동업자가 빠지는 순간 손익분배, 사업자등록, 부가세 신고, 재고·보증금 정산 기준이 함께 바뀝니다.
이 글은 2026년 6월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
공동사업자 중 한 명이 중도 탈퇴한다
탈퇴일 전후 매출과 비용을 어떻게 나눌지 정하지 않았다
재고, 비품, 보증금, 권리금 정산표가 없다
대표공동사업자 또는 사업자등록 공동사업자 명단이 바뀐다
탈퇴자와 남은 사업자의 종합소득세 신고 책임이 애매하다
대표 상황 예시
두 명이 카페를 50 대 50으로 운영하다가 한 명이 2026년 6월 30일 탈퇴하기로 했습니다. 6월 말 기준 카드매출 미입금분 800만 원, 재고 300만 원, 보증금 3천만 원, 미지급 임차료 200만 원이 남아 있습니다. 남은 사업자는 매장을 계속 운영하고, 탈퇴자는 정산금 1천만 원을 받기로 했습니다.
이때 단순히 1천만 원을 이체하고 사업자등록에서 이름만 빼면 문제가 남습니다. 6월까지의 매출·비용·부가세를 누구에게 배분할지, 재고와 보증금 정산금의 성격이 무엇인지, 7월 이후 매출은 누구에게 귀속되는지 문서로 닫아야 합니다.
먼저 닫아야 할 기준
동업자 탈퇴 정산은 세금 계산 전에 사실관계 정리가 먼저입니다.
1.
탈퇴일을 정합니다.
2.
탈퇴일까지의 손익분배비율을 확정합니다.
3.
재고·비품·보증금·권리금·미수금·미지급금을 평가합니다.
4.
사업자등록 정정신고 필요 여부를 확인합니다.
5.
부가세 신고기간별 매출·매입 귀속을 정합니다.
6.
다음 5월 종합소득세 배분표를 준비합니다.
탈퇴일 전후 카드매출과 배달앱 정산금은 입금일만 보면 안 됩니다. 6월 매출이 7월에 입금되더라도 공급시기와 매출 귀속 기간을 기준으로 정리해야 합니다.
숫자로 보는 정산 예시
6월 말까지 공동사업 소득이 2천만 원이고 손익분배비율이 50 대 50이면 각자 1천만 원씩 소득 배분을 검토합니다. 여기에 탈퇴자가 넘겨주는 재고 300만 원과 비품 500만 원, 돌려받을 보증금 지분 1천 5백만 원, 부담해야 할 미지급 임차료 100만 원을 별도로 정리합니다.
정산금 1천만 원이라는 한 줄만 있으면 어떤 금액이 소득 배분이고, 어떤 금액이 자산 양도나 보증금 반환인지 알 수 없습니다. 그래서 정산표에는 항목별 금액과 세무 처리 메모를 붙여야 합니다.
신고에서 달라지는 부분
부가가치세는 사업장 단위 신고가 기본입니다. 동업자가 탈퇴해도 해당 과세기간의 사업장 매출·매입은 하나의 부가세 신고서로 정리됩니다. 다만 공동사업자 구성 변경, 대표자 변경, 세금계산서 수취 명의, 카드가맹점 정보는 사업자등록 정정과 연결됩니다.
종합소득세는 공동사업장에서 발생한 소득금액과 원천징수세액 등을 손익분배비율에 따라 각 공동사업자에게 배분합니다. 탈퇴자가 더 이상 매장에 없더라도 탈퇴 전 기간의 소득은 탈퇴자에게 귀속될 수 있습니다.
탈퇴일 전후 신고 타임라인
탈퇴 합의가 끝나면 먼저 탈퇴일 현재의 장부를 임시 마감합니다. 카드매출 입금 예정액, 배달앱 정산 예정액, 미수금, 재고, 보증금, 미지급 임차료를 한 표에 모아야 합니다. 이 표가 있어야 정산금 1천만 원이 단순 현금 보상인지, 탈퇴 전 이익 배분인지, 자산이나 권리 이전 대가인지 구분할 수 있습니다.
그다음에는 사업자등록 정정신고와 인허가 변경을 확인합니다. 대표공동사업자가 바뀌거나 공동사업자 명단이 바뀌면 세금계산서, 현금영수증, 카드가맹점, 배달앱 정산 계정까지 실제 운영자와 맞아야 합니다. 명의 변경을 늦추면 7월 이후 매출인데도 탈퇴자가 계속 공동사업자로 보이는 자료가 남을 수 있습니다.
부가세 신고에서는 탈퇴일이 속한 과세기간의 매출·매입을 하나의 신고서로 정리하되, 내부 배분표를 별도로 둡니다. 예를 들어 6월 30일 탈퇴라면 1월–6월 매출과 매입 중 탈퇴자에게 배분할 손익을 정리하고, 7월 이후 거래는 남은 사업자 기준으로 관리합니다.
종합소득세 신고 때는 이 배분표가 그대로 근거자료가 됩니다. 탈퇴자가 다음 해 5월에 소득세 신고를 할 때 "이미 사업을 그만뒀다"는 말만으로 탈퇴 전 소득이 사라지지는 않습니다. 정산표, 합의서, 계좌이체 내역, 사업자등록 정정 접수증을 함께 보관해야 추후 신고 오류와 동업자 간 분쟁을 줄일 수 있습니다.
자주 틀리는 지점과 결과
첫째, 탈퇴일을 정하지 않습니다. 탈퇴일이 없으면 매출·비용·재고·채무를 어느 시점으로 나눌지 불명확해집니다.
둘째, 정산금을 한 금액으로만 적습니다. 보증금 반환과 권리금, 재고 양도, 미지급 이익 정산은 세무상 성격이 다를 수 있습니다.
셋째, 사업자등록 정정을 늦춥니다. 공동사업자 정보가 실제와 달라지면 세금계산서, 카드매출, 통신판매업 신고 등 운영 정보가 어긋날 수 있습니다.
넷째, 다음 해 종합소득세 배분표를 만들지 않습니다. 탈퇴자에게 배분해야 할 소득을 누락하면 신고 오류와 가산세 리스크가 생길 수 있습니다.
관련 법령
1.
소득세법 제87조 (공동사업장에 대한 특례)
→ 공동사업장에서 발생한 소득금액 등을 손익분배비율에 따라 공동사업자별로 배분하는 기본 규정입니다.
2.
소득세법 시행령 제150조 (공동사업장의 소득금액 계산 등)
→ 공동사업장 신고와 대표공동사업자 관련 실무 판단에 연결됩니다.
3.
부가가치세법 제8조 (사업자등록)
→ 사업장별 사업자등록의 기본 근거입니다. 공동사업자 구성 변경 시 등록정보 정정 검토가 필요합니다.
4.
부가가치세법 시행령 제14조 (사업자등록 사항의 변경)
→ 상호, 대표자, 공동사업자 등 등록사항 변경 시 정정신고를 확인하는 근거입니다.
5.
소득세법 제81조의4 (공동사업장 등록·신고 관련 가산세)
→ 공동사업장 관련 등록·신고 의무를 소홀히 할 때 발생할 수 있는 가산세 리스크와 연결됩니다.
동업자 탈퇴는 명의 변경보다 탈퇴일 기준 손익·자산·채무 정산표를 먼저 닫아야 세금 신고가 흔들리지 않습니다.