작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-10-09
이미 낸 원천징수이행상황신고서가 틀렸다면, 원래 귀속연월로 수정신고서를 따로 내고 그 차액은 수정신고하는 달에 내는 정기신고서의 수정신고(세액)란(A90)으로 옮겨 정리합니다. 세액이 늘었으면 3%와 하루 0.022%의 가산세가 붙으므로 빨리 내고, 중도퇴사 정산 등으로 환급이 생겼으면 다음 달 원천세에서 빼는 조정환급과 세무서 환급신청 중 하나를 고릅니다.
이 글은 2026년 10월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
지난달(또는 그 전) 원천세 신고에서 급여나 수당 일부를 빠뜨린 사실을 알게 되었습니다.
원천세 수정신고를 했거나 하려는데, 차액을 언제 내야 하는지 모릅니다.
직원이 중간에 퇴사해 정산했더니 원천세가 환급으로 나왔습니다.
간이세액표를 잘못 적용해 원천세를 많이 떼었습니다.
원천세를 고친 뒤 지급명세서와 지방소득세를 어떻게 맞출지 모릅니다.
하나라도 해당하면 아래 순서대로 확인하십시오. 원천세 가산세의 종류와 세율 전반은 별도 글에서 다루고, 이 글은 고친 뒤의 신고서 처리와 돈의 흐름에 집중합니다.
먼저 구분: 수정신고 대상인가, 정상신고 대상인가
원천징수이행상황신고서 서식(소득세법 시행규칙 별지 제21호서식)의 작성방법은 처음 신고한 내용 자체의 오류만 수정신고 대상으로 봅니다. 나중에 추가로 지급한 금액은 수정신고가 아니라 그 소득의 귀속연월을 정확히 적어 정상신고합니다.
상황 | 처리 방법 | 신고서에 적는 연월 |
이미 지급한 급여를 신고서에서 빠뜨림 | 수정신고 | 수정 전 신고서와 같은 귀속연월·지급연월 |
세액을 잘못 계산해 적게 또는 많이 신고 | 수정신고 | 수정 전 신고서와 같은 귀속연월·지급연월 |
지난달 근무분 수당을 이번 달에 추가 지급 | 정상신고 | 그 수당의 귀속연월(당월분과 다르면 귀속월별로 별지 작성) |
중도퇴사자 정산 결과 환급 발생 | 정상신고(중도퇴사 A02란) | 귀속연월은 퇴사한 달, 지급연월은 정산 급여를 지급한 달 |
이 구분을 먼저 해야 차액을 어디에 적을지, 가산세가 생기는지가 정해집니다.
세액이 늘어난 경우: 수정신고와 차액 납부 순서
신고서 처리 흐름
1.
수정신고서를 별지로 작성합니다. 신고구분은 '수정'으로 표시하고, 귀속연월과 지급연월은 수정 전 신고서와 똑같이 적습니다.
2.
수정 전 숫자와 수정 후 숫자를 함께 적어, 무엇이 얼마나 바뀌었는지 드러나게 합니다(국세기본법 시행령 제25조 제1항).
3.
수정신고로 생긴 차액은 수정신고서의 수정신고(세액)란(A90)에는 적지 않습니다. 수정신고하는 달에 제출하는 당월분 정기신고서의 A90란에 옮겨 적어, 그 달 납부세액과 함께 정리합니다.
4.
차액의 납부서는 신고서별·소득종류별(근로소득세, 퇴직소득세 등)로 따로 작성해 냅니다.
정리하면, 다음 정기신고에 합산하는 방식은 서식이 정한 처리 방법이 맞습니다. 다만 수정신고서 자체는 원래 연월로 따로 내야 하고, 가산세는 실제로 돈을 낸 날을 기준으로 계산됩니다. 정기신고 때까지 납부를 미루면 그만큼 가산세가 늘어납니다.
차액에 붙는 가산세 계산
원천세를 적게 냈으면 무신고·과소신고가산세가 아니라 원천징수 등 납부지연가산세가 붙습니다(국세기본법 제47조의5).
구성 | 계산 | 비고 |
기본분 | 덜 낸 세액 × 3% | 하루만 늦어도 붙음 |
기간분 | 덜 낸 세액 × 법정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지 일수 × 0.022% | 하루 10만분의 22, 고지 전에 낸 경우 기준 |
한도 | 위 두 금액 합계는 덜 낸 세액의 10% | 고지 후 추가분을 포함한 전체 한도는 50% |
예를 들어 빠뜨린 원천세(소득세)가 40만 원이고 법정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지의 일수가 45일이라면 다음과 같습니다.
항목 | 금액 |
기본분 3% | 1만 2,000원 |
기간분 40만 원 × 45일 × 0.022% | 3,960원 |
가산세 합계 | 1만 5,960원 |
같은 계산 일수가 365일이라면 | 4만 4,120원 → 한도 10%인 4만 원 적용 |
세무서가 납부고지를 한 뒤에는 기간분이 고지일 전날까지로 끊깁니다. 고지서의 납부기한까지도 내지 않으면 그 다음 날부터 한 달이 지날 때마다 0.67%가 더 붙고(최대 5년), 독촉에 드는 비용도 가산세에 더해질 수 있습니다. 고지서별·세목별 세액이 150만 원 미만이면 이 월 단위 가산세와 독촉비용은 적용하지 않습니다(국세기본법 제47조의5 제1항 제3호·제4호, 제4항·제5항).
수정신고를 빨리 해도 원천세 가산세는 감면되지 않습니다
국세기본법 제48조 제2항 제1호의 수정신고 감면(1개월 이내 90% 등)은 과소신고가산세에만 적용됩니다. 원천징수 등 납부지연가산세는 감면 대상이 아니므로, 기간분을 줄이는 방법은 차액을 하루라도 빨리 내는 것뿐입니다. 수정신고로 세액이 줄었는데 이미 고지된 가산세가 있다면, 수정 후 세액을 기준으로 다시 계산해야 할 수 있으므로 수정신고 내용을 근거로 관할 세무서에 확인을 요청하십시오.
환급이 생긴 경우: 조정환급과 환급신청
중도퇴사 정산 환급은 회사가 먼저 돌려줍니다
직원이 퇴사하면 회사는 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 그해 근무기간분을 정산합니다(소득세법 제137조 제1항). 이미 뗀 세액이 정산한 세액보다 많으면 그 차액을 퇴사자에게 돌려줘야 합니다(같은 조 제2항).
이 환급금은 회사가 내야 할 원천세에서 빼서 조정합니다(소득세법 시행령 제201조 제1항). 즉, 회사가 퇴사자에게 먼저 지급하고, 그 금액만큼 그달 원천세를 덜 내는 구조입니다.
그달 원천세보다 환급액이 크면
방법 | 내용 | 근거 |
조정환급(차월이월) | 남은 환급액을 차월이월 환급세액으로 넘겨 다음 달 이후 원천세에서 뺌 | 소득세법 시행규칙 제93조 제1항 본문 |
환급신청 | 신고서의 환급신청란에 적고 원천징수세액환급신청서를 내서 세무서에서 돌려받음 | 같은 항 단서, 제2항 |
간이세액표를 잘못 적용해 원천세를 많이 뗀 경우처럼 잘못 원천징수한 세액에도 같은 방법이 적용됩니다(같은 조 제3항). 다음 달 이후에도 원천세가 계속 생기는 사업장은 조정환급이 간단하고, 직원이 더 없거나 폐업 예정이라 뺄 세액이 없으면 환급신청이 맞습니다.
계산 예시
구분 | 금액 |
퇴사자 정산 결과 환급세액 | 30만 원 |
같은 달 다른 직원분 원천세 | 20만 원 |
당월 조정환급세액 | 20만 원 |
이번 달 납부할 원천세 | 0원 |
차월이월 환급세액 | 10만 원(다음 달 원천세에서 빼거나 환급신청) |
신고서에 적지 않고 덜 내면 무납부입니다
서식 작성방법은 조정환급 명세를 원천징수이행상황신고서에 적은 경우에만 조정을 인정합니다. 신고서에 적지 않고 환급받을 금액만큼 임의로 덜 내면 무납부로 처리되어 원천징수 등 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다. 환급세액은 반드시 신고서의 환급세액 조정란에 적어 넘깁니다.
실제로 많이 나오는 상황
상황. 직원 몇 명을 둔 사업장에서 한 직원이 월 중간에 퇴사했습니다. 마지막 달 급여에 포함해 지급한 수당 수십만 원이 원천세 신고에서 빠졌고, 두 달쯤 지나 급여대장과 신고 내역을 맞춰 보다가 이를 발견했습니다. 같은 달 퇴사 정산에서는 환급세액이 나왔는데, 이 금액을 어떻게 처리했는지도 기록이 분명하지 않았습니다.
사업주의 생각. 빠뜨린 원천세는 다음 달 신고 때 같이 넣어 내면 되는지, 아니면 따로 내야 하는지 궁금했습니다. 퇴사 정산에서 생긴 환급은 다음 달 원천세에서 빼면 되는지도 확신이 없었습니다.
판단 포인트. 수당은 이미 지급했으므로 추가 지급이 아니라 처음 신고분의 누락이고, 수정신고 대상입니다. 수정신고서는 원래 귀속·지급연월로 따로 내고, 차액은 수정신고하는 달에 제출하는 정기신고서의 A90란으로 옮겨 정리합니다. 수당을 더하면 퇴사자 정산 세액도 달라지므로 정산을 다시 계산해야 하고, 그 결과 환급세액이 줄어들 수 있습니다. 가산세 기간분은 납부일까지 계속 늘어나므로 정기신고를 기다리지 않고 납부서를 따로 작성해 먼저 냅니다.
이 상황에서 확인할 자료.
퇴사한 달 급여대장과 이체 내역: 실제 지급액과 신고된 지급액의 차이를 확정합니다.
당초 원천징수이행상황신고서: 수정 전 인원·총지급액·세액을 그대로 옮겨 적기 위해 필요합니다.
퇴사자 근로소득 원천징수영수증: 정산을 다시 계산해 결정세액과 환급세액이 어떻게 바뀌는지 확인합니다.
당시 환급세액 조정 내역(차월이월 환급세액): 환급을 이미 조정했는지, 얼마가 남아 있는지 확인합니다.
제출한 지급명세서: 수정 후 지급액과 같게 고쳐야 하는지 확인합니다.
결론. 수정신고서를 원래 연월로 제출하고, 늘어난 소득세와 지방소득세 차액을 바로 납부합니다. 차액은 이번 달 정기신고서 A90란에 옮겨 적어 신고서 금액을 맞추고, 바뀐 정산 결과로 지급명세서를 정정합니다. 환급세액이 줄었다면 차월이월 환급세액도 수정 후 금액으로 맞춥니다.
추가 예시: 퇴사자 환급을 신고서 없이 차감한 경우
퇴사자에게 환급금을 돌려준 뒤, 다음 달 원천세를 그 금액만큼 덜 냈지만 신고서의 환급세액 조정란에는 아무것도 적지 않은 경우입니다. 이 경우 덜 낸 금액은 무납부로 처리될 수 있으므로, 해당 월 신고서를 수정해 조정환급 명세를 적고 차이가 남으면 바로 납부합니다.
지급명세서도 같이 고쳐야 하는 경우
원천세 수정이 지급액·소득자·소득 구분의 변경에서 나왔다면 지급명세서도 같은 내용으로 고쳐 냅니다. 세액 계산만 틀리고 지급액은 맞았다면 지급명세서 금액은 그대로일 수 있습니다.
원천세를 고친 이유 | 지급명세서 |
지급한 급여·수당 누락 | 지급액 정정 필요 |
퇴사자 정산 재계산 | 결정세액 등 정정 필요 |
간이세액표 적용 착오(지급액은 정확) | 세액 항목 확인 |
제출한 지급명세서의 지급금액이 사실과 다르면 그 금액의 1%(일용근로소득은 0.25%)가 가산세 대상이 될 수 있습니다(소득세법 제81조의11 제1항 제2호). 원천세 수정신고와 같은 시점에 맞추는 것이 안전합니다.
지방소득세(특별징수분)도 같이 고칩니다
원천징수의무자는 원천징수하는 소득세의 10%를 개인지방소득세로 함께 특별징수하고, 징수한 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 지방자치단체에 내야 합니다. 소득세를 반기별로 납부하는 경우에는 반기 마지막 달의 다음 달 10일까지 냅니다(지방세법 제103조의13). 그래서 원천세 차액 40만 원이 생기면 지방소득세 차액 4만 원도 함께 생깁니다.
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지방소득세는 국세 신고서와 별도로 지방자치단체에 신고·납부하므로, 홈택스에서 원천세를 고친 것만으로 정리되지 않습니다.
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특별징수의무자의 정산 과정에서 누락이 생겨 세액이 적게 신고되었다면 지방소득세도 수정신고서를 내고, 늘어난 세액을 추가로 납부합니다(지방세기본법 제49조).
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고지 전에 늦게 내면 지방세기본법 제56조의 특별징수 납부지연가산세가 별도로 계산됩니다(3%와 일수 비례분, 두 금액 합계는 덜 낸 세액의 10% 한도). 고지 후에는 계산 방식이 달라지므로 지방자치단체의 고지 내용을 확인하십시오.
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환급이 생긴 경우에도 지방소득세 쪽 금액을 같은 기준으로 맞춰야 합니다.
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원천세를 늦게 내거나 명세서를 빠뜨리면 — 원천징수 관련 가산세 총정리: 원천징수 납부지연가산세와 지급명세서 가산세 전반을 정리한 글입니다.
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원천징수이행상황신고서 작성·제출 방법 — 매월 10일까지, 사업주가 꼭 알아야 할 것: 매월 정기신고서의 기본 작성 방법과 귀속월·지급월 구분을 다룹니다.
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중도퇴직자·이직자 연말정산 방법과 원천징수영수증 발급: 퇴사자 쪽에서 보는 정산 결과와 원천징수영수증 활용을 설명합니다.
관련 법령
1.
국세기본법 제45조·제45조의2 (수정신고, 경정 등의 청구)
→ 신고한 세액이 신고해야 할 세액보다 적거나 원천징수의무자의 정산 과정에서 소득을 누락한 경우, 세무서의 결정·경정 통지 전으로서 부과제척기간이 끝나기 전까지 수정신고할 수 있습니다. 원천징수영수증의 세액이 많았다면 지급명세서를 기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자가 연말정산세액 또는 원천징수세액 납부기한 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있습니다(제45조의2 제5항).
2.
국세기본법 제47조의5 (원천징수 등 납부지연가산세)
→ 원천징수세액을 기한까지 내지 않거나 적게 내면 3%와 일수에 따른 금액(하루 10만분의 22, 같은 법 시행령 제27조의4)을 더해 가산세로 하며, 두 금액 합계는 10%, 전체는 50%를 한도로 합니다. 고지서 납부기한까지도 내지 않으면 한 달마다 1만분의 67과 독촉비용이 더해지고(5년 한도), 고지서별·세목별 150만 원 미만이면 이 부분은 적용하지 않습니다.
3.
소득세법 제137조 (근로소득세액의 연말정산)
→ 퇴직자는 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 퇴직일까지의 소득으로 정산하고, 이미 뗀 세액이 정산 세액보다 많으면 그 초과액을 근로자에게 환급해야 합니다.
4.
소득세법 시행령 제201조·시행규칙 제93조 (연말정산 환급, 원천징수세액의 환급)
→ 연말정산으로 근로자에게 돌려줄 환급액은 원천징수의무자가 납부할 소득세에서 조정해 환급하고, 납부할 소득세가 없으면 재정경제부령에 따라 환급합니다. 시행규칙 제93조에 따라 환급액이 그달 납부할 원천세를 넘으면 다음 달 이후 원천세에서 조정하고, 환급신청을 하면 세무서가 초과액을 환급합니다. 잘못 원천징수한 세액에도 같은 방법을 적용합니다.
5.
지방세법 제103조의13 (특별징수의무)
→ 원천징수하는 소득세의 10%를 개인지방소득세로 함께 특별징수해 다음 달 10일까지(반기별 납부는 반기 마지막 달의 다음 달 10일까지) 납세지 관할 지방자치단체에 내야 합니다.
6.
지방세기본법 제49조·제56조 (수정신고, 특별징수 납부지연가산세)
→ 특별징수의무자의 정산 과정에서 누락 등이 생겨 세액이 적게 신고되었을 때 수정신고할 수 있고, 수정신고로 생긴 추가납부세액은 납부해야 합니다. 특별징수세액을 기한까지 내지 않거나 적게 내면 3%와 일수에 따른 금액을 더해 가산세로 하며, 고지 전 두 금액 합계는 덜 낸 세액의 10%를 한도로 합니다.
위 조문은 2026년 10월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
수정신고 차액과 퇴사자 환급이 한 달에 겹쳐 계산이 복잡하다면, 세무법인청년들과 급여대장·신고서를 함께 대조해 낼 금액과 돌려받을 금액을 먼저 확정하시기 바랍니다.
세무법인청년들 | 원문: