직원에게 남은 연차를 수당으로 정산해 줄 때, 연차수당은 근로소득이라 세금을 떼고 지급합니다. 지급한 달이 아니라 연차를 쓸 수 있었던 해가 귀속연도라는 점, 원천징수·연말정산 방법, 사업주 비용처리, 4대보험, 그리고 연차사용촉진으로 지급의무를 줄이는 방법까지 정리합니다.
작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-07-30
이 글은 2026년 7월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 가이드를 끝까지 읽으십시오.
연말·회계연도 말에 직원의 남은 연차를 수당으로 정산해 주려는 사업주
퇴직하는 직원의 잔여 연차를 마지막 급여에 얹어 지급하려는 분
연차수당에서 세금을 떼야 하는지, 뗀다면 얼마나 떼는지 헷갈리는 인사·급여 담당자
미사용 연차수당 지급 부담을 줄이는 방법(연차사용촉진)을 찾는 분
여름 휴가철은 상반기 연차 사용 현황을 점검하고, 남은 연차를 어떻게 소진시킬지 정하기 좋은 시기입니다. 지금 촉진 절차를 설계해 두면 연말 정산 부담을 미리 줄일 수 있습니다.
연차수당은 근로소득입니다
가장 먼저 확인할 것은 연차수당의 성격입니다. 소득세법은 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여를 근로소득으로 규정합니다(소득세법 제20조제1항제1호). 미사용 연차유급휴가에 대한 보상, 즉 연차수당은 근로의 대가로 받는 수당이므로 근로소득에 해당합니다.
근로소득이라는 결론에서 두 가지가 따라옵니다.
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지급하는 사업주는 근로소득 원천징수의무자로서 소득세를 원천징수해야 합니다(소득세법 제127조제1항제4호).
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받는 직원 입장에서는 그 해 근로소득에 합산되어 연말정산으로 최종 세액이 정해집니다.
연차수당을 세금 없이 통째로 주고 끝내는 것이 아니라, 급여와 똑같이 세금을 떼고 지급하는 것이 원칙입니다.
언제 소득으로 잡히나: 귀속연도는 돈이 나간 달이 아닙니다
가장 많이 어긋나는 대목입니다. 연차수당은 통장에서 돈이 빠져나간 달의 소득이 아닙니다.
세법은 근로소득의 수입시기를 '근로를 제공한 날'로 정합니다(소득세법 시행령 제49조제1항제1호). 언제 받았느냐가 아니라, 그 돈의 원인이 된 근로가 언제 있었느냐가 기준입니다.
이 원칙을 연차수당에 적용한 것이 국세청 해석입니다. 연차 유급휴가일에 근로를 제공하고 받는 연차수당의 수입시기는 '소정의 근로일수를 개근한 연도의 다음 연도'로 봅니다(사전-2020-법령해석소득-0263). 쉽게 말해 연차를 쓸 수 있었던 해가 귀속연도입니다.
예를 들어 보겠습니다. 직원이 2025년을 개근해 2026년에 연차가 생겼는데 다 쓰지 못했고, 회사가 2027년 1월에 그 미사용분을 수당으로 정산해 주었습니다. 돈은 2027년에 나갔지만 이 수당의 귀속연도는 2026년입니다. 따라서 2026년 근로소득에 넣어 2027년 2월 연말정산에서 정산합니다.
퇴직할 때 정산해 주는 연차수당은 따로 봅니다. 같은 해석은 퇴직할 때까지 지급받지 못한 수당의 귀속연도를 '조건이 성취되어 개인별 지급액이 확정되는 연도'로 정합니다. 즉 퇴사한 날이 속하는 과세기간의 근로소득이 됩니다.
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상황: 재직 중 미사용 연차를 수당으로 정산 / 귀속연도: 연차를 쓸 수 있었던 해(개근한 해의 다음 해) / 정산: 그 해 근로소득에 넣어 이듬해 2월 연말정산
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상황: 퇴직 시 잔여 연차를 정산 / 귀속연도: 퇴사일이 속하는 과세기간 / 정산: 퇴직하는 달에 연말정산(소득세법 제137조)
왜 이 구분이 중요한가. 귀속연도를 지급월 기준으로 잡아 버리면 그 해 근로소득 총액이 어긋나, 연말정산과 근로소득 지급명세서가 함께 틀어집니다. 나중에 바로잡으려면 수정 연말정산과 지급명세서 수정 제출이 따라옵니다.
한 가지 더. 퇴사자에게 남은 연차를 정산해 주면 퇴직금처럼 느껴져 퇴직소득으로 처리하려는 경우가 있습니다. 그러나 재직 중 근로의 대가로 쌓인 미사용 연차수당은 퇴직으로 지급 시기만 앞당겨질 뿐 성격은 근로소득입니다. 퇴직하는 달의 근로소득에 합산해 그 달에 연말정산(퇴직자 정산)을 합니다.
원천징수는 얼마나 하나
연차수당에 붙는 고정 세율이 따로 있는 것은 아닙니다. 그 달 급여에 연차수당을 더한 총액을 기준으로 근로소득 간이세액표를 적용해 원천징수합니다(소득세법 제134조제1항).
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평소 월급에 연차수당이 더해지면 그 달 과세대상 급여가 커지고, 간이세액표상 원천징수액도 그만큼 늘어납니다.
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이렇게 매월 뗀 세금은 어디까지나 미리 낸 세금(기납부세액)입니다. 최종 세액은 다음 해 2월분 급여를 줄 때 연말정산으로 정산하며, 이미 뗀 세액이 결정세액보다 많으면 그 초과분을 직원에게 환급합니다(소득세법 제137조).
간단히 말해 연차수당은 그 달 원천징수액을 키우지만, 진짜 세금은 연말정산에서 확정된다고 이해하면 됩니다.
대표 상황 예시: 회계연도 말, 남은 연차를 수당으로 정산
장면. 6월 말이 회계연도 결산 기준인 한 소규모 사업장입니다. 직원 한 명이 그 해 부여받은 연차 15일 중 5일을 쓰지 못한 채 기준일이 지났습니다. 사장님은 남은 5일분을 수당으로 계산해 6월 급여에 얹어 주기로 했습니다.
혼란. "이건 급여도 아니고 상여도 아닌데, 세금을 떼야 하나? 그냥 계산한 금액 그대로 통장에 넣어 주면 안 되나?"
판단 포인트. 연차수당은 근로소득입니다. 따라서 5일분 연차수당을 6월 급여에 합산한 총액을 기준으로 근로소득 간이세액표를 적용해 원천징수한 뒤 지급해야 합니다. 이 5일분은 6월 근로소득으로 잡히고, 다음 해 2월 연말정산에서 최종 정산됩니다. 사업주에게는 이 연차수당이 인건비로 비용 인정되지만, 원천징수와 지급명세서 신고가 뒷받침되어야 합니다.
이 상황에서 확인할 자료.
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연차 부여·사용 대장(발생 일수, 사용 일수, 미사용 일수)
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통상임금 또는 평균임금 기준의 1일치 연차수당 계산 근거
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해당 월 급여대장과 원천징수 내역
결론. 계산한 금액을 그대로 주면 안 됩니다. 그 달 급여에 합산해 세금을 뗀 뒤 지급하고, 매월 원천세 신고와 연말정산에 반영해야 뒤탈이 없습니다.
사업주의 비용처리: 손금과 필요경비
연차수당은 근로의 대가로 지급한 인건비이므로, 사업주에게는 비용으로 인정됩니다.
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법인은 사업과 관련하여 발생한 통상적인 비용으로 손금에 산입합니다(법인세법 제19조).
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개인사업자는 총수입금액에 대응하는 통상적인 비용으로 필요경비에 산입합니다(소득세법 제27조).
다만 비용으로 안전하게 인정받으려면 형식이 뒷받침되어야 합니다. 연차수당을 근로소득으로 원천징수하고, 매월 원천세를 신고하며, 연말정산 후 근로소득 지급명세서에 포함해 제출한 흐름이 있어야 합니다. 계산만 해서 현금으로 주고 원천징수·신고를 빠뜨리면, 떼지 않은 세액에 원천징수 납부지연 가산세가 붙고, 지급명세서 미제출 가산세까지 더해질 수 있습니다. 나아가 증빙이 약하면 실제로 지급했더라도 비용 부인 위험이 생깁니다. 인건비는 신고로 완성된다고 보는 것이 안전합니다.
4대보험은 어떻게 반영되나
연차수당은 근로의 대가이므로 4대보험 보수에도 대체로 포함됩니다. 건강보험·국민연금의 보수월액, 고용·산재보험의 보수에 산입되는 것이 원칙입니다. 즉 연차수당을 지급하면 그만큼 보수총액이 커져 보험료 정산에도 영향을 줍니다.
한 가지 주의할 점은 퇴직으로 비로소 발생하는 미사용 연차수당의 취급입니다. 재직 중 지급하는 연차수당과 퇴직 시점에 정산되는 연차수당은 4대보험 산입 기준에서 다르게 볼 여지가 있으므로, 큰 금액이거나 판단이 애매하면 건강보험공단·근로복지공단 기준과 세무대리인에게 확인하십시오.
지급의무 자체를 줄이는 방법: 연차사용촉진
세금을 정확히 떼는 것만큼 중요한 것이, 애초에 미사용 연차수당이 쌓이지 않게 하는 것입니다. 근로기준법은 연차사용촉진 제도를 두고 있습니다. 사용자가 정해진 시기에 직원에게 남은 연차 일수를 알려 주고 사용 시기를 정하도록 서면으로 촉구하는 등 법에서 정한 절차를 적법하게 밟았는데도 직원이 연차를 쓰지 않으면, 사용자는 그 미사용 연차에 대한 수당 지급의무를 면할 수 있습니다.
이것은 노무 영역의 절차이지만 세무·자금 관리와 바로 연결됩니다.
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지급할 연차수당이 줄면 그만큼 인건비 지출과 원천징수 대상 금액도 줄어듭니다.
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직원이 연차를 실제로 쉬면 휴식권도 보장되어, 노사 양쪽에 이롭습니다.
절차의 시기는 근로기준법 제61조가 날짜로 못박고 있습니다. 일반 연차는 사용기간이 끝나기 6개월 전을 기준으로 10일 이내에 사용자가 근로자별 미사용 일수를 알려 주고 사용 시기를 정해 통보하도록 서면으로 촉구해야 합니다. 근로자가 촉구를 받고 10일 이내에 사용 시기를 알려 주지 않으면, 사용자가 사용기간이 끝나기 2개월 전까지 사용 시기를 정해 근로자에게 서면으로 통보해야 합니다. 근속 1년 미만 근로자의 연차는 최초 1년의 근로기간이 끝나기 3개월 전(일부는 1개월 전) 기준으로 별도의 기한이 적용됩니다.
여름 휴가철은 상반기 연차 소진 현황을 확인하고 하반기 사용 계획을 촉진하기 좋은 시점입니다. 다만 위 시기·방식·서면 요건은 하나라도 어긋나면 촉진의 효력이 없어 지급의무가 그대로 남으므로, 도입 전에 노무 전문가와 절차를 확정하는 것이 안전합니다.
자주 하는 실수
1.
연차수당을 세금 없이 그대로 지급한다. 근로소득이므로 그 달 급여에 합산해 원천징수해야 합니다.
2.
퇴직자 연차수당을 퇴직소득으로 처리한다. 재직 중 쌓인 연차수당은 근로소득이며, 퇴직하는 달에 연말정산합니다.
3.
계산만 하고 원천세·지급명세서 신고를 빠뜨린다. 비용 인정과 4대보험 정산이 어긋날 수 있습니다.
4.
연차사용촉진 절차를 형식만 흉내 낸다. 법정 시기·서면 요건을 하나라도 놓치면 지급의무가 그대로 남습니다.
함께 보면 좋은 글
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상여금·성과급·명절상여 원천징수 — 세금 계산 방법과 비과세 오해: 연차수당과 같은 근로소득이면서 계산 방식이 다른 상여·성과급의 원천징수를 정리합니다.
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직원 급여, 사장님이 꼭 알아야 할 5가지: 급여 지급과 원천징수의 기본 흐름을 사업주 관점에서 짚어 줍니다.
관련 법령
1.
소득세법 제20조제1항제1호 (근로소득)
→ 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여를 근로소득으로 규정한다. 시행령이 연차수당을 따로 열거하지는 않지만, 미사용 연차유급휴가 보상인 연차수당은 이 '수당과 이와 유사한 성질의 급여'에 포섭된다.
2.
소득세법 시행령 제49조제1항제1호 (근로소득의 수입시기)
→ 급여의 수입시기를 '근로를 제공한 날'로 정한다. 연차수당의 귀속연도가 지급한 달이 아니라는 근거이며, 국세청은 이를 적용해 연차수당의 수입시기를 소정의 근로일수를 개근한 연도의 다음 연도로, 퇴직 시 미지급분은 지급액이 확정되는 연도로 해석한다(사전-2020-법령해석소득-0263).
3.
소득세법 제127조제1항제4호 (원천징수의무)
→ 국내에서 근로소득을 지급하는 자는 그 소득세를 원천징수해야 한다. 연차수당을 지급하는 사업주가 원천징수의무자가 된다.
4.
소득세법 제134조 (원천징수시기·방법) · 제137조 (근로소득세액의 연말정산)
→ 매월분 근로소득은 근로소득 간이세액표에 따라 원천징수하고, 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때 그 해 근로소득을 연말정산한다. 이미 원천징수한 세액이 결정세액을 초과하면 그 초과액을 근로자에게 환급한다.
5.
근로기준법 제61조 (연차 유급휴가의 사용 촉진)
→ 사용자가 법정 절차(사용기간 종료 6개월 전 기준 10일 이내 서면 촉구, 미통보 시 2개월 전까지 사용시기 지정 통보 등)를 밟았음에도 근로자가 휴가를 쓰지 않아 소멸한 경우, 사용자는 그 미사용 휴가에 대하여 보상할 의무가 없다.
6.
법인세법 제19조 (손금의 범위) · 소득세법 제27조 (사업소득의 필요경비의 계산)
→ 사업과 관련하여 지출한 통상적인 비용을 손금 또는 필요경비로 인정한다. 직원에게 지급한 연차수당은 인건비 성격의 비용으로 산입할 수 있다.
위 조문은 2026년 7월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
연차수당은 급여와 똑같이 세금을 떼고 지급해야 하며, 연차사용촉진을 미리 설계하면 지급 부담 자체를 줄일 수 있습니다. 정산 방법과 촉진 절차가 헷갈리면 세무법인청년들과 미리 점검하시기 바랍니다.
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