작성·감수: 세무법인청년들 이규상 세무사 · 최종 검토 2026-07-11
요양원·방문요양 등 장기요양급여는 부가가치세가 면세라, 급여비에 부가세가 붙지 않고 부가세 신고·납부 의무도 없습니다.
대신 매년 2월 10일까지 '사업장 현황신고'로 한 해 매출을 신고합니다.
공단급여비·본인부담금 모두 면세지만, 요양보호사 인건비 원천세와 비급여(식대·상급침실료) 처리는 별도로 챙겨야 합니다.
이 글은 2026년 7월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글이 도움이 됩니다.
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노인요양시설(요양원)을 운영하거나 개원을 준비 중인 사업자
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방문요양·방문목욕·주야간보호 등 재가장기요양기관(센터)을 운영하는 대표
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시·군·구청에서 장기요양기관 지정을 받았거나 받으려는 분
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매달 국민건강보험공단에서 급여비를 받는데 부가가치세 신고를 해야 하는지 헷갈리는 분
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요양보호사·사회복지사 인건비의 세금 처리와 4대보험을 정리하고 싶은 분
실제로 많이 나오는 상황
작은 방문요양센터를 처음 연 대표님이 첫 달 매출이 잡히자 이렇게 물어옵니다. "공단에서 급여비가 들어오고 어르신 댁에서 본인부담금도 받는데, 여기에 부가세를 얼마나 얹어서 세금계산서를 끊어야 하나요? 부가세 신고는 언제 하죠?"
결론부터 말하면, 얹을 부가가치세가 없습니다. 장기요양급여는 면세라서 급여비에 부가세가 붙지 않고, 세금계산서도 발행하지 않습니다. 부가가치세 확정신고(1월·7월)도 하지 않습니다. 대신 매년 2월에 '사업장 현황신고'로 매출을 신고하고, 소득에 대한 종합소득세만 5월에 신고합니다.
이 상황에서 확인할 자료는 세 가지입니다.
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장기요양기관 지정서(면세 요건의 전제)
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공단 급여비 청구·지급 내역과 본인부담금 수납 내역(사업장 현황신고 수입금액)
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요양보호사 급여대장과 4대보험·원천세 신고 내역(인건비 처리)
장기요양급여는 왜 부가가치세가 면세인가
부가가치세는 '재화·용역의 공급'에 붙는 세금이지만, 국민 복지와 직결되는 의료보건 용역은 면세로 정하고 있습니다. 장기요양급여는 이 면세 의료보건 용역에 포함됩니다.
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부가가치세법 제26조제1항제5호: 의료보건 용역은 부가가치세 면세
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부가가치세법 시행령 제35조제14호: 장기요양기관이 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동 지원 또는 간병 용역을 면세 의료보건 용역으로 명시
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노인장기요양보험법 제2조·제23조: 장기요양급여의 정의와 종류(재가급여·시설급여) 규정
즉 면세의 핵심 요건은 두 가지입니다. 첫째, 지정받은 장기요양기관이어야 하고(노인장기요양보험법 제31조), 둘째, 장기요양인정을 받은 수급자에게 급여를 제공해야 합니다. 이 두 요건을 충족하는 급여 매출은 공단부담금이든 본인부담금이든 전부 면세입니다.
장기요양급여의 종류와 면세 대상 확인
노인장기요양보험법 제23조는 급여를 아래와 같이 나눕니다. 아래에 해당하는 급여는 시설형·재가형을 가리지 않고 면세입니다.
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재가급여: 방문요양, 방문목욕, 방문간호, 주·야간보호, 단기보호, 기타재가급여
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시설급여: 요양원 등 장기요양기관에 장기 입소한 수급자에게 제공하는 급여
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특별현금급여: 가족요양비, 특례요양비, 요양병원간병비
방문요양센터를 하든 요양원을 하든, 제공하는 서비스가 위 재가급여·시설급여에 해당하면 부가가치세 면세라는 결론은 같습니다.
내 사업은 면세사업자인가, 간이과세자인가
여기서 많이 혼동합니다. 간이과세자는 연 매출이 일정 규모 이하인 '과세사업자'를 말합니다. 반면 장기요양기관은 매출이 아무리 작아도 애초에 면세 용역을 공급하므로 면세사업자로 분류됩니다.
면세사업자(요양기관) vs 간이과세자 비교
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부가가치세 — 면세사업자: 납부 의무 없음 / 간이과세자: 낮은 세율로 납부
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부가세 신고 — 면세사업자: 없음(사업장 현황신고로 대체) / 간이과세자: 연 1회(1월)
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발행 서류 — 면세사업자: 계산서·영수증 / 간이과세자: 영수증(일정 요건 시 세금계산서)
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매입세액 공제 — 면세사업자: 불가(원가 산입) / 간이과세자: 제한적 공제
따라서 "우리 센터는 매출이 작으니 간이과세로 등록하면 되나요?"라는 질문 자체가 성립하지 않습니다. 급여 매출만 있다면 면세사업자이며, 간이·일반 구분은 적용되지 않습니다.
본인부담금과 공단부담금의 세금 처리
장기요양급여비는 국민건강보험공단이 부담하는 부분(공단부담금)과 수급자가 부담하는 부분(본인부담금)으로 나뉩니다. 둘 다 면세라는 점이 핵심입니다.
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재가급여: 본인부담 15%, 나머지 공단부담(노인장기요양보험법 시행령 제15조의8)
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시설급여: 본인부담 20%, 나머지 공단부담
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의료급여 1종 수급자 등은 본인부담금 면제(노인장기요양보험법 제40조제2항)
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저소득층 등은 본인부담금의 60% 범위에서 감경(노인장기요양보험법 제40조제4항)
세무상으로는 공단부담금과 본인부담금을 합한 총 급여비가 그 해의 면세 수입금액이 되며, 2월 사업장 현황신고와 5월 종합소득세 신고의 매출 기준이 됩니다.
비급여(식대·상급침실료)는 면세인가 과세인가
실무에서 가장 판단이 갈리는 지점입니다. 급여 범위 밖의 비급여 항목은 수급자가 전액 부담합니다(노인장기요양보험법 제40조제3항).
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급여에 통상 부수되는 것(예: 시설 입소자에게 제공하는 식사·간식): 부가가치세법 제26조제2항에 따라 면세 급여에 부수되어 함께 면세로 보는 것이 일반적입니다.
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급여와 무관한 별도의 재화·용역 판매: 요양 용역의 부수 범위를 벗어나면 과세 대상이 될 수 있습니다.
상급침실료(1인실 추가금)처럼 항목 성격이 애매한 비급여는 "요양 용역에 통상 부수되는가"를 기준으로 판정합니다. 비급여 매출 비중이 크거나 성격이 불분명하면 과세·면세 겸영 여부까지 달라지므로, 항목별로 세무대리인과 확인하시기 바랍니다.
요양보호사 인건비의 원천세와 4대보험
요양기관은 인건비 비중이 매우 높은 사업입니다. 면세사업자라도 직원 인건비의 원천징수 의무는 그대로 있습니다.
요양보호사·사회복지사 급여: 근로소득 간이세액표로 매월 소득세·지방소득세 원천징수(소득세법 제127조)
원천징수한 세금은 다음 달 10일까지 신고·납부(반기별 납부 승인 시 반기 단위)
4대보험(국민연금·건강보험·고용보험·산재보험) 취득·상실 신고 및 보수월액 정산
연말정산(다음 해 2월 급여 지급 시)과 지급명세서 제출
단시간·대체 인력은 일용근로 또는 단시간근로로 구분해 처리
인건비 자체에는 부가가치세가 없으므로 매입세액 개념이 없습니다. 다만 시설 임차료·비품·차량 등 과세 매입의 부가세는 면세사업자라 공제받지 못하고 원가로 반영된다는 점을 인건비와 함께 원가 계획에 넣어야 합니다.
부가세 신고 대신 '사업장 현황신고'
면세사업자는 부가가치세 확정신고를 하지 않는 대신, 매년 그 전 해의 매출을 정리해 신고합니다.
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신고 이름: 사업장 현황신고(소득세법 제78조)
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기한: 다음 해 2월 10일까지
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신고처: 사업장 관할 세무서(홈택스 전자신고 가능)
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신고 내용: 업종별 수입금액(공단급여비 + 본인부담금), 인적사항 등
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홈택스 경로: 홈택스 로그인 → 세금신고 → 사업장 현황신고 → 정기신고
과세·면세를 함께 하는 겸영사업자라면, 부가가치세 신고 때 면세 수입금액을 함께 신고하면 별도의 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다(소득세법 제78조제1항제2호 단서). 이후 5월에는 종합소득세를 신고합니다.
현금흐름 관리에서 놓치기 쉬운 포인트
요양사업은 매출 구조상 현금흐름 관리가 중요합니다.
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공단급여비는 청구 후 심사를 거쳐 지급되므로, 서비스 제공 시점과 입금 시점 사이에 시차가 있습니다.
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반면 요양보호사 인건비·임차료·원천세·4대보험은 매월 고정적으로 나갑니다.
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면세사업자라 매입 부가세를 돌려받지 못하므로, 초기 시설 투자와 비품 구입 시 부가세만큼을 원가로 미리 잡아야 합니다.
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본인부담금 미수금(어르신 댁에서 늦게 받는 금액) 관리가 곧 운전자금 관리입니다.
이 시차를 감안해 최소 1–2개월치 인건비에 해당하는 운전자금을 확보해 두면 급여 지급 리스크를 줄일 수 있습니다.
개원·운영 체크리스트
시·군·구청에서 장기요양기관 지정을 받았는가(면세·급여청구의 전제)
사업자등록 시 면세사업자로 정확히 등록했는가
급여 매출에 부가세를 붙이지 않고 계산서·영수증으로 처리하는가
매년 2월 10일 사업장 현황신고 일정을 관리하는가
요양보호사 급여의 매월 원천세·4대보험을 이행하는가
비급여 항목의 과세·면세 성격을 항목별로 정리했는가
과세 매출이 생겼다면 겸영사업자 전환·부가세 신고를 검토했는가
관련 법령
1.
부가가치세법 제26조제1항제5호 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
→ 의료보건 용역을 부가가치세 면세로 규정하며, 장기요양급여 면세의 상위 근거가 됩니다.
2.
부가가치세법 시행령 제35조제14호 (면세하는 의료보건 용역의 범위)
→ 장기요양기관이 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동 지원 또는 간병 용역을 면세 대상으로 명시합니다.
3.
부가가치세법 제26조제2항 (부수 용역의 면세)
→ 면세되는 용역에 통상적으로 부수되는 재화·용역의 공급도 함께 면세로 봅니다. 급여에 부수되는 식사 제공 등의 판단 근거입니다.
4.
노인장기요양보험법 제23조 (장기요양급여의 종류)
→ 방문요양·방문목욕·주야간보호 등 재가급여와 시설급여의 범위를 정합니다. 면세 대상 급여인지 판단하는 기준입니다.
5.
노인장기요양보험법 제40조 (본인부담금)
→ 본인부담 원칙(재가 15%·시설 20%), 의료급여 수급자 면제, 저소득층 감경, 비급여 전액 본인부담을 규정합니다.
6.
소득세법 제78조 (사업장 현황신고)
→ 면세사업자가 다음 해 2월 10일까지 수입금액 등을 신고하도록 하는 의무의 근거입니다.
위 조문은 2026년 7월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
요양·방문요양처럼 면세와 인건비가 함께 얽히는 사업은 초기 구조를 잡을 때 방향이 정해지므로, 세무법인청년들과 같은 전문가와 개원 단계에서 한 번 정리해 두시길 권합니다.