작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-09-22
임금대장은 근로자에게 주는 명세서가 아니라 사업주가 갖고 있는 서류입니다. 근로기준법은 3년, 국세는 원칙적으로 5년을 정하고 있고, 대장 총액이 원천징수이행상황신고서·지급명세서와 어긋나면 그 자리에서 무엇이 틀렸는지 가려야 합니다. 대장을 안 쓰거나 안 남긴 것은 과태료, 세액을 덜 낸 것은 가산세로 요건이 서로 다릅니다.
이 글은 2026년 8월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 가이드를 끝까지 읽으십시오.
급여명세서는 보내지만 사업장에 임금대장을 따로 두지 않는 분
3년이 지난 급여 자료를 지워도 되는지 확신이 없는 분
원천세 신고 금액과 실제 이체 금액이 다른 달을 본 적 있는 분
근로감독이나 퇴사 직원의 소급 청구에 대비할 서류가 무엇인지 궁금한 분
5인 미만이라 임금대장은 없어도 된다고 들은 분
명세서 교부 방법과 미교부 과태료는 이미 다른 글에 있습니다. 이 글은 사업주가 보관해야 하는 대장, 그 숫자의 보존, 그리고 원천세 신고 숫자와의 대조를 다룹니다.
주는 서류와 갖고 있는 서류
근로기준법 제48조는 한 조에 두 서류를 나란히 둡니다.
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방향: 명세서는 근로자에게 주는 서류이고, 대장은 사업주가 가지고 있는 서류입니다.
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시점: 명세서는 임금을 지급하는 때에 교부하고, 대장은 임금을 지급할 때마다 기재합니다.
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근거: 명세서는 제48조제2항, 대장은 제48조제1항입니다.
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과제: 명세서는 구성항목·계산방법·공제를 설명하는 것이고, 대장은 지급 사실을 남겨 나중에 입증하는 것입니다.
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전자: 명세서는 전자문서로 교부할 수 있고, 대장도 작성 매체가 종이로 한정되지 않습니다.
기재항목이 겹친다고 같은 서류가 아닙니다. 명세서는 그달 임금이 어떻게 나왔는지를 직원에게 보여 주는 쪽이고, 대장은 그 숫자가 사업장에 남아 근로감독·소급 청구·세무 소명에 대응하는 쪽입니다. 카카오톡으로 명세서를 보냈다면 교부 의무는 일단 이행한 것이고, 대장 작성·보존 의무는 그대로 남습니다.
5인 미만도 예외가 아닙니다. 시행령 별표 1의 제2장에는 제35조부터 제42조까지가, 제3장에는 제47조부터 제49조까지가 들어 있습니다. 제42조 보존과 제48조 작성이 모두 적용됩니다. 빠지는 것은 제56조 같은 가산 규정이지, 대장이 아닙니다.
대표 상황 예시: 명세서는 보냈고, 신고 숫자는 더 작다
상황. 상시 직원 3명을 둔 식당입니다. 매달 통장에서 합쳐 800만 원이 나갑니다. 직원에게는 메신저로 명세서를 보냅니다. 사업장에는 임금대장이 없습니다. 원천징수이행상황신고서에는 기본급만 모아 600만 원으로 적어 왔습니다.
사업주의 생각. "명세서는 줬고 원천세도 내고 있다. 대장이 따로 왜 필요한가. 3년 전 파일은 용량 때문에 지웠는데, 그게 문제가 되는가."
판단 포인트. 제48조제1항의 대장은 교부가 아니라 사업장별 작성입니다. 이체 800만 원과 신고 600만 원의 차이는 그달 대장에 남아 있어야 설명이 됩니다. 대장이 없으면 직원이 3년 치 차액을 청구할 때 반박 자료가 없고, 세무 쪽에서는 지급명세서 금액이 사실과 다른 분이 됩니다.
이 상황에서 확인할 자료.
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월별 임금대장(또는 같은 내용이 남는 급여 기록)과 그달 이체내역
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원천징수이행상황신고서의 근로소득 지급 총액
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간이지급명세서·연간 지급명세서의 소득자별 지급액
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명세서 교부 기록(교부와 보존은 별개입니다)
결론. 1년만 봐도 차액은 2,400만 원입니다. 지급명세서가 600만 원 기준으로 나가 있었다면, 사실과 다른 분의 100분의 1이 가산세 대상이 됩니다(소득세법 제81조의11제1항제2호가목). 그 차액에 대한 원천징수세액이 덜 걷혔다면 납부지연가산세가 따로 붙습니다(국세기본법 제47조의5). 이체를 먼저 맞추고 신고를 고치는 순서가 안전합니다.
보존기간이 두 개입니다
노동 쪽 보존기간은 짧고, 세무 쪽 보존기간은 깁니다.
근로기준법 제42조는 근로자 명부와 "대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류"를 3년간 보존하라고 정합니다. 시행령 제22조제1항제2호가 그 서류에 임금대장을 넣습니다. 기산점은 마지막으로 써 넣은 날입니다(같은 조 제2항제3호). 해마다 파일을 닫아 보관하면 그 파일의 마지막 기재일부터 셉니다. 한 장부에 계속 이어 쓰면 마지막 기재가 갱신될 때마다 기산점이 뒤로 밀립니다.
국세 장부와 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간의 법정신고기한이 지난 날부터 5년입니다(국세기본법 제85조의3제2항). 역외거래는 7년입니다. 이 5년·7년은 일반 원칙이고, 같은 항 단서는 국세기본법 제26조의2제3항에 해당하면 그 항이 정한 날까지 보존하도록 따로 정합니다. 근로기준법 3년이 끝났다고 그해 인건비 증빙을 지우면, 아직 남아 있는 국세 보존 의무를 같이 지우는 셈입니다.
두 보존기간을 나란히 놓으면 이렇게 다릅니다.
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무엇을 남기나: 노동 쪽은 임금대장 자체, 세무 쪽은 거래 장부와 증거서류입니다.
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몇 년: 노동 쪽은 3년, 세무 쪽은 5년(역외거래 7년)입니다.
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언제부터: 노동 쪽은 마지막 기재일부터, 세무 쪽은 해당 과세기간 법정신고기한이 지난 날부터입니다.
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없으면: 노동 쪽은 제42조·제48조 과태료와 소급 청구에 대한 반박 곤란, 세무 쪽은 필요경비 입증 곤란과 지급명세서·원천세 소명 곤란으로 이어집니다.
임금채권 시효도 3년입니다(근로기준법 제49조). 보존 3년과 시효 3년이 겹치도록 맞춰 둔 구조입니다. 시효가 끝나기 전에 대장을 버리면, 청구하는 쪽은 이체내역을 제시하는데 사업주는 내역별 금액을 제시하지 못합니다.
과태료도 작성과 보존이 다릅니다. 시행령 별표 7은 대장을 아예 안 쓴 1차를 30만 원, 기재사항을 일부 빠뜨린 1차를 20만 원으로 두고, 제42조 보존을 어긴 1차는 80만 원으로 더 높게 정합니다. 안 쓰는 것보다 썼다가 지우는 쪽이 더 무겁습니다.
대장이 없으면 소급을 숫자로 반박하지 못합니다
주휴수당·가산수당 글에서 소급은 '얼마를 더 주느냐'의 문제였습니다. 이 글의 소급은 '그 얼마를 무엇으로 증명하느냐'의 문제입니다.
근로감독관은 장부와 서류의 제출을 요구할 수 있습니다(근로기준법 제102조제1항). 이 권한은 별표 1 제11장에 있어 5인 미만에도 적용됩니다. 대장이 없으면 제48조 미작성과 제42조 미보존이 한꺼번에 문제가 됩니다. 둘 다 제116조제2항제2호의 과태료 대상입니다.
직원이 3년 치 미지급을 주장할 때도 출발점은 대장입니다. 대장이 있으면 지급한 항목과 빠진 항목을 항목별로 가릴 수 있습니다. 대장이 없고 이체 총액만 있으면, 기본급에 무엇을 포함했는지 사업주가 먼저 설명해야 합니다. 포괄임금으로 총액을 맞춰 두었더라도, 내역별 금액이 없으면 포함 범위를 복원하지 못합니다.
소급액을 나중에 한 달에 몰아 줄 때는 그달 원천징수이행상황신고서와 지급명세서에 그 금액이 올라가야 합니다. 대장에 소급 지급 줄을 남기지 않으면, 이체만 있고 신고는 예전 숫자가 되어 두 번째 불일치가 생깁니다.
원천세: 맞춰야 하는 숫자는 세 개입니다
가산수당 글의 원천세 쟁점은 달마다 금액이 달라져 간이세액이 바뀐다는 것이었습니다. 이 글의 쟁점은 금액 변동이 아니라 서류 세 장의 총액이 같은가입니다.
1.
그달 임금대장의 지급 총액
2.
원천징수이행상황신고서의 근로소득 지급액(소득세법 시행령 제185조제1항)
3.
간이지급명세서·지급명세서의 소득자별 지급액 합(소득세법 제164조, 제164조의3)
1과 2가 다르면 그달 원천징수세액이 과소이거나 과대일 수 있으니 어느 쪽이 틀렸는지부터 가립니다. 총액이 다르다는 사실만으로 과소납부가 확정되지는 않습니다. 실제로 원천징수해야 할 세액을 법정납부기한까지 덜 냈을 때 납부지연가산세가 붙습니다(국세기본법 제47조의5제1항). 1과 3이 다르면 지급금액이 사실과 다른 분에 해당할 수 있습니다. 근로소득 지급명세서는 다음 연도 3월 10일, 일용은 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일입니다(소득세법 제164조제1항).
포괄임금으로 총액만 맞춰 신고한 달은 항목을 나누어도 그달 세액이 달라지지 않습니다. 어긋나는 달은 대장에 없는 수당을 이체했거나, 이체하지 않은 금액을 신고에 넣었거나, 소급 차액을 한쪽에만 넣은 달입니다. 원천세 신고 방법을 설명하는 글이 이미 있으므로, 여기서는 그 신고서의 입력값이 대장 총액과 같아야 한다는 점만 짚습니다.
4대보험: 대장이 없으면 보수 자료가 불명확해집니다
주휴수당은 매달 비슷한 금액이고, 가산수당은 달마다 달라 어느 해를 기준으로 두느냐가 갈렸습니다. 임금대장에서 문제가 되는 것은 연간 합계를 어디서 복원하느냐입니다.
국민건강보험법 제70조제3항은 보수를 근로의 대가로 받는 금품으로 정하되, 실비변상적 성격의 금품은 제외합니다. 같은 항 후단은 보수 관련 자료가 없거나 불명확하면 보건복지부장관이 정하여 고시하는 금액을 보수로 본다고 정합니다. 사업주가 고를 수 있는 선택지가 아니라, 사유에 해당하면 그렇게 보는 구조입니다. 시행령 제33조제2항은 그 사유를 두 가지로 나눕니다. 자료가 없거나 불명확한 경우, 그리고 최저임금 등을 볼 때 자료의 신뢰성이 없다고 공단이 인정하는 경우입니다.
대장이 없고 이체 총액만 있으면 첫 번째 사유에 가깝습니다. 대장은 있는데 신고 보수만 기본급으로 낮춰 두었으면 두 번째 사유에 해당할 수 있습니다. 어느 쪽이든 정산은 원래 걷은 보험료와 다시 산정한 보험료의 차액을 반환하거나 추가로 징수합니다(시행령 제39조제1항). 그 재산정에 쓰는 보수를 실무에서 복원하는 자리가 그해 대장 합계입니다(조문이 대장 합계를 입력값으로 지정한 것은 아닙니다).
대장을 3년만 남기고 그 앞을 지운 사업장은, 노동 쪽 보존기간은 끝났어도 그해 보수총액 소명 자료가 비는 해가 생깁니다. 정기 정산이 끝난 뒤에도 퇴사 정산(시행령 제39조제2항)이나 뒤늦은 보수 확인에서 그 해의 자료를 다시 찾는 일이 생깁니다.
자주 하는 실수
1.
명세서를 보냈으니 대장은 필요 없다고 본다. 제48조제1항과 제2항은 별개 의무입니다.
2.
5인 미만이라 대장을 안 써도 된다고 본다. 별표 1에 제42조와 제48조가 있습니다.
3.
노동 쪽 3년이 끝났다고 세무 장부까지 지운다. 국세 보존은 5년입니다.
4.
이체내역을 대장 대신으로 둔다. 내역별 금액과 공제가 남지 않습니다.
5.
원천세 신고 총액만 맞추고 지급명세서 소득자별 금액은 다른 숫자로 낸다. 사실과 다른 분에 해당해 가산세 대상이 됩니다.
6.
소급 이체만 하고 그달 대장·신고서·명세서를 예전 숫자로 둔다. 불일치가 한 번 더 생깁니다.
함께 보면 좋은 글
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급여명세서 교부 의무와 미교부 시 불이익: 근로자에게 주는 명세서의 기재사항과 미교부 과태료를 이 글의 대장 의무와 구분해 볼 수 있습니다.
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원천징수이행상황신고서 작성·제출 방법: 대장 총액을 어느 칸에 옮겨 적는지, 다음 달 10일 기한을 확인할 수 있습니다.
•
지급명세서 제출 기한과 방법, 가산세 총정리: 대장과 어긋난 지급금액이 사실과 다를 때 붙는 가산세율을 이어서 볼 수 있습니다.
관련 법령
1.
근로기준법 제48조 (임금대장 및 임금명세서)
→ 사용자는 사업장별로 임금대장을 작성해 지급할 때마다 기재하고, 같은 시점에 근로자에게 임금명세서를 서면 또는 전자문서로 교부하여야 한다. 주는 서류와 갖는 서류를 한 조에서 나눈 근거이다.
2.
근로기준법 제42조 (계약 서류의 보존) · 같은 법 시행령 제22조
→ 임금대장을 포함한 근로계약 중요 서류를 3년간 보존하여야 하며, 임금대장의 기산점은 마지막으로 써 넣은 날이다. 작성 의무와 따로 있는 보관 의무이다.
3.
근로기준법 시행령 제7조 · 별표 1 · 별표 7 · 같은 법 제116조제2항제2호
→ 상시 4명 이하 사업장에도 제42조와 제48조가 적용된다. 과태료 상한은 500만 원이고, 별표 7은 대장 미작성 1차를 30만 원, 보존 위반 1차를 80만 원으로 나눈다. 이 과태료는 대장의 작성·보존 의무 위반에 대한 것이고, 세액을 덜 납부한 데 대한 가산세와는 요건이 다르다.
4.
국세기본법 제85조의3 (장부 등의 비치와 보존)
→ 납세자는 거래 장부와 증거서류를 해당 과세기간의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래 7년) 보존하여야 한다. 근로기준법 3년과 보존기간이 다른 세무 쪽 근거이다.
5.
소득세법 제128조제1항 · 같은 법 시행령 제185조 · 국세기본법 제47조의5
→ 원천징수세액은 다음 달 10일까지 납부하고 원천징수이행상황신고서를 제출한다. 이 조문들은 납부기한과 신고서 제출을 정할 뿐 세 서류의 총액 일치를 직접 정하지는 않는다. 실제로 원천징수할 세액을 덜 납부한 경우에 납부지연가산세 대상이 된다.
6.
소득세법 제164조 · 제164조의3 · 제81조의11제1항
→ 지급금액이 사실과 다르면 가산세를 낸다. 가목의 지급명세서는 그 분의 100분의 1이되 일용근로소득 지급명세서는 1만분의 25이고, 나목의 간이지급명세서는 1만분의 25이다. 대장 숫자와 명세서 숫자가 같아야 하는 이유이다.
위 조문은 2026년 8월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
임금대장은 명세서 교부와 별개로 사업주가 보관해야 하는 기록이며, 3년과 5년의 보존기간, 원천세 세 숫자를 맞추기 전이라면 세무법인청년들과 보관·대조 방법부터 정리하시기 바랍니다.
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