계약상·법률상 원인에 따라 재화를 인도하거나 역무를 제공하거나 시설을 사용하게 하는 것입니다. 본점 사무실 일부를 지점이 쓰거나 본점이 낸 임차료를 지점 몫으로 나누는 것은 같은 법인 안의 비용 배분이고, 공급을 받는 다른 사업자가 없습니다. 따라서 일반적으로 세금계산서 발급 대상이 아니고 부가세 신고에도 들어가지 않습니다. 다만 지점이 별도 법인이거나 비용 배분에 다른 거래가 섞여 있으면 결론이 달라지므로, 실제 계약과 장부를 놓고 세무대리인과 확인하십시오.
예외는 재화의 반출입니다. 사업장이 둘 이상인 사업자가 판매할 목적으로 재화를 자기의 다른 사업장에 반출하면 재화의 공급으로 봅니다. 사업자 단위 과세를 적용받거나 주사업장 총괄 납부를 적용받는 과세기간에는 공급으로 보지 않지만, 총괄 납부 사업자가 세금계산서를 발급하고 신고했다면 공급으로 봅니다. 두 제도의 선택은 아래 함께 보면 좋은 글에서 따로 다룹니다.
정상 정산 체크리스트
개인사업자와 법인 사이에 실제 거래가 있다면, 나중에 세무서가 물어도 같은 답이 나오도록 다음을 거래 시점에 갖춥니다.
계약서: 공급자·공급받는 자, 품목이나 용역 내용, 단가와 지급 조건을 적습니다.
실제 사용 근거: 납품 기록, 작업 기록, 공간 사용 면적과 기간처럼 공급이 있었다는 자료를 남깁니다.
시가: 같은 물건·용역을 제3자와 거래한 가격이나 시장 가격 자료를 함께 보관합니다.
지급 시점: 대금은 계약에서 정한 날짜에 공급받은 쪽 계좌에서 공급한 쪽 계좌로 보냅니다.
세금계산서 발급 시기: 공급시기에 발급하고, 월합계는 다음 달 10일을 넘기지 않습니다.
자금 대여라면 약정서, 이자율, 상환일, 실제 이자 지급 기록이 같은 역할을 합니다. 법인이 특수관계인과 거래한 내용은 법인세 신고 때 명세서로도 제출해야 하므로, 거래 시점에 정리해 두는 편이 결산 때 다시 맞추는 것보다 정확합니다.
함께 보면 좋은 글
•
지점이 여러 개일 때, 사업자단위과세와 주사업장총괄납부 무엇을 선택할까: 본점·지점 사이 재화 반출이 공급으로 보지 않는 경우를 만드는 두 제도를 비교합니다.
•
가지급금 정리 방법과 세무 리스크 — 법인 대표이사가 꼭 알아야 할 4가지 불이익: 법인 자금이 대표 쪽으로 간 뒤 생기는 가지급금의 정리 방법을 다룹니다.
•
자료상에게 끊은 세금계산서 한 장이 부른 본세·가산세·대표 상여처분의 연쇄: 실물 없는 세금계산서가 본세·가산세·소득처분으로 이어지는 과정을 정리한 글입니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제32조 (세금계산서 등)
→ 재화나 용역을 공급하는 사업자가 공급을 받는 자에게 세금계산서를 발급합니다. 공급의 뜻은 같은 법 제9조(재화의 인도·양도)와 제11조(역무 제공·시설 사용)가 정하므로, 같은 법인 사업장 사이의 비용 배분처럼 공급받는 상대방이 없는 경우는 발급 대상이 아닙니다.
2.
부가가치세법 제10조 (재화 공급의 특례)
→ 사업장이 둘 이상인 사업자가 판매 목적으로 재화를 다른 사업장에 반출하면 재화의 공급으로 보되, 사업자 단위 과세나 주사업장 총괄 납부 기간은 예외로 합니다(제3항).
3.
부가가치세법 제60조 (가산세)
→ 세금계산서를 늦게 발급하면 공급가액의 1%, 확정신고기한까지 발급하지 않으면 2%이고(제2항), 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급하거나 받으면 공급가액의 3%입니다(제3항).
4.
법인세법 제28조 (지급이자의 손금불산입)
→ 특수관계인에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금이 있으면 법인 차입금 이자 중 그 금액에 해당하는 부분을 비용으로 인정하지 않습니다(제1항 제4호 나목, 같은 법 시행령 제53조).
5.
법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)
→ 특수관계인과의 거래로 법인 세금을 부당하게 줄였으면 시가로 소득을 다시 계산합니다. 유형과 3억 원·5% 기준은 같은 법 시행령 제88조, 시가와 당좌대출이자율 적용은 제89조가 정합니다.
6.
소득세법 제41조 (부당행위계산)
→ 사업소득이 있는 개인이 특수관계인과의 거래로 세금을 부당하게 줄였으면 시가로 소득금액을 다시 계산할 수 있습니다. 대상 거래와 3억 원·5% 기준은 같은 법 시행령 제98조가 정합니다.
위 조문은 2026년 10월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
개인사업자와 법인 사이에 오간 돈의 성격을 정리해야 한다면, 세무법인청년들과 거래별 계약·입금 자료를 맞춰 보고 처리 순서를 정하시기 바랍니다.
세무법인청년들 | 원문: