확정신고 기한 전에 발견했다면 수정신고가 아니라 확정신고서의 "예정신고누락분" 란에 합산하면 됩니다. 매입세액 누락은 가산세도 없습니다. 2026년 1기 확정신고 기한은 7월 27일(월)입니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당하면 이 글의 절차를 그대로 적용할 수 있습니다.
•
4월에 부가가치세 예정신고를 마친 뒤, 매입세금계산서 일부가 빠진 것을 발견한 법인사업자
•
거래처에서 세금계산서가 뒤늦게 도착해 예정신고에 반영하지 못한 사업자
•
휴업·사업 부진으로 예정고지 대신 직접 예정신고를 선택해 신고한 개인사업자
•
아직 해당 과세기간의 확정신고 기한(2026년 1기 기준 7월 27일)이 지나지 않은 경우
반대로 확정신고 기한까지 지나 버렸다면 이 글의 경로는 쓸 수 없습니다. 그때는 경정청구·수정신고 등 다른 절차가 필요하며, 글 하단에 연결한 별도 가이드가 그 영역을 전담합니다.
결론: 확정신고에 합산하면 살릴 수 있습니다
4월 예정신고에서 빠뜨린 매입세금계산서는 버려지는 것이 아닙니다. 같은 과세기간의 확정신고에 합산해 공제받으면 되고, 매입세액만 누락된 경우라면 가산세도 없습니다.
다만 매출 누락분이 함께 있는지에 따라 부담이 완전히 달라지므로, 먼저 누락분의 성격부터 구분해야 합니다.
•
구분: 매입세금계산서 누락 / 처리 방법: 확정신고서 매입세액의 예정신고누락분 란에 합산 공제 / 가산세 부담: 없음
•
구분: 매출세금계산서 누락 / 처리 방법: 확정신고서 매출세액의 예정신고누락분 란에 합산 신고 / 가산세 부담: 과소신고·납부지연·합계표 지연제출 가산세
•
구분: 확정신고 기한 경과 후 발견 / 처리 방법: 이 글의 경로 불가, 경정청구 등 별도 절차 / 가산세 부담: 경로별로 다름
왜 가능한가 — 매입세액은 과세기간 단위로 공제됩니다
부가가치세법 제38조 제2항은 매입세액을 "재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간"의 매출세액에서 공제한다고 정합니다. 기준이 예정신고기간이 아니라 과세기간입니다.
일반과세자의 과세기간은 제1기(1월 1일–6월 30일)와 제2기(7월 1일–12월 31일)로 나뉩니다(부가가치세법 제5조). 예정신고는 이 과세기간을 중간에 한 번 끊어 미리 정산하는 절차일 뿐이므로, 2026년 3월에 받은 매입세금계산서는 1기 과세기간 전체를 결산하는 7월 확정신고에서 공제해도 시기를 어기는 것이 아닙니다.
확정신고의 구조도 이를 뒷받침합니다. 부가가치세법 제49조 제1항은 확정신고 때 예정신고에서 "이미 신고한" 과세표준과 납부세액만 제외하고 신고하도록 정합니다. 즉 예정신고에 들어가지 않은 누락분은 당연히 확정신고의 신고 대상에 포함됩니다.
매입처별 세금계산서합계표도 마찬가지입니다. 예정신고 때 제출하지 못한 합계표는 그 예정신고기간이 속하는 과세기간의 확정신고 때 함께 제출할 수 있다고 부가가치세법 제54조 제3항이 명시하고 있습니다.
수정신고가 아닙니다 — "예정신고누락분" 란에 기재합니다
이 경로에서 가장 많이 혼동하는 부분이 절차의 이름입니다. 수정신고는 법정신고기한이 지난 신고 내용을 사후에 바로잡는 별개의 제도입니다. 확정신고 기한 전에 발견한 예정신고 누락분은 수정신고서를 낼 필요 없이 확정신고서 한 장으로 끝납니다.
기재 위치도 정해져 있습니다.
•
일반과세자 부가가치세 신고서에는 매출세액 영역과 매입세액 영역에 각각 "예정신고누락분" 란이 따로 마련되어 있습니다.
•
빠뜨린 매입세금계산서는 정규 세금계산서 수취분 란에 합쳐 넣지 말고, 매입세액 쪽 예정신고누락분 란에 구분해 적습니다.
•
매입처별 세금계산서합계표에도 누락분 거래를 포함해 제출합니다.
홈택스 전자신고 화면에도 예정신고누락분 입력 단계가 같은 이름으로 구분되어 있습니다. 다만 화면 구성은 개편될 수 있으므로 신고 시점의 홈택스 화면 안내를 기준으로 확인하십시오.
예정신고누락분 란에 구분 기재해야 예정신고분과 확정신고분이 정확히 나뉘고, 매출 누락분이 있는 경우 가산세 계산도 이 구분을 기준으로 이루어집니다.
매입 누락분에 가산세가 없는 이유
과소신고가산세(국세기본법 제47조의3)는 납부할 세액을 신고해야 할 세액보다 "적게" 신고한 경우에 부과됩니다. 매입세액을 빠뜨리면 공제를 못 받아 오히려 세금을 더 낸 상태이므로, 과소신고 자체가 성립하지 않습니다.
세금계산서합계표 쪽 가산세도 문제되지 않습니다.
•
매입처별 합계표는 확정신고 때 제출하는 것이 부가가치세법 제54조 제3항이 허용하는 정상 절차입니다.
•
매출처별 합계표와 달리, 매입처별 합계표에는 예정신고분을 확정신고 때 내는 데 대한 지연제출 가산세 규정 자체가 없습니다(부가가치세법 제60조 제7항 참조).
결국 매입세금계산서만 누락된 경우라면 공제액은 그대로 살리고 추가 부담은 없는 셈입니다. 서둘러 처리할 일은 확정신고서에 빠짐없이 반영하는 것뿐입니다.
매출 누락분이 섞여 있다면 — 가산세 3종
같은 예정신고 누락이라도 매출 세금계산서가 빠졌다면 이야기가 달라집니다. 예정신고에서 납부세액을 적게 신고한 것이 되므로, 확정신고에 합산하더라도 다음 가산세가 따라붙습니다.
•
가산세: 과소신고가산세 / 세율: 미달 납부세액의 10% / 비고: 확정신고 기한까지 반영하면 50% 감면(국세기본법 제48조 제2항)
•
가산세: 납부지연가산세 / 세율: 미납세액 × 1일 0.022% / 비고: 예정신고분 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지 일할 계산
•
가산세: 매출처별 합계표 지연제출 / 세율: 공급가액의 0.3% / 비고: 예정신고분 합계표를 확정신고 때 제출(부가가치세법 제60조 제6항)
단순 계산 예시를 들면 이렇습니다. 공급가액 1,000만 원짜리 매출(부가세 100만 원)을 예정신고에서 빠뜨리고 2026년 7월 27일 확정신고에 합산해 납부하는 경우입니다.
•
과소신고가산세: 100만 원 × 10% × 50% 감면 = 5만 원
•
납부지연가산세: 100만 원 × 0.022% × 약 91일(4월 28일–7월 27일) ≈ 2만 원
•
매출처별 합계표 지연제출 가산세: 1,000만 원 × 0.3% = 3만 원
본세 100만 원에 가산세 약 10만 원이 더해지는 수준입니다. 무겁게 느껴질 수 있지만, 확정신고 기한 안에 스스로 반영하는 것이 가장 가벼운 경로입니다. 50% 감면은 세무서의 경정을 미리 알고 신고하는 경우에는 적용되지 않으므로, 발견 즉시 반영하는 것이 안전합니다.
대표 상황 예시
제조업 법인 A사의 경리 담당자가 5월 말 장부를 정리하다가, 3월에 공급받은 원자재 매입세금계산서 몇 장이 4월 예정신고에서 빠진 것을 발견했습니다. 공급가액 합계는 수백만 원대였습니다.
•
혼란: 담당자는 예정신고를 수정신고해야 하는지, 가산세를 물어야 하는지 판단이 서지 않았습니다.
•
판단: 확정신고 기한(7월 27일) 전이고 누락분이 전부 매입이므로, 수정신고 없이 확정신고서의 매입세액 예정신고누락분 란에 합산하면 됩니다.
•
필요자료: 누락된 전자세금계산서의 홈택스 발급분 조회 내역, 종이 세금계산서 원본, 누락분을 반영한 매입처별 세금계산서합계표.
•
결론: 누락 매입세액 전액을 확정신고 납부세액에서 공제했고, 가산세는 한 푼도 발생하지 않았습니다.
같은 상황에서 매출 누락분이 함께 발견됐다면 위 가산세 3종 표를 기준으로 추가 납부액을 먼저 계산해 자금을 준비해야 합니다.
확정신고 전 점검 체크리스트
확정신고서를 작성하기 전에 다음을 확인하면 누락분을 빠짐없이 잡을 수 있습니다.
홈택스 전자세금계산서 조회에서 1월–6월 수취분 전체를 내려받아 장부와 대조했는가
예정신고서에 반영된 매입 합계와 비교해 누락 건을 특정했는가
누락분이 매입만인지, 매출도 섞여 있는지 구분했는가
종이로 받은 세금계산서는 원본과 필요적 기재사항을 확인했는가
매출 누락분이 있다면 본세와 가산세 납부 자금을 준비했는가
주의사항 — 이 경우는 다릅니다
확정신고 합산 경로를 쓰기 전에 다음 세 가지는 따로 점검해야 합니다.
1.
확정신고 기한이 지난 뒤 발견한 누락분은 이 글의 방법으로 처리할 수 없습니다. 매입세액은 경정청구로 돌려받고, 매출 누락은 수정신고 대상이 됩니다. 이 영역은 아래에 연결한 별도 가이드가 전담하므로 해당 글의 절차를 따르십시오.
2.
세금계산서 자체에 흠이 있으면 공제가 제한될 수 있습니다. 작성일자·등록번호 등 필요적 기재사항이 빠졌거나 사실과 다른 세금계산서는 매입세액 공제가 배제될 수 있습니다(부가가치세법 제39조 제1항).
3.
애초에 공제 대상이 아닌 매입세액은 예정신고누락분 란에 넣어도 공제되지 않습니다. 기업업무추진비 관련 매입, 비영업용 소형승용차의 구입·임차·유지 관련 매입, 사업과 직접 관련 없는 지출 등이 대표적입니다.
함께 보면 좋은 글
•
세금계산서 누락 시 부가세 공제와 가산세 해결 방법: 확정신고 기한이 지난 후 발견한 누락분의 경정청구·수정신고·매입자발행 세금계산서 경로는 이 글이 전담합니다.
•
부가세 확정신고 제출서류 체크리스트: 예정신고누락분 반영을 포함해 7월 확정신고 때 챙길 서류 전체를 정리했습니다.
•
부가세 예정신고와 예정고지 납부 — 차이점과 대상 사업자: 내가 예정신고 의무자인지 예정고지 대상자인지부터 확인하려면 이 글을 참고하십시오.
관련 법령
1.
부가가치세법 제38조 (공제하는 매입세액)
→ 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 매입세액은 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하도록 정해, 예정신고 누락분을 같은 과세기간의 확정신고에서 공제할 수 있는 직접 근거가 됩니다.
2.
부가가치세법 제49조 (확정신고와 납부)
→ 사업자는 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 확정신고를 하되, 예정신고에서 이미 신고한 과세표준과 납부세액만 제외하고 신고하도록 정하므로 예정신고에 빠진 누락분은 확정신고 대상에 포함됩니다.
3.
부가가치세법 제54조 (세금계산서합계표의 제출)
→ 예정신고 때 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 못한 사업자는 해당 예정신고기간이 속하는 과세기간의 확정신고 때 함께 제출할 수 있다고 명시합니다.
4.
국세기본법 제47조의3 (과소신고·초과환급신고가산세)
→ 예정신고를 포함한 신고에서 납부세액을 적게 신고하면 과소신고 납부세액의 10%(부정행위는 40%)를 가산세로 부과하므로, 매출 누락분 합산 시 가산세 계산의 출발점이 됩니다.
5.
국세기본법 제47조의4 (납부지연가산세)
→ 법정납부기한까지 내지 않은 세액에 대해 기한 다음 날부터 납부일까지 대통령령으로 정하는 이자율(1일 10만분의 22)을 곱한 금액을 가산세로 부과합니다.
6.
국세기본법 제48조 (가산세 감면 등)
→ 예정신고기한까지 예정신고를 했으나 과소신고한 경우, 확정신고기한까지 그 과세표준을 수정하여 신고하면 과소신고가산세의 50%를 감면하도록 정합니다.
위 조문은 2026년 6월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
누락분이 매입인지 매출인지에 따라 부담이 갈리는 만큼, 확정신고 전에 상반기 세금계산서 전체를 세무법인청년들 같은 세무대리인과 함께 대조해 두면 기한 안에 안전하게 정리할 수 있습니다.
세무법인청년들 | 원문: