3년 이상 보유한 부동산의 양도차익에서 보유기간에 따라 최대 30%(1세대1주택은 최대 80%)를 공제하는 제도입니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
장기보유특별공제란 무엇인가?
장기보유특별공제는 양도소득세 계산 시 양도차익에서 보유기간에 비례한 금액을 추가로 공제해 주는 제도입니다(소득세법 제95조 제1항·제2항). 양도소득금액은 "양도차익 – 장기보유특별공제액"으로 산출되며, 보유기간이 길수록 공제율이 높아져 세 부담이 줄어듭니다. 적용 대상은 토지·건물 등(같은 법 제94조 제1항 제1호)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산이며, 일반 자산은 보유기간에 따라 연 2%씩 최대 30%(15년 이상)가 공제됩니다(같은 법 제95조 제2항 표 1). 1세대1주택의 경우에는 시행령 제159조의4에서 정하는 요건(양도일 현재 국내 1주택 보유, 보유기간 중 거주기간 2년 이상)을 충족하면, 보유기간별 공제율(연 4%, 최대 40%)과 거주기간별 공제율(연 4%, 최대 40%)을 합산하여 최대 80%까지 공제받을 수 있습니다(같은 법 제95조 제2항 표 2 및 단서).
단, 미등기양도자산(같은 법 제104조 제3항)과 같은 조 제7항 각 호에 따른 다주택 중과 대상 자산은 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다(같은 법 제95조 제2항 본문 괄호). 보유기간이 3년 미만이거나 등기를 하지 않고 양도하는 경우에는 아무리 실거래가액이 크더라도 공제를 받을 수 없습니다.
적용예
2011년 6월에 서울 소재 아파트를 5억 원에 취득하고, 그 기간 내내 거주한 뒤 2026년 6월에 12억 원에 양도하는 1세대1주택자 B 씨의 경우를 가정합니다. 필요경비(취득가액 + 자본적 지출 + 양도비)가 5억 3,000만 원이라면, 양도차익은 12억 원 – 5억 3,000만 원 = 6억 7,000만 원입니다. 보유기간 15년, 거주기간 15년이므로 보유기간별 공제율 40% + 거주기간별 공제율 40% = 합계 80%가 적용됩니다(소득세법 제95조 제2항 표 2). 장기보유특별공제액은 6억 7,000만 원 × 80% = 5억 3,600만 원이고, 양도소득금액은 6억 7,000만 원 – 5억 3,600만 원 = 1억 3,400만 원이 됩니다. 다만, 양도가액이 12억 원을 초과하는 고가주택이라면 시행령 제160조에 따라 12억 원 초과분에 해당하는 비율만큼 양도차익과 공제액을 안분 계산해야 합니다.
만약 같은 조건에서 보유기간이 2년이라면, 3년 미만이므로 장기보유특별공제가 전혀 적용되지 않아 양도차익 전액이 양도소득금액이 됩니다.
오해사례
흔히 "보유기간이 3년만 넘으면 1세대1주택 공제율(최대 80%)을 적용받을 수 있다"고 오해하지만, 실제로는 1세대1주택 공제율을 적용받으려면 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다(시행령 제159조의4). 거주 요건을 충족하지 못하면 일반 자산 공제율(연 2%, 최대 30%)만 적용되므로, 공제 혜택이 크게 줄어듭니다. 예를 들어 10년 보유했지만 거주하지 않은 채 임대만 한 경우, 일반 공제율 20%(10년 × 2%)만 적용되어 1세대1주택 공제율 80%와 60%포인트 차이가 발생합니다.
또한 "다주택자도 오래 보유하면 장기보유특별공제를 받을 수 있다"고 생각하기 쉽지만, 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 조정대상지역 다주택 중과 대상 주택은 보유기간과 관계없이 장기보유특별공제 자체가 배제됩니다(같은 법 제95조 제2항 본문 괄호). 다만, 중과 유예 기간에는 일반 공제율이 적용될 수 있으므로 양도 시점의 법령 확인이 필요합니다.
관련 법령 및 판례
1.
소득세법 제95조 (양도소득금액과 장기보유 특별공제액)
→ 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 정의합니다. 일반 자산(표 1: 3년 이상 연 2%, 최대 30%)과 1세대1주택(표 2: 보유 연 4% + 거주 연 4%, 합계 최대 80%)의 공제율을 구분하여 규정합니다.
2.
소득세법 시행령 제159조의4 (장기보유특별공제)
→ 1세대1주택 공제율을 적용받기 위한 요건을 정합니다. 양도일 현재 국내 1주택 보유이고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 공동상속주택의 거주기간 판단 기준도 규정합니다.
3.
소득세법 시행령 제160조 (고가주택에 대한 양도차익등의 계산)
→ 양도가액이 12억 원을 초과하는 고가주택의 양도차익과 장기보유특별공제액을 "(양도가액 – 12억 원) ÷ 양도가액" 비율로 안분 계산하는 산식을 규정합니다.
위 조문·판례는 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무법인청년들은 장기보유특별공제와 관련된 사업자 신고·검토를 함께 살펴드립니다.