세액 공제·감면을 적용받은 후 사후관리 기준을 위반하면 추징과 가산세는 물론, 세무조사 대상으로 선정될 수 있습니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나라도 해당한다면 이 글의 내용을 반드시 확인하십시오.
창업중소기업 세액감면(조특법 제6조)을 적용받고 있는 법인
연구·인력개발비 세액공제(조특법 제10조)를 신청한 법인
고용증대 세액공제(조특법 제26조)를 적용받은 후 인원 변동이 있는 법인
투자세액공제를 받은 후 해당 자산을 처분하거나 임대한 법인
공제·감면 금액이 큰 제도를 활용하고 있어 사후관리가 우려되는 법인
공제·감면 사후관리란
국세청은 세액 공제·감면 제도의 적정성을 확보하기 위하여 사후관리를 시행합니다. 공제·감면 적용 후에도 일정 기간 요건 충족 여부를 검증하며, 위반 사항이 발견되면 감면세액 추징, 가산세 부과, 세무조사 대상 선정 등의 조치가 이루어집니다.
사후관리의 주요 방식
1.
관련 자료 제출 요구 (서면 검증)
2.
세무공무원의 현장 조사
3.
정기 세무조사 과정에서의 적법성 재검토
4.
부당 신청 혐의 시 비정기 세무조사 실시
세무조사 대상 선정 기준
국세기본법 제81조의6에 따라, 다음의 경우 세무조사 대상으로 선정될 수 있습니다.
정기선정 (제81조의6제2항)
구분 | 선정 사유 |
성실도 분석 | 과세자료·세무정보·회계성실도 자료 등을 분석하여 불성실 혐의가 인정되는 경우 |
장기 미조사 | 최근 4과세기간 이상 동일 세목의 세무조사를 받지 않은 경우 |
표본조사 | 무작위추출방식에 의한 표본조사 |
비정기 조사 (제81조의6제3항)
구분 | 선정 사유 |
납세협력의무 불이행 | 신고·세금계산서·지급명세서 등 의무 미이행 |
거래 사실 불일치 | 무자료거래, 위장·가공거래 혐의 |
탈세 제보 | 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 |
탈루·오류 | 신고 내용에 탈루나 오류의 명백한 자료가 있는 경우 |
공제·감면 사후관리 과정에서 부당 적용이 확인되면, 위 비정기 조사 사유 중 "탈루·오류의 명백한 자료"에 해당하여 세무조사로 이어질 수 있습니다.
주요 공제·감면의 사후관리 요건
1. 창업중소기업 세액감면 (조특법 제6조)
감면 내용: 최초 소득 발생 과세연도부터 5년간 소득세 또는 법인세의 50–100% 감면
사후관리 핵심 요건:
요건 | 위반 시 결과 |
중소기업 요건 유지 | 비중소기업과 합병 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 과세연도부터 감면 배제 |
해당 업종 유지 | 조특법 제6조제3항의 업종 범위를 벗어나면 감면 대상에서 제외 |
실질적 사업장 요건 | 허위 사업자등록(공유오피스 위장 등)이 확인되면 감면세액 전액 추징 |
창업 요건 충족 | 기존 사업 승계·폐업 후 동종 재개업은 창업으로 인정되지 않음 |
연간 감면 한도: 과세연도별 감면세액 합계 5억 원 초과 불가 (제6조제13항)
2. 연구·인력개발비 세액공제 (조특법 제10조)
공제율 (중소기업 기준):
•
일반 R&D: 발생액의 25%
•
신성장·원천기술 R&D: 30% + 매출 대비 비율 가산(최대 10%)
•
국가전략기술 R&D: 40% + 매출 대비 비율 가산(최대 10%)
사후관리 핵심 요건:
요건 | 위반 시 결과 |
실질적 연구개발 활동 수행 | 연구개발 실적이 없으면 공제세액 전액 추징 + 가산세 |
연구전담부서 요건 유지 | 전담부서 인정 취소 시 취소일 이후 발생 비용 공제 불가 |
구분경리 의무 | 신성장·원천기술과 일반 R&D 미구분 시 공제 적용 배제 |
국세청은 R&D 세액공제 전담 검증팀을 운영하며, 연구일지·연구인력·과제 수행 실적을 중점 검토합니다.
3. 고용증대 세액공제 (조특법 제26조)
사후관리 기간: 공제받은 과세연도 종료일부터 2년
핵심 추징 규정 (제26조제6항):
공제받은 과세연도 종료일부터 2년 이내에 상시근로자 수가 공제받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하면, 감소분에 해당하는 공제세액을 추징당합니다.
상황 | 결과 |
2년 내 상시근로자 감소 | 감소 인원 비례 공제세액 추징 |
폐업으로 인한 인원 감소 | 동일하게 추징 대상 |
배제 업종 해당 확인 | 공제 전액 추징 |
4. 투자세액공제 자산 처분 (조특법 제146조)
투자완료일부터 2년(건물·구축물은 5년) 이내에 해당 자산을 처분하거나 임대하면, 세액공제 상당액에 이자 상당 가산액을 더하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 합니다.
부당 공제·감면의 대표적 적발 사례
허위 사업자등록을 통한 창업감면 부당 적용
수도권 외 지역의 공유오피스에 형식적으로 사업자를 등록하고 실제 사업은 수도권에서 수행하면서 창업중소기업 세액감면(100%)을 적용받은 사례입니다. 국세청은 사업장 실사를 통해 직권 폐업 조치하고 감면세액을 전액 추징합니다.
R&D 세액공제 허위 신청
연구개발 활동을 실제로 수행하지 않으면서 R&D 세액공제를 신청하는 사례입니다. 병·의원, 학원, 일반 서비스업 등 연구개발과 무관한 업종에서 적발 사례가 빈번합니다. 국세청은 불법 브로커 관련 기업에 대한 정보수집과 정밀분석을 강화하고 있습니다.
고용증대 세액공제 허위 근로계약
허위 근로계약서를 작성하여 상시근로자 수를 부풀리고 고용증대 세액공제를 신청하는 사례입니다. 특히 경정청구를 통한 부당 환급 시도가 집중 검증 대상입니다.
사후관리 대응을 위한 점검 사항
감면·공제 요건이 현재 시점에서도 충족되는지 정기 점검
상시근로자 수 변동 현황을 분기별로 관리
R&D 세액공제 적용 시 연구일지·과제보고서·인력 현황을 상시 비치
투자세액공제 자산의 처분·임대 계획 시 사전 세무 검토 실시
창업감면 적용 시 실질적 사업장 요건과 업종 요건 유지 확인
최저한세(조특법 제132조) 적용 여부를 매년 확인하여 감면 한도 파악
최저한세와 공제·감면의 관계
조세특례제한법 제132조에 따라, 각종 공제·감면을 적용한 후의 세액이 최저한세액에 미달하면 그 미달분에 대해서는 감면이 배제됩니다.
구분 | 최저한세율 |
중소기업 | 과세표준의 7% |
일반기업 (과세표준 100억 원 이하) | 10% |
일반기업 (100억 원 초과 – 1,000억 원 이하) | 12% |
일반기업 (1,000억 원 초과) | 17% |
다만, 창업중소기업 감면(제6조제1항·제6항) 중 100% 감면을 적용받는 과세연도는 최저한세 적용이 배제됩니다(제132조제1항제4호 가목).
관련 법령
1.
조세특례제한법 제6조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면)
→ 창업중소기업이 해당 업종으로 창업한 경우 최초 소득 발생 과세연도부터 5년간 소득세·법인세의 50–100%를 감면하며, 중소기업 요건 상실 시 해당 과세연도부터 감면을 배제합니다.
2.
조세특례제한법 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제)
→ 내국인의 R&D 비용에 대해 중소기업 기준 일반 25%, 신성장·원천기술 30%, 국가전략기술 40%의 세액공제를 적용하며, 연구전담부서 인정 취소 시 이후 발생 비용에 대한 공제를 배제합니다.
3.
조세특례제한법 제26조 (고용창출투자세액공제)
→ 투자 시 상시근로자 수 유지를 조건으로 세액공제를 적용하며, 공제받은 과세연도 종료일부터 2년 이내 상시근로자 감소 시 감소분 공제세액을 추징합니다.
4.
조세특례제한법 제132조 (최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제)
→ 각종 감면 적용 후 세액이 과세표준의 7–17%(기업 유형별 상이)에 미달하면 그 미달분의 감면을 배제하며, 창업중소기업 100% 감면 과세연도 등 특정 경우는 적용을 제외합니다.
5.
조세특례제한법 제146조 (감면세액의 추징)
→ 투자세액공제를 받은 자산을 투자완료일부터 2년(건물·구축물은 5년) 이내에 처분·임대하면, 공제세액 상당액에 이자 상당 가산액을 더하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 합니다.
6.
국세기본법 제81조의6 (세무조사 관할 및 대상자 선정)
→ 성실도 분석에 의한 불성실 혐의, 4과세기간 이상 미조사, 납세협력의무 불이행, 가공거래 혐의, 구체적 탈세 제보 등이 있으면 정기 또는 비정기 세무조사 대상으로 선정합니다.
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
공제·감면의 사후관리 요건이 복잡하거나 세무조사 대응이 필요한 경우, 세무법인청년들과 같은 전문 세무대리인의 도움을 받아 체계적으로 준비하시기 바랍니다.