2026년 4월부터 정기 세무조사 대상자는 조사 착수 시기를 직접 선택할 수 있게 되었습니다. 기존에는 국세청이 일방적으로 시기를 결정하였으나, 시기선택제 시행으로 결산이나 주주총회 등 경영상 중요한 시기를 피해 조사를 받을 수 있습니다.
이 글은 2026년 5월 기준 세법을 바탕으로 작성되었습니다. 이후 개정 사항이 있을 수 있으므로, 신고 시점의 법령을 확인하시기 바랍니다.
나에게 해당하는가?
다음 중 하나에 해당하면 이 글의 내용을 반드시 확인하십시오.
•
국세청으로부터 정기 세무조사 대상자 안내문을 받은 경우
•
최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않아 정기선정 대상이 될 가능성이 있는 경우
•
세무조사의 기본 절차와 납세자 권리를 미리 파악해 두려는 경우
1. 세무조사의 기본 구조
세무조사란 국세기본법과 조세범 처벌절차법에 따라 세무공무원이 납세자의 신고 내역, 장부, 서류 등을 확인하여 적법 여부를 검증하는 절차입니다.
정기조사와 비정기조사
구분 | 정기조사 | 비정기조사 |
선정 방법 | 성실도 분석, 장기 미조사, 무작위 표본 | 탈루 혐의, 탈세 제보, 납세 의무 불이행 |
법적 근거 | 국세기본법 제81조의6 제2항 | 국세기본법 제81조의6 제3항 |
시기선택제 적용 | 가능 | 불가 |
정기조사는 국세기본법 제81조의6 제2항에 따라 다음 세 가지 경우에 실시됩니다.
1.
국세청의 성실도 분석 결과 불성실 혐의가 인정되는 경우
2.
최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 경우
3.
무작위추출방식의 표본조사
비정기조사는 무자료거래, 위장 가공거래 혐의, 구체적 탈세 제보, 세금계산서 미발급 등 납세 의무 위반이 확인된 경우에 실시됩니다(같은 조 제3항).
조사 대상 기간
일반적으로 최근 3 -- 5개 과세기간이 조사 대상이 됩니다. 다만 재조사는 조세탈루 혐의의 명백한 자료가 있는 등 국세기본법 제81조의4 제2항 각 호의 사유에 해당하는 경우에만 가능합니다.
조사 기간 제한
연간 수입금액 또는 양도가액이 100억 원 미만인 납세자의 경우, 세무조사 기간은 20일 이내로 제한됩니다(국세기본법 제81조의8 제2항). 연장 시에도 1회당 20일 이내이며, 최초 연장은 관할 세무관서장, 2회 이후 연장은 상급 세무관서장의 승인이 필요합니다(같은 조 제3항).
납세자의 조력받을 권리
납세자는 세무조사를 받는 경우 변호사, 공인회계사, 세무사로 하여금 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있습니다(국세기본법 제81조의5).
2. 시기선택제 -- 2026년 4월 시행
시기선택제는 국세기본법에 직접 조항이 있는 것이 아니라, 국세청이 행정 시책(훈령/지침)으로 시행하는 제도입니다. 법률상 강제 규정은 아니지만, 국세청이 공식적으로 운영하는 절차이므로 정기조사 대상자는 적극적으로 활용할 수 있습니다.
기존 방식
종전에는 국세청이 정기 세무조사의 대상과 시기를 모두 결정하였습니다. 납세자는 천재지변 등 불가피한 사유가 아니면 연기를 신청하기 어려웠습니다(국세기본법 제81조의7 제2항, 시행령 제63조의7).
변경된 방식
2026년 4월부터 정기 세무조사 대상자는 안내문 수령 후 3개월 범위 내에서 조사 착수 시기를 월 단위로 선택할 수 있습니다.
신청 절차
1.
국세청이 정기조사 대상자로 선정하여 안내문을 발송합니다.
2.
납세자는 안내문 수령 후 희망하는 조사 착수 월을 1순위, 2순위로 선택하여 회신합니다.
3.
국세청이 납세자의 선택을 고려하여 실제 조사 시기를 결정합니다.
4.
조사 착수 20일 전까지 사전통지가 이루어집니다(국세기본법 제81조의7 제1항).
적용 범위
구분 | 해당 여부 |
정기 세무조사 (국세기본법 제81조의6 제2항) | 적용 대상 |
비정기 세무조사 (탈루 혐의, 제보 등) | 적용 불가 |
3. 사전통지와 연기신청
사전통지
세무조사 시작 20일 전까지 다음 사항이 서면으로 통지됩니다(국세기본법 제81조의7 제1항).
•
조사대상 세목 및 과세기간
•
조사기간
•
조사 사유
다만 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적 달성이 어려운 경우에는 통지 없이 조사가 개시될 수 있습니다.
연기신청 사유
사전통지를 받은 후에도 다음 사유에 해당하면 조사 연기를 신청할 수 있습니다(시행령 제63조의7 제1항).
1.
화재 등 재해로 사업에 심각한 어려움이 있을 때
2.
납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 조사가 곤란할 때
3.
장부나 증거서류가 관계 기관에 압수 또는 영치되었을 때
4.
위 사유에 준하는 사유가 있을 때
4. 세무조사 중점 검증 항목 공개
국세청은 세무조사 시 과세가 빈번하게 발생하는 유형을 공개하고 있습니다. 이를 참고하여 평소 세무처리를 점검하면 추징 및 가산세 부과를 사전에 방지할 수 있습니다.
검증 항목에 해당하는 거래가 있다면, 조사 전에 수정신고를 통해 세무 리스크를 줄이는 것이 가장 효과적인 대응 방법입니다. 수정신고 시에는 과소신고 가산세가 감면되므로(국세기본법 제48조), 조사 착수 전 자진 수정이 유리합니다.
5. 정리 체크리스트
정기조사 안내문을 받았다면 3개월 이내 희망 착수 월을 회신
조사 착수 20일 전 사전통지 수령 여부 확인
연기 사유 해당 시 관할 세무관서에 서면으로 연기신청
국세청 공개 중점 검증 항목 대조하여 자체 점검
검증 항목 해당 거래 발견 시 수정신고 검토
세무사 등 전문가 조사 참여권 확보 (국세기본법 제81조의5)
관련 법령
조문 | 내용 |
국세기본법 제81조의4 (세무조사권 남용 금지) | 세무공무원은 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 같은 세목 같은 과세기간에 대한 재조사는 탈루 혐의 등 법정 사유가 있어야 가능합니다. |
국세기본법 제81조의5 (조력을 받을 권리) | 납세자는 세무조사 시 변호사, 공인회계사, 세무사의 참여 또는 의견 진술을 요청할 수 있습니다. |
국세기본법 제81조의6 (세무조사 대상자 선정) | 정기조사는 성실도 분석, 4과세기간 이상 미조사, 무작위 표본 중 하나에 해당할 때 실시됩니다. 비정기조사는 탈세 제보, 무자료거래 혐의 등의 경우에 실시됩니다. |
국세기본법 제81조의7 (세무조사 통지와 연기신청) | 세무조사 시작 20일 전까지 세목, 기간, 사유를 서면 통지하여야 합니다. 천재지변 등 사유가 있으면 연기신청이 가능합니다. |
국세기본법 제81조의8 (세무조사 기간) | 연간 수입금액 100억 원 미만 납세자의 조사 기간은 20일 이내이며, 연장 시 관할 세무관서장 또는 상급관서장 승인이 필요합니다. |
위 조문은 2026년 5월 기준이며, 법제처 국가법령정보센터에서 최신 내용을 확인하실 수 있습니다.
세무조사 대상자로 선정되셨거나 조사 대비 사전 검토가 필요하시면 세무법인청년들에 문의하십시오. 조사 착수 전 수정신고 검토, 검증 항목별 리스크 점검, 조사 과정에서의 세무 대리까지 지원하고 있습니다.