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치킨집·프랜차이즈 가맹점 사장님 세무 가이드 — 가맹비·로열티·본사 정산의 세금 처리

작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-07-11
결론부터 정리합니다. 가맹비·교육비·로열티는 부가세가 붙는 대가라서 세금계산서를 받으면 매입세액공제가 됩니다.
본사 일괄 정산 대금은 통장 입금액이 아니라 세금계산서·계산서 기준 총액으로 장부에 올려야 합니다.
배달앱 매출은 수수료를 빼기 전 총액으로 신고하고, 염지 생닭 같은 면세 재료는 의제매입세액공제로 부가세를 돌려받습니다.
이 글은 2026년 7월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.

나에게 해당하는가?

치킨·피자·버거·분식 등 프랜차이즈 가맹 계약을 맺고 매장을 운영하는 개인사업자다
개업할 때 가맹비·교육비를 냈고, 매달 로열티(월 사용료)를 낸다
원부자재를 본사(가맹본부)에서 일괄 공급받고 물류대금으로 정산한다
매출의 상당 부분이 배달앱(배달의민족·쿠팡이츠·요기요)에서 나온다
저녁·주말 아르바이트를 쓰는데 인건비를 어떻게 신고할지 헷갈린다
창업을 준비 중이라 간이과세와 일반과세 중 무엇으로 시작할지 고민이다

대표 상황 예시

직장을 그만두고 치킨 프랜차이즈 가맹점을 연 사장님이 있습니다. 개업하며 가맹비 1천만 원대와 교육비를 본사에 냈고, 인테리어와 튀김기에도 큰돈이 들어갔습니다. 영업을 시작하니 매주 본사에서 염지 생닭·파우더·기름·포장 박스가 들어오고, 물류대금은 정해진 날 통장에서 한꺼번에 빠져나갑니다. 매출의 7할은 배달앱 주문이고, 앱에서는 수수료를 뗀 금액만 입금됩니다. 첫 부가세 신고를 앞두고 사장님은 막막해집니다. 가맹비에 붙은 부가세는 돌려받는 것인지, 생닭에는 왜 세금계산서가 아니라 계산서가 오는지, 매출은 통장에 들어온 금액으로 적으면 되는지 알 수 없기 때문입니다.
이 상황에서의 판단 포인트는 세 가지입니다. 첫째, 본사에 낸 돈(가맹비·교육비·로열티)은 부가세 매입세액공제 대상인지 항목별로 가립니다. 둘째, 본사 정산 대금은 세금계산서(과세분)와 계산서(면세분)로 나눠 총액 기준으로 장부에 올립니다. 셋째, 배달앱 매출은 입금액이 아니라 총 주문금액으로 신고합니다. 아래에서 하나씩 짚어 보겠습니다.

1. 사업자등록과 업종코드: 치킨 전문점은 552107

치킨 전문점의 국세청 업종코드는 552107입니다. 업종코드는 단순한 분류표가 아니라, 국세청이 신고 안내자료를 보내는 기준이자 경비율(단순경비율·기준경비율) 적용의 기준이 됩니다. 코드가 실제 영업과 다르면 비교 대상 자체가 어긋나므로 개업 시 정확히 등록해야 합니다.
조회 방법: 홈택스 로그인 후 세금신고 → 신고도움 자료 조회 → 기준·단순경비율(업종코드) 메뉴에서 검색할 수 있습니다.
주류 비중이 크면 다릅니다: 치킨과 생맥주를 함께 팔더라도 주된 영업이 무엇인지에 따라 분류가 갈립니다. 주류 판매가 중심인 호프형 매장은 주점업 코드로 분류될 수 있으므로, 실제 영업 형태를 기준으로 판단합니다.
등록 시점이 중요합니다: 사업자등록 신청 전의 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않습니다. 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우에만 소급해 공제됩니다(부가가치세법 제39조제1항제8호). 인테리어 계약서에 도장을 찍기 전에 사업자등록부터 하는 것이 안전합니다.

2. 가맹비·교육비·로열티는 전부 부가세가 붙는 대가입니다

본사에 내는 돈은 성격이 제각각이라 세금 처리도 갈립니다. 공통 원칙은 하나입니다. 가맹본부가 제공하는 상호 사용권·노하우·교육은 부가가치세가 과세되는 용역이므로, 그 대가에는 부가세가 붙고 세금계산서를 받으면 매입세액공제가 됩니다.
가맹비(가입비, 반환 안 됨): 부가세 과세(매입세액공제 가능) · 증빙 세금계산서 · 한 해에 전액이 아니라 가맹계약기간에 걸쳐 나누어 비용처리하는 것이 원칙
가맹보증금(계약 종료 시 반환): 부가세 과세 대상 아님 · 증빙 계약서·입금 내역 · 비용 아님, 돌려받을 자산(보증금)
교육비: 부가세 과세(매입세액공제 가능) · 증빙 세금계산서 · 지급한 해의 비용
로열티(월 사용료·매출 연동): 부가세 과세(매입세액공제 가능) · 증빙 세금계산서 · 지급수수료로 그달의 비용
두 가지를 특히 조심해야 합니다. 첫째, 반환되는 가맹보증금을 비용으로 넣으면 안 됩니다. 돌려받을 돈은 경비가 아니라 자산입니다. 둘째, 반환되지 않는 가맹비는 개업 첫해에 한꺼번에 털고 싶어도 계약기간(예: 3년, 5년)에 걸쳐 나누어 비용처리하는 것이 원칙입니다. 계약서상 기간·갱신 조건에 따라 처리가 달라지므로 금액이 크면 세무대리인에게 확인하십시오.

3. 본사 일괄 정산은 통장 입금액이 아니라 증빙 총액으로

프랜차이즈 세무에서 사고가 가장 잦은 지점이 본사 정산 구조입니다. 물류대금·로열티·광고비 분담금이 한 장의 정산서로 합산되어 오가다 보니, 통장에서 빠져나간 금액이나 입금된 순액만 장부에 적기 쉽습니다. 이렇게 하면 매출은 줄어들고 매입 증빙은 비어서, 매출 누락과 공제 누락이 동시에 생깁니다.
정산서는 보조자료입니다: 부가세 공제와 경비 인정의 근거는 품목별로 발행되는 세금계산서와 계산서입니다. 매월 정산서 합계와 수취 증빙 합계를 대조하십시오.
물류대금은 과세와 면세가 섞여 있습니다: 염지 생닭 같은 미가공 축산물은 면세라서 계산서가 오고, 파우더·소스·튀김기름·포장 박스 같은 과세 품목은 세금계산서가 옵니다. 같은 날 함께 들어온 물건이라도 증빙 종류가 다른 것이 정상입니다.
상계·순액 입금 구조라도 총액으로 계상합니다: 매출대금에서 물류대금을 차감하고 입금하는 방식이라면, 장부에는 매출 총액과 매입 총액을 각각 올려야 합니다. 순액만 적으면 부가세 신고 매출이 국세청이 수집한 카드·현금영수증 자료보다 작아져 소명 대상이 됩니다.
광고비 분담금도 챙깁니다: 본사가 가맹점에 청구하는 광고·판촉 분담금도 세금계산서를 받으면 매입세액공제와 비용처리가 됩니다.

4. 생닭은 면세, 의제매입세액공제로 돌려받습니다

면세로 매입한 원재료에는 부가세가 없어서 공제받을 매입세액도 없습니다. 이 불균형을 메우는 제도가 의제매입세액공제입니다. 면세 농축수산물을 원재료로 과세되는 음식을 만들어 팔면, 매입가액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로 간주해 공제해 줍니다(부가가치세법 제42조). 치킨집은 원재료의 중심인 생닭이 면세라 이 공제의 효과가 큽니다.
음식점업(개인), 과세표준 2억 원 이하: 공제율 9/109 (2026년 12월 31일까지)
음식점업(개인), 과세표준 2억 원 초과: 공제율 8/108
음식점업(법인): 공제율 6/106
공제는 무한정 되지 않고 과세표준에 한도율을 곱한 범위 안에서만 가능합니다. 2027년 12월 31일까지 음식점업 개인사업자의 한도율은 과세표준 1억 원 이하 75%, 1억 원 초과 2억 원 이하 70%, 2억 원 초과 60%입니다(부가가치세법 시행령 제84조).
공제를 받으려면 요건이 세 가지입니다. 첫째, 계산서나 사업용 신용카드매출전표 같은 적격증빙으로 매입해야 합니다. 둘째, 부가세 신고 때 의제매입세액 공제신고서를 함께 제출해야 합니다. 셋째, 면세 원재료(생닭 등)와 과세 매입(음료·소스·포장재 등)을 구분해 집계해야 합니다. 과세 매입분은 의제매입이 아니라 일반 매입세액공제 대상입니다.

5. 배달앱 매출은 총액으로 신고합니다

배달 비중이 큰 치킨집에서 가장 흔한 실수가 배달앱 입금액을 매출로 적는 것입니다. 부가세 신고 매출은 수수료를 빼기 전 총 주문금액입니다.
1.
매출: 배달앱 주문도 전액 과세표준에 포함합니다. 고객이 앱에서 카드로 결제하면 그 금액이 카드·현금영수증 매출 자료로 국세청에 집계되므로, 순액으로 신고하면 자료 불일치로 바로 드러납니다.
2.
수수료: 중개수수료·결제수수료·배달대행료는 비용이자 매입세액공제 대상입니다. 배달앱과 배달대행사에서 매월 세금계산서를 받아 정산내역과 함께 보관하십시오.
3.
대사: 신고 전에 홈택스 신고도움 자료의 카드·현금영수증 매출과 포스(POS)·배달앱 정산 자료를 맞춰 보면 누락을 예방할 수 있습니다.

6. 카드·현금영수증 발행 세액공제는 2026년까지 1.3%

음식점업처럼 주로 소비자를 상대하는 개인사업자는 신용카드매출전표·현금영수증을 발행한 금액의 일정 비율을 부가세 납부세액에서 공제받습니다(부가가치세법 제46조).
공제율: 발행금액의 1%이지만, 2026년 12월 31일까지는 1.3%가 적용됩니다.
한도: 연간 500만 원이지만, 2026년 12월 31일까지는 연간 1,000만 원입니다.
제외: 법인사업자와 직전 연도 매출(공급가액)이 일정 기준을 넘는 개인사업자는 공제 대상이 아닙니다.
카드 결제 비중이 높은 치킨집에서는 이 공제만으로 납부세액이 크게 줄어드는 경우가 많습니다. 배달앱을 통한 카드·전자결제분도 일반적으로 발행 실적에 포함되지만, 정산 자료에서 집계 방식을 확인하는 것이 안전합니다.

7. 아르바이트 인건비는 일용근로 신고가 기본입니다

저녁·주말에 짧게 일하는 알바는 대부분 일용근로자로 신고합니다. 일용근로소득은 다음과 같이 계산합니다.
1일 15만 원 공제: 일용근로자는 하루 15만 원의 근로소득공제가 적용되어(소득세법 제47조제2항), 일당 15만 원 이하면 과세할 소득 자체가 없습니다.
세율 6% + 세액공제 55%: 15만 원을 넘는 부분에 6% 세율을 적용하고(소득세법 제129조제1항제4호), 산출세액의 55%를 공제합니다(소득세법 제59조제3항). 원천징수세액이 1천 원 미만이면 걷지 않는 소액부징수까지 적용하면(소득세법 제86조), 일당 18만 7,000원까지는 실제로 떼는 세금이 없습니다.
지급명세서는 매월: 세금이 없어도 일용근로소득 지급명세서를 지급한 달의 다음 달 말일까지 매월 제출해야 합니다(소득세법 제164조). 고용·산재보험 근로내용확인신고도 매월 별도로 제출합니다.
고정 스케줄로 계속 일하는 직원은 일용이 아니라 상용근로자로 보아 근로소득 원천징수와 4대보험 가입 대상입니다. 편하다는 이유로 3.3% 사업소득으로 처리하면, 실질이 근로자일 경우 나중에 4대보험과 퇴직금이 소급 추징될 수 있습니다. 형식이 아니라 실질로 판단한다는 점을 기억하십시오. 인건비는 원천세 신고와 지급명세서 제출이 되어 있어야 종합소득세에서 비용으로 안전하게 인정됩니다.

8. 부가세 신고 주기, 내 과세유형부터 확인합니다

부가가치세 과세기간은 일반과세자는 반기별(제1기 1월 1일–6월 30일, 제2기 7월 1일–12월 31일), 간이과세자는 1년 단위(1월 1일–12월 31일)입니다(부가가치세법 제5조).
일반과세자(개인): 7월 25일 / 다음 해 1월 25일 — 반기별 확정신고 연 2회 (부가가치세법 제49조)
일반과세자(개인) 예정고지: 4월 25일 / 10월 25일 — 직전 과세기간 납부세액의 50% 고지. 50만 원 미만이면 고지 없음 (제48조)
간이과세자: 다음 해 1월 25일 — 연 1회 확정신고 (제67조)
간이과세자 예정부과: 7월 25일 — 직전 과세기간 납부세액의 50% 고지. 50만 원 미만이면 고지 없음 (제66조)
간이과세 기준: 직전 연도 공급대가 합계가 1억 400만 원 미만인 개인사업자는 간이과세를 적용받을 수 있습니다(부가가치세법 제61조, 같은 법 시행령 제109조). 음식점업 간이과세자의 부가가치율은 15%라서(같은 법 시행령 제111조) 납부세액이 공급대가의 1.5% 수준으로 계산됩니다.
납부의무 면제: 간이과세자는 해당 과세기간 공급대가가 4,800만 원 미만이면 납부의무가 면제됩니다(부가가치세법 제69조). 이 경우에도 신고는 해야 합니다.
창업 초기 선택: 인테리어·튀김기·집기 매입세액이 큰 개업 첫해에는 간이과세보다 일반과세자로 등록해 환급받는 편이 유리할 수 있습니다. 초기 투자 규모와 매출 전망을 함께 놓고 판단하십시오.

치킨집·가맹점 사장님 체크리스트

가맹비·교육비·로열티 세금계산서를 빠짐없이 받아 매입세액공제에 반영했는가
반환되는 가맹보증금을 비용으로 잘못 넣지 않았는가
본사 정산서 합계와 수취한 세금계산서·계산서 합계를 매월 대조하고 있는가
염지 생닭 등 면세 매입분 계산서로 의제매입세액공제를 신청했는가
배달앱 매출을 수수료 차감 전 총액으로 신고하고, 수수료 세금계산서를 챙겼는가
알바 일용근로소득 원천세 신고와 지급명세서 제출을 매월 하고 있는가
내 과세유형(간이/일반)과 신고 일정(1월·7월, 예정고지 4월·10월)을 달력에 적어 두었는가

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관련 법령

1.
부가가치세법 제42조 (면세농산물등 의제매입세액 공제특례)
→ 면세 농축수산물을 원재료로 과세 재화·용역을 공급하는 사업자가 매입가액에 공제율(음식점업 개인 9/109 또는 8/108, 법인 6/106)을 곱한 금액을 매입세액으로 공제하도록 정한 조문입니다.
2.
부가가치세법 시행령 제84조 (의제매입세액 계산)
→ 의제매입세액의 공제 한도를 정합니다. 2027년 12월 31일까지 음식점업 개인사업자는 과세표준 1억 원 이하 75%, 1억 원 초과 2억 원 이하 70%, 2억 원 초과 60%가 한도이며, 계산서합계표 등 증빙 제출 의무도 규정합니다.
3.
부가가치세법 제46조 (신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등)
→ 소비자 상대 업종 개인사업자가 신용카드매출전표·현금영수증을 발행하면 발행금액의 1%(2026년 12월 31일까지 1.3%)를 연 500만 원(2026년 12월 31일까지 1,000만 원) 한도로 납부세액에서 공제하도록 정한 조문입니다.
4.
부가가치세법 제61조 (간이과세의 적용 범위)
→ 직전 연도 공급대가 합계가 시행령 제109조에서 정한 1억 400만 원 미만인 개인사업자를 간이과세자로 정하여, 치킨집 창업 시 과세유형 판단의 기준이 됩니다.
5.
부가가치세법 제49조 (확정신고와 납부)
→ 사업자가 각 과세기간의 과세표준과 납부세액을 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 신고·납부하도록 정한 조문으로, 일반과세자의 7월 25일·1월 25일 신고 기한의 근거입니다.
6.
소득세법 제129조 (원천징수세율)
→ 일용근로소득 6%, 원천징수대상 사업소득 3% 등 알바·직원에게 지급하는 소득의 원천징수세율을 정한 조문으로, 가맹점 인건비 신고의 근거가 됩니다.
위 조문은 2026년 7월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
가맹점 세무는 본사 정산 구조를 증빙으로 풀어내는 데서 시작되며, 세무법인청년들이 그 흐름을 함께 정리해 드립니다.