실물 없는 매입세금계산서 한 장이 부가세에서 끝나지 않고 법인세와 대표 개인 세금까지 어떻게 번지는지, 한 제조법인의 정리 기록으로 풀어봅니다.
이 글은 2026년 6월 기준 현행 세법(부가가치세법·법인세법·국세기본법·조세범처벌법)에 따른 일반 안내이며, 개별 사안은 거래 실재성·귀속에 따라 결과가 달라질 수 있습니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당한다면 이 글이 도움이 됩니다.
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결산을 앞두고 이익이 너무 많이 나와 걱정이 되는데, 지인이나 거래처로부터 "매입을 좀 만들어 줄 수 있다"는 제안을 들은 적이 있습니다.
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외주가공·원자재 매입 비중이 높아 세금계산서를 많이 받는 업종을 영위하며, 협력업체 중 일부의 거래 신뢰성이 의심스럽습니다.
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거래하던 매입처가 세무당국에 의해 자료상으로 적발됐고, 해당 거래의 실거래 여부를 소명하라는 통지를 받았습니다.
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과거에 매입세금계산서를 받아 매입세액을 공제받았는데, 그 공급자와 실제로 물건이나 용역이 오갔는지 계좌·서류로 확인하기 어렵습니다.
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세금계산서만 받으면 부가세만 뱉으면 된다고 알고 있었는데, 법인세나 대표 개인 세금까지 추징될 수 있다는 이야기를 들었습니다.
도입: 결산 앞두고 받은 한 장
수도권의 한 중소 제조법인 이야기입니다. 연 매출이 수십억 원대이고 직원이 10명 안팎인 이 회사는 원자재와 외주가공 비중이 높은 업종이라 매입 세금계산서를 많이 받아 왔습니다. 어느 해 결산을 앞두고 이익률이 예상보다 높게 나왔고, 대표이사는 법인세가 상당히 나올 것 같아 걱정이 됐습니다.
그때 거래처를 통해 알게 된 한 매입처가 눈에 들어왔습니다. 실제로 원자재를 납품받지는 않았지만, 그 매입처에서 매입 세금계산서 몇 장을 받아 장부에 반영했습니다. 공급가액 합계는 약 1억 원대로 라운딩한 수치입니다. 부가세 신고 때 그 매입세액(약 1천만 원대)을 공제받았고, 법인세 신고 때도 같은 금액을 매입원가(손금)로 처리했습니다. 그해 납부세액이 줄었고, 당장은 아무 문제도 드러나지 않았습니다.
대표이사가 당시 품었던 의문은 단순했습니다. 부가세 공제도 받았고 법인세도 줄었으니, 만약 문제가 된다면 부가세만 다시 뱉으면 되는 것 아닌가.
그 한 장이 부른 결과는 훨씬 컸습니다.
진단에서 발견한 것 ① 무엇이 가공매입으로 부인되나
사실과 다른 세금계산서와 가공매입
세금계산서는 실제 재화나 용역의 공급이 있었을 때 그 거래를 증명하는 문서입니다. 실물 거래 없이 발급·수취한 세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우에 해당합니다. 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 이처럼 사실과 다른 세금계산서로 받은 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 정하고 있습니다.
과세의 핵심은 거래 실재성의 입증 문제입니다. 과세관청이 매입처를 자료상으로 파악했다면, 납세자가 그 실재성을 소명해야 합니다. 소명에 실패할 경우 가공매입으로 처리됩니다. 의도적 부정행위를 자백하지 않아도 과세가 이루어지는 구조입니다.
법인세 손금 요건과의 연결
법인세법 제19조 제2항은 손비(손금)가 되려면 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 한다고 규정합니다. 실제로 원자재를 받지 않았다면 해당 매입원가는 사업과 관련하여 실제로 지출된 비용이 아닙니다. 실재성 요건을 갖추지 못한 비용은 손금으로 인정되지 않아 손금부인됩니다.
진단에서 발견한 것 ② 한 장이 건드리는 세 개의 세목
가공매입으로 판정되면 한 세목의 문제로 끝나지 않습니다. 연쇄 구조를 정리하면 다음과 같습니다.
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매입세액 불공제: 부가가치세법 제39조 ①2호 / 법인 귀속 / 부인된 매입세액 본세 + 가산세
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세금계산서 관련 가산세: 부가가치세법 제60조 ③2호 / 법인 귀속 / 공급가액의 4%
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과소신고·납부지연가산세: 국세기본법 제47조의3·제47조의4 / 법인 귀속 / 본세의 10%(부정행위 시 40%) + 일할 이자
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매입원가 손금부인: 법인세법 제19조 ② / 법인 귀속 / 법인세 본세 증가 + 법인세 가산세
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대표이사 상여처분(소득처분): 법인세법 제67조 / 대표 개인 귀속 / 인정상여로 근로소득세·원천세 추가 발생
원인: 소명이 막힌 이유와 비어 있던 네 가지 자료
1–2년이 지나 그 매입처가 자료상으로 적발됐습니다. 과세관청은 자료상과 거래한 사업자들에게 거래 진위 확인과 소명 요청을 보냈습니다. 이 제조법인도 매입세금계산서의 실거래 여부를 소명하라는 통지를 받았고, 회사는 실제로 물건을 받았다고 주장하려 했으나 다음 네 가지가 비어 있었습니다.
① 대금 흐름(계좌이체 내역)
대금이 해당 매입처 계좌로 실제로 이체됐다는 기록이 없었습니다. 일부 금액은 현금으로 지급했다고 주장했으나, 현금 지급은 거래 상대방 계좌로의 흐름이 남지 않아 검증이 어렵습니다. 더구나 현금을 건넨 후 다시 일부를 돌려받은 정황까지 의심받았습니다.
② 입고와 재고 기록
실제로 원자재가 입고됐다면 창고 입고 기록, 재고 장부의 증감, 생산 실적과의 대조가 가능해야 합니다. 해당 거래 시점 전후의 재고 흐름이 세금계산서 물량과 맞지 않았습니다.
③ 운송과 검수 서류
원자재가 납품됐다면 운송장, 배차 기록, 검수 확인서 중 하나라도 남아야 합니다. 이 법인에는 해당 납품에 대응하는 운송 증빙이 존재하지 않았습니다.
④ 담당자 간 거래 연락 기록
발주, 납품 일정 조율, 품질 확인 등의 소통 흔적이 남아 있지 않았습니다. 거래를 성사시킨 중개자가 있었다고 주장했으나, 그 중개 경위와 연락 기록도 확인되지 않았습니다.
실거래였다면 위 네 가지 중 최소 두셋은 자연스럽게 남아 있어야 합니다. 이것들이 동시에 없다는 것 자체가 거래 실재성이 낮다는 정황이 됩니다. 과세관청은 이 공백을 근거로 가공매입으로 판단했습니다.
해결: 거래 실재성 입증 시도와 그 한계
소명 과정에서 회사가 제출할 수 있었던 것과 없었던 것은 아래와 같습니다.
제출 가능했던 자료
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세금계산서 원본과 전자신고 자료
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매입처 사업자등록증 사본(거래 당시 등록된 정상 사업자였음)
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대표이사의 구두 진술서
제출하지 못한 자료
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계좌이체 내역(현금 지급 주장, 검증 불가)
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입고·재고 기록(물량 불일치)
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운송·검수 서류(없음)
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이메일·문자 등 거래 소통 기록(없음)
세금계산서 원본이 있다는 사실만으로는 실거래를 인정받지 못합니다. 자료상 적발 상황에서는 세금계산서 자체보다 그것을 뒷받침하는 객관 증빙이 더 중요합니다.
정상 거래인데 거래처가 자료상으로 몰린 선의의 수취자라면 소명 기회가 동일하게 주어집니다. 계좌이체 내역, 입고·재고 기록, 운송·검수 서류가 있다면 이를 적극 제출해 거래 실재성을 입증할 수 있습니다. 입증이 충분하면 가공매입으로 부인되지 않습니다.
조세범처벌법 제10조 제3항은 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세율을 적용한 세액의 3배 이하의 벌금에 처할 수 있도록 정하고 있습니다. 거래 실재성이 확인되는 경우에는 해당하지 않습니다.
결과: Before → After — 한 장이 부른 4중 청구서
아래는 예시 시뮬레이션입니다. 실제 추징액은 사안별로 달라지며, 구체적인 계산은 세무대리인을 통해 확인하시기 바랍니다.
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신고 당시 줄인 부가세: 약 1천만 원대
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신고 당시 줄인 법인세(추정): 수백만 원대
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① 부가세 본세 추징: 약 1천만 원대
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② 부가세 세금계산서 가산세(공급가액 × 4%): 수백만 원대
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③ 부가세 과소신고가산세(10% 또는 40%): 수십만–수백만 원대
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④ 부가세 납부지연가산세(일할 계산, 수년 누적): 추가 부담
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⑤ 법인세 본세 추징(손금부인분 과세표준 증가분): 수백만 원대
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⑥ 법인세 과소신고가산세·납부지연가산세: 추가 부담
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⑦ 대표이사 인정상여 소득세·원천세: 별도 발생
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합계 추징 부담(예시): 처음 줄인 세금의 여러 배
부정행위 인정 여부에 따른 가산세율 차이도 중요합니다. 과소신고가산세는 일반 과소신고 시 본세의 10퍼센트이지만, 부정행위로 인정되면 40퍼센트로 무거워집니다(국세기본법 제47조의3 제1항 제1호). 가공매입이 부정행위로 판단되는지 여부는 사안별 구체적 사실관계에 따라 다르며, 단정할 수 없습니다. 다만 이 가능성을 미리 인식하는 것이 중요합니다.
신고 당시 줄인 금액의 몇 배가 추징으로 돌아올 수 있는 구조입니다.
이런 경우에 자료를 미리 준비하십시오 — 정상 거래를 지키는 증빙 체크리스트
예방과 해명 두 가지 관점에서 평소에 준비해야 할 사항입니다.
거래 단위로 남겨야 할 기록
대금은 계좌이체로 지급하고, 이체 확인서를 거래마다 보관합니다.
발주서 또는 주문 내역(이메일·문자·메신저 스크린샷 포함)을 건별로 보관합니다.
납품 시 거래명세서와 세금계산서를 함께 받고, 수령 날짜를 기록합니다.
입고 확인서 또는 검수 기록(담당자 서명 포함)을 보관합니다.
운송장 또는 배차·배달 기록을 보관합니다.
재고 장부에 해당 거래의 입고 내역을 반영하고, 생산 실적과 연계합니다.
자료상 권유를 받았을 때
"매입을 좀 만들어 드릴 수 있다"는 제안을 받았다면, 위에서 살펴본 4중 청구서 구조를 먼저 떠올리십시오. 신고 때 줄이는 세금보다 추징·가산세·대표 개인 세금까지 합산한 실제 비용이 훨씬 크며, 거래 실재성을 소명하지 못하면 형사 문제로 번질 수 있습니다. 거래 제안 자체를 거절하는 것이 가장 확실한 대응입니다.
거래처가 자료상으로 적발됐다는 통보를 받았을 때
소명 안내문이 도착했다면 즉시 다음을 점검하십시오.
1.
해당 거래의 계좌이체 내역이 있는가
2.
입고·재고 기록과 거래명세서가 있는가
3.
운송·검수 서류가 있는가
4.
발주·소통 기록이 있는가
네 가지가 모두 있다면 소명 가능성이 높습니다. 없는 항목이 많을수록 위험도가 올라가므로, 세무대리인과 즉시 상담하는 것이 안전합니다.
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상여처분이란 무엇인가?: 법인세법상 소득처분의 개념과 대표이사 상여처분이 발생하는 구조를 설명합니다.
관련 법령
1.
부가가치세법 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액)
발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 해당 매입세액을 공제하지 않습니다. 실물 거래 없이 받은 가공 세금계산서는 이 조항에 따라 매입세액 공제가 부인됩니다.
2.
부가가치세법 제60조 제3항 제2호 (가산세)
재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 그 공급가액의 4퍼센트를 가산세로 부과합니다. 가공매입에 직접 적용되는 세금계산서 관련 가산세 규정입니다.
3.
법인세법 제19조 제2항 (손금의 범위)
손비는 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 합니다. 실재성 없는 가공매입 원가는 이 요건을 갖추지 못해 손금부인됩니다.
4.
법인세법 제67조 (소득처분)
법인세 과세표준의 신고·결정·경정 시 익금산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 귀속자에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등으로 처분합니다. 손금부인액의 귀속이 불분명할 때 대표이사 상여처분(인정상여)의 근거가 됩니다.
5.
국세기본법 제47조의3·제47조의4 (과소신고가산세·납부지연가산세)
과소신고가산세는 일반 과소신고 시 본세의 10퍼센트, 부정행위 인정 시 40퍼센트입니다. 납부지연가산세는 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지 미납 세액에 대통령령의 이자율을 적용해 일할 계산합니다. 추징이 수년 뒤에 이루어지면 누적 부담이 상당해집니다.
6.
조세범처벌법 제10조 제3항 (세금계산서의 발급의무 위반 등)
재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세율을 적용한 세액의 3배 이하의 벌금에 처합니다. 형사처벌의 위험에 관한 규정으로, 거래 실재성이 확인되는 경우에는 해당하지 않습니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
거래의 실재성을 평소에 기록으로 남기는 것이 가장 확실한 방어입니다. 소명 요청이 오기 전에 증빙을 갖춰 두는 것, 그리고 자료상 권유를 받았을 때 그 전체 비용을 먼저 계산해 보는 것이 세무법인청년들이 사업자께 권하는 가장 중요한 실천입니다.